genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.374.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  374  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34083017--34083429	157	2.6	155	72	9	350	19	26	29	24	1.99
34082688--34084042	609	2.2	607	85	3	1765	19	27	28	24	1.99
34083620--34084178	158	3.5	159	76	4	511	18	27	29	24	1.98
34084151--34084203	26	2.0	26	85	7	72	26	20	20	32	1.98
34084900--34085400	159	3.2	156	77	7	528	20	26	29	23	1.99
34085571--34085623	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
34086426--34086475	26	1.9	26	95	0	91	26	28	20	26	1.99
34086449--34086777	158	2.1	159	82	1	392	22	26	27	23	1.99
34086947--34087002	26	2.2	26	93	0	94	30	26	17	25	1.97
34088163--34088471	171	1.8	171	85	1	440	19	25	31	24	1.98
34088968--34089020	26	2.0	26	85	0	70	30	26	18	24	1.98
34090071--34090123	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
34090807--34090859	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
34090952--34090977	13	2.0	13	100	0	52	7	53	23	15	1.67
34091016--34091068	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
34091506--34091840	184	1.8	184	80	3	406	22	27	27	22	1.99
34091734--34091785	26	2.0	26	96	0	95	30	25	19	25	1.98
34092432--34092456	13	1.9	13	100	0	50	0	56	28	16	1.41
34093880--34093929	26	1.9	26	88	8	75	28	22	18	32	1.97
34093657--34094086	183	2.3	184	82	3	483	20	26	29	23	1.99
34094269--34094772	158	3.2	157	74	3	474	19	27	29	23	1.98
34096385--34096437	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34096411--34096900	159	3.1	157	75	5	443	19	25	29	25	1.99
34097604--34097655	25	2.0	26	81	3	61	25	21	23	30	1.99
34097844--34098134	159	1.8	159	79	1	341	21	28	27	21	1.99
34098564--34099066	159	3.2	155	72	8	444	20	26	29	24	1.99
34100998--34101076	26	3.0	26	90	0	122	30	27	16	25	1.97
34101107--34101394	159	1.8	157	79	9	334	19	28	30	21	1.97
34101367--34101418	26	2.0	25	85	3	68	26	26	19	26	1.99
34101024--34101735	342	2.1	343	82	1	874	20	27	29	22	1.98
34101532--34101896	159	2.3	159	77	7	373	21	24	28	25	1.99
34102591--34102643	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
34102617--34103046	159	2.7	158	75	5	393	21	27	29	22	1.99
34102617--34103109	158	3.1	158	75	4	492	20	27	28	22	1.99
34103495--34103547	26	2.0	26	89	7	81	32	26	16	24	1.97
34104406--34104905	158	3.2	156	75	6	454	19	27	30	23	1.98
34104879--34104931	26	2.0	26	92	7	90	30	22	16	30	1.96
34105076--34105125	26	1.9	26	87	0	73	24	30	18	28	1.97
34105236--34105530	160	1.8	160	85	2	414	20	25	31	23	1.98
34105736--34105788	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
34106201--34106674	158	3.0	157	76	5	479	19	26	28	25	1.99
34106799--34106851	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
34106821--34107326	159	3.2	156	76	6	461	21	25	28	25	1.99
34107302--34107352	26	2.0	26	92	0	84	35	21	11	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34113798--34113850	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
34114166--34114217	26	2.0	25	85	3	68	28	25	19	26	1.98
34114667--34114719	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
34115363--34115415	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
34115707--34115758	26	2.0	25	81	3	59	26	26	17	28	1.97
34115830--34116247	159	2.6	159	80	4	443	16	27	31	24	1.97
34116219--34116272	27	2.0	26	96	3	99	25	25	22	25	2.00
34117770--34117822	26	2.0	26	92	0	88	28	24	20	26	1.99
34117796--34118296	158	3.2	158	76	6	503	20	27	28	22	1.99
34118272--34118322	26	2.0	26	88	7	77	29	23	15	31	1.95
34120237--34120289	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
34120932--34120983	25	2.0	26	88	3	79	28	25	19	26	1.98
34121377--34121814	159	2.8	158	79	6	440	17	26	30	24	1.97
34122997--34123049	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
34123322--34123374	26	2.0	26	92	0	88	28	24	20	26	1.99
34123483--34123848	159	2.3	156	78	7	373	20	27	28	23	1.99
34123822--34123872	26	2.0	26	88	7	77	29	23	15	31	1.95
