genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  91  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12997828--12997883	26	2.2	26	90	6	87	32	26	16	25	1.96
12997857--12998358	158	3.2	157	75	7	444	20	28	28	22	1.99
12999054--12999106	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
12999423--12999471	25	2.0	25	92	8	82	32	20	14	32	1.92
12999639--12999691	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
12999878--12999923	21	2.2	21	92	0	74	28	21	45	4	1.71
13000361--13000418	26	2.2	26	76	11	64	27	25	18	27	1.98
13000585--13000637	26	2.0	26	92	7	90	26	20	20	32	1.98
13001308--13001360	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
13001334--13001827	158	3.1	157	77	4	519	19	25	30	24	1.98
13001809--13001861	26	2.0	26	85	0	70	26	24	20	28	1.99
13002176--13002228	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
13002678--13002730	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
13002887--13002938	26	2.0	25	88	3	77	28	28	17	25	1.97
13003229--13003281	26	2.0	26	85	7	72	32	22	16	28	1.96
13003438--13003490	26	2.0	26	88	0	79	28	26	20	24	1.99
13002593--13003824	552	2.2	551	84	1	1585	21	26	28	24	1.99
13003778--13003859	26	3.2	26	91	3	121	25	19	19	35	1.95
13004709--13004761	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
13005211--13005263	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
13005292--13005606	171	1.8	171	85	4	438	20	26	30	22	1.98
13005578--13005629	26	2.0	26	84	3	68	26	26	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13006327--13006638	159	2.0	158	83	6	400	16	26	33	23	1.96
13006605--13006663	26	2.3	26	85	5	75	25	23	22	28	1.99
13007875--13007927	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
13007898--13008401	159	3.2	155	75	5	492	19	26	30	24	1.98
13008755--13008807	26	2.0	26	88	0	79	26	24	22	26	2.00
13009474--13009526	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
13008136--13010048	719	2.7	721	79	6	1849	21	25	27	25	2.00
13009799--13009851	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
13010339--13010391	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
13010288--13011063	354	2.2	343	82	5	905	20	27	29	23	1.98
13010791--13011139	159	2.2	159	83	0	419	17	28	32	21	1.96
13011493--13011545	26	2.0	26	92	0	88	26	30	20	22	1.98
13012747--13012798	25	2.0	26	88	3	79	26	23	19	30	1.98
13012779--13013171	159	2.5	159	76	8	374	20	26	31	22	1.98
13013247--13013298	26	2.0	25	92	3	86	26	21	21	30	1.98
13013076--13014175	536	2.1	536	80	6	1255	22	25	27	24	2.00
13014161--13014213	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
13014187--13014691	159	3.2	155	77	11	461	21	28	28	22	1.99
13014665--13014717	26	2.0	26	89	7	81	32	24	15	28	1.95
13015045--13015104	26	2.4	26	88	5	88	26	25	23	25	2.00
13015566--13015616	26	2.0	26	88	7	77	27	23	21	27	1.99
13016275--13016326	26	2.0	26	96	0	95	26	28	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13016775--13016826	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
13017156--13017208	26	2.0	26	92	7	90	28	26	20	24	1.99
13023508--13023560	26	2.0	26	81	0	61	32	24	16	26	1.97
13023869--13024213	159	2.2	157	81	5	390	18	28	31	21	1.97
13024186--13024238	26	2.0	26	92	0	88	24	28	22	24	2.00
13023435--13024555	343	3.3	338	84	3	1371	18	28	30	23	1.98
13024299--13024714	157	2.6	157	77	6	399	17	28	28	25	1.97
13024686--13024738	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
13025433--13025934	158	3.2	158	77	1	513	19	27	30	22	1.98
13025908--13025960	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
13026275--13026327	26	2.0	26	89	7	81	24	26	22	26	2.00
13026301--13026793	158	3.1	157	75	6	492	17	27	31	23	1.97
13033447--13033496	26	2.0	25	88	11	75	30	22	18	30	1.97
13033824--13033876	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
13033850--13034353	159	3.2	158	78	5	408	18	27	31	23	1.97
13034328--13034378	26	2.0	26	88	7	77	29	21	17	31	1.96
