genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.388.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  388  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35196038--35196090	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
35196234--35196286	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
35196725--35196777	26	2.0	26	85	7	72	30	18	24	26	1.98
35196935--35197294	181	2.0	183	84	6	480	25	30	25	18	1.98
35197116--35197474	158	2.3	158	77	4	364	24	30	25	20	1.99
35197563--35197615	26	2.0	26	82	7	63	30	20	16	32	1.95
35197928--35197980	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
35197954--35198455	158	3.2	154	78	7	506	19	28	29	22	1.98
35198429--35198481	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
35199148--35199200	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
35199238--35199677	159	2.8	157	77	5	429	19	26	30	23	1.98
35199650--35199702	26	2.0	26	89	7	81	24	22	22	30	1.99
35200563--35200615	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
35201597--35202127	159	3.3	159	78	7	544	20	26	29	23	1.99
35202427--35202479	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
35203296--35203348	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
35204114--35204163	26	1.9	26	91	0	82	34	30	10	26	1.89
35204276--35204641	159	2.3	159	80	3	450	18	26	30	24	1.98
35204614--35204666	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
35204981--35205033	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
35204556--35205214	367	1.8	354	81	8	817	20	27	29	23	1.99
35205007--35205509	160	3.2	160	75	8	409	20	28	29	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35204081--35206077	869	2.3	871	83	5	2398	20	26	29	23	1.99
35205863--35205915	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
35207544--35207622	26	3.0	26	92	0	131	29	27	17	25	1.98
35208051--35208103	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
35208774--35208826	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
35209116--35209168	26	2.0	26	85	0	70	24	24	20	30	1.99
35209315--35209367	26	2.0	26	92	7	90	24	30	20	24	1.99
35209341--35209841	159	3.2	157	73	5	463	20	27	28	23	1.99
35209815--35209867	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
35209658--35210379	183	4.0	183	75	10	622	20	27	29	22	1.99
35209744--35210404	354	1.9	355	85	2	936	19	28	29	23	1.98
35210279--35210698	159	2.6	160	77	7	406	18	27	30	24	1.98
35209278--35211591	869	2.7	859	83	3	2787	20	27	28	23	1.99
35210671--35210722	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
35211037--35211089	26	2.0	26	82	13	65	22	26	20	30	1.98
35212251--35212307	26	2.1	27	83	6	80	22	26	21	29	1.99
35212258--35212310	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
35212809--35212861	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
35212389--35213042	368	1.8	362	82	9	861	20	26	29	23	1.99
35212835--35213335	159	3.2	158	74	7	396	20	25	28	25	1.99
35213311--35213361	26	2.0	26	92	7	86	27	27	15	29	1.96
35214028--35214075	25	1.9	25	95	0	87	25	27	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35215491--35215543	26	2.0	26	92	0	88	26	26	22	24	2.00
35215517--35216211	159	4.3	158	77	8	544	19	27	30	22	1.98
35215884--35216362	171	2.8	169	80	5	473	19	27	30	21	1.98
35216336--35216387	26	2.0	26	88	0	77	30	28	17	23	1.97
35216838--35216890	26	2.0	26	92	0	88	24	24	20	30	1.99
35217718--35217770	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
35218083--35218135	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
35218195--35218610	158	2.6	158	80	6	468	17	28	29	24	1.97
35219194--35219241	25	1.9	25	91	0	78	25	29	20	25	1.99
35220891--35220943	26	2.0	26	92	0	88	26	26	22	24	2.00
35220956--35221249	158	1.9	157	82	5	378	17	26	31	24	1.97
35221233--35221285	26	2.0	26	89	7	81	26	18	20	33	1.96
35222055--35222344	159	1.8	159	82	5	381	17	27	30	24	1.97
35222455--35222507	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
35222631--35222918	158	1.8	157	79	6	332	20	25	30	24	1.99
