genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.198.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  198  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20894489--20894822	158	2.1	158	79	1	355	21	25	28	24	1.99
20894009--20895406	551	2.5	551	81	3	1623	21	26	27	24	1.99
20895356--20895407	25	2.0	26	89	10	81	26	23	21	28	1.99
20896263--20896315	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
20895497--20897160	513	3.2	518	79	7	1607	19	26	29	23	1.98
20896848--20897154	159	1.9	158	86	2	427	16	27	33	23	1.96
20898594--20898646	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
20899297--20899349	26	2.0	26	85	7	72	28	18	22	30	1.98
20899827--20900206	159	2.4	159	79	3	406	20	26	29	23	1.99
20900179--20900231	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
20900391--20900441	26	2.0	26	92	0	84	29	27	17	25	1.98
20901291--20901343	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
20902157--20902207	26	2.0	24	85	7	66	25	23	21	29	1.99
20902307--20902835	158	3.3	159	76	7	471	18	27	31	23	1.97
20902927--20902979	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
20903366--20903830	159	2.9	158	76	6	427	19	28	30	21	1.97
20903348--20903828	158	3.0	156	76	5	473	19	27	30	22	1.98
20903803--20903854	26	2.0	26	88	7	79	26	23	19	30	1.98
20903644--20904407	184	4.0	184	78	10	755	20	28	28	22	1.99
20903986--20904038	26	2.0	26	89	7	81	26	26	18	28	1.98
20904195--20904247	26	2.0	26	85	7	72	32	26	18	22	1.97
20904262--20904566	159	1.9	158	88	0	457	15	27	33	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20904539--20904591	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
20904691--20904725	18	1.9	18	100	0	70	11	17	45	25	1.81
20905278--20905330	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
20905304--20905797	159	3.1	157	77	6	478	18	25	31	24	1.97
20906159--20906217	25	2.4	26	77	8	70	25	23	22	28	1.99
20906354--20906406	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
20913004--20913476	158	3.0	157	79	5	513	18	27	31	21	1.97
20913949--20914318	159	2.3	158	76	3	359	19	28	29	22	1.98
20914292--20914344	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
20912914--20915172	844	2.7	841	81	6	2518	20	26	29	23	1.98
20914647--20914699	26	2.0	26	85	0	70	28	26	16	28	1.97
20914791--20916013	158	7.4	156	70	15	560	18	27	30	22	1.97
20914673--20915171	157	3.2	154	73	8	416	19	26	30	23	1.98
20914318--20916614	670	3.4	670	84	2	2747	19	26	30	22	1.98
20915986--20916038	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
20917826--20917878	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
20918326--20918378	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
20918457--20918761	158	1.9	159	84	5	413	19	27	30	22	1.98
20920266--20920317	26	2.0	26	88	7	79	26	23	19	30	1.98
20920447--20920499	26	2.0	26	89	7	81	26	24	18	30	1.98
20920655--20920707	26	2.0	26	82	7	63	32	24	18	24	1.97
20921751--20921803	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20922827--20922879	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
20929484--20929953	158	3.0	158	81	3	568	17	27	32	22	1.96
20930770--20930820	25	2.0	25	85	7	68	27	21	19	31	1.97
20931122--20931174	26	2.0	26	82	7	63	30	22	16	30	1.96
20931288--20931684	159	2.5	158	76	5	397	20	26	29	23	1.99
20931796--20931847	26	2.0	26	88	7	79	28	26	17	26	1.97
20931961--20932967	158	6.3	158	70	10	393	19	26	29	24	1.99
20931821--20933345	316	4.8	314	74	8	1086	20	26	29	22	1.98
20932443--20932956	158	3.3	156	74	6	478	19	27	28	23	1.99
20931145--20933376	645	3.4	644	78	6	2198	20	26	29	23	1.98
20933555--20933606	26	2.0	26	85	7	70	28	26	17	26	1.97
20934278--20934330	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
20934304--20934805	158	3.2	156	75	9	442	19	28	29	21	1.98
20934779--20934831	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
20935467--20935519	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
20934403--20935723	688	1.9	672	83	5	1688	19	26	30	23	1.98
