genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.183.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  183  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19818743--19819101	171	2.1	168	82	5	454	20	27	30	21	1.98
19818662--19819314	354	1.8	354	82	6	839	20	26	29	22	1.99
19819303--19819602	157	1.9	157	82	2	379	18	25	31	25	1.97
19819567--19819619	26	2.0	27	92	3	90	20	22	20	35	1.96
19819576--19819626	26	2.0	26	88	0	75	25	25	17	31	1.97
19820298--19820350	26	2.0	26	85	7	72	26	20	22	30	1.98
19820493--19820826	158	2.1	158	78	6	352	19	27	28	24	1.99
19820799--19820851	26	2.0	26	89	7	81	32	22	15	30	1.94
19820886--19822209	342	3.9	341	82	3	1453	20	27	28	23	1.99
19821497--19821549	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
19821839--19821891	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
19821906--19822370	159	2.9	160	75	9	419	18	25	30	25	1.98
19828947--19828997	26	2.0	26	96	0	93	27	27	19	25	1.99
19828979--19829358	159	2.4	158	79	4	451	21	27	29	21	1.98
19829397--19829447	26	2.0	26	92	7	86	27	23	19	29	1.98
19830087--19830139	26	2.0	26	92	0	88	26	26	22	24	2.00
19831105--19831156	26	2.0	26	88	7	79	32	21	17	28	1.96
19831879--19832349	159	3.0	156	84	5	531	18	29	30	21	1.97
19833102--19833540	159	2.8	159	80	1	434	18	29	29	22	1.97
19834211--19834263	26	2.0	26	85	0	70	30	24	18	26	1.98
19834273--19834897	158	3.9	158	77	3	612	18	28	31	22	1.97
19835627--19835961	158	2.1	158	87	2	476	18	25	31	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19835935--19835987	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
19836171--19836670	158	3.2	157	76	8	424	19	26	31	23	1.98
19836644--19836696	26	2.0	26	86	13	74	30	24	16	28	1.97
19836737--19837179	159	2.8	158	81	5	507	19	26	30	23	1.98
19837158--19837210	26	2.0	26	92	7	90	30	24	16	28	1.97
19837696--19837748	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
19838402--19838452	26	2.0	26	88	0	75	27	23	15	33	1.95
19839028--19839052	13	1.9	13	100	0	50	0	40	28	32	1.57
19839092--19839144	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
19839121--19839661	159	3.4	159	76	6	508	21	27	30	21	1.98
19839773--19839827	26	2.1	26	93	6	94	29	25	18	27	1.98
19838379--19840076	684	2.5	686	80	5	1829	19	27	30	22	1.98
19840119--19840171	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
19840869--19842031	159	7.2	156	71	10	611	19	26	30	23	1.98
19841513--19841565	26	2.0	26	88	0	79	26	28	18	26	1.98
19842201--19842250	26	1.9	26	91	0	82	24	30	20	26	1.98
19842227--19842612	159	2.4	158	74	6	384	21	26	28	22	1.99
19842704--19842754	26	2.0	26	88	7	77	29	23	17	29	1.97
19843070--19843128	26	2.3	26	85	5	86	30	28	16	23	1.97
19843571--19843623	26	2.0	26	85	7	72	28	20	18	32	1.97
19844202--19844228	11	2.5	11	100	0	54	18	29	33	18	1.95
19844838--19845331	159	3.1	158	75	3	481	19	26	30	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19845207--19845563	196	1.8	197	83	1	475	22	26	27	23	1.99
19845577--19845871	159	1.9	158	83	3	387	18	27	29	24	1.98
19846031--19846083	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
19846057--19846559	158	3.2	158	80	4	543	19	26	30	23	1.98
19846531--19846583	26	2.0	26	85	7	72	28	18	20	32	1.97
19846642--19847071	159	2.7	155	83	7	533	16	28	30	23	1.97
19846009--19847153	513	2.3	509	81	5	1325	20	26	29	22	1.99
19847359--19847411	26	2.0	26	85	0	70	28	24	16	30	1.97
19847619--19847671	26	2.0	26	89	7	81	32	22	15	30	1.94
19847828--19847880	26	2.0	26	88	0	79	24	26	20	28	1.99
19848396--19848427	12	2.7	12	95	0	55	12	34	18	34	1.89
19848424--19848473	25	2.0	25	100	0	100	24	52	4	20	1.63
19848954--19849318	159	2.3	158	77	7	373	20	26	30	22	1.98
19849430--19849482	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
19849846--19850336	158	3.1	156	74	5	457	19	26	30	23	1.98
19850510--19850562	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
