genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.208.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  208  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21631524--21631576	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
21632539--21632591	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
21632734--21632786	26	2.0	26	82	13	65	32	16	20	30	1.95
21633643--21634140	159	3.1	156	78	6	495	22	31	27	18	1.97
21632577--21634203	879	1.9	879	85	2	2253	22	29	27	20	1.99
21634698--21634751	25	2.2	24	90	3	81	22	61	12	3	1.47
21634698--21634751	24	2.2	25	87	9	76	22	61	12	3	1.47
21634861--21634913	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
21635204--21635256	26	2.0	26	92	0	88	22	20	28	28	1.99
21635413--21635465	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
21635407--21635759	196	1.8	196	87	0	526	22	27	28	21	1.99
21635635--21635921	158	1.8	159	83	3	382	23	28	27	20	1.99
21636110--21636162	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
21636525--21637092	159	3.6	156	76	5	505	23	30	27	18	1.98
21637531--21637583	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
21637874--21637924	26	2.0	26	88	7	77	27	17	23	31	1.97
21638083--21638135	26	2.0	26	85	0	70	32	18	22	26	1.97
21638924--21638975	25	2.0	25	85	3	68	25	19	28	26	1.98
21643129--21643630	158	3.2	157	75	6	485	23	28	27	20	1.99
21643598--21643655	26	2.3	25	86	13	84	25	22	24	27	2.00
21643813--21643865	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
21643070--21644376	709	1.8	710	84	2	1800	23	29	26	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21643840--21644283	159	2.8	157	78	5	464	24	30	27	17	1.97
21645032--21645477	159	2.8	158	78	5	467	24	29	26	19	1.98
21646656--21646697	12	3.5	12	90	0	66	4	26	28	40	1.76
21646747--21647248	158	3.2	157	78	8	525	22	29	27	20	1.99
21647589--21647641	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
21647707--21648020	159	2.0	157	79	3	335	22	26	27	22	1.99
21648089--21648139	26	2.0	26	88	3	77	27	19	25	27	1.99
21648381--21648433	26	2.0	26	89	7	81	28	15	26	30	1.96
21648765--21648839	26	2.9	26	94	4	125	28	18	26	26	1.98
21650004--21650056	26	2.0	26	85	7	72	30	20	22	26	1.98
21650305--21650340	15	2.4	15	100	0	72	0	38	33	27	1.57
21650521--21650571	26	2.0	26	92	0	84	27	19	25	27	1.99
21650888--21650940	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
21650914--21651415	158	3.2	156	75	6	474	23	28	26	21	1.99
21651389--21651441	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
21652224--21652276	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
21650004--21653144	835	3.7	838	78	8	2835	23	28	26	20	1.99
21653080--21653132	27	2.0	27	92	0	88	24	16	28	30	1.97
21653290--21653343	26	2.0	27	89	10	85	29	20	24	25	1.99
21654173--21654225	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
21654673--21654725	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
21655685--21655737	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21655880--21655932	26	2.0	26	82	13	65	32	16	20	30	1.95
21656790--21657287	159	3.1	155	77	9	481	22	31	27	18	1.97
21655723--21657353	879	1.9	880	83	3	2183	23	28	27	20	1.99
21657841--21657881	20	2.0	20	86	9	57	17	60	17	4	1.52
21657997--21658049	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
21658340--21658392	26	2.0	26	92	0	88	22	20	28	28	1.99
21658549--21658601	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
21658771--21659187	159	2.6	159	76	9	357	24	27	27	20	1.99
21659246--21659298	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
21659661--21660171	159	3.2	156	77	4	479	24	31	25	18	1.98
21659724--21660228	159	3.2	156	76	5	476	22	31	27	18	1.97
21660667--21660719	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
21661010--21661060	26	2.0	26	88	7	77	27	17	23	31	1.97
21661219--21661271	26	2.0	26	88	0	79	30	18	24	26	1.98
21662451--21662504	26	2.1	26	89	6	83	31	20	22	25	1.98
