genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.228.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  228  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23122073--23123189	158	7.1	157	73	8	608	22	30	27	19	1.98
23123165--23123214	26	2.0	26	84	11	68	30	16	28	26	1.96
23128029--23128081	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
23128156--23128547	159	2.5	159	75	4	389	19	27	28	25	1.99
23128055--23128556	158	3.2	155	72	7	436	20	27	28	23	1.99
23128530--23128599	26	2.7	26	100	0	140	25	24	17	32	1.96
23128937--23128988	26	2.0	26	85	3	70	30	28	15	25	1.96
23129018--23129938	317	2.9	316	76	5	880	20	25	29	24	1.99
23128962--23130436	158	9.2	158	70	11	545	20	26	29	23	1.99
23129752--23130122	184	2.0	184	81	4	435	22	26	28	22	1.99
23129564--23130647	499	2.2	501	81	5	1251	20	27	29	23	1.98
23130255--23130621	184	2.0	181	81	2	430	20	27	28	23	1.99
23130644--23130676	12	2.8	12	95	0	57	36	18	36	9	1.82
23130777--23130829	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
23130887--23131323	157	2.8	155	75	5	419	17	26	30	25	1.97
23130748--23131987	685	1.8	685	82	3	1627	18	26	30	23	1.98
23131962--23132014	26	2.0	26	86	13	74	28	22	16	32	1.96
23133031--23133391	181	2.0	179	83	3	456	20	27	28	24	1.99
23133550--23133602	26	2.0	26	92	0	88	33	28	15	22	1.94
23133577--23134076	159	3.2	156	73	9	361	18	26	29	25	1.98
23134050--23134102	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
23134690--23134742	26	2.0	26	89	7	81	28	20	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23134886--23134938	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
23134912--23135412	158	3.2	158	76	6	406	20	28	28	22	1.98
23136036--23136612	158	3.6	159	77	6	508	19	27	28	24	1.98
23136083--23136601	158	3.3	155	78	6	549	19	26	29	24	1.98
23136036--23136611	317	1.8	317	85	3	809	19	27	28	24	1.98
23136519--23136978	184	2.5	184	83	2	593	20	26	26	25	1.99
23136768--23136819	26	2.0	26	92	0	86	28	28	17	25	1.97
23137109--23137161	26	2.0	26	96	0	97	24	20	20	33	1.97
23137304--23137358	26	2.1	26	89	0	83	30	29	16	23	1.96
23137592--23137644	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
23138004--23138486	158	3.1	158	75	9	455	19	26	30	24	1.98
23139354--23139406	26	2.0	26	92	0	88	32	24	15	28	1.95
23140179--23140986	158	5.0	155	74	10	536	20	25	29	23	1.99
23140187--23140797	317	1.9	316	81	2	733	19	25	30	24	1.98
23140951--23141010	26	2.4	26	86	5	79	33	26	13	26	1.93
23141013--23141322	159	1.9	159	86	1	442	18	27	30	22	1.97
23142458--23142891	196	2.2	197	84	4	556	22	22	28	26	1.99
23143048--23143100	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
23143212--23143578	159	2.3	160	77	6	379	19	23	31	25	1.98
23143904--23143956	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
23143295--23144116	354	2.3	354	79	4	859	20	24	29	25	1.99
23148331--23148361	14	2.2	14	100	0	62	16	41	19	22	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23154126--23154178	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
23154152--23154673	159	3.3	158	76	5	509	21	27	28	22	1.99
23154564--23154924	170	2.1	170	82	6	428	18	27	30	23	1.98
23154981--23155032	26	2.0	26	88	0	77	30	28	15	25	1.96
23155151--23155968	159	5.2	159	76	5	534	19	24	30	25	1.98
23155286--23155960	317	2.1	318	79	3	725	19	24	30	25	1.98
23156457--23156509	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
23156690--23156722	12	2.8	12	95	0	57	36	18	36	9	1.82
23156823--23156875	26	2.0	26	88	0	79	26	26	18	28	1.98
23156849--23157347	157	3.2	157	74	6	481	19	27	29	23	1.98
23157612--23158035	159	2.7	159	77	3	388	17	29	29	23	1.97
23158007--23158059	26	2.0	26	85	7	72	26	22	18	32	1.97
23159420--23159472	26	2.0	26	88	0	79	32	28	16	22	1.96
23159920--23159972	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
23160559--23160618	26	2.4	26	83	10	81	28	21	23	26	1.99
23160755--23160807	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