19850596--19851033	159	2.8	159	77	4	357	19	27	29	23	1.98
19849759--19851575	697	2.6	698	81	4	2111	20	26	28	23	1.99
19852201--19852767	158	3.6	158	79	5	549	19	25	29	25	1.99
19852741--19852793	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
19852939--19852991	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
19853319--19853371	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19854978--19855033	26	2.2	26	83	6	69	30	21	21	26	1.98
19855042--19855328	159	1.8	158	82	2	369	18	28	31	21	1.97
19855667--19855717	26	2.0	26	88	0	75	27	27	17	27	1.98
19855756--19856513	159	4.8	159	79	4	527	19	26	30	23	1.98
19855766--19856514	318	2.4	318	77	7	714	19	26	30	24	1.98
19856696--19856747	26	2.0	26	84	0	68	34	23	17	25	1.96
19856988--19857040	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
19857709--19857761	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
19858860--19858912	26	2.0	26	88	0	79	28	26	16	28	1.97
19858893--19859390	159	3.1	158	78	6	488	19	26	30	23	1.98
19859362--19859413	26	2.0	26	88	7	79	32	25	15	26	1.95
19859484--19859527	11	4.0	11	90	0	70	27	36	27	9	1.87
19862598--19863301	159	4.4	158	75	6	618	21	27	29	21	1.99
19862588--19863424	317	2.7	315	82	3	945	20	27	29	22	1.99
19863611--19864076	158	2.9	157	84	2	542	18	28	30	22	1.97
19865078--19865496	158	2.6	157	78	5	466	21	27	29	22	1.99
19865614--19865666	26	2.0	26	88	0	79	28	30	18	22	1.98
19865704--19866009	159	1.9	158	80	4	348	18	27	30	22	1.98
19865640--19866038	159	2.5	156	71	11	342	21	26	30	21	1.98
19866378--19866682	159	1.9	158	85	2	423	19	28	29	21	1.98
19866655--19866707	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
19867629--19867921	158	1.9	158	79	7	335	19	23	30	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19868242--19868294	26	2.0	26	89	7	81	33	26	15	24	1.95
19868746--19868796	26	2.0	26	92	7	86	27	23	19	29	1.98
19869256--19869308	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
19869639--19869966	162	2.0	162	85	5	441	38	17	13	31	1.87
19870315--19870699	158	2.4	160	79	7	401	20	25	29	24	1.99
19871091--19871376	157	1.8	156	83	5	380	18	29	29	23	1.98
19871042--19871402	157	2.3	158	77	6	374	20	26	29	23	1.99
19871496--19871548	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
19871745--19871856	57	2.0	57	100	0	224	15	28	33	23	1.95
19874406--19874928	158	3.3	155	75	9	468	21	24	28	25	1.99
19875094--19875146	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
19875474--19875526	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
19877139--19877194	26	2.2	26	83	6	69	30	21	21	26	1.98
19877828--19877878	26	2.0	26	88	0	75	27	27	17	27	1.98
19877948--19878674	159	4.6	159	79	5	462	19	26	29	24	1.98
19877927--19878673	318	2.4	318	77	8	723	19	26	30	23	1.98
19878857--19878908	26	2.0	26	84	0	68	34	23	17	25	1.96
19879151--19879203	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
19879872--19879924	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
19881022--19881074	26	2.0	26	88	0	79	28	26	16	28	1.97
19881055--19881551	159	3.1	159	76	7	449	20	26	29	23	1.98
19881523--19881574	26	2.0	26	88	7	79	32	25	15	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19881645--19881681	11	3.4	11	96	0	65	24	37	27	10	1.88
19884759--19885461	158	4.4	158	75	6	609	21	27	30	21	1.98
19884749--19885584	316	2.7	315	82	2	970	20	27	29	22	1.99
19885708--19885760	26	2.0	26	88	0	79	30	24	16	28	1.97
19885770--19886234	158	2.9	156	83	4	506	18	27	30	22	1.98
19887252--19887655	158	2.5	159	77	5	449	21	26	28	23	1.99
19887773--19887825	26	2.0	26	88	0	79	28	30	18	22	1.98
19888535--19888838	158	1.9	158	86	1	430	19	28	29	22	1.98
19888811--19888863	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
19889574--19889989	159	2.6	158	74	8	396	20	26	31	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402