genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.269.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  269  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26042241--26043316	346	3.1	339	78	9	1059	23	28	26	21	1.99
26043238--26043293	26	2.2	26	90	0	85	25	16	26	32	1.96
26044466--26044518	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
26044833--26044884	25	2.0	26	92	3	88	26	21	25	26	1.99
26044463--26045287	366	2.2	366	82	3	946	24	28	25	21	1.99
26046247--26046741	264	1.9	264	83	4	640	21	29	28	20	1.98
26048254--26048303	26	1.9	26	91	0	82	30	18	24	28	1.97
26048976--26049028	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
26049470--26049522	26	2.0	26	85	7	72	26	20	24	28	1.99
26050599--26051098	158	3.2	157	73	3	421	23	29	27	19	1.98
26051072--26051124	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
26050887--26051911	368	2.8	365	82	2	1201	24	29	26	20	1.99
26051808--26051860	26	2.0	26	92	0	88	30	20	24	24	1.99
26052508--26053008	158	3.2	156	75	5	477	23	29	27	19	1.98
26052982--26053034	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
26053351--26053406	26	2.2	26	90	0	85	25	19	26	28	1.99
26055238--26055287	26	1.9	26	87	0	73	30	20	24	26	1.98
26056639--26056691	26	2.0	26	85	0	70	30	16	22	30	1.96
26056478--26057444	354	2.7	348	81	6	1001	24	27	26	20	1.99
26056322--26057450	356	3.2	341	78	7	1007	24	27	26	20	1.99
26057349--26057401	26	2.0	26	88	0	79	28	16	24	30	1.97
26058214--26058266	26	2.0	26	88	0	79	24	16	30	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26058568--26058620	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
26059227--26059280	26	2.1	26	96	0	99	29	18	27	24	1.98
26059797--26059849	26	2.0	26	88	0	79	24	16	30	28	1.97
26061273--26061305	11	3.0	11	95	0	57	18	33	27	21	1.96
26061401--26061884	159	3.1	159	78	4	482	21	30	29	18	1.97
26062237--26062289	26	2.0	26	88	0	79	22	20	26	30	1.98
26063254--26063313	26	2.4	26	80	5	70	30	16	25	28	1.97
26067974--26068026	26	2.0	26	88	0	79	24	20	28	26	1.99
26068474--26068526	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
26068837--26068889	26	2.0	26	88	0	79	24	20	26	28	1.99
26068843--26068896	26	2.0	26	85	3	72	24	22	25	27	2.00
26069571--26069623	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
26069596--26070096	158	3.2	158	78	7	464	23	30	27	18	1.98
26071104--26071548	157	2.8	158	78	6	443	22	31	28	16	1.96
26071109--26071599	158	3.1	155	75	6	468	22	31	27	18	1.97
26071573--26071625	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
26073055--26073326	135	2.0	135	90	1	429	18	29	29	23	1.98
26073297--26073347	26	2.0	26	88	7	77	25	19	27	27	1.99
26073198--26074358	368	3.2	362	78	4	1105	22	28	28	20	1.99
26074213--26074508	159	1.9	159	86	1	432	20	31	31	17	1.95
26074556--26074608	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
26075249--26075301	26	2.0	26	88	0	79	26	18	28	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26076330--26077256	332	2.7	343	79	10	936	25	29	24	20	1.99
26077175--26077227	26	2.0	26	89	7	81	24	18	26	30	1.98
26078388--26078438	26	2.0	26	92	0	84	27	11	29	31	1.92
26078756--26078808	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
26078206--26079226	369	2.8	369	80	2	1070	23	29	26	20	1.99
26079872--26080365	158	3.1	158	74	6	462	22	29	27	19	1.98
26080347--26080399	26	2.0	26	82	7	63	24	16	28	30	1.97
26080702--26080752	26	2.0	26	88	0	75	27	13	29	29	1.94
26080164--26081192	367	2.9	352	82	6	1197	21	27	29	20	1.98
26081069--26081121	26	2.0	26	88	0	79	26	16	28	28	1.97
26081107--26081315	112	1.9	112	86	2	303	26	25	31	16	1.97
26080395--26081983	810	1.9	819	81	4	1896	22	28	28	20	1.99
26081361--26082003	355	1.8	355	81	4	821	23	28	27	20	1.99
26084554--26084606	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
26083687--26084948	685	1.8	685	84	2	1737	23	30	26	19	1.98
