genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  66  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11121411--11121462	26	2.0	26	92	7	88	28	21	23	26	1.99
11121922--11121976	26	2.1	26	86	6	76	32	16	21	29	1.95
11122100--11122449	159	2.2	157	79	4	380	20	30	28	20	1.98
11122423--11122475	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
11123617--11123669	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
11124484--11124536	26	2.0	26	88	0	79	26	18	28	26	1.98
11125214--11125264	26	2.0	26	88	7	77	31	17	21	29	1.96
11125398--11125450	26	2.0	26	88	0	79	24	20	26	28	1.99
11125182--11125523	184	1.9	184	83	2	454	23	27	27	21	1.99
11126475--11127128	355	1.8	355	82	5	838	23	28	27	20	1.99
11127336--11127388	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
11126825--11128121	696	1.9	693	82	3	1527	23	28	26	21	1.99
11128898--11128950	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
11129432--11129484	26	2.0	26	89	7	81	30	22	22	24	1.99
11129627--11130128	158	3.2	157	76	5	393	21	29	28	20	1.98
11130103--11130154	26	2.0	26	85	3	70	25	19	28	26	1.98
11130470--11130520	26	2.0	26	92	7	86	29	17	21	31	1.96
11135810--11136449	355	1.8	355	82	2	838	25	26	25	22	2.00
11136191--11136642	159	2.9	158	76	5	428	23	30	27	19	1.98
11136667--11136719	26	2.0	26	92	7	90	30	13	22	33	1.92
11136831--11137483	158	4.1	156	72	7	469	22	30	26	21	1.99
11136871--11137474	316	1.9	317	82	5	765	22	29	26	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11138129--11138179	26	2.0	26	88	7	77	29	17	23	29	1.97
11138289--11138341	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
11138788--11138842	26	2.1	26	96	0	101	23	20	29	27	1.99
11139195--11139577	159	2.4	158	79	6	389	25	30	25	18	1.98
11139672--11139724	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
11140048--11140100	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
11140337--11140391	26	2.1	26	90	6	85	29	21	25	23	1.99
11140544--11140599	26	2.2	26	90	6	87	30	19	21	28	1.98
11141024--11141075	26	2.0	26	92	0	86	25	17	28	28	1.97
11141245--11141665	159	2.7	158	75	6	386	25	28	26	18	1.98
11142879--11142931	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
11143074--11143126	26	2.0	26	85	7	72	32	18	20	28	1.97
11143227--11143627	171	2.3	171	81	5	477	20	29	27	21	1.98
11144470--11144522	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
11145684--11145736	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
11145533--11145973	184	2.4	184	82	4	515	26	28	25	18	1.98
11146601--11146653	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
11146626--11147406	159	4.9	156	75	5	514	22	30	28	18	1.98
11146626--11147445	317	2.6	317	84	1	1014	22	29	28	19	1.98
11146627--11147437	158	5.1	158	74	6	613	22	29	28	19	1.98
11147419--11147471	26	2.0	26	88	0	79	26	18	28	26	1.98
11147811--11147863	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11148313--11148363	26	2.0	26	88	0	75	27	17	27	27	1.98
11149046--11149097	26	2.0	26	88	7	79	28	17	25	28	1.97
11149788--11149840	26	2.0	26	88	0	79	22	15	30	32	1.94
11149998--11150050	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
11150023--11150463	159	2.8	160	75	6	423	24	29	26	19	1.98
11150499--11150551	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
11152054--11152106	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
11152080--11152885	159	5.2	158	73	9	625	21	30	28	19	1.98
11152173--11152885	302	2.3	307	82	5	828	21	31	28	19	1.97
11152859--11152911	26	2.0	26	88	0	79	24	22	28	24	2.00
11152884--11153246	171	2.1	172	80	3	399	21	29	27	20	1.98
11153228--11153280	26	2.0	26	82	7	63	32	16	22	28	1.96
11154124--11154193	26	2.7	26	97	0	131	31	20	24	24	1.98
11154337--11154389	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
11154671--11155172	158	3.2	157	74	11	402	24	29	26	19	1.99
11154362--11155172	308	2.6	308	79	6	753	24	28	27	19	1.99
