genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.346.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  346  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31782009--31782063	27	2.1	26	83	10	67	27	18	21	32	1.96
31781600--31782553	342	2.8	340	78	6	955	20	27	27	24	1.99
31782301--31782944	355	1.8	355	83	0	847	19	27	29	22	1.98
31782708--31782760	26	2.0	26	85	0	70	24	24	24	26	2.00
31782794--31783378	159	3.7	159	72	7	473	18	28	29	23	1.98
31783809--31784256	159	2.8	160	76	9	434	18	26	30	24	1.98
31784123--31784478	194	1.8	196	85	4	513	21	25	26	26	1.99
31784425--31784476	26	2.0	26	88	7	79	26	23	17	32	1.96
31785138--31785187	26	2.0	26	88	4	75	26	32	16	26	1.96
31785641--31785692	26	2.0	25	96	3	95	26	23	21	28	1.99
31786021--31786419	159	2.5	159	76	8	400	21	25	29	23	1.99
31786535--31786586	27	1.9	27	92	0	86	26	28	17	26	1.97
31787794--31787843	26	1.9	26	87	0	73	28	28	20	24	1.99
31787794--31787849	26	2.2	26	83	0	67	30	25	21	23	1.99
31787823--31788324	158	3.2	158	78	7	516	19	28	30	21	1.98
31788298--31788350	26	2.0	26	88	0	79	24	22	20	32	1.98
31789011--31789063	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
31789037--31789537	158	3.2	157	77	9	498	19	27	30	22	1.98
31789511--31789563	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
31790234--31790286	26	2.0	26	88	0	79	24	24	20	30	1.99
31791497--31791549	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
31791556--31791597	21	2.0	21	100	0	84	14	19	47	19	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31791895--31791947	26	2.0	26	88	0	79	32	26	15	26	1.95
31791262--31791975	388	1.8	387	81	5	876	19	27	29	23	1.98
31792395--31792447	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
31792237--31792606	184	2.0	184	82	0	452	22	26	27	24	2.00
31792421--31792784	159	2.3	158	75	5	356	21	26	28	23	1.99
31792889--31792941	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
31793890--31794429	158	3.4	159	74	6	468	19	26	29	24	1.98
31794402--31794453	26	2.0	25	85	3	68	26	21	21	30	1.98
31795123--31795175	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
31795332--31795382	26	2.0	26	92	0	84	27	29	17	25	1.98
31797319--31797371	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
31797686--31797738	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
31797807--31798214	158	2.6	158	81	3	480	18	28	30	22	1.97
31798186--31798238	26	2.0	26	89	7	81	32	24	15	28	1.95
31798382--31798434	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
31799034--31799621	159	3.7	159	78	3	441	19	27	28	23	1.99
31798103--31799303	537	2.2	536	80	4	1339	21	26	27	24	1.99
31799594--31799646	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
31800969--31801021	26	2.0	26	81	0	61	28	28	16	26	1.97
31803073--31803125	26	2.0	26	92	0	88	28	28	16	26	1.97
31803943--31803994	26	2.0	26	85	7	70	30	25	17	26	1.97
31804138--31804190	26	2.0	26	88	0	79	30	24	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31803833--31804194	196	1.8	197	85	1	503	22	24	27	25	2.00
31805181--31805233	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
31805207--31805868	159	4.2	157	78	5	652	19	26	30	23	1.98
31805209--31805867	317	2.1	317	83	3	826	19	25	30	23	1.98
31806220--31806272	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
31806318--31807036	316	2.3	318	81	1	791	18	25	29	25	1.98
31807890--31807939	25	2.0	26	88	4	75	34	26	14	26	1.94
31807732--31808097	183	2.0	184	83	2	468	23	27	27	22	1.99
31808232--31808281	26	1.9	26	92	8	84	24	24	22	30	1.99
31809437--31809489	26	2.0	26	82	7	63	30	20	18	30	1.97
31809806--31809858	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
31810305--31810357	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
31810685--31810736	26	2.0	26	88	3	79	28	28	17	25	1.97
31810486--31811288	368	2.2	366	81	3	916	21	26	27	24	2.00
31810855--31812493	879	1.9	882	80	4	1950	21	25	28	24	1.99
31811957--31812459	159	3.2	158	75	11	420	20	26	29	23	1.99