13035688--13035740	26	2.0	26	85	0	70	26	28	20	24	1.99
13036029--13036081	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
13035637--13038185	355	7.3	341	68	15	771	21	27	28	22	1.99
13036446--13036826	197	1.9	197	83	4	491	22	27	27	22	1.99
13036751--13036803	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
13037851--13038151	159	1.9	158	82	2	379	17	27	31	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13038132--13038184	26	2.0	26	92	0	88	28	26	15	30	1.96
13039716--13039766	26	2.0	26	96	0	93	33	29	11	25	1.91
13039833--13040215	160	2.4	158	82	2	460	20	27	29	22	1.98
13041004--13041443	159	2.8	158	78	2	459	20	26	28	24	1.99
13041577--13041647	26	2.7	26	91	0	115	28	28	16	26	1.97
13042304--13042356	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
13043179--13043230	25	2.0	26	92	3	88	26	25	21	26	1.99
13043253--13043711	159	2.9	162	84	4	551	22	26	26	24	2.00
13044059--13044111	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
13042254--13045485	880	3.7	869	76	6	2974	21	26	28	24	1.99
13050487--13050832	157	2.2	157	79	5	376	19	27	29	23	1.98
13051134--13051159	12	2.2	12	100	0	52	42	0	26	30	1.56
13051465--13051980	158	3.3	156	76	4	509	19	25	30	25	1.98
13051964--13052016	26	2.0	26	89	7	81	30	22	16	30	1.96
13052147--13052198	26	2.0	26	92	0	86	28	28	17	25	1.97
13051886--13052357	183	2.6	183	82	3	590	20	25	26	26	1.99
13052487--13052539	26	2.0	26	88	0	79	24	20	22	32	1.98
13052683--13052737	26	2.1	26	89	0	83	30	29	16	23	1.96
13052970--13053022	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
13054710--13054762	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
13055533--13056192	159	4.2	157	75	10	429	20	24	30	24	1.99
13055954--13056324	170	2.3	162	81	8	423	21	25	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13057349--13057851	158	3.2	158	76	7	475	19	25	30	24	1.98
13057822--13057874	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
13058019--13058070	26	2.0	25	85	3	68	28	19	19	32	1.96
13057809--13058241	195	2.2	197	87	2	604	21	23	29	26	1.99
13058398--13058450	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
13059254--13059306	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
13058677--13059466	354	2.2	355	80	3	869	20	24	28	26	1.99
13061875--13061927	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
13062900--13062951	26	2.0	26	92	7	88	30	25	15	28	1.96
13063278--13063330	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
13063821--13063873	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
13064169--13064219	27	1.9	27	88	11	79	23	23	21	31	1.98
13064978--13065030	26	2.0	26	88	0	79	28	30	18	22	1.98
13065479--13065531	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
13066736--13066787	26	2.0	25	96	3	95	26	23	21	28	1.99
13067677--13068183	159	3.2	153	74	12	416	20	27	29	22	1.99
13068157--13068209	26	2.0	26	89	7	81	32	24	15	28	1.95
13068539--13068598	26	2.4	26	91	5	97	26	26	23	23	2.00
13067091--13068927	886	2.1	881	83	4	2319	20	27	29	23	1.99
13069069--13069119	26	2.0	26	88	7	77	27	23	21	27	1.99
13069779--13069832	26	2.1	26	89	6	83	27	27	18	25	1.98
13070165--13070200	18	2.1	17	94	5	63	5	16	44	33	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13070312--13070362	26	2.0	26	88	7	77	27	23	21	27	1.99
13071017--13071068	26	2.0	26	92	0	86	28	28	17	25	1.97
13071518--13071569	26	2.0	26	88	7	79	32	23	15	28	1.95
13075608--13075658	25	2.0	25	96	0	93	19	25	11	43	1.85
13079083--13079135	26	2.0	26	85	0	70	24	24	22	28	2.00
13078332--13079452	343	3.3	339	84	4	1341	18	28	29	23	1.98
13078962--13079294	184	1.8	185	82	4	440	17	27	32	23	1.96
13079583--13079635	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
13080233--13080643	159	2.6	160	79	5	442	17	30	29	22	1.96
13081340--13081391	25	2.0	26	96	3	97	26	26	21	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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