11154658--11155034	158	2.4	159	78	10	405	23	30	26	18	1.98
11154658--11155116	159	2.9	158	75	9	434	23	30	27	18	1.98
11155551--11156118	159	3.7	154	78	8	523	22	28	29	19	1.98
11155847--11156118	146	1.9	146	83	4	361	22	27	30	19	1.98
11156476--11156507	12	2.7	12	95	0	55	34	18	34	12	1.89
11156949--11157315	158	2.3	158	85	2	486	19	34	28	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11156695--11157356	159	4.2	158	76	7	588	22	30	27	19	1.98
11157330--11157382	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
11157711--11157763	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
11157737--11158302	158	3.6	155	76	5	524	22	29	28	19	1.98
11164712--11164744	11	3.0	11	83	16	50	18	36	27	18	1.94
11165284--11165336	26	2.0	26	85	0	70	30	20	22	26	1.98
11167563--11168024	159	2.9	156	76	7	468	24	29	26	19	1.98
11167433--11168024	316	1.8	322	82	7	754	23	30	27	18	1.98
11168028--11168071	12	3.7	12	87	0	61	2	36	31	29	1.70
11168093--11168143	26	2.0	26	92	7	86	29	19	23	27	1.98
11168244--11168608	159	2.3	158	79	7	382	23	28	28	20	1.99
11168582--11168634	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
11170434--11170486	26	2.0	26	88	0	79	28	20	26	24	1.99
11170275--11170722	184	2.4	190	81	8	486	23	28	27	20	1.99
11170431--11170812	196	1.9	195	82	6	477	24	29	26	20	1.99
11170787--11171104	159	2.0	157	81	4	363	25	33	25	16	1.96
11171142--11171194	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
11171338--11171389	26	2.0	26	92	7	88	30	19	23	26	1.98
11171180--11171821	354	1.8	354	85	2	912	24	29	26	19	1.99
11171168--11171902	354	2.1	354	82	4	883	23	28	26	21	1.99
11172074--11172125	26	2.0	26	92	3	88	26	21	25	26	1.99
11172553--11172605	26	2.0	26	85	7	72	30	20	24	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11173710--11173764	26	2.1	27	89	3	85	30	20	29	20	1.97
11173528--11174180	355	1.8	354	86	1	932	22	30	27	18	1.98
11174810--11175152	158	2.2	159	82	6	419	23	30	26	19	1.98
11175333--11175385	26	2.0	26	88	0	79	30	18	20	30	1.97
11175677--11175727	26	2.0	26	88	0	75	25	17	27	29	1.98
11174783--11176106	550	2.4	548	87	2	1854	23	28	26	21	1.99
11175883--11175935	26	2.0	26	88	0	79	32	20	18	28	1.97
11175908--11176410	158	3.2	158	78	2	508	22	29	27	21	1.99
11176751--11176803	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
11176201--11177095	367	2.4	366	82	4	1075	23	29	26	21	1.99
11177131--11177183	26	2.0	26	89	7	81	32	18	24	24	1.97
11177618--11177670	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
11178285--11178337	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
11178785--11178837	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
11179152--11179202	26	2.0	26	88	3	77	33	19	19	27	1.96
11179506--11179558	26	2.0	26	86	13	74	28	16	24	30	1.97
11178982--11179741	355	2.1	352	81	2	871	25	27	26	21	1.99
11179531--11179951	159	2.7	158	74	3	416	25	27	28	19	1.98
11180008--11180079	26	2.8	26	93	0	117	26	18	27	27	1.98
11180940--11181302	184	2.0	184	83	1	467	25	27	25	21	1.99
11181099--11181151	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
11181124--11181488	158	2.3	158	84	6	470	24	30	26	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11181124--11181562	159	2.8	156	80	7	483	23	30	27	17	1.97
11181612--11181663	26	2.0	26	85	7	70	26	17	26	28	1.97
11183610--11183944	159	2.1	157	83	4	424	21	32	27	17	1.96
11184185--11184631	159	2.8	160	77	3	438	23	28	27	20	1.99
11185067--11185472	158	2.6	158	73	4	381	24	30	27	17	1.98
11186562--11186614	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
11186784--11187223	159	2.8	158	76	4	400	23	29	27	19	1.98
11187442--11187900	159	2.9	156	76	3	479	23	30	27	19	1.98
11187956--11188008	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
11188298--11188350	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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