genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.350.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  350  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32093837--32093888	26	2.0	26	92	7	88	30	19	23	26	1.98
32093162--32094366	513	2.4	499	81	6	1381	24	29	26	20	1.99
32092471--32094200	854	2.0	848	79	5	1813	24	29	26	20	1.99
32094076--32094608	158	3.4	158	69	11	381	23	29	27	19	1.98
32093862--32094684	316	2.6	312	81	6	861	24	29	25	20	1.99
32094176--32094645	158	3.0	156	70	8	387	24	29	25	20	1.99
32094826--32094878	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
32094631--32094950	171	1.9	171	81	1	390	26	24	27	21	1.99
32094851--32095290	159	2.8	157	77	4	488	22	28	28	20	1.98
32095328--32095406	26	3.0	26	92	0	122	26	17	26	29	1.98
32096395--32096447	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
32096604--32096655	26	2.0	26	88	7	79	30	15	25	28	1.96
32096630--32096965	158	2.1	158	82	4	392	24	28	26	19	1.99
32096946--32096998	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
32100078--32100128	26	2.0	26	92	0	84	33	19	21	25	1.97
32100104--32100469	158	2.3	157	81	5	407	26	27	25	21	1.99
32101088--32101139	26	2.0	26	84	0	68	21	17	28	32	1.96
32101628--32101679	26	2.0	26	96	0	95	28	19	25	26	1.98
32100905--32102522	868	1.9	855	79	6	1860	23	28	26	20	1.99
32101933--32101985	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
32102339--32102876	159	3.4	158	75	6	509	23	31	26	17	1.97
32103139--32103188	26	1.9	26	87	0	73	30	16	24	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32103421--32103763	184	1.9	184	81	4	424	26	28	24	20	1.99
32104516--32104691	97	1.8	97	84	0	244	25	35	19	19	1.96
32104981--32105038	26	2.2	27	87	9	84	27	20	24	27	1.99
32105483--32105533	26	2.0	26	88	7	77	31	17	23	27	1.97
32105765--32106060	158	1.9	158	80	2	353	22	30	28	18	1.97
32105765--32106097	158	2.1	158	79	4	350	22	29	29	19	1.98
32106074--32106123	26	1.9	26	91	0	82	28	14	30	28	1.95
32106806--32106860	24	2.2	26	90	6	87	32	14	21	30	1.93
32106806--32106880	25	3.0	24	83	11	73	32	16	20	32	1.94
32107544--32107811	141	1.9	141	80	0	311	23	29	27	18	1.98
32108703--32108755	26	2.0	26	89	7	81	30	20	20	28	1.98
32109014--32109066	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
32109223--32109275	26	2.0	26	82	7	63	30	15	22	32	1.94
32109566--32109618	26	2.0	26	85	0	70	24	18	26	30	1.98
32109945--32109996	26	2.0	26	88	7	79	32	11	19	36	1.87
32110130--32110182	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
32111138--32111190	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
32111871--32111923	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
32112918--32112970	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
32114410--32114460	26	2.0	26	84	7	68	29	19	23	27	1.98
32114911--32114963	26	2.0	26	92	0	88	30	18	24	26	1.98
32115612--32115664	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32116163--32116215	26	2.0	26	89	7	81	30	16	20	32	1.95
32116551--32116603	26	2.0	26	85	0	70	32	18	24	24	1.97
32116576--32117042	159	2.9	159	81	5	489	22	31	28	18	1.97
32117775--32117827	26	2.0	26	89	7	81	26	20	24	28	1.99
32117800--32118246	159	2.8	158	77	5	445	23	29	28	18	1.98
32118278--32118328	26	2.0	26	84	7	68	27	15	27	29	1.96
32119026--32119470	157	2.8	157	75	8	449	24	31	27	16	1.96
32119026--32119526	158	3.2	158	74	8	475	23	31	26	17	1.97
32119500--32119552	26	2.0	26	88	0	79	22	20	28	28	1.99
32120131--32120156	11	2.4	11	100	0	52	15	38	26	19	1.91
32120231--32120282	26	2.0	25	88	3	77	26	19	23	30	1.98
32120925--32120977	26	2.0	26	86	13	74	30	16	24	28	1.97
32121157--32121659	158	3.2	158	74	6	455	23	28	27	20	1.99
32122853--32122905	26	2.0	26	89	7	81	26	22	24	26	2.00
32121879--32123013	501	2.3	500	82	2	1315	23	30	26	19	1.98
32122694--32123186	196	2.6	187	81	6	494	24	29	25	20	1.99
