genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.162.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  162  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18232252--18232670	158	2.7	158	78	4	398	24	28	27	18	1.98
18233266--18233318	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
18234612--18235270	158	4.2	158	78	5	584	23	31	27	18	1.97
18234612--18235198	316	1.9	315	87	1	861	24	31	27	17	1.97
18235244--18235322	26	3.0	26	96	0	140	24	17	29	29	1.97
18235993--18236045	26	2.0	26	85	7	72	32	20	22	24	1.98
18236751--18236801	26	2.0	26	84	0	66	27	11	27	33	1.92
18243095--18243147	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
18243283--18243684	159	2.5	158	74	5	387	23	29	26	20	1.99
18243283--18243699	158	2.6	157	72	7	356	23	29	26	20	1.99
18243288--18244178	337	2.7	320	77	10	889	24	29	25	20	1.99
18243972--18244278	159	1.9	158	81	2	364	23	29	26	20	1.99
18244289--18244341	26	2.0	26	88	0	79	24	20	28	26	1.99
18243972--18244719	355	2.1	349	81	4	866	24	28	25	20	1.99
18244800--18244839	12	3.3	12	96	0	71	2	32	30	35	1.71
18244865--18244917	26	2.0	26	92	0	88	28	15	22	33	1.94
18245207--18245259	26	2.0	26	92	0	88	24	22	26	26	2.00
18246166--18246218	26	2.0	26	92	0	88	24	20	26	28	1.99
18246507--18246559	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
18245967--18246589	341	1.9	330	83	8	794	23	26	26	22	2.00
18246685--18247535	158	5.4	157	75	6	617	22	30	27	19	1.98
18246677--18247535	317	2.7	317	82	1	1033	22	30	27	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18247509--18247561	26	2.0	26	85	0	70	24	16	26	32	1.97
18247977--18248029	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
18249556--18249606	26	2.0	26	88	7	77	33	19	21	25	1.97
18249582--18251033	159	9.2	159	76	4	1115	24	30	26	18	1.98
18249582--18251033	317	4.6	316	84	2	1707	24	30	26	18	1.98
18251007--18251059	26	2.0	26	88	0	79	24	18	26	30	1.98
18258993--18259045	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
18259374--18259426	26	2.0	26	85	7	72	32	18	20	28	1.97
18259399--18259828	159	2.7	157	78	5	436	21	29	29	19	1.98
18259875--18259926	26	2.0	26	88	0	77	26	15	28	28	1.96
18260595--18261091	158	3.1	157	76	4	496	23	29	26	20	1.99
18262217--18262269	26	2.0	26	89	7	81	26	22	24	26	2.00
18263594--18263646	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
18263119--18264699	683	2.3	682	83	4	1879	24	29	26	19	1.99
18263799--18264222	159	2.7	158	77	3	433	23	27	29	19	1.98
18265675--18265718	11	4.0	11	84	0	61	13	38	29	18	1.89
18265675--18265718	22	2.0	22	95	0	79	13	38	29	18	1.89
18268054--18268106	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
18268079--18268382	158	1.9	158	80	4	353	24	32	25	17	1.97
18268396--18268448	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
18268605--18268657	26	2.0	26	89	7	81	28	18	26	26	1.98
18269674--18269723	26	1.9	26	87	0	73	26	16	32	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18269441--18270094	356	1.8	356	84	1	889	23	30	26	19	1.98
18270029--18270081	26	2.0	26	86	13	74	30	16	22	30	1.96
18271822--18271874	26	2.0	26	89	7	81	30	20	20	28	1.98
18273071--18273123	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
18273280--18273332	26	2.0	26	92	7	90	32	20	20	26	1.98
18273622--18273674	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
18272728--18273922	551	2.2	551	82	2	1407	23	28	26	21	1.99
18273857--18274123	145	1.8	146	85	2	376	22	30	28	17	1.97
18273976--18274336	158	2.3	158	76	6	370	21	31	27	19	1.97
18276114--18276400	158	1.8	158	84	4	382	22	31	29	16	1.96
18276095--18276456	158	2.3	157	78	6	381	22	30	28	18	1.97
18276436--18276485	26	1.9	26	95	0	91	26	20	26	28	1.99
18277154--18277205	26	2.0	26	85	14	72	28	15	23	32	1.95
18277845--18277896	26	2.0	26	88	7	79	30	19	23	26	1.98
18277870--18278469	158	3.8	157	75	6	480	23	28	27	19	1.99
18277869--18278473	317	1.9	317	84	2	813	23	28	27	19	1.99