21667548--21667592	20	2.2	20	100	0	90	28	22	13	35	1.92
21669304--21669356	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
21669329--21669692	158	2.3	158	77	2	379	23	27	27	21	1.99
21669329--21669756	159	2.7	158	75	6	364	24	27	28	20	1.99
21670173--21670230	26	2.2	27	84	9	75	29	18	22	29	1.98
21670199--21670705	159	3.2	158	77	4	497	23	29	26	20	1.99
21670675--21670727	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21671055--21671107	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
21671398--21671450	26	2.0	26	88	0	79	24	13	28	33	1.93
21671509--21671914	171	2.4	171	82	4	473	20	31	27	20	1.97
21671747--21672265	159	3.3	157	76	6	519	23	31	26	19	1.98
21672342--21672368	13	2.1	13	100	0	54	22	22	48	7	1.75
21672485--21672900	159	2.6	158	77	6	412	25	28	28	18	1.98
21673334--21673699	188	2.0	184	83	6	470	23	30	25	20	1.98
21673518--21673960	159	2.8	159	78	9	463	22	31	28	18	1.97
21673990--21674042	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
21674739--21675079	158	2.2	155	80	4	364	23	29	27	19	1.98
21675053--21675105	26	2.0	26	88	0	79	28	20	22	28	1.99
21674894--21675448	184	3.0	184	81	4	620	22	27	28	21	1.99
21675740--21675790	26	2.0	26	88	0	75	29	15	25	29	1.96
21675731--21676093	196	1.8	197	85	1	514	22	26	28	23	1.99
21674749--21677223	697	3.6	697	89	1	3603	23	28	27	20	1.99
21676731--21677153	159	2.7	157	75	6	395	22	30	26	20	1.98
21677135--21677187	26	2.0	26	88	0	79	22	20	28	28	1.99
21677502--21677554	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
21676941--21677896	367	2.6	369	80	4	937	22	29	27	20	1.99
21681665--21681717	26	2.0	26	89	7	81	30	24	16	28	1.97
21681730--21682193	159	2.9	157	77	5	459	18	27	30	23	1.98
21681691--21682192	158	3.2	157	76	5	483	19	27	30	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21682166--21682218	26	2.0	26	92	7	90	26	24	18	30	1.98
21682629--21683377	159	4.7	158	81	4	794	17	26	31	24	1.97
21682629--21683394	317	2.4	316	81	5	873	18	26	30	24	1.97
21683366--21683418	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
21689921--21689962	18	2.3	18	100	0	84	16	42	14	26	1.86
21690352--21690403	26	2.0	26	92	0	86	28	28	17	25	1.97
21690537--21690589	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
21691271--21691322	26	2.0	26	92	0	86	28	28	17	25	1.97
21691456--21691508	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
21690326--21692503	920	2.4	919	94	2	3731	25	24	23	26	2.00
21692191--21692242	26	2.0	26	88	0	77	26	25	19	28	1.98
21692368--21692436	26	2.7	26	84	8	90	28	21	17	31	1.96
21693216--21693268	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
21693412--21693464	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
21693438--21693939	159	3.2	159	79	5	437	21	26	28	23	1.99
21693659--21694310	342	1.9	343	79	6	748	20	27	28	23	1.99
21695147--21695199	26	2.0	26	86	13	74	28	24	16	30	1.97
21695417--21695750	159	2.1	157	82	3	402	19	29	29	20	1.97
21695456--21695821	159	2.3	158	78	3	367	19	30	28	21	1.98
21696016--21696068	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
21696213--21696265	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
21696299--21696668	158	2.3	159	85	2	503	17	28	32	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21694989--21697434	857	2.8	854	79	6	2415	20	27	28	23	1.99
21698141--21698193	26	2.0	26	92	7	90	30	26	16	26	1.97
21698641--21698693	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
21698852--21698904	26	2.0	26	88	0	79	28	22	20	28	1.99
21698949--21699315	159	2.3	159	79	7	379	18	29	30	21	1.97
21699353--21699431	26	3.0	26	96	0	140	25	29	16	29	1.97
21699692--21699716	13	1.9	13	100	0	50	12	48	24	16	1.79
21699780--21700279	158	3.2	158	73	6	348	22	26	27	23	1.99
21700254--21700306	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
21700525--21700989	158	2.9	156	81	5	531	19	29	30	21	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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