genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.225.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  225  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22921503--22921866	158	2.3	159	80	6	416	19	26	29	24	1.98
22921838--22921890	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
22928657--22929262	159	3.8	159	76	6	532	18	28	29	23	1.98
22928869--22929263	158	2.5	158	74	8	240	18	27	28	25	1.98
22929431--22929483	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
22929628--22929679	26	2.0	26	96	0	95	30	28	15	25	1.96
22929391--22929764	197	1.9	197	83	1	480	21	28	25	23	1.99
22929654--22930157	158	3.2	158	76	8	380	20	25	29	24	1.99
22930325--22930377	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
22936250--22936302	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
22936276--22936660	159	2.4	157	81	3	441	20	26	30	23	1.98
22936648--22936672	12	2.1	12	100	0	50	36	24	32	8	1.84
22936777--22936829	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
22937090--22937142	26	2.0	26	85	0	70	26	26	18	28	1.98
22937309--22937617	158	1.9	159	80	1	352	19	27	29	23	1.98
22937006--22937955	497	1.9	497	81	2	1118	19	28	29	23	1.98
22937591--22937643	26	2.0	26	92	0	88	24	24	20	30	1.99
22937929--22937981	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
22938433--22938483	26	2.0	26	92	0	84	29	27	15	27	1.96
22938824--22938876	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
22941162--22941600	159	2.8	156	79	4	450	18	26	30	24	1.98
22941741--22942114	158	2.4	158	83	3	448	18	26	29	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22941154--22942343	514	2.3	512	82	3	1408	19	26	30	23	1.98
22941662--22942114	159	2.9	158	79	3	498	18	27	30	22	1.98
22943537--22943589	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
22944050--22944102	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
22944433--22944483	26	2.0	26	100	0	102	27	25	19	27	1.99
22944457--22944957	158	3.2	158	78	5	483	20	27	29	22	1.98
22947398--22947476	26	3.0	26	87	3	106	25	22	20	31	1.98
22947716--22947794	26	3.0	26	87	3	106	25	22	20	31	1.98
22947322--22947936	318	1.9	318	98	0	1185	17	27	27	26	1.98
22947843--22948271	159	2.7	159	80	4	490	18	28	29	22	1.98
22947768--22948269	158	3.2	160	79	5	572	19	27	30	22	1.98
22948243--22948295	26	2.0	26	85	7	72	28	20	18	32	1.97
22948447--22948508	26	2.4	26	91	0	97	24	24	16	35	1.95
22948447--22948517	26	2.7	26	78	4	81	25	22	18	33	1.96
22949004--22949056	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
22949200--22949278	26	3.0	26	90	3	124	26	24	18	30	1.98
22949952--22950002	26	2.0	26	96	0	93	31	25	15	27	1.96
22949978--22950354	159	2.4	158	78	5	429	22	27	28	21	1.99
22950455--22950507	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
22952021--22952073	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
22952850--22952902	26	2.0	26	89	7	81	24	26	20	28	1.99
22952876--22955155	159	14.1	158	70	11	675	19	27	30	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22953015--22953609	302	2.0	302	86	2	827	19	28	30	22	1.98
22954005--22954055	26	2.0	26	92	0	84	27	29	17	25	1.98
22953369--22954374	352	2.9	339	78	6	1002	19	27	29	23	1.98
22954031--22955155	158	7.1	159	74	5	918	19	27	30	22	1.98
22954031--22955163	317	3.6	314	83	4	1364	19	27	30	22	1.98
22955475--22955527	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
22956053--22956106	26	2.1	26	89	0	81	25	27	18	27	1.98
22956455--22956507	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
22957203--22958009	317	2.5	316	84	3	1000	18	26	31	23	1.98
22957203--22959023	158	11.2	157	68	10	742	19	26	30	23	1.98
22957837--22958193	184	1.9	184	84	1	473	20	26	29	23	1.99
22957520--22959241	501	3.4	499	82	4	1912	19	26	30	23	1.98
22958496--22958548	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
22958338--22958707	184	2.0	184	81	4	433	20	25	28	24	1.99
22958997--22959049	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
