genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.303.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  303  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28609538--28610060	158	3.3	157	79	5	534	23	30	27	18	1.98
28609538--28610199	159	4.2	158	78	5	548	23	29	27	19	1.98
28609813--28610143	158	2.1	157	82	3	387	24	31	25	19	1.98
28610535--28611039	158	3.2	158	78	8	567	22	29	27	20	1.98
28611013--28611065	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
28619335--28619387	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
28619884--28620674	159	5.0	158	76	7	690	23	30	27	18	1.98
28619907--28620674	317	2.4	316	83	4	942	23	30	27	18	1.98
28620710--28620760	26	2.0	26	88	7	77	25	17	27	29	1.98
28621214--28621263	26	1.9	26	91	0	82	28	20	28	24	1.99
28621925--28621977	26	2.0	26	82	7	63	30	20	24	24	1.99
28622109--28622161	26	2.0	26	85	0	70	28	20	22	28	1.99
28622477--28622529	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
28622318--28622688	184	2.0	185	82	4	446	23	27	26	21	1.99
28622512--28623005	159	3.1	158	76	7	491	23	31	26	19	1.98
28622979--28623031	26	2.0	26	88	0	79	24	20	26	28	1.99
28623004--28623371	171	2.2	170	84	2	468	22	28	27	20	1.99
28623347--28623423	26	3.0	26	92	3	129	29	14	24	31	1.94
28624345--28624397	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
28625413--28625465	26	2.0	26	88	0	79	24	20	28	26	1.99
28625609--28625661	26	2.0	26	85	7	72	30	20	22	26	1.98
28626156--28626676	159	3.3	157	79	5	566	23	31	26	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28627329--28627381	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
28627661--28627721	26	2.3	26	88	0	104	21	18	31	29	1.96
28627878--28627930	26	2.0	26	85	7	72	26	22	26	24	2.00
28628060--28628112	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
28627513--28628340	390	2.1	390	85	2	1099	24	28	25	20	1.99
28628965--28629385	185	2.3	183	83	2	522	25	26	26	21	1.99
28630030--28630082	26	2.0	26	89	7	81	32	18	20	28	1.97
28630375--28630425	26	2.0	26	92	0	84	25	15	29	29	1.96
28630584--28630639	26	2.2	26	83	6	69	28	23	16	32	1.96
28631086--28631138	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
28631809--28631861	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
28637097--28637149	26	2.0	26	92	0	88	26	13	28	32	1.93
28637291--28637792	158	3.2	156	75	7	467	23	29	25	21	1.99
28638518--28638570	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
28637962--28638607	189	3.3	194	81	6	740	25	27	25	21	1.99
28637962--28638741	196	4.0	196	78	5	747	24	28	25	21	1.99
28639753--28639805	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
28640511--28641003	158	3.1	157	70	9	390	23	30	26	19	1.98
28641696--28641748	26	2.0	26	85	7	72	28	18	22	30	1.98
28641888--28642104	117	1.9	117	80	3	258	28	23	29	18	1.97
28641721--28642262	275	2.0	274	88	1	798	25	26	27	20	1.99
28641994--28642441	159	2.8	158	77	5	413	24	28	27	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28642312--28642927	184	3.3	186	77	9	572	23	26	26	23	2.00
28643585--28643636	26	2.0	26	88	7	79	30	19	23	26	1.98
28643609--28644075	159	2.9	158	73	7	415	24	30	27	17	1.97
28644085--28644136	25	2.0	26	96	3	97	28	21	23	26	1.99
28644477--28644833	157	2.3	157	79	5	371	23	28	26	20	1.99
28644950--28645000	26	2.0	25	88	7	77	27	19	25	27	1.99
28645670--28645722	26	2.0	26	85	7	72	33	20	20	24	1.97
28645696--28646126	159	2.7	157	76	6	422	25	30	26	17	1.97
28646160--28646211	26	2.0	26	84	0	68	26	19	26	26	1.99
28646136--28646501	196	1.9	196	84	1	500	24	27	26	21	1.99
28646380--28646744	158	2.3	158	81	4	421	24	29	26	20	1.99
28646806--28646858	26	2.0	26	85	0	70	22	16	30	30	1.96
28647002--28647054	26	2.0	26	85	0	70	26	20	26	26	1.99
28646778--28647359	197	3.0	196	84	1	736	21	28	27	21	1.99
28647224--28647606	159	2.4	159	78	3	412	24	31	26	18	1.97
28648359--28648411	26	2.0	26	85	0	70	30	20	20	28	1.98
