genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.187.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  187  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20101350--20101402	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
20101560--20101637	26	3.0	25	87	5	120	28	26	19	25	1.99
20101927--20101979	26	2.0	26	92	0	88	24	24	20	30	1.99
20103085--20103137	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
20103954--20104006	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
20103980--20104486	158	3.2	158	77	6	515	19	29	29	20	1.97
20104981--20105033	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
20105703--20105755	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
20105765--20106124	159	2.3	158	78	6	354	20	26	31	21	1.97
20106829--20106884	26	2.2	26	87	6	78	33	26	14	25	1.94
20107397--20107447	26	2.0	26	92	0	84	29	27	15	27	1.96
20107542--20107840	158	1.9	157	84	2	393	25	26	26	21	2.00
20107920--20107972	26	2.0	26	92	0	88	30	24	20	24	1.99
20107695--20108121	184	2.3	184	81	6	463	22	26	27	24	2.00
20107946--20108437	158	3.1	157	77	3	538	19	27	30	22	1.98
20108762--20109076	158	2.0	159	88	3	465	23	26	28	21	1.99
20109140--20109191	26	2.0	26	88	3	79	30	26	17	25	1.97
20108941--20109340	183	2.2	185	79	5	427	21	27	28	23	1.99
20109274--20109667	159	2.5	158	80	4	434	17	27	30	23	1.97
20109641--20109693	26	2.0	26	82	7	63	28	24	18	28	1.98
20109762--20109794	11	3.0	11	90	0	57	21	27	33	18	1.96
20110374--20110426	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20110527--20110902	159	2.4	157	81	3	414	18	25	30	25	1.98
20111037--20111087	26	2.0	26	88	7	77	27	21	19	31	1.97
20111661--20111713	26	2.0	26	85	0	70	26	22	22	28	1.99
20112053--20112935	158	5.6	156	76	6	586	21	26	28	23	1.99
20112358--20112926	314	1.8	315	81	4	718	22	26	29	22	1.99
20112453--20112904	159	2.9	154	81	3	503	21	27	27	23	1.99
20113001--20113052	26	2.0	26	88	7	79	26	23	19	30	1.98
20113304--20113338	13	2.7	13	95	0	61	5	37	28	28	1.80
20113381--20113433	26	2.0	26	88	0	79	26	26	18	28	1.98
20113471--20114069	159	3.8	157	78	3	565	16	27	31	23	1.96
20114796--20115601	158	5.1	158	74	8	640	18	25	31	24	1.98
20114796--20115597	312	2.6	312	84	4	972	18	26	31	24	1.97
20115575--20115627	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
20116392--20116770	159	2.4	159	77	6	379	22	26	27	24	2.00
20117122--20117174	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
20117628--20117677	26	1.9	26	88	8	75	26	24	20	30	1.98
20118339--20118695	197	1.8	197	86	1	518	22	26	26	25	2.00
20119522--20119572	26	2.0	26	96	0	93	27	27	15	29	1.96
20120387--20120438	26	2.0	26	85	7	70	28	28	19	23	1.98
20120838--20120890	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
20121219--20121269	26	2.0	26	88	0	75	31	27	13	27	1.94
20121927--20121978	25	2.0	26	92	3	88	26	28	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20122263--20122314	26	2.0	25	88	3	77	26	23	21	28	1.99
20122796--20123159	159	2.3	158	76	7	371	20	27	30	20	1.98
20123251--20123303	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
20123631--20123709	26	3.0	26	90	0	113	27	24	22	25	2.00
20124157--20124209	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
20124372--20124943	158	3.6	157	75	6	512	21	25	30	23	1.99
20125189--20125241	26	2.0	26	85	7	72	30	24	15	30	1.95
20125544--20125596	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
20125158--20125913	343	2.2	351	80	7	806	20	27	28	23	1.99
20125652--20126072	159	2.6	158	75	6	386	19	28	29	22	1.98
20126047--20126098	26	2.0	26	88	7	79	32	23	15	28	1.95
20128978--20129389	159	2.6	159	73	6	377	20	25	30	22	1.98
20128703--20130901	670	3.2	667	79	5	2241	20	27	28	22	1.99
20130259--20130875	158	3.8	156	76	7	495	19	28	29	22	1.98
