genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.337.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  337  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31040920--31040970	26	2.0	26	92	7	86	29	15	25	29	1.96
31040236--31041074	367	2.4	354	81	7	877	22	30	27	19	1.98
31041050--31041295	135	1.8	135	84	1	341	23	30	25	20	1.99
31040742--31041676	490	1.9	490	84	3	1245	24	29	26	20	1.99
31041435--31041846	159	2.6	158	80	5	447	24	28	27	18	1.98
31041911--31041963	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
31042635--31042687	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
31042660--31043004	159	2.2	159	80	3	374	23	28	27	20	1.99
31043721--31044082	158	2.3	158	81	6	412	25	31	24	17	1.97
31044918--31044970	26	2.0	26	85	7	72	28	18	22	30	1.98
31045261--31045313	26	2.0	26	85	0	70	30	16	22	30	1.96
31045470--31045522	26	2.0	26	89	7	81	26	22	24	26	2.00
31045654--31045706	26	2.0	26	88	0	79	24	18	26	30	1.98
31045257--31045953	209	3.5	202	76	13	580	25	27	25	21	1.99
31045103--31046074	393	2.5	392	85	2	1313	25	28	25	20	1.99
31046057--31046357	159	1.9	158	80	3	345	22	29	28	19	1.98
31046365--31046420	25	2.2	26	87	3	87	30	19	21	28	1.98
31046180--31046881	354	2.0	353	79	3	775	23	28	27	21	1.99
31046563--31046929	184	2.0	184	80	1	421	25	26	26	22	2.00
31047361--31047875	156	3.3	156	73	7	475	24	29	26	19	1.99
31047849--31047901	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
31048672--31049007	159	2.1	158	79	6	347	23	31	26	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31049714--31049766	26	2.0	26	85	7	72	26	18	26	28	1.98
31050032--31050084	26	2.0	26	82	7	63	28	20	22	28	1.99
31050408--31050460	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
31050878--31050930	26	2.0	26	92	0	88	28	22	24	24	2.00
31051257--31051309	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
31051751--31051803	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
31052488--31052845	158	2.3	158	80	5	409	22	31	27	17	1.97
31052488--31052926	159	2.8	157	79	4	445	22	30	28	17	1.97
31052964--31053042	26	3.0	26	92	0	131	25	17	29	27	1.98
31053398--31053900	159	3.2	158	76	5	487	23	30	27	18	1.98
31053874--31053926	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
31053557--31054272	342	2.1	342	83	3	895	22	29	27	20	1.98
31054216--31054268	26	2.0	26	85	0	70	26	20	22	30	1.98
31055025--31055075	26	2.0	26	96	0	93	27	17	27	27	1.98
31055366--31055418	26	2.0	26	89	7	81	26	22	24	26	2.00
31055745--31055796	26	2.0	26	88	3	79	28	19	21	30	1.97
31055927--31055979	26	2.0	26	85	7	72	28	20	22	28	1.99
31055754--31056128	183	2.0	183	81	3	432	24	27	25	21	2.00
31056427--31056479	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
31057159--31057211	26	2.0	26	89	7	81	28	22	24	24	2.00
31057184--31057611	159	2.7	159	77	5	427	23	28	28	19	1.98
31057832--31058656	316	2.6	315	79	5	850	23	30	27	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31058038--31058609	158	3.6	158	71	8	432	24	29	28	18	1.98
31058195--31058688	158	3.1	158	73	6	437	24	30	26	18	1.98
31059541--31059593	26	2.0	26	89	7	81	28	20	26	24	1.99
31059228--31059839	330	1.9	330	88	3	937	23	29	28	18	1.97
31059936--31060508	158	3.6	158	79	4	589	24	29	27	19	1.98
31059935--31060511	317	1.8	317	84	1	789	24	29	27	18	1.98
31061133--31061634	158	3.2	158	76	4	499	23	30	27	18	1.98
31061608--31061660	26	2.0	26	85	0	70	22	18	28	30	1.98
31062244--31062274	11	2.8	11	90	0	53	19	32	29	19	1.96
31062344--31062408	26	2.5	26	87	12	105	29	18	26	26	1.98
31062738--31062790	26	2.0	26	96	0	97	30	18	22	28	1.98
31063935--31063987	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
31064475--31064527	26	2.0	26	85	0	70	26	20	26	26	1.99
31066259--31066311	26	2.0	26	85	0	70	30	18	24	26	1.98
31066627--31066677	26	2.0	26	92	7	86	31	21	19	27	1.97
31065573--31067193	870	1.9	882	81	5	2018	23	29	26	19	1.98
