genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.279.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  279  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26806423--26806473	26	2.0	26	88	7	77	27	27	15	29	1.96
26806777--26806829	26	2.0	26	88	0	79	28	30	18	22	1.98
26806388--26807286	355	2.5	362	85	3	1186	20	27	29	22	1.99
26807646--26807698	26	2.0	26	85	7	72	30	26	15	28	1.96
26808731--26808783	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
26808327--26809311	367	2.7	366	80	4	1061	20	27	29	23	1.99
26809098--26809150	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
26809124--26809624	159	3.2	157	77	5	535	18	27	31	22	1.97
26809598--26809649	26	2.0	26	85	7	70	25	28	19	26	1.98
26810310--26810362	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
26810667--26810717	26	2.0	26	92	0	84	25	25	19	29	1.99
26810288--26811388	355	3.1	350	77	7	986	21	26	28	23	1.99
26812246--26812296	26	2.0	26	88	0	75	29	23	15	31	1.95
26812214--26813196	367	2.7	366	82	4	1124	19	27	28	24	1.99
26812976--26813030	26	2.1	26	93	0	92	30	27	18	23	1.97
26813004--26813404	158	2.5	156	73	9	362	18	26	32	22	1.97
26814207--26814259	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
26814372--26814893	159	3.3	157	77	8	484	18	26	29	24	1.98
26815599--26815651	26	2.0	26	92	0	88	26	26	18	28	1.98
26817517--26817847	182	1.8	181	88	3	504	22	25	28	24	1.99
26817516--26817936	182	2.3	180	82	6	501	20	27	28	23	1.99
26818114--26818166	26	2.0	26	92	7	90	26	28	22	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26817698--26818361	366	1.8	366	82	6	853	20	27	29	22	1.98
26817127--26818298	547	2.1	547	82	4	1441	20	27	28	22	1.99
26818614--26818664	26	2.0	26	84	7	68	33	25	17	23	1.96
26819979--26820031	26	2.0	26	82	7	63	28	24	16	30	1.97
26820349--26820399	26	2.0	26	92	0	84	33	27	13	25	1.94
26819273--26820586	695	1.9	695	84	1	1754	20	27	29	23	1.99
26825429--26825481	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
26825930--26825982	26	2.0	26	82	7	63	28	28	18	24	1.98
26826653--26826705	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
26826837--26826889	26	2.0	26	88	0	79	30	24	18	26	1.98
26825772--26827760	896	2.2	900	88	1	2923	25	24	24	25	2.00
26827549--26827601	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
26827916--26827968	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
26827982--26828445	159	2.9	157	79	5	486	18	26	31	23	1.97
26829214--26829990	368	2.1	367	84	2	1013	20	28	29	22	1.98
26829848--26829901	26	2.1	26	89	0	81	25	25	20	27	1.99
26829218--26830101	368	2.4	368	82	2	972	20	28	29	22	1.98
26831053--26831104	26	2.0	26	88	3	79	28	26	19	25	1.98
26831418--26831470	26	2.0	26	100	0	106	26	30	20	22	1.98
26831761--26831813	26	2.0	26	92	0	88	30	24	18	26	1.98
26831731--26832155	184	2.3	183	84	2	523	20	26	27	25	1.99
26831942--26831997	26	2.2	26	93	0	94	28	25	19	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26832312--26832364	26	2.0	26	92	0	88	28	28	20	22	1.99
26833713--26833764	26	2.0	26	84	0	68	28	26	15	28	1.96
26835268--26835320	26	2.0	26	88	0	79	28	24	18	28	1.98
26835074--26835780	374	1.9	374	81	2	875	21	27	27	23	1.99
26835672--26836156	159	3.1	156	73	5	418	19	28	30	21	1.98
26835796--26836168	157	2.4	159	78	3	385	20	27	28	23	1.98
26836079--26837651	733	2.1	733	88	0	2344	26	23	22	27	2.00
26837608--26837658	26	2.0	26	92	0	84	27	25	15	31	1.96
26838338--26838390	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
26838706--26838758	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
26837568--26838917	363	3.7	368	84	4	1613	19	26	29	24	1.99
26838890--26838941	26	2.0	26	85	7	70	30	25	17	26	1.97
26839623--26839675	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
26839989--26840041	26	2.0	26	88	0	79	28	28	18	24	1.98
26839583--26840383	368	2.2	366	82	3	966	20	27	28	23	1.99
26840317--26840859	159	3.4	159	75	2	500	20	28	29	22	1.98
