genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  70  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11434116--11434168	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
11434492--11434544	26	2.0	26	82	7	63	28	22	20	28	1.99
11435587--11435890	158	1.9	158	81	5	364	17	27	32	22	1.96
11435548--11435911	158	2.3	156	74	11	344	18	25	32	23	1.97
11437053--11437397	171	2.0	170	83	5	428	18	27	31	22	1.97
11437502--11437553	25	2.0	25	85	10	70	28	26	15	28	1.96
11437790--11437842	26	2.0	26	89	7	81	24	24	22	28	2.00
11438261--11438304	17	2.4	18	85	7	54	50	9	11	29	1.69
11439010--11439062	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
11439387--11439442	26	2.2	26	90	0	85	32	25	17	25	1.97
11440625--11440675	26	2.0	26	88	7	77	27	25	15	31	1.96
11441839--11441916	26	3.0	25	92	3	120	26	24	20	28	1.99
11442635--11442687	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
11443522--11443574	26	2.0	26	82	13	65	32	26	16	24	1.97
11444444--11444496	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
11445155--11445207	26	2.0	26	88	0	79	26	26	18	28	1.98
11445189--11445579	159	2.5	158	75	8	389	20	27	30	21	1.98
11446032--11446087	26	2.2	26	90	6	87	30	25	17	26	1.97
11446155--11446601	158	2.8	159	77	3	479	19	28	29	22	1.98
11446719--11446770	25	2.0	26	92	3	88	25	26	21	26	1.99
11446377--11447118	344	2.1	358	82	6	902	21	29	27	21	1.99
11446377--11447360	356	2.8	344	79	6	804	20	28	28	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11447163--11447594	159	2.7	159	76	6	435	19	27	29	24	1.98
11448287--11448366	26	3.1	26	92	3	126	27	27	18	26	1.98
11448656--11448708	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
11448498--11448876	195	2.0	191	83	6	486	21	27	28	22	1.99
11449535--11449587	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
11449710--11449740	14	2.2	14	100	0	62	19	12	35	32	1.90
11456216--11456712	159	3.1	160	78	4	479	20	28	28	22	1.98
11456684--11456736	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
11457052--11457104	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
11456615--11457644	342	2.9	348	81	6	1123	19	27	29	23	1.98
11458085--11458161	26	3.0	26	86	3	111	29	23	18	28	1.97
11458135--11458613	158	3.0	157	74	6	473	19	27	30	23	1.98
11458963--11459012	26	1.9	26	91	0	82	26	30	18	26	1.98
11458989--11459487	158	3.1	157	76	6	432	18	26	31	24	1.98
11459050--11459530	158	3.0	157	74	3	471	18	27	31	23	1.97
11459284--11459804	285	1.8	285	86	3	753	20	24	30	25	1.99
11459569--11460088	158	3.3	158	79	5	541	18	25	30	25	1.97
11460062--11460114	26	2.0	26	85	7	72	28	20	20	30	1.98
11464448--11464943	159	3.1	157	74	7	473	20	27	29	22	1.98
11465284--11465336	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
11465764--11465816	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
11467143--11467561	159	2.6	159	78	6	438	17	29	29	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11467537--11467587	26	2.0	26	84	7	68	29	19	19	31	1.97
11467945--11468284	159	2.1	158	83	3	416	20	27	28	23	1.99
11469425--11469477	26	2.0	26	88	0	79	28	22	18	30	1.98
11469724--11470194	158	3.0	159	77	7	418	18	26	31	23	1.98
11470008--11470377	184	2.0	184	83	5	471	21	26	28	24	1.99
11470523--11470578	26	2.2	26	83	0	67	30	23	16	30	1.96
11471052--11471104	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
11471245--11471300	26	2.2	26	90	6	87	28	21	19	30	1.98
11475462--11475514	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
11476185--11476263	26	3.0	26	96	0	140	26	26	20	26	1.99
11476502--11477038	159	3.4	160	77	9	492	19	27	29	22	1.98
11477009--11477061	26	2.0	26	82	13	65	28	24	18	28	1.98
11477936--11478441	159	3.2	158	76	7	481	20	27	28	23	1.99
11479036--11479599	158	3.5	165	78	7	428	18	28	29	22	1.97
11479318--11479719	170	2.4	169	80	5	416	19	27	31	21	1.97
11479778--11479830	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