26084922--26084974	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
26085643--26085695	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
26086144--26086196	26	2.0	26	85	0	70	24	16	30	28	1.97
26088839--26089196	159	2.3	159	77	3	353	23	30	26	19	1.98
26091163--26091215	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
26091532--26091584	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
26092239--26092291	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26092740--26092792	26	2.0	26	88	0	79	24	15	30	30	1.95
26093831--26093883	26	2.0	26	85	7	72	28	20	24	26	1.99
26094333--26094385	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
26096050--26096128	26	3.0	26	92	0	122	25	20	27	26	1.99
26096443--26096495	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
26097977--26098029	26	2.0	26	96	0	97	22	15	30	32	1.94
26098970--26099026	29	2.0	29	96	0	105	31	26	35	7	1.83
26099249--26099301	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
26100028--26100080	26	2.0	26	85	0	70	24	15	28	32	1.95
26101105--26101157	26	2.0	26	82	7	63	26	20	24	28	1.99
26101605--26101657	26	2.0	26	88	0	79	28	18	26	26	1.98
26102686--26102741	26	2.2	26	87	6	78	26	17	23	32	1.97
26102728--26103099	171	2.2	171	82	2	435	22	30	25	21	1.99
26102816--26103189	171	2.2	170	81	3	419	20	31	26	22	1.98
26103030--26103873	367	2.3	367	82	2	1014	24	29	25	20	1.99
26103579--26103631	26	2.0	26	85	0	70	24	20	26	28	1.99
26103918--26103970	26	2.0	26	88	0	79	28	18	26	26	1.98
26104959--26105011	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
26105327--26105379	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
26105608--26105643	17	2.2	17	95	5	65	11	44	25	19	1.83
26104956--26105786	355	2.3	354	81	5	907	23	28	26	20	1.99
26105682--26105734	26	2.0	26	89	7	81	26	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26106272--26106302	11	2.8	11	95	0	53	25	35	19	19	1.95
26106873--26106925	26	2.0	26	85	0	70	28	18	28	24	1.98
26106778--26107212	184	2.4	184	81	3	500	24	29	25	20	1.99
26107391--26107442	21	2.5	21	90	0	77	13	32	25	28	1.93
26109140--26109192	26	2.0	26	89	7	81	24	18	22	33	1.97
26109060--26109413	184	1.9	181	88	4	523	22	29	26	21	1.99
26110578--26110603	12	2.2	12	100	0	52	7	42	26	23	1.81
26112594--26113254	159	4.2	156	79	5	540	23	29	27	19	1.98
26113228--26113280	26	2.0	26	92	0	88	24	22	26	26	2.00
26113575--26113625	26	2.0	26	92	0	84	27	17	25	29	1.98
26113045--26113694	347	1.9	347	82	4	837	23	28	27	20	1.99
26114296--26114348	26	2.0	26	89	7	81	28	18	26	26	1.98
26114797--26114849	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
26115573--26115610	13	2.9	13	92	0	58	18	18	52	10	1.73
26116350--26116402	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
26116717--26116774	26	2.2	27	90	3	91	24	18	27	29	1.98
26116164--26117185	367	2.8	366	82	2	1244	23	29	27	19	1.98
26117085--26117136	25	2.0	26	92	3	88	26	21	25	26	1.99
26117816--26117868	26	2.0	26	85	7	72	28	20	24	26	1.99
26117841--26118248	159	2.6	159	78	6	450	25	30	27	17	1.97
26118267--26118319	26	2.0	26	85	0	70	28	16	28	26	1.97
26118636--26118688	26	2.0	26	85	0	70	24	18	26	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26118771--26118872	50	2.0	50	88	3	152	22	22	17	37	1.94
26119316--26119348	11	3.0	11	83	16	50	12	27	36	24	1.91
26119716--26120716	369	2.7	363	80	5	1093	24	28	25	20	1.99
26121354--26121405	26	2.0	26	85	7	70	28	19	25	26	1.98
26121378--26121808	158	2.7	157	76	4	400	24	30	26	18	1.98
26122533--26122585	26	2.0	26	92	0	88	24	22	28	24	2.00
26122057--26122636	313	1.9	313	87	0	854	24	27	27	20	1.99
26122901--26122953	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
26123922--26124951	368	2.9	351	77	9	1029	23	28	26	20	1.99
26126638--26126689	26	2.0	26	84	0	68	26	19	26	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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