26841916--26841968	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
26843183--26843235	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
26843823--26845134	368	3.6	363	80	5	1381	20	26	28	24	1.99
26844542--26845131	184	3.3	179	72	12	510	20	26	28	23	1.99
26844933--26844985	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
26844837--26845172	184	1.8	185	85	3	480	20	27	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26846181--26846233	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
26846331--26846710	159	2.4	159	77	5	365	18	27	28	25	1.98
26847266--26847318	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
26847499--26847529	12	2.6	12	94	0	53	25	29	41	3	1.71
26847633--26847685	26	2.0	26	92	0	88	26	26	22	24	2.00
26847976--26848023	25	1.9	25	86	0	69	27	29	18	25	1.98
26848343--26848395	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
26847193--26848627	710	2.0	710	83	3	1796	19	27	30	23	1.98
26848369--26848860	158	3.1	156	76	5	511	19	27	30	22	1.98
26849551--26849602	25	2.1	25	89	7	79	28	25	21	25	1.99
26849869--26849922	26	2.1	26	89	0	81	27	24	22	25	2.00
26849896--26850397	158	3.2	157	77	5	499	19	26	29	24	1.99
26850371--26850423	26	2.0	26	85	7	72	26	28	20	24	1.99
26851022--26851415	183	2.2	183	83	0	482	19	27	28	25	1.98
26851077--26851465	183	2.1	183	81	0	445	20	26	28	24	1.99
26851227--26852246	368	2.8	366	80	3	1082	19	27	29	23	1.98
26852010--26852065	26	2.2	26	90	6	87	30	25	17	26	1.97
26852514--26852567	26	2.1	26	86	6	74	25	24	22	27	2.00
26853420--26853472	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
26853163--26853630	184	2.5	184	81	5	475	19	27	28	24	1.98
26853446--26853946	158	3.2	156	72	6	472	19	27	29	22	1.98
26853920--26853972	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26854643--26854695	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
26854829--26854879	26	2.0	26	88	7	77	29	23	19	27	1.98
26853762--26856668	908	3.2	904	88	1	4183	24	24	24	26	2.00
26856456--26856508	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
26856825--26856877	26	2.0	26	88	0	79	24	30	22	22	1.99
26856851--26857351	159	3.2	158	76	5	474	20	27	28	22	1.99
26858052--26858101	26	1.9	26	95	0	91	26	28	20	26	1.99
26858417--26858469	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
26858040--26859035	368	2.7	365	81	3	1041	20	27	28	23	1.99
26858875--26859314	159	2.8	158	76	6	386	17	28	30	23	1.97
26858811--26859313	158	3.2	158	75	6	471	18	27	30	23	1.97
26859287--26859339	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
26860010--26860062	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
26860077--26860539	159	2.9	159	77	3	448	18	26	31	22	1.97
26860036--26860537	158	3.2	159	76	3	494	19	26	31	22	1.98
26860511--26860563	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
26861235--26861287	26	2.0	26	85	7	72	26	28	16	28	1.97
26861581--26861633	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
26862049--26862101	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
26862768--26862820	26	2.0	26	88	0	79	28	22	18	30	1.98
26863152--26863652	158	3.2	158	78	6	496	20	27	29	22	1.99
26863626--26863676	26	2.0	26	88	7	77	27	25	19	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26864730--26864782	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
26864850--26865247	159	2.5	158	75	6	338	18	28	29	23	1.98
26865230--26865282	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
26865955--26866007	26	2.0	26	92	0	88	26	24	22	26	2.00
26865917--26866604	355	1.9	356	82	2	844	19	26	30	23	1.98
26866409--26866839	159	2.7	160	80	3	494	17	28	30	23	1.97
26866812--26866864	26	2.0	26	85	7	72	26	24	22	26	2.00
26867525--26867576	26	2.0	26	85	7	70	26	26	19	26	1.99
26867893--26867945	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
26869115--26869165	26	2.0	26	92	0	84	25	27	19	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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