20130848--20130899	26	2.0	25	92	3	86	28	21	21	28	1.98
20130969--20130998	11	2.7	11	94	0	51	26	40	26	6	1.81
20131086--20131137	12	4.3	12	87	0	77	15	28	21	34	1.94
20131086--20131137	24	2.2	24	96	0	95	15	28	21	34	1.94
20131152--20131204	26	2.0	26	89	7	81	32	26	16	24	1.97
20131178--20131553	159	2.4	156	76	7	382	20	28	30	21	1.98
20131652--20131704	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
20132387--20132439	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20133559--20133610	26	2.0	25	92	3	86	28	21	21	28	1.98
20133967--20134009	22	2.0	22	100	0	86	39	32	9	18	1.83
20134974--20135026	26	2.0	26	92	0	88	24	28	22	24	2.00
20141123--20141175	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
20142005--20142057	26	2.0	26	100	0	106	26	22	20	30	1.98
20142720--20142772	26	2.0	26	85	0	70	26	26	20	26	1.99
20143229--20143624	158	2.5	158	78	4	431	20	26	30	22	1.98
20143964--20144308	182	1.9	183	82	3	435	22	27	27	22	1.99
20144146--20144488	159	2.2	157	80	3	384	20	27	28	22	1.99
20144462--20144514	26	2.0	26	88	0	79	24	22	20	32	1.98
20145712--20146397	159	4.3	159	73	7	412	19	26	29	24	1.98
20145711--20146398	318	2.2	317	81	3	758	19	26	29	24	1.98
20147097--20147149	26	2.0	26	88	0	79	28	22	20	28	1.99
20147159--20148796	159	9.9	159	69	12	578	20	27	29	23	1.98
20147341--20147735	170	2.3	171	80	2	436	21	27	28	22	1.99
20147794--20147845	26	2.0	25	81	3	59	26	25	19	28	1.98
20147826--20148477	158	4.1	158	76	7	407	21	28	28	22	1.99
20148769--20148821	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
20149147--20149202	26	2.2	26	96	0	103	32	26	16	25	1.96
20149992--20150041	26	1.9	26	87	0	73	26	26	18	30	1.98
20150554--20150868	171	1.8	170	82	0	396	19	26	31	22	1.98
20150856--20150906	26	2.0	26	88	7	77	27	21	19	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20150882--20151357	158	3.0	157	71	10	405	19	27	29	23	1.98
20151249--20151705	196	2.3	195	81	4	517	20	26	29	22	1.99
20151759--20151811	26	2.0	26	85	0	70	26	22	22	28	1.99
20152804--20152856	26	2.0	26	88	0	79	24	26	22	26	2.00
20153304--20153356	26	2.0	26	82	13	65	32	24	15	28	1.95
20154010--20154516	272	1.9	273	84	2	689	23	22	27	26	2.00
20154842--20154894	26	2.0	26	85	7	72	32	28	15	24	1.95
20155343--20155394	26	2.0	26	96	0	95	26	28	19	25	1.98
20154824--20156130	695	1.9	695	83	4	1697	20	27	28	23	1.99
20156037--20156089	26	2.0	26	85	7	72	26	26	18	28	1.98
20155936--20156638	367	2.0	363	81	6	849	19	27	29	23	1.98
20156568--20157529	511	1.9	511	82	3	1200	20	25	29	23	1.99
20157624--20157676	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
20158684--20159205	159	3.3	159	82	2	503	21	28	27	22	1.99
20158791--20159949	513	2.3	513	85	2	1533	21	27	28	23	1.99
20159290--20159723	159	2.7	157	78	8	434	19	26	30	23	1.98
20159693--20159745	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
20160239--20160600	157	2.3	159	80	3	392	16	28	30	23	1.97
20160573--20160625	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
20160447--20160812	185	2.0	185	83	2	466	18	26	30	24	1.98
20160758--20160810	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
20161482--20161533	26	2.0	26	100	0	104	26	30	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20161547--20162009	159	2.9	158	82	2	534	18	28	31	21	1.97
20161503--20162008	158	3.2	157	81	3	561	19	27	31	21	1.97
20162176--20162230	26	2.1	26	93	0	92	30	27	18	23	1.97
20161888--20162259	196	1.9	196	83	4	491	22	27	28	22	1.99
20163414--20163464	26	2.0	26	92	0	84	33	27	13	25	1.94
20163479--20163939	159	2.9	158	78	5	489	19	26	30	23	1.98
20163438--20163929	158	3.1	157	75	6	474	20	27	29	22	1.98
20163913--20163965	26	2.0	26	92	7	90	30	18	20	30	1.97
20163873--20164506	356	1.8	345	82	7	819	20	26	29	23	1.99
20164269--20164321	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402