genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.308.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  308  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28951130--28951182	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
28951511--28951563	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
28951537--28952230	158	4.4	157	78	4	619	24	29	26	19	1.99
28951536--28952346	316	2.6	314	81	3	930	24	28	26	20	1.99
28952329--28952380	26	2.0	26	84	0	68	26	19	26	26	1.99
28952538--28952840	158	1.9	158	84	4	405	23	31	26	18	1.98
28953041--28953093	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
28953421--28953473	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
28953446--28953873	159	2.7	157	78	4	439	24	28	28	19	1.98
28953922--28953974	26	2.0	26	85	7	72	24	22	24	28	2.00
28954302--28954354	26	2.0	26	89	7	81	28	22	22	26	1.99
28954327--28954819	159	3.1	154	77	7	438	21	29	29	20	1.98
28954801--28954853	26	2.0	26	88	0	79	24	18	26	30	1.98
28952537--28954894	881	2.6	881	81	5	2480	23	28	27	21	1.99
28954484--28955249	343	2.2	342	83	3	937	22	28	28	20	1.99
28955356--28955408	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
28955532--28955962	159	2.7	159	80	3	467	23	29	27	19	1.98
28956404--28956765	184	2.0	184	81	1	429	24	27	25	22	2.00
28957638--28957687	26	1.9	26	92	8	84	30	20	24	26	1.98
28958175--28958230	26	2.2	26	90	6	87	28	17	23	30	1.97
28957958--28958329	195	1.9	195	83	1	485	24	27	25	22	2.00
28958200--28958704	159	3.2	159	72	8	402	23	29	25	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28958675--28958727	26	2.0	26	88	0	79	24	18	26	30	1.98
28959011--28959063	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
28959206--28959258	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
28959008--28959361	195	1.8	196	90	0	575	25	27	25	21	1.99
28959706--28959758	26	2.0	26	86	13	74	26	16	26	30	1.97
28960054--28960105	26	2.0	26	89	10	81	26	21	25	26	1.99
28960750--28960802	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
28960047--28961573	697	2.2	695	82	4	1810	24	27	26	21	1.99
28961447--28961499	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
28962707--28962759	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
28962891--28962943	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
28962705--28963380	184	3.6	184	77	8	770	24	24	26	24	2.00
28963087--28963139	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
28962351--28963584	380	3.2	380	90	0	1781	24	26	26	22	2.00
28962882--28963605	196	3.8	196	76	9	777	25	25	26	22	2.00
28963271--28963323	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
28963078--28963537	184	2.4	184	78	8	435	25	25	25	23	2.00
28963467--28963519	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
28963969--28964021	26	2.0	26	88	0	79	26	20	26	26	1.99
28964815--28964867	26	2.0	26	85	0	70	30	20	24	24	1.99
28965531--28965583	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
28965556--28965941	160	2.4	160	78	5	399	23	29	27	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28965556--28966010	158	2.9	159	77	4	436	23	29	27	20	1.99
28966071--28966732	159	4.2	157	77	5	573	23	29	26	20	1.99
28966706--28966758	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
28967417--28967886	159	3.0	157	74	6	383	23	30	26	19	1.98
28968867--28968919	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
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28969088--28969591	159	3.2	159	78	4	466	23	29	27	19	1.98
28969564--28969617	26	2.1	26	89	0	81	25	18	27	27	1.98
28970274--28970666	185	2.1	185	82	2	459	25	28	26	20	1.99
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28971342--28971395	26	2.1	26	89	6	83	29	18	22	29	1.97
28971369--28971868	159	3.2	158	77	9	441	22	29	28	20	1.99
28975459--28975833	158	2.4	159	77	6	341	21	30	28	19	1.97
28975416--28975970	159	3.5	159	73	6	485	23	30	28	17	1.97
28975416--28976038	317	2.0	319	82	2	761	23	30	27	18	1.98