34124515--34124843	171	1.9	171	81	7	391	22	27	28	21	1.99
34124896--34124948	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
34125535--34125587	26	2.0	26	92	0	88	28	24	20	26	1.99
34125561--34125952	159	2.5	158	76	5	394	20	27	30	21	1.98
34126027--34126079	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34126408--34126460	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
34126473--34126937	159	2.9	158	78	3	432	18	26	29	24	1.98
34126473--34126934	158	2.9	158	78	3	480	18	26	29	24	1.98
34126909--34126961	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
34127998--34128050	25	2.1	26	89	3	81	20	15	47	16	1.83
34128135--34128187	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
34128504--34128555	26	2.0	26	92	0	86	28	28	15	26	1.96
34129004--34129056	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
34129760--34130094	159	2.1	157	79	6	361	21	27	28	22	1.99
34130069--34130121	26	2.0	26	85	7	72	28	24	20	26	1.99
34129910--34130281	185	2.0	185	84	2	478	21	26	28	23	1.99
34130896--34131397	256	2.0	256	82	1	621	19	27	30	22	1.98
34131424--34131476	26	2.0	26	88	0	79	26	20	20	32	1.98
34133023--34133075	26	2.0	26	85	0	70	26	24	18	30	1.98
34133049--34133343	158	1.9	158	81	4	362	22	28	29	20	1.98
34133056--34133390	158	2.1	158	79	4	354	22	27	28	22	1.99
34133851--34133903	26	2.0	26	85	7	72	33	24	13	28	1.93
34135552--34135968	159	2.6	159	79	3	473	19	28	28	23	1.98
34135465--34135966	158	3.2	158	76	6	505	20	27	28	22	1.99
34136805--34137549	341	2.2	342	85	1	974	19	27	28	24	1.99
34138403--34138455	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
34139284--34139336	26	2.0	26	85	0	70	26	26	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34139366--34139810	159	2.8	158	78	2	514	18	26	29	24	1.98
34139784--34139836	26	2.0	26	86	13	74	30	22	18	28	1.98
34140508--34140560	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
34141289--34141341	26	2.0	26	88	0	79	28	22	18	30	1.98
34141696--34142014	171	1.9	171	84	1	433	20	26	26	26	1.99
34143002--34143054	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
34142871--34143248	196	1.9	197	82	3	476	23	26	27	22	1.99
34143699--34143751	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
34144334--34144383	26	1.9	26	88	8	75	26	24	20	30	1.98
34145046--34145098	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
34145546--34145598	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
34145712--34146074	158	2.3	158	80	2	413	20	26	28	23	1.99
34145009--34146101	500	2.2	500	85	2	1408	20	26	28	24	1.99
34146047--34146099	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
34146766--34146816	26	2.0	26	88	7	77	31	27	13	27	1.94
34147619--34147671	26	2.0	26	82	7	63	33	22	13	30	1.92
34148243--34148294	26	2.0	26	85	7	70	25	26	21	26	1.99
34147829--34148612	344	2.3	339	80	3	845	19	27	28	24	1.99
34148744--34148796	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
34149125--34149176	26	2.0	26	85	3	70	30	26	17	25	1.97
34149626--34149678	26	2.0	26	89	7	81	26	22	18	32	1.97
34150156--34150522	159	2.3	159	79	5	395	18	25	30	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34150965--34151017	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
34152729--34153173	159	2.8	157	78	5	486	20	27	27	24	1.99
34153146--34153198	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
34153867--34153919	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
34154916--34154968	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
34155003--34155467	159	2.9	157	78	5	429	18	27	31	23	1.97
34156373--34156865	158	3.1	157	74	6	483	19	26	30	23	1.98
34158051--34158103	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
34158702--34158754	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
34158886--34158938	26	2.0	26	85	0	70	28	22	18	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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