23160781--23161281	158	3.2	158	72	10	423	21	27	27	23	1.99
23161950--23162478	158	3.3	159	79	2	573	20	26	29	24	1.99
23162388--23162846	184	2.5	183	84	1	567	20	26	27	25	1.99
23162977--23163029	26	2.0	26	96	0	97	24	20	20	33	1.97
23163459--23163511	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
23165220--23165272	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23166309--23166701	159	2.5	157	82	4	409	19	25	31	23	1.98
23166147--23166707	158	3.5	159	77	6	460	20	25	30	23	1.99
23168529--23168580	26	2.0	25	88	3	77	28	21	19	30	1.97
23168875--23168927	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
23168897--23169294	159	2.5	157	75	5	381	22	24	30	22	1.99
23169730--23169782	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
23170435--23170487	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
23174668--23175095	159	2.7	158	79	3	448	17	28	29	24	1.97
23175071--23175121	26	2.0	26	88	7	77	29	19	19	31	1.97
23175512--23175975	159	2.9	158	76	6	373	18	28	30	22	1.98
23175480--23175974	158	3.1	157	76	6	482	19	28	29	22	1.98
23175948--23176000	26	2.0	26	89	7	81	32	24	15	28	1.95
23175838--23176197	196	1.8	196	84	2	499	20	27	28	23	1.99
23176144--23176196	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
23177372--23177861	159	3.1	159	79	3	495	19	28	30	21	1.97
23177868--23178367	157	3.2	157	76	5	499	20	28	29	22	1.98
23178341--23178393	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
23178755--23179063	159	1.9	158	86	3	433	16	26	32	24	1.96
23179038--23179090	26	2.0	26	85	7	72	30	20	16	32	1.95
23180060--23180116	21	2.7	21	91	0	96	22	17	50	8	1.73
23181035--23181087	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
23181763--23181815	26	2.0	26	85	0	70	26	22	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23182108--23182159	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
23182133--23182503	171	2.2	172	81	6	416	20	24	30	23	1.99
23182475--23182527	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
23183198--23183249	26	2.0	26	88	0	77	25	26	21	26	1.99
23183541--23183593	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
23183736--23183788	26	2.0	26	89	7	81	24	22	22	30	1.99
23184804--23184856	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
23185001--23185053	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
23188903--23189278	159	2.4	159	79	5	413	19	29	28	22	1.98
23189254--23189305	27	1.9	27	92	7	88	28	23	19	28	1.98
23189094--23189648	184	3.0	180	82	6	639	21	28	28	22	1.99
23189439--23189489	26	2.0	26	84	7	68	31	25	15	27	1.96
23189463--23189964	158	3.2	157	76	8	502	19	27	29	23	1.98
23189938--23190016	26	3.0	25	90	7	122	29	24	18	27	1.98
23190759--23191286	159	3.3	157	77	8	516	21	26	28	24	1.99
23191260--23191312	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
23191424--23191986	171	3.4	167	71	13	476	20	26	28	25	1.99
23191383--23192013	330	1.9	330	85	2	883	20	26	27	25	1.99
23191959--23192011	26	2.0	26	89	7	81	26	20	22	30	1.98
23192614--23192667	26	2.1	26	92	0	90	27	29	18	24	1.98
23192647--23193498	158	5.3	158	70	11	489	21	27	28	22	1.99
23193623--23193674	26	2.0	26	88	0	77	34	30	13	21	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23193771--23194152	159	2.4	160	78	5	416	20	27	29	23	1.98
23194124--23194176	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
23194880--23195361	159	3.0	157	74	6	454	18	26	31	23	1.98
23195185--23195741	184	3.0	182	82	7	584	21	26	27	24	1.99
23195519--23195571	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
23195898--23195947	26	1.9	26	95	0	91	24	30	20	26	1.98
23195924--23196414	157	3.1	156	75	5	477	18	25	31	25	1.98
23197117--23197169	26	2.0	26	92	0	88	30	28	15	26	1.96
23197778--23198473	316	2.2	317	80	5	765	19	25	29	24	1.99
23198446--23198498	26	2.0	26	100	0	106	26	22	20	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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