genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.116.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  116  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14914002--14914054	26	2.0	26	85	0	70	28	15	24	32	1.95
14914724--14914773	26	2.0	25	96	4	91	30	20	22	28	1.98
14914748--14915053	159	1.9	158	85	2	416	24	32	25	17	1.97
14915066--14915118	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
14916800--14916852	26	2.0	26	88	0	79	32	18	22	26	1.97
14916907--14917499	159	3.7	156	76	6	544	22	31	27	18	1.97
14917473--14917525	26	2.0	26	88	0	79	24	18	26	30	1.98
14918704--14918729	12	2.2	12	100	0	52	0	46	30	23	1.53
14918894--14918946	26	2.0	26	85	7	72	32	20	20	26	1.98
14919397--14919449	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
14919612--14919975	184	2.0	184	83	1	460	24	27	26	21	1.99
14919794--14920255	158	2.9	158	81	3	536	24	30	26	18	1.98
14920255--14920311	26	2.2	26	93	0	96	29	15	22	31	1.95
14920356--14920697	158	2.2	157	81	4	384	22	30	26	20	1.98
14921604--14921682	26	3.0	26	96	0	140	25	20	27	26	1.99
14922457--14922509	26	2.0	26	85	0	70	32	20	20	26	1.98
14922641--14922693	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
14922667--14923216	169	3.3	168	79	5	491	24	29	25	20	1.99
14923479--14923531	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
14923860--14923912	26	2.0	26	89	7	81	28	22	22	26	1.99
14923828--14924256	185	2.3	185	84	4	569	24	28	25	22	1.99
14924080--14924366	159	1.8	159	84	3	398	22	30	28	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14924070--14924492	159	2.7	159	78	4	397	25	29	27	18	1.98
14924546--14924598	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
14924743--14925137	196	2.0	197	83	2	499	24	30	25	19	1.98
14924540--14925221	367	1.9	366	81	5	840	24	29	26	19	1.99
14925077--14925624	159	3.5	159	76	5	444	23	29	25	21	1.99
14926086--14926138	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
14925891--14926429	172	3.0	179	75	12	462	25	28	24	20	1.99
14926756--14926808	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
14927478--14927530	26	2.0	26	96	0	97	32	20	18	28	1.97
14927503--14927838	158	2.1	157	79	6	349	23	29	26	20	1.99
14927819--14927870	26	2.0	26	92	0	86	25	17	25	32	1.97
14928029--14928081	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
14928222--14928787	159	3.6	160	71	8	422	24	28	27	19	1.99
14928054--14928818	318	2.4	315	79	5	829	24	28	26	20	1.99
14928656--14929057	171	2.4	169	83	4	468	23	30	24	21	1.99
14929024--14929084	26	2.4	26	82	15	67	27	18	21	32	1.96
14929502--14929554	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
14930541--14930593	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
14931476--14931981	158	3.2	159	74	9	433	23	29	27	19	1.99
14933177--14933229	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
14932860--14934061	342	3.4	344	76	10	1092	24	29	26	20	1.99
14933886--14933938	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14933728--14934101	189	2.0	183	83	5	473	25	30	24	19	1.98
14933542--14934164	346	1.8	342	81	5	790	26	28	25	19	1.99
14933911--14934362	159	2.8	159	75	6	421	23	31	28	17	1.97
14934392--14934444	26	2.0	26	85	0	70	30	20	22	26	1.98
14935115--14935165	26	2.0	26	92	7	86	33	19	19	27	1.96
14935141--14935716	159	3.6	158	74	4	507	25	28	26	19	1.98
14935227--14935801	317	1.8	317	81	2	724	23	29	26	20	1.99
14935775--14935827	26	2.0	26	88	0	79	26	18	28	26	1.98
14937064--14938202	159	7.2	160	74	4	858	22	29	28	20	1.98
14937065--14938202	318	3.6	317	82	1	1357	22	29	28	20	1.98
14938176--14938228	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
14940268--14940320	26	2.0	26	85	0	70	28	16	24	30	1.97
14942366--14942418	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
14942867--14942919	26	2.0	26	88	0	79	26	13	28	32	1.93
14942847--14943219	196	1.9	196	84	2	507	24	25	26	23	2.00