20936161--20936521	158	2.3	158	80	2	393	20	24	27	26	1.99
20936495--20936547	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
20936871--20936923	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
20937372--20937424	26	2.0	26	89	7	81	26	24	18	30	1.98
20938094--20938146	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
20938205--20938646	170	2.6	169	79	6	428	18	27	29	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20938685--20939028	159	2.2	158	77	3	352	18	24	31	25	1.97
20939078--20939130	26	2.0	26	92	0	88	28	24	16	30	1.97
20940021--20940657	343	1.9	343	84	2	859	18	26	30	24	1.98
20940747--20940799	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
20941441--20941493	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
20947985--20948034	26	1.9	26	91	0	82	26	30	18	26	1.98
20948011--20948514	158	3.2	158	77	5	482	18	28	29	22	1.98
20949207--20949259	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
20949233--20949735	158	3.2	158	79	4	512	18	26	31	23	1.97
20949707--20949759	26	2.0	26	85	7	72	32	22	15	30	1.94
20950574--20950626	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
20951978--20952030	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
20952481--20952530	26	1.9	26	95	0	91	24	28	22	26	1.99
20953369--20953422	26	2.1	26	89	0	81	27	27	20	24	1.99
20953712--20953764	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
20954432--20954484	26	2.0	26	85	0	70	30	22	18	28	1.98
20956019--20956071	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
20956362--20956414	26	2.0	26	88	0	79	24	22	20	32	1.98
20956817--20956875	26	2.2	27	78	3	66	55	8	11	23	1.63
20957256--20957305	26	1.9	26	87	0	73	26	28	22	24	1.99
20957762--20957814	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
20957855--20958298	157	2.8	155	80	4	455	19	27	30	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20960386--20960974	159	3.7	158	76	8	552	18	27	30	23	1.98
20961337--20961389	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
20961687--20961738	26	2.0	25	85	10	70	26	28	17	26	1.97
20961713--20962213	158	3.2	157	74	7	406	19	28	28	22	1.98
20962187--20962239	26	2.0	26	89	7	81	28	24	20	26	1.99
20962910--20962962	26	2.0	26	89	7	81	26	28	20	24	1.99
20962936--20963303	159	2.3	158	77	6	395	17	26	32	23	1.97
20963765--20963814	26	1.9	26	91	0	82	26	30	18	26	1.98
20964111--20964160	26	1.9	26	95	0	91	24	28	20	28	1.99
20963751--20964477	343	2.1	343	83	2	886	19	26	29	24	1.98
20964609--20964661	26	2.0	26	85	7	72	26	22	20	30	1.98
20965501--20965553	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
20965600--20966381	158	4.9	159	75	7	449	17	26	31	24	1.97
20965527--20966189	158	4.2	158	77	6	477	17	26	31	24	1.97
20966133--20966527	168	2.3	171	80	4	433	20	24	31	23	1.98
20973129--20973430	159	1.9	159	84	2	401	22	27	26	23	2.00
20973520--20973570	26	2.0	26	88	7	77	29	19	15	35	1.93
20974069--20974121	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
20974817--20975316	158	3.2	159	79	3	542	20	28	29	22	1.99
20975134--20975473	184	1.8	184	85	1	484	19	28	28	22	1.98
20976003--20976055	26	2.0	26	85	7	72	30	22	18	28	1.98
20976289--20977081	355	2.3	348	80	7	885	20	28	27	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20977222--20977274	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
20978484--20978536	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
20979196--20979248	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
20979222--20979555	158	2.1	158	84	3	431	22	26	27	23	1.99
20980053--20980105	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
20980448--20980500	26	2.0	26	96	0	97	26	24	22	26	2.00
20981050--20981348	158	1.9	157	85	0	418	18	29	29	21	1.97
20980430--20981785	526	2.6	508	80	5	1400	20	26	29	23	1.99
20982379--20982725	158	2.2	156	82	3	426	19	28	31	20	1.97
20982839--20982894	26	2.2	26	90	0	85	26	28	17	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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