11479949--11480305	158	2.3	158	77	10	370	19	25	29	26	1.99
11480279--11480331	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
11483494--11483546	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
11483570--11484023	159	2.9	159	77	6	454	18	26	29	24	1.98
11483520--11484021	158	3.2	157	76	6	483	20	26	29	24	1.99
11483995--11484047	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11486320--11486372	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
11487049--11487101	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
11487523--11487575	26	2.0	26	89	7	81	30	22	16	30	1.96
11487718--11487769	26	2.0	26	88	7	79	28	26	17	26	1.97
11489697--11489749	26	2.0	26	92	7	90	30	24	16	28	1.97
11491081--11491443	158	2.3	158	78	6	376	20	26	30	23	1.98
11491034--11491443	159	2.6	159	76	6	420	18	28	29	23	1.98
11490532--11491639	511	2.2	508	83	3	1382	19	27	29	23	1.98
11491612--11491664	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
11492032--11492082	26	2.0	26	84	7	68	31	25	13	29	1.94
11492130--11492379	137	1.8	138	86	2	369	17	30	28	24	1.97
11492352--11492404	26	2.0	26	88	0	79	30	20	18	30	1.97
11493075--11493126	26	2.0	26	88	7	79	26	28	17	26	1.97
11493562--11493614	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
11493941--11493993	26	2.0	26	89	7	81	26	24	22	26	2.00
11494125--11494176	26	2.0	25	85	10	70	26	25	21	26	1.99
11493850--11494246	183	2.2	183	86	5	534	19	25	30	23	1.98
11493921--11494334	183	2.3	184	82	5	482	20	26	28	25	1.99
11494781--11494832	26	2.0	26	88	7	79	26	21	21	30	1.98
11494554--11494999	184	2.4	184	81	4	511	19	23	29	27	1.99
11495156--11495234	26	3.0	26	96	0	140	27	29	18	24	1.98
11495892--11495944	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11496234--11496286	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
11497298--11497350	26	2.0	26	89	7	81	26	26	18	28	1.98
11498091--11498524	159	2.7	157	78	4	442	17	28	30	22	1.97
11498506--11498558	26	2.0	26	85	7	72	26	20	20	32	1.98
11499236--11499288	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
11499326--11499765	159	2.8	158	81	4	526	18	28	30	22	1.97
11499269--11499763	158	3.1	157	80	5	539	19	26	30	22	1.98
11499737--11499789	26	2.0	26	82	7	63	26	22	18	32	1.97
11499579--11500142	195	3.0	187	78	10	540	21	26	28	23	1.99
11500803--11500855	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
11502023--11502075	26	2.0	26	92	7	90	32	20	20	26	1.98
11502505--11502557	26	2.0	26	92	7	90	26	16	26	30	1.97
11502716--11503077	184	2.0	185	81	4	437	27	28	23	20	1.99
11502899--11503363	159	2.9	157	76	7	440	24	30	24	20	1.99
11503374--11503730	196	1.8	196	83	4	470	23	27	27	21	1.99
11503598--11504097	158	3.2	155	79	6	497	23	30	26	20	1.98
11504071--11504123	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
11504819--11505261	159	2.8	158	77	2	485	22	31	27	18	1.97
11505583--11505622	14	2.9	14	85	10	55	35	5	7	52	1.51
11506324--11506375	26	2.0	26	88	0	77	26	17	26	28	1.97
11506533--11506585	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
11506559--11507111	158	3.5	155	76	5	500	22	31	27	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11507390--11507441	26	2.0	26	88	7	79	30	21	21	26	1.98
11508048--11508100	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
11508232--11508284	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
11507995--11508385	184	2.1	183	83	5	475	23	27	25	23	2.00
11509102--11509154	26	2.0	26	89	7	81	26	16	28	28	1.97
11509849--11510099	138	1.8	138	83	1	333	23	27	31	17	1.97
11510146--11510198	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
11510567--11510619	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
11511373--11511429	26	2.1	27	83	3	71	28	19	19	33	1.96
11512011--11512063	26	2.0	26	89	7	81	32	15	22	30	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402