14943569--14943621	26	2.0	27	88	3	81	28	22	28	20	1.99
14944279--14944331	26	2.0	26	89	7	81	28	20	26	24	1.99
14944779--14944857	26	3.0	26	88	0	122	27	18	25	27	1.98
14945040--14945540	159	3.2	157	74	6	427	22	29	27	20	1.99
14945516--14945568	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
14946260--14947019	157	4.8	159	73	7	498	23	30	27	18	1.98
14947918--14947970	26	2.0	26	92	0	88	33	20	18	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14948652--14948704	26	2.0	26	85	7	72	28	18	22	30	1.98
14948677--14949039	158	2.3	158	80	4	408	23	28	27	20	1.99
14948677--14949121	159	2.8	158	77	6	436	23	27	28	20	1.99
14948836--14950499	342	4.8	343	84	3	1857	22	29	27	19	1.98
14948836--14950592	690	2.5	683	81	4	1972	22	29	27	20	1.98
14950185--14950237	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
14950549--14950618	26	2.7	26	97	0	131	30	18	24	27	1.98
14951067--14951117	26	2.0	26	88	0	75	25	15	27	31	1.96
14950750--14951493	344	2.2	344	83	1	922	24	28	27	20	1.99
14951806--14952307	158	3.2	158	75	6	426	23	29	26	20	1.99
14951618--14952900	501	2.6	502	79	3	1224	24	29	27	19	1.98
14952307--14952808	159	3.2	158	76	6	480	23	29	27	20	1.99
14952782--14952834	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
14953538--14953984	159	2.8	158	76	7	458	25	29	26	19	1.98
14954761--14955357	158	3.8	158	83	4	659	21	31	28	17	1.96
14954761--14955422	317	2.1	317	80	6	723	21	31	28	18	1.97
14955396--14955448	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
14955078--14956045	356	2.7	349	80	9	993	22	29	29	18	1.97
14955763--14955813	26	2.0	26	88	7	77	29	17	23	29	1.97
14955788--14956249	158	2.9	157	76	3	453	24	31	26	17	1.97
14962900--14962952	26	2.0	26	85	7	72	32	18	22	26	1.97
14963623--14964058	159	2.8	157	78	4	464	24	30	27	16	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14964095--14964147	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
14965001--14965053	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
14965210--14965711	159	3.2	157	73	7	444	22	29	27	20	1.99
14965685--14965737	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
14966407--14966457	26	2.0	26	92	7	86	29	19	23	27	1.98
14967458--14967510	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
14967493--14967985	159	3.1	159	76	5	363	24	30	26	19	1.98
14969020--14969072	26	2.0	26	100	0	106	30	20	22	26	1.98
14969525--14969577	26	2.0	26	92	0	88	26	18	28	26	1.98
14969905--14969957	26	2.0	26	85	7	72	32	18	20	28	1.97
14969930--14970298	159	2.3	161	78	7	383	25	29	24	19	1.98
14970411--14970463	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
14971446--14971498	26	2.0	26	88	0	79	28	20	26	24	1.99
14972375--14972862	158	3.1	156	74	5	433	23	28	27	20	1.99
14973022--14973638	159	3.9	158	76	9	552	24	30	26	18	1.98
14974201--14974253	26	2.0	26	92	0	88	24	20	30	24	1.99
14974596--14974950	159	2.2	159	78	2	381	23	29	26	20	1.99
14974694--14975032	159	2.1	159	79	0	365	22	31	26	20	1.98
14975257--14975307	26	2.0	26	84	7	68	31	15	23	29	1.95
14975375--14975775	158	2.5	158	79	4	423	21	32	26	19	1.97
14976980--14977030	26	2.0	26	84	0	66	25	17	27	29	1.98
14977691--14977741	26	2.0	26	92	7	86	29	19	21	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14977875--14977927	26	2.0	26	89	7	81	28	18	26	26	1.98
14978631--14978974	158	2.2	158	81	5	390	21	30	29	18	1.97
14978948--14979000	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
14979170--14979565	159	2.5	158	73	7	356	24	29	26	19	1.98
14979844--14979897	26	2.1	26	93	6	92	29	22	24	24	1.99
14979877--14980369	159	3.1	159	79	4	552	23	29	27	19	1.98
14980344--14980395	25	2.0	26	89	10	81	26	17	26	28	1.97
14978632--14980453	697	2.6	692	75	9	1846	23	29	27	19	1.98
14980387--14980532	78	1.9	78	82	5	188	29	24	27	18	1.98
14981577--14981629	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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