22959380--22959429	26	1.9	26	91	0	82	26	26	22	26	2.00
22959881--22959930	26	1.9	26	88	8	75	26	24	22	28	1.99
22966501--22966553	26	2.0	26	85	7	72	32	28	15	24	1.95
22966983--22967035	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
22967357--22967409	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
22967419--22970369	158	18.0	159	66	12	752	19	27	29	23	1.98
22967419--22968246	317	2.6	317	78	3	880	19	26	30	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22968331--22968383	26	2.0	26	85	7	72	28	24	20	26	1.99
22968666--22969026	178	2.0	180	83	6	457	20	27	27	23	1.99
22969170--22969222	26	2.0	26	88	0	79	24	28	20	26	1.99
22968847--22970368	671	2.3	669	81	3	1794	19	26	30	23	1.98
22970341--22970392	26	2.0	25	92	3	86	26	23	19	30	1.98
22971063--22971114	26	2.0	26	96	0	95	26	28	19	25	1.98
22971939--22971991	26	2.0	26	92	0	88	33	28	15	22	1.94
22971719--22972543	354	2.3	354	78	6	870	19	26	30	23	1.98
22972793--22972844	26	2.0	25	92	3	86	26	23	19	30	1.98
22973516--22973567	26	2.0	26	96	0	95	26	28	19	25	1.98
22974392--22974444	26	2.0	26	85	0	70	32	28	15	24	1.95
22974415--22974832	159	2.6	157	75	11	386	18	25	32	23	1.97
22974892--22974944	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
22975615--22975666	26	2.0	26	96	0	95	26	28	19	25	1.98
22976491--22976543	26	2.0	26	85	0	70	32	28	15	24	1.95
22976514--22977017	159	3.2	157	75	10	377	18	26	30	24	1.98
22976991--22977043	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
22977629--22977680	26	2.0	25	89	10	79	28	21	21	28	1.98
22977824--22977876	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
22977850--22978350	158	3.2	158	77	6	476	18	28	29	23	1.98
22978972--22979537	158	3.6	157	77	2	560	18	27	29	24	1.98
22979520--22979571	26	2.0	26	88	7	79	32	25	9	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22979369--22979914	184	3.0	181	79	4	567	21	26	26	24	1.99
22980045--22980097	26	2.0	26	96	0	97	24	20	20	33	1.97
22980240--22980294	26	2.1	26	89	0	83	30	29	16	23	1.96
22980527--22980579	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
22981783--22981834	26	2.0	26	85	3	70	28	28	19	23	1.98
22982288--22982365	26	3.0	26	96	0	138	29	28	16	25	1.97
22983096--22983549	159	2.9	158	78	4	484	19	28	31	21	1.97
22983364--22983764	184	2.2	184	85	3	522	21	25	28	23	1.99
22983706--22983758	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
22984085--22984137	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
22984706--22984730	11	2.3	11	100	0	50	20	28	32	20	1.97
22985316--22985368	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
22986162--22986641	159	3.0	157	73	4	453	19	27	30	22	1.98
22986615--22986667	26	2.0	26	96	0	97	28	22	18	30	1.98
22987650--22987958	171	1.9	161	81	8	370	18	24	32	24	1.97
22987708--22988018	171	1.8	171	85	2	437	18	25	31	24	1.98
22987991--22988043	26	2.0	26	88	0	79	26	26	22	24	2.00
22988052--22988360	159	1.9	158	80	1	359	18	29	31	20	1.97
22989217--22989269	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
22989251--22989662	159	2.6	159	76	6	408	20	28	29	21	1.98
22990236--22990288	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
22990594--22990643	26	1.9	26	87	0	73	30	26	14	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22991092--22991144	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
22991799--22991851	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
22991470--22992431	368	2.6	350	75	10	877	21	26	29	23	1.99
22992206--22992705	159	3.2	155	75	9	476	18	26	30	24	1.98
22992792--22993297	159	3.2	158	82	2	570	17	28	30	22	1.97
22993162--22993525	158	2.3	158	81	2	401	20	26	27	25	1.99
22993927--22993955	3	10.0	3	92	7	51	31	0	0	68	0.89
22993963--22994073	4	27.8	4	72	18	56	27	0	3	67	1.13
22994009--22994072	14	4.5	15	76	23	50	29	0	1	68	0.99
22994023--22994064	11	3.8	11	87	6	50	28	0	0	71	0.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402