genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.172.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  172  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18954689--18954738	26	1.9	26	88	8	75	28	20	24	28	1.99
18955290--18955342	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
18955316--18955659	159	2.2	159	80	4	374	21	30	27	20	1.98
18955633--18955682	26	1.9	26	87	0	73	28	18	26	28	1.98
18956355--18956407	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
18956381--18956883	159	3.2	156	74	5	472	23	29	26	20	1.99
18956857--18956909	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
18957025--18957421	171	2.3	171	82	6	432	21	30	26	21	1.98
18957395--18957447	26	2.0	26	85	7	72	26	20	24	28	1.99
18956354--18958020	526	3.2	512	76	11	1574	23	29	26	20	1.99
18957429--18957920	159	3.1	153	73	8	357	22	30	28	18	1.97
18957894--18957946	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
18958600--18958652	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
18959300--18959352	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
18959065--18959460	196	2.0	196	85	0	533	21	30	27	20	1.98
18965457--18965509	26	2.0	26	85	7	72	26	16	26	30	1.97
18967259--18967311	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
18967602--18967654	26	2.0	26	85	0	70	24	18	28	28	1.98
18968838--18968890	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
18968678--18969247	196	3.0	184	73	10	522	24	27	26	22	2.00
18969070--18969558	159	3.1	158	75	5	450	23	29	26	19	1.98
18969534--18969584	26	2.0	26	88	7	77	29	17	23	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18969915--18969967	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
18969940--18970358	159	2.6	160	82	5	501	24	30	27	17	1.97
18970371--18970423	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
18971086--18971138	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
18972152--18972204	26	2.0	26	89	7	81	32	18	20	28	1.97
18972334--18972637	159	1.9	158	83	3	387	22	31	28	18	1.97
18971473--18972622	526	2.2	517	80	6	1218	24	29	25	20	1.99
18973280--18973312	11	3.0	11	90	0	57	12	27	33	27	1.92
18973408--18973753	159	2.2	159	82	2	399	23	30	26	19	1.98
18973727--18973779	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
18974252--18974309	26	2.2	26	81	0	71	32	20	20	25	1.97
18974608--18974657	26	1.9	26	95	0	91	30	22	22	26	1.99
18974070--18974726	356	1.8	355	81	2	818	23	28	27	20	1.99
18974095--18975171	540	2.0	540	94	0	1879	23	28	26	21	1.99
18974792--18974844	26	2.0	26	85	0	70	30	20	22	26	1.98
18974448--18974881	184	2.4	185	82	1	496	25	27	26	20	1.99
18974957--18975491	159	3.4	158	78	4	515	23	32	25	19	1.97
18975997--18976028	12	2.7	12	95	0	55	34	18	34	12	1.89
18976197--18976248	26	2.0	25	96	3	95	28	21	23	26	1.99
18976380--18976739	183	2.0	183	80	3	409	25	28	26	19	1.99
18976205--18976874	342	2.0	343	81	3	796	24	29	26	19	1.98
18976563--18977064	158	3.2	159	77	6	511	24	30	26	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18983247--18983647	158	2.5	157	76	5	405	24	30	26	18	1.98
18983723--18983773	26	2.0	26	88	0	75	27	19	23	29	1.98
18984090--18984139	26	1.9	26	88	8	75	30	24	24	22	1.99
18984116--18984614	158	3.2	157	75	6	481	23	29	26	20	1.99
18984590--18984640	26	2.0	26	96	0	93	27	19	25	27	1.99
18983051--18985125	868	2.4	866	84	3	2687	23	29	26	20	1.99
18985166--18985218	26	2.0	26	85	0	70	32	16	22	28	1.96
18984798--18985713	196	4.7	196	77	2	667	24	27	25	22	2.00
18985558--18985610	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
18985583--18985927	159	2.2	159	82	3	419	22	29	27	20	1.98
18985901--18985953	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
18986623--18986675	26	2.0	26	85	0	70	32	18	22	26	1.97
18986648--18987023	159	2.4	157	76	6	364	24	28	27	19	1.99
18987130--18987182	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
18987289--18987688	169	2.4	169	82	4	463	21	29	27	22	1.99
