genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.193.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  193  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20513740--20514174	159	2.8	158	80	3	475	23	31	26	17	1.97
20514212--20514264	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
20514919--20514971	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
20514944--20515566	159	3.9	157	75	8	476	21	29	28	20	1.98
20515947--20515999	26	2.0	26	86	13	74	32	16	22	28	1.96
20516143--20516195	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
20515776--20516292	196	2.6	193	79	6	581	25	26	25	21	2.00
20516168--20516688	158	3.3	158	75	7	369	23	28	27	20	1.99
20516399--20516688	158	1.8	159	82	5	381	22	29	27	20	1.98
20517169--20517221	26	2.0	26	89	7	81	28	16	26	28	1.97
20516998--20517520	196	2.7	195	84	4	676	24	28	26	20	1.99
20517365--20517417	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
20517390--20517754	158	2.3	159	81	4	423	24	31	26	18	1.97
20517390--20517814	159	2.7	157	80	5	455	23	29	28	18	1.97
20521748--20521800	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
20522620--20522952	171	2.0	169	85	4	447	20	31	28	18	1.97
20522960--20523012	26	2.0	26	82	7	63	30	16	22	30	1.96
20523537--20524114	159	3.6	158	73	6	493	23	28	29	18	1.98
20524184--20524236	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
20523314--20524641	672	2.0	676	78	5	1407	22	29	27	19	1.98
20526118--20526170	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
20526826--20526878	26	2.0	26	92	0	88	26	16	28	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20526668--20527221	185	3.0	182	81	5	630	23	27	26	22	1.99
20527511--20527563	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
20529099--20529151	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
20530201--20530511	158	2.0	159	82	3	385	23	30	26	18	1.98
20530995--20531047	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
20531179--20531231	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
20530825--20531724	197	4.7	191	79	6	689	23	29	26	20	1.99
20530825--20531724	381	2.3	385	82	5	1064	23	29	26	20	1.99
20531172--20531642	196	2.4	197	84	3	610	25	28	24	21	1.99
20531597--20532004	159	2.6	159	81	4	457	23	29	28	18	1.98
20532612--20532664	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
20533664--20533716	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
20533689--20534191	158	3.2	156	73	8	410	23	29	27	18	1.98
20534166--20534217	26	2.0	26	92	0	86	25	17	28	28	1.97
20534360--20534412	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
20537481--20537532	26	2.0	25	92	3	86	28	19	25	26	1.98
20538200--20538252	26	2.0	26	89	7	81	28	22	24	24	2.00
20538384--20538751	170	2.2	170	77	4	375	22	29	26	20	1.99
20538725--20538777	26	2.0	26	82	7	63	30	16	22	30	1.96
20537689--20538834	525	2.2	530	83	3	1466	23	28	27	20	1.99
20538922--20538974	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
20538555--20539024	197	2.4	195	84	2	584	23	27	28	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20539312--20539374	26	2.4	26	97	0	117	33	20	23	22	1.97
20539424--20540449	159	6.4	156	71	8	519	22	29	27	20	1.98
20541900--20541952	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
20542134--20542628	159	3.1	156	74	8	358	23	28	26	21	1.99
20542609--20542661	26	2.0	26	92	0	88	26	16	28	28	1.97
20543319--20543560	132	1.8	132	80	8	296	27	25	28	18	1.98
20543160--20543708	290	1.9	290	81	4	678	25	27	27	19	1.99
20543445--20543901	159	2.9	159	76	6	399	23	29	28	19	1.98
20543926--20543978	26	2.0	26	85	7	72	24	15	28	32	1.95
20545522--20545572	26	2.0	26	92	0	84	25	9	31	33	1.88
20544999--20546099	499	2.2	498	82	4	1270	24	29	26	20	1.99
20546899--20546951	26	2.0	26	88	0	79	24	20	28	26	1.99
20547110--20547549	159	2.8	159	80	3	458	24	30	27	18	1.98
20546426--20547663	685	1.8	672	80	6	1492	24	29	26	19	1.98
20547572--20547624	26	2.0	26	92	0	88	28	18	26	26	1.98
20548294--20548346	26	2.0	26	89	7	81	28	22	22	26	1.99