28648553--28648850	159	1.9	159	80	2	348	26	27	25	19	1.99
28648860--28649039	96	1.9	96	82	0	225	27	24	28	18	1.98
28649115--28649167	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
28649811--28649863	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
28650905--28650957	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
28651139--28651508	158	2.3	159	78	6	394	25	28	25	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28651139--28651554	159	2.6	158	78	4	446	25	28	26	18	1.98
28651614--28651666	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
28651982--28652034	26	2.0	26	92	0	88	22	20	28	28	1.99
28652484--28652562	26	3.0	26	94	0	131	25	20	25	29	1.99
28653223--28653275	26	2.0	26	82	13	65	32	16	22	28	1.96
28653248--28653591	158	2.2	158	79	7	360	24	29	26	19	1.99
28653565--28653617	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
28653591--28654336	159	4.6	157	76	7	581	25	30	25	19	1.98
28653761--28654336	316	1.8	316	81	5	714	26	30	25	18	1.98
28655164--28655216	26	2.0	26	89	7	81	28	16	26	28	1.97
28655358--28655413	26	2.2	26	87	6	78	30	17	21	30	1.96
28655384--28655886	159	3.2	156	71	10	403	25	29	24	20	1.99
28656236--28656288	26	2.0	26	82	13	65	30	16	24	28	1.97
28656261--28656724	160	2.9	158	77	4	378	22	29	28	19	1.98
28656262--28656764	158	3.2	156	75	5	472	22	28	28	20	1.99
28657461--28657513	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
28657486--28657932	159	2.8	157	78	3	484	23	32	26	17	1.97
28657962--28658014	26	2.0	26	85	0	70	22	20	28	28	1.99
28658717--28659321	159	3.8	157	73	9	458	24	29	26	20	1.99
28659364--28659416	26	2.0	26	82	7	63	28	15	26	30	1.96
28659744--28659796	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
28659769--28660269	159	3.2	159	76	8	436	21	28	27	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28660084--28660457	188	2.0	184	82	2	442	23	27	26	22	2.00
28659703--28660819	505	2.2	498	81	4	1298	22	28	26	21	1.99
28660268--28660702	159	2.7	160	77	7	425	23	29	27	18	1.98
28660748--28660800	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
28660840--28660864	13	1.9	13	100	0	50	24	28	48	0	1.52
28661305--28661357	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
28661806--28661857	26	2.0	26	92	0	86	25	17	28	28	1.97
28662311--28662363	26	2.0	26	92	7	90	28	20	26	24	1.99
28662608--28662657	26	2.0	25	96	4	91	30	16	24	30	1.96
28662973--28663024	25	2.0	26	92	3	88	25	17	28	28	1.97
28662789--28663271	208	2.3	208	81	3	553	24	27	25	22	2.00
28664700--28664752	26	2.0	26	85	7	72	30	20	20	28	1.98
28664887--28664937	26	2.0	26	92	0	84	25	13	29	31	1.94
28671293--28671345	26	2.0	26	89	7	81	26	22	26	24	2.00
28671318--28671870	159	3.4	159	76	7	510	23	30	27	18	1.98
28671781--28672080	160	1.9	161	80	4	356	24	29	27	18	1.98
28673446--28673498	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
28673344--28673708	197	1.9	196	84	4	493	22	28	26	22	1.99
28673344--28673800	197	2.3	195	79	7	492	22	29	27	20	1.98
28673668--28674033	159	2.3	159	78	5	364	24	30	25	19	1.98
28674130--28674182	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
28674803--28674855	26	2.0	26	85	0	70	30	20	20	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28674828--28675389	158	3.5	159	75	6	469	25	27	26	19	1.99
28675558--28675616	26	2.3	26	90	0	91	25	20	27	27	1.99
28675398--28675964	196	3.0	184	76	10	525	25	27	24	22	1.99
28675754--28675806	26	2.0	26	89	7	81	30	22	20	26	1.98
28675779--28676280	159	3.2	158	78	7	487	23	29	27	19	1.98
28676256--28676306	26	2.0	26	96	0	93	25	21	25	27	1.99
28677325--28677377	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
28678035--28678087	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
28678403--28678455	26	2.0	26	92	0	88	22	20	28	28	1.99
28678904--28678982	26	3.0	26	94	0	131	22	18	27	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402