28976817--28976869	26	2.0	26	85	7	72	32	18	20	28	1.97
28976842--28977258	159	2.6	158	78	5	450	24	28	27	19	1.98
28977318--28977368	26	2.0	26	84	7	68	27	17	23	31	1.97
28977674--28977726	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
28978391--28978443	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
28978890--28978942	26	2.0	26	85	7	72	28	15	22	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28979087--28979139	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
28979113--28979612	158	3.2	156	77	5	467	23	29	27	19	1.98
28979586--28979638	26	2.0	26	85	0	70	28	16	26	28	1.97
28979993--28980422	159	2.7	158	79	5	447	23	29	28	18	1.98
28985838--28985890	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
28986181--28986233	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
28986745--28987405	159	4.2	157	75	5	578	23	30	26	19	1.98
28986596--28987405	158	5.1	157	75	5	623	24	29	26	20	1.99
28986586--28987405	317	2.6	315	84	4	1004	24	29	25	20	1.99
28987379--28987431	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
28987738--28987785	25	1.9	25	91	0	78	22	18	31	27	1.97
28988258--28988310	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
28988835--28988887	26	2.0	26	85	7	72	28	20	20	30	1.98
28988467--28988995	196	2.7	195	83	4	661	25	28	25	21	1.99
28989334--28989386	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
28990401--28990453	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
28990914--28991204	158	1.8	159	82	6	376	24	28	26	20	1.99
28991999--28992051	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
28992430--28992482	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
28992639--28992691	26	2.0	26	89	7	81	33	18	20	26	1.96
28992664--28993159	158	3.1	158	74	5	347	23	30	26	18	1.98
28993140--28993192	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28993129--28993495	196	1.9	196	87	1	547	23	26	27	22	1.99
28993336--28993388	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
28993361--28994105	159	4.8	158	75	8	655	23	31	28	17	1.97
28992430--28993803	697	2.0	706	84	3	1829	23	29	27	20	1.99
28993361--28994108	305	2.4	308	84	4	959	23	31	28	17	1.97
28994142--28994192	26	2.0	26	88	0	75	25	19	27	27	1.99
28994521--28994573	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
28994887--28994939	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
28994331--28995711	366	3.8	366	75	9	1008	24	28	26	20	1.99
28995621--28996042	158	2.7	156	79	4	434	23	28	28	19	1.98
28996097--28996149	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
28996122--28996866	159	4.7	160	79	4	668	23	30	27	18	1.98
28995564--28996625	502	2.1	500	82	2	1279	23	29	26	20	1.99
28996145--28996942	317	2.5	316	83	2	965	23	30	26	18	1.98
28996916--28996968	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
28998136--28998188	26	2.0	26	85	7	72	26	16	26	30	1.97
28997975--28998658	367	1.9	361	80	7	789	23	29	26	21	1.99
28998503--28998555	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
28998529--28999024	159	3.1	159	76	7	388	23	31	26	18	1.98
28999005--28999056	26	2.0	26	84	0	68	26	15	26	30	1.96
28999752--29000252	159	3.2	156	75	7	438	24	29	26	19	1.98
29000226--29000278	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29000468--29000517	20	2.5	20	93	6	84	16	44	18	22	1.87
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29001449--29002054	159	3.9	156	79	4	590	22	29	28	19	1.98
29001449--29002097	157	4.1	157	78	5	594	22	29	27	20	1.98
29002091--29002157	26	2.6	26	95	0	116	26	13	28	31	1.94
29002510--29002865	158	2.2	158	79	1	399	23	29	26	19	1.98
29002510--29002973	159	2.9	158	77	5	425	23	30	27	18	1.98
29002992--29003042	26	2.0	26	84	0	66	27	11	29	31	1.92
29009759--29009828	35	2.0	34	91	2	113	21	47	15	15	1.83
29010490--29011019	157	3.4	155	75	8	471	23	30	26	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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