35222120--35223189	511	2.1	512	81	4	1259	20	25	28	24	1.99
35223575--35224068	159	3.1	157	77	6	514	18	27	30	23	1.98
35224042--35224094	26	2.0	26	89	7	81	26	26	18	28	1.98
35224765--35224817	26	2.0	26	85	7	72	28	24	20	26	1.99
35225988--35226040	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
35226477--35226529	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
35227196--35227248	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35227222--35228040	158	5.2	158	76	6	708	18	27	30	23	1.98
35227222--35228040	317	2.6	315	83	4	972	18	27	30	23	1.98
35228016--35228065	26	1.9	26	84	8	66	28	24	16	32	1.96
35228605--35229020	159	2.6	159	78	5	396	20	26	26	25	1.99
35228992--35229044	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
35228833--35229203	184	2.0	185	80	2	424	21	25	28	25	1.99
35228591--35229638	499	2.1	504	80	4	1147	20	25	29	24	1.99
35231797--35232261	159	3.0	154	75	9	366	18	25	30	25	1.98
35233407--35233489	26	3.2	26	94	3	141	27	24	19	28	1.98
35233860--35233912	26	2.0	26	89	7	81	28	26	16	28	1.97
35234533--35234588	26	2.2	26	90	0	85	32	23	16	28	1.96
35233809--35235064	676	1.9	677	82	4	1613	19	26	28	24	1.99
35234562--35235063	158	3.2	158	76	10	492	18	25	30	25	1.98
35235037--35235089	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
35236117--35236167	26	2.0	26	88	7	77	31	23	13	31	1.93
35236984--35237036	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
35236748--35237589	368	2.3	360	81	4	948	20	26	28	23	1.99
35237352--35237404	26	2.0	26	92	7	90	30	26	16	26	1.97
35238666--35239383	159	4.5	158	73	7	429	20	26	28	25	1.99
35238606--35239120	159	3.3	159	76	5	488	21	26	29	22	1.99
35238651--35239385	317	2.3	317	80	3	739	20	26	27	25	1.99
35239358--35239410	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35241874--35242375	158	3.2	157	76	6	442	20	26	28	23	1.99
35242349--35242401	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
35242610--35242662	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
35244230--35244731	158	3.2	157	76	6	442	20	26	28	23	1.99
35244705--35244757	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
35244966--35245018	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
35247558--35247609	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
35247925--35247977	26	2.0	26	88	0	79	24	26	22	26	2.00
35247875--35248205	183	1.8	183	84	2	459	22	25	26	25	2.00
35248134--35248963	317	2.6	315	80	5	815	21	26	28	23	1.99
35248392--35248964	158	3.6	156	74	5	472	20	26	28	24	1.99
35248938--35248990	26	2.0	26	89	7	81	26	24	18	30	1.98
35253602--35253654	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
35253627--35254065	159	2.8	158	79	4	472	23	29	28	18	1.98
35254360--35254390	15	2.1	15	93	0	53	16	29	38	16	1.90
35253627--35254886	691	1.8	685	82	3	1627	23	29	27	19	1.98
35255506--35255558	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
35255531--35255958	158	2.7	156	78	6	459	24	29	28	17	1.97
35256017--35256069	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
35256583--35256635	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
35258169--35258221	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
35260224--35260275	26	2.0	26	85	7	70	34	17	23	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35260249--35260617	171	2.2	171	81	7	428	22	30	25	21	1.99
35260591--35260643	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
35260739--35261118	159	2.4	157	76	7	401	24	29	25	20	1.99
35261092--35261142	26	2.0	26	92	0	84	25	17	27	29	1.98
35260616--35261871	676	1.9	676	83	3	1679	24	28	27	20	1.99
35261285--35261730	159	2.8	155	72	6	410	23	29	28	19	1.98
35261928--35261980	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
35262191--35262273	26	3.2	26	89	6	132	30	18	24	27	1.98
35262717--35262769	26	2.0	26	92	7	90	26	15	24	33	1.95
35263512--35263564	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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