18987662--18987715	27	2.0	27	85	3	74	27	20	24	27	1.99
18988188--18988245	28	1.9	32	86	13	88	31	18	25	24	1.98
18990389--18990756	158	2.3	159	74	7	354	22	30	27	19	1.98
18990727--18990779	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
18991431--18991483	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
18991954--18992323	171	2.2	170	79	7	392	25	29	25	19	1.99
18992297--18992349	26	2.0	26	89	7	81	26	22	24	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18992322--18992624	158	1.9	158	82	2	376	22	30	28	18	1.98
18993350--18993401	26	2.0	25	92	3	86	28	19	23	28	1.98
18993514--18993877	159	2.3	157	77	7	367	23	30	26	19	1.98
18993851--18993903	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
18993692--18994061	184	2.0	184	84	4	487	23	29	26	20	1.99
18993877--18994282	162	2.5	159	79	9	414	22	29	28	18	1.97
18993348--18994478	505	2.2	501	83	3	1342	23	28	27	20	1.99
18994356--18994408	26	2.0	26	88	0	79	26	15	24	33	1.95
18995997--18996049	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
18996601--18996653	26	2.0	26	88	0	79	24	20	26	28	1.99
18996415--18996755	184	1.9	184	82	3	436	24	27	26	20	1.99
18996893--18997010	57	2.0	58	85	3	157	11	44	21	23	1.84
18997054--18997547	159	3.1	158	78	4	530	23	30	27	18	1.98
18998268--18998919	159	4.2	156	75	7	504	21	30	28	19	1.98
18999298--18999800	158	3.2	158	76	5	485	23	31	26	18	1.98
18999774--18999826	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
19006421--19006840	159	2.6	159	78	3	414	23	28	28	19	1.98
19006740--19007294	184	3.0	184	78	3	598	23	27	26	22	2.00
19007119--19007608	157	3.1	156	76	5	486	23	29	27	20	1.99
19008597--19008649	26	2.0	26	89	7	81	28	16	28	26	1.97
19009427--19009772	158	2.2	158	76	4	338	23	28	27	20	1.99
19011019--19011427	160	2.6	157	89	4	590	22	30	27	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19011227--19011752	156	3.3	159	76	6	399	22	30	27	19	1.97
19010997--19011807	158	5.1	157	77	7	635	22	30	27	19	1.98
19011791--19011841	26	2.0	26	84	0	66	29	17	27	25	1.98
19013342--19013394	26	2.0	26	85	7	72	32	18	22	26	1.97
19014139--19014190	26	2.0	25	88	3	77	25	21	26	26	1.99
19014523--19014920	183	2.2	185	79	5	423	24	27	24	23	2.00
19014746--19015303	158	3.5	158	76	3	516	24	30	25	19	1.98
19014736--19015311	317	1.8	316	81	2	717	24	29	25	19	1.98
19016245--19016297	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
19016441--19016493	26	2.0	26	85	7	72	30	20	20	28	1.98
19016942--19016993	26	2.0	26	85	7	70	28	17	25	28	1.97
19017595--19017650	26	2.2	26	90	0	85	26	17	26	28	1.98
19017975--19018027	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
19018476--19018528	26	2.0	26	86	13	74	26	16	26	30	1.97
19019541--19019593	26	2.0	26	88	0	79	26	18	28	26	1.98
19020299--19020721	159	2.7	158	84	4	521	23	30	29	17	1.97
19020788--19020840	26	2.0	26	85	7	72	30	20	20	28	1.98
19020814--19021310	158	3.1	155	78	7	491	21	30	27	20	1.98
19020236--19021241	514	2.0	515	82	4	1233	22	29	27	20	1.98
19022018--19022070	26	2.0	26	92	7	90	32	20	20	26	1.98
19021822--19022176	194	1.8	196	83	6	470	24	26	25	23	2.00
19023537--19023589	26	2.0	26	85	7	72	24	20	24	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19024455--19024824	184	2.0	183	83	3	465	24	28	26	20	1.99
19024614--19024666	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
19025118--19025167	26	1.9	26	91	0	82	26	20	30	24	1.98
19025112--19025471	196	1.8	196	83	2	481	25	28	25	21	1.99
19024610--19026556	697	2.9	679	80	6	2061	23	29	26	20	1.99
19025336--19025700	158	2.3	158	81	1	417	24	30	24	19	1.98
19025805--19025857	26	2.0	26	88	0	79	26	18	28	26	1.98
19027198--19027250	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
19027536--19027588	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
19027744--19027794	26	2.0	26	92	7	86	29	19	23	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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