31812433--31812485	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
31812629--31812681	26	2.0	26	88	0	79	30	26	15	28	1.96
31811909--31813860	698	2.8	684	79	6	2077	20	26	29	23	1.99
31813299--31813351	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
31813129--31813522	196	2.0	196	83	2	488	20	26	30	23	1.98
31812459--31813838	682	2.0	671	81	4	1590	20	27	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31814536--31814588	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
31814562--31815062	159	3.2	156	75	7	499	19	27	29	22	1.98
31815036--31815088	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
31814878--31815247	184	2.0	184	87	1	535	20	26	29	24	1.99
31815550--31815602	26	2.0	26	85	7	72	28	26	16	28	1.97
31814525--31815934	514	2.8	499	81	6	1499	20	27	28	23	1.99
31814525--31816101	514	3.1	497	79	7	1479	20	27	28	23	1.99
31817751--31817803	26	2.0	26	82	13	65	30	22	16	30	1.96
31817809--31818132	171	1.9	170	83	3	427	19	25	31	23	1.98
31818115--31818168	26	2.1	26	89	0	81	27	27	18	25	1.98
31818620--31818672	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
31819377--31819880	160	3.2	157	76	5	492	19	25	29	25	1.99
31821474--31821830	158	2.3	159	79	6	384	21	26	28	23	1.99
31823552--31823604	26	2.0	26	85	7	72	28	24	16	30	1.97
31833722--31834115	159	2.5	158	81	6	458	19	26	29	23	1.98
31834253--31834305	26	2.0	26	88	0	79	26	26	18	28	1.98
31833752--31834871	525	2.1	526	87	2	1613	20	27	29	22	1.98
31835985--31836037	26	2.0	26	82	7	63	26	18	22	32	1.97
31835727--31837052	355	3.8	344	77	8	1120	20	25	29	24	1.99
31836682--31836734	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
31837195--31837247	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
31838614--31838998	159	2.4	157	77	7	377	19	25	29	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31840006--31840058	26	2.0	26	88	0	79	26	24	22	26	2.00
31838930--31840588	355	4.8	355	78	6	942	20	26	28	23	1.99
31840349--31840401	26	2.0	26	85	7	72	26	24	18	30	1.98
31839280--31840588	698	1.9	695	79	4	1497	20	26	29	23	1.99
31841775--31841826	26	2.0	26	92	7	88	26	23	19	30	1.98
31842488--31842538	26	2.0	26	92	0	84	25	31	17	25	1.97
31843332--31843737	159	2.6	158	74	7	381	19	26	29	24	1.98
31843879--31844212	158	2.1	158	81	4	379	22	25	27	23	2.00
31845111--31845161	26	2.0	26	84	0	66	23	31	15	29	1.95
31845612--31845664	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
31845808--31845860	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
31846254--31846306	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
31846463--31846540	26	3.0	25	92	1	120	29	30	15	24	1.95
31846515--31846924	159	2.7	150	76	6	367	20	26	30	23	1.98
31847417--31847469	26	2.0	26	86	13	74	30	26	16	26	1.97
31848301--31848353	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
31848549--31848860	157	2.0	159	82	5	391	21	25	29	24	1.99
31848985--31849063	26	3.0	26	90	0	131	27	30	17	24	1.97
31850073--31850416	159	2.2	157	79	9	385	20	29	29	20	1.98
31851084--31851136	26	2.0	26	81	0	61	28	24	18	28	1.98
31851268--31851320	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
31851648--31851698	26	2.0	26	92	0	84	23	27	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31851831--31851883	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
31851989--31852041	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
31851795--31852098	158	1.9	158	87	0	446	25	24	29	21	1.99
31852173--31852224	26	2.0	26	88	0	77	25	23	19	32	1.97
31851625--31852245	342	1.8	341	83	2	834	23	25	26	24	2.00
31851969--31852382	184	2.3	181	80	6	458	20	25	28	25	1.99
31852199--31852690	159	3.1	156	78	7	521	18	27	31	22	1.97
31852673--31852725	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
31853452--31853921	159	3.0	158	80	5	461	18	25	31	24	1.98
31853716--31854119	159	2.5	158	80	2	441	21	26	30	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402