32123049--32123101	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
32122821--32123186	196	1.9	196	84	2	502	25	28	23	21	1.99
32124642--32124694	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
32125650--32125705	26	2.2	26	93	0	94	28	17	23	30	1.97
32125675--32126494	159	5.2	157	75	4	562	23	29	26	19	1.98
32125675--32126354	159	4.3	158	77	3	598	23	29	26	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32125675--32126434	317	2.4	316	79	2	772	23	29	27	19	1.98
32126095--32126421	157	2.1	159	80	5	367	23	32	25	18	1.97
32126847--32126899	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
32126873--32127374	158	3.2	156	76	8	498	22	29	28	19	1.98
32127348--32127400	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
32134834--32134886	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
32136049--32136101	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
32138442--32138494	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
32140036--32140114	26	3.0	26	96	3	142	29	20	24	26	1.99
32146167--32146219	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
32147892--32147943	26	2.0	26	92	0	86	28	17	26	26	1.97
32148392--32148444	26	2.0	26	89	7	81	28	16	24	30	1.97
32149296--32149346	26	2.0	26	92	0	84	31	19	21	27	1.97
32149321--32149774	158	2.9	157	74	6	425	23	28	28	19	1.98
32149834--32150335	158	3.2	156	76	8	487	24	29	26	19	1.98
32151405--32151453	26	1.9	25	87	4	71	30	20	22	26	1.98
32151245--32151614	184	2.0	184	80	3	422	24	30	25	19	1.98
32151905--32151957	26	2.0	26	88	0	79	26	18	28	26	1.98
32152285--32152337	26	2.0	26	86	13	74	28	20	22	28	1.99
32150820--32152919	860	2.4	855	78	6	2123	23	29	25	20	1.99
32156282--32156369	27	3.1	27	67	9	77	40	13	3	42	1.61
32156282--32156437	57	2.7	56	83	8	199	37	13	4	44	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32156280--32156448	59	2.9	59	85	5	211	36	12	5	44	1.66
32158096--32158134	18	2.2	17	90	4	60	17	33	7	41	1.79
32158854--32158919	26	2.6	25	81	13	73	62	7	0	30	1.23
32158944--32158983	9	4.7	9	84	15	50	67	7	0	25	1.16
32159169--32159245	1	77.0	1	76	0	73	0	0	11	88	0.52
32159170--32159245	7	10.9	7	82	14	86	0	0	11	88	0.52
32159169--32159244	12	6.6	12	79	14	88	0	0	11	88	0.52
32159170--32159244	19	3.9	19	86	6	116	0	0	12	88	0.53
32159169--32159245	31	2.6	30	89	4	120	0	0	11	88	0.52
32159252--32159636	42	9.1	42	92	2	630	36	23	17	22	1.95
32160871--32160932	23	2.7	23	82	7	72	3	17	0	79	0.87
32160881--32160936	23	2.4	24	87	3	87	3	17	0	78	0.89
32160889--32160948	13	4.6	13	80	18	63	3	18	0	78	0.89
32163182--32163233	26	2.0	26	81	7	61	30	17	25	26	1.97
32163207--32163644	159	2.8	157	79	6	445	23	29	27	19	1.98
32163840--32163892	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
32163866--32164277	159	2.6	159	77	7	380	23	29	29	17	1.97
32164695--32165471	159	4.8	157	74	7	501	22	30	27	19	1.98
32164694--32165471	328	2.4	316	78	4	797	22	30	27	19	1.98
32165511--32165563	26	2.0	26	82	7	63	30	16	24	28	1.97
32166167--32166945	158	4.9	159	74	8	564	23	30	27	19	1.98
32166168--32166945	328	2.4	315	79	6	830	23	30	27	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32166611--32167001	170	2.3	170	80	3	455	22	31	25	20	1.98
32166983--32167035	26	2.0	26	85	7	72	30	18	24	26	1.98
32167661--32168048	170	2.3	170	84	5	523	20	32	27	19	1.97
32168022--32168074	26	2.0	26	89	7	81	30	20	24	24	1.99
32168491--32168525	12	2.9	12	95	0	61	5	34	25	34	1.80
32169510--32170001	158	3.1	156	80	5	533	22	31	28	17	1.97
32168503--32171475	817	3.6	813	90	2	4332	23	29	27	19	1.98
32170326--32170770	159	2.8	158	79	4	450	22	31	29	17	1.96
32171154--32171206	26	2.0	26	89	7	81	30	16	22	30	1.96
32171721--32172065	158	2.2	158	78	4	358	24	29	26	19	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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