18278654--18278706	26	2.0	26	85	0	70	32	16	24	26	1.97
18279228--18279280	26	2.0	26	85	7	72	32	18	22	26	1.97
18279254--18279755	158	3.2	158	78	4	517	22	29	27	19	1.98
18279729--18279781	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
18280912--18280964	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
18280728--18282085	355	3.8	357	75	10	981	22	27	28	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18281634--18281686	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
18280728--18282085	709	1.9	713	81	4	1664	22	27	28	21	1.99
18282469--18282521	26	2.0	26	92	0	88	26	22	22	28	1.99
18282655--18283144	158	3.1	158	75	5	495	22	30	27	19	1.98
18282495--18283154	317	2.1	317	83	2	808	22	29	28	19	1.98
18282494--18283121	159	4.0	157	73	5	485	22	29	28	19	1.98
18283131--18283180	25	2.0	26	88	4	75	24	20	30	26	1.98
18283508--18284590	159	6.9	157	71	9	684	24	30	26	18	1.98
18283581--18284422	301	2.7	307	80	4	910	23	30	26	19	1.98
18285134--18285183	26	1.9	26	91	0	82	26	18	32	24	1.97
18285844--18285896	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
18286344--18286399	26	2.2	26	83	0	67	25	19	23	32	1.98
18286718--18286771	26	2.1	26	86	6	74	29	16	25	27	1.97
18286735--18287246	159	3.2	158	76	7	516	23	30	26	19	1.98
18287587--18287638	26	2.0	26	88	7	79	28	21	25	25	1.99
18288476--18288528	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
18288511--18289001	158	3.1	157	76	5	465	23	29	27	19	1.98
18289190--18289585	185	2.1	185	83	0	497	25	27	25	21	1.99
18289399--18289863	159	2.9	157	81	5	492	24	30	26	18	1.98
18290581--18290633	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
18290606--18291108	158	3.2	158	79	5	523	21	30	29	19	1.97
18291082--18291134	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18291107--18291420	170	1.8	171	82	4	402	22	30	28	19	1.98
18291480--18291935	159	2.9	159	75	6	410	22	31	28	18	1.97
18291950--18292002	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
18292672--18292724	26	2.0	26	89	7	81	30	20	20	28	1.98
18292856--18292908	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
18293011--18293347	157	2.1	159	80	5	364	23	32	25	18	1.97
18293356--18293406	25	2.0	25	92	0	84	25	15	25	33	1.95
18293722--18293772	26	2.0	26	88	7	77	29	13	27	29	1.94
18294220--18294272	26	2.0	26	85	7	72	24	15	28	32	1.95
18294939--18294991	26	2.0	26	92	0	88	26	18	24	30	1.98
18295628--18295680	26	2.0	26	85	0	70	28	20	28	22	1.99
18295822--18296132	159	2.0	158	83	3	401	22	31	28	17	1.97
18296142--18296194	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
18296774--18296817	11	4.0	11	84	0	61	11	27	34	27	1.91
18296887--18296939	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
18297792--18297844	26	2.0	26	92	7	90	32	20	20	26	1.98
18298848--18298900	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
18299059--18299418	184	2.0	184	86	1	506	24	29	26	19	1.98
18299216--18299268	26	2.0	26	85	7	72	28	20	24	26	1.99
18300624--18300679	26	2.2	26	90	0	85	28	19	23	28	1.98
18300991--18301043	26	2.0	26	96	0	97	30	18	22	28	1.98
18300832--18301201	184	2.0	184	81	5	435	26	27	24	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18301346--18301398	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
18300988--18301653	356	1.9	355	81	5	810	25	27	26	21	2.00
18301343--18302248	501	1.8	501	82	4	1164	25	27	25	21	1.99
18302347--18302399	26	2.0	26	85	0	70	30	20	22	26	1.98
18301343--18302436	500	2.2	500	79	4	1179	25	27	24	21	2.00
18303019--18303071	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
18304040--18304092	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
18304260--18304762	158	3.2	158	78	4	460	23	30	26	19	1.98
18304736--18304788	26	2.0	26	82	7	63	26	15	26	32	1.95
18305976--18306438	158	2.9	159	80	4	490	23	30	26	19	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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