31066653--31067015	159	2.3	159	77	2	370	24	30	25	18	1.98
31067759--31067791	11	3.0	11	95	0	57	9	30	36	24	1.86
31067861--31067913	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
31070696--31070746	26	2.0	26	92	7	86	29	17	21	31	1.96
31070723--31071029	158	1.9	158	84	3	413	22	31	28	17	1.97
31071196--31071248	26	2.0	26	86	13	74	28	16	24	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31072111--31072163	26	2.0	26	96	0	97	26	16	24	32	1.97
31072613--31072665	26	2.0	26	86	13	74	28	16	24	30	1.97
31073552--31073897	160	2.2	160	77	6	353	23	29	28	19	1.98
31073871--31073923	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
31074028--31074080	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
31074955--31075007	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
31074980--31075327	161	2.2	159	80	6	382	23	30	27	18	1.98
31075458--31075510	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
31075457--31075852	185	2.2	182	87	3	562	23	27	26	22	1.99
31075668--31076084	159	2.6	155	79	6	421	23	27	29	19	1.98
31076520--31076544	12	2.1	12	100	0	50	32	24	28	16	1.96
31076532--31076957	158	2.7	158	76	6	441	22	31	28	18	1.97
31078210--31078262	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
31078880--31078932	26	2.0	26	85	7	72	24	16	30	28	1.97
31079247--31079297	26	2.0	26	88	7	77	29	19	21	29	1.98
31084176--31084226	26	2.0	26	88	0	75	27	17	23	31	1.97
31084558--31084610	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
31084556--31085205	353	1.8	352	83	2	856	26	28	24	20	1.99
31084935--31085436	159	3.2	159	77	4	419	23	30	26	20	1.98
31085410--31085462	26	2.0	26	85	0	70	30	20	22	26	1.98
31085787--31085839	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
31085953--31086005	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31085786--31086099	166	1.9	165	86	4	445	24	27	26	21	1.99
31086453--31086505	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
31087464--31087539	26	2.9	26	94	0	125	26	17	27	28	1.97
31087655--31088298	159	4.1	159	78	7	642	22	31	26	20	1.98
31088944--31088994	26	2.0	26	88	7	77	29	17	25	27	1.98
31089288--31089340	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
31089583--31089635	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
31089989--31090488	158	3.2	157	72	8	442	24	29	26	19	1.98
31090462--31090514	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
31090839--31090891	26	2.0	26	89	7	81	30	22	20	26	1.98
31091334--31091389	26	2.2	26	87	6	78	32	19	19	28	1.97
31091359--31091804	159	2.8	156	75	6	387	23	31	26	17	1.97
31091828--31091887	27	2.3	27	86	8	81	26	18	26	28	1.98
31091675--31092229	184	3.0	184	82	1	662	24	29	26	20	1.99
31092054--31092617	158	3.6	157	77	5	512	24	29	27	18	1.98
31093240--31093703	158	2.9	158	80	4	533	22	31	28	18	1.97
31093714--31093766	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
31094447--31094499	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
31094472--31094973	159	3.2	157	75	10	405	24	29	27	18	1.98
31094947--31094999	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
31095352--31095749	159	2.5	157	77	5	399	25	29	27	17	1.97
31095824--31095876	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31096545--31096597	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
31097413--31097463	26	2.0	26	84	7	68	29	15	27	27	1.96
31097752--31098575	323	2.6	315	82	4	981	22	30	27	19	1.98
31097763--31098575	158	5.1	157	73	7	609	22	30	27	19	1.98
31098551--31098601	26	2.0	26	88	0	75	25	15	29	29	1.96
31098901--31098953	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
31098231--31099143	352	2.6	341	80	6	912	22	28	27	21	1.99
31100070--31100122	26	2.0	26	85	7	72	30	16	24	28	1.97
31100249--31100602	159	2.2	159	75	7	351	22	29	28	20	1.98
31100576--31100628	26	2.0	26	88	0	79	22	18	30	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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