20548478--20548530	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
20549199--20549250	25	2.0	26	85	10	72	28	23	21	26	1.99
20549381--20549433	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
20547570--20549851	906	2.5	901	94	2	3988	26	22	23	27	2.00
20550093--20550137	12	3.8	12	90	0	72	4	35	26	33	1.77
20550084--20550137	24	2.2	24	93	0	90	5	31	27	35	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20550999--20551406	159	2.6	159	80	4	414	25	28	27	18	1.98
20551816--20551868	26	2.0	26	88	0	79	24	18	30	26	1.98
20552500--20552550	25	2.0	25	92	7	86	25	19	27	27	1.99
20554730--20555025	159	1.9	158	81	4	364	25	33	24	16	1.95
20556508--20557009	158	3.2	155	72	7	402	24	30	25	18	1.98
20556983--20557035	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
20557192--20557610	184	2.3	184	82	1	500	25	28	26	20	1.99
20556826--20557967	552	2.0	559	81	3	1316	24	29	26	20	1.99
20557915--20557993	26	3.0	26	90	3	115	31	20	18	29	1.97
20557966--20558329	158	2.3	157	79	5	383	24	27	26	21	1.99
20558125--20558426	159	1.9	157	80	8	353	23	27	27	21	1.99
20559160--20559212	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
20559356--20559460	26	4.0	26	91	0	174	24	18	29	27	1.98
20560275--20560327	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
20560300--20560746	159	2.8	156	79	6	459	22	31	27	18	1.97
20561485--20561537	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
20560220--20561591	709	1.9	708	81	4	1611	23	28	26	21	1.99
20561511--20562352	158	5.2	166	75	9	587	22	30	26	19	1.98
20562326--20562378	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
20562771--20563068	158	1.9	158	80	5	352	24	32	25	16	1.96
20563289--20563367	26	3.0	26	94	0	131	25	18	27	27	1.98
20563664--20564089	185	2.3	185	82	2	484	26	27	24	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20564380--20564432	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
20565433--20565485	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
20565537--20565923	210	1.8	210	84	2	526	24	27	24	22	2.00
20567184--20567235	26	2.0	26	85	7	70	25	19	25	30	1.98
20567334--20567386	26	2.0	26	82	13	65	24	16	26	32	1.97
20567567--20568020	159	2.9	157	78	4	448	22	29	27	20	1.98
20568409--20568461	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
20568254--20568618	183	2.0	181	85	3	484	25	27	25	21	1.99
20568434--20568804	157	2.3	155	79	6	377	24	30	26	18	1.98
20568434--20568879	159	2.8	156	75	7	380	23	30	27	18	1.98
20569881--20570306	195	2.2	197	82	3	509	22	25	29	22	1.99
20570391--20570885	158	3.1	158	75	7	405	23	30	26	19	1.98
20570866--20570918	26	2.0	26	92	0	88	26	18	24	30	1.98
20571224--20571444	119	1.9	119	82	3	284	23	31	23	21	1.99
20572527--20572579	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
20573407--20573459	26	2.0	26	88	0	79	28	18	24	28	1.98
20573786--20573838	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
20573896--20573928	17	1.9	17	93	0	57	21	33	42	3	1.68
20574705--20574757	26	2.0	26	85	0	70	30	18	24	26	1.98
20574890--20574942	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
20574916--20575580	158	4.1	158	77	5	485	21	30	28	19	1.98
20575561--20575613	26	2.0	26	85	0	70	26	16	30	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20576274--20576326	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
20576273--20577017	330	2.2	336	84	4	950	24	29	26	19	1.99
20577339--20577769	160	2.7	158	76	6	422	23	28	28	19	1.98
20578478--20578529	25	2.1	25	89	7	79	30	17	21	30	1.96
20579017--20579069	26	2.0	26	89	7	81	28	22	22	26	1.99
20580256--20580307	26	2.0	26	81	7	61	26	13	26	32	1.94
20579720--20580852	355	3.2	347	76	7	907	23	30	26	19	1.98
20580611--20580662	26	2.0	26	88	7	79	28	17	25	28	1.97
20581123--20581175	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
20580281--20581399	513	2.2	512	81	3	1313	24	29	26	20	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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