genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.278.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  278  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26731332--26731626	158	1.9	158	81	2	358	16	26	32	24	1.96
26732330--26732382	26	2.0	26	92	0	88	26	26	22	24	2.00
26732513--26732565	26	2.0	26	85	7	72	32	26	15	26	1.95
26733233--26733285	26	2.0	26	85	0	70	30	26	18	24	1.98
26731451--26733308	905	2.1	905	89	1	2794	25	23	24	26	2.00
26733578--26733628	26	2.0	26	96	0	93	31	27	15	25	1.96
26734062--26734302	122	2.0	122	80	3	279	18	27	27	25	1.98
26734260--26734595	183	1.8	184	81	1	424	20	28	28	22	1.99
26734774--26734826	26	2.0	26	82	7	63	32	22	15	30	1.94
26735128--26735180	26	2.0	26	89	7	81	26	24	22	26	2.00
26734723--26736070	354	3.9	352	74	12	1101	20	27	28	23	1.99
26735797--26735849	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
26737978--26738030	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
26739042--26739094	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
26739398--26739450	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
26738700--26739701	356	2.8	354	84	3	1202	19	27	30	22	1.98
26739424--26739787	159	2.3	158	75	5	365	19	26	30	23	1.98
26740619--26740671	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
26740986--26741038	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
26741139--26741554	159	2.6	157	79	3	465	19	26	31	22	1.98
26742027--26742079	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
26742053--26742556	158	3.2	159	78	6	513	19	28	29	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26742528--26742580	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
26744158--26744212	26	2.0	27	82	6	67	30	25	18	25	1.98
26744122--26745330	355	3.3	352	78	7	1197	21	27	27	23	1.99
26745252--26745304	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
26746283--26746335	26	2.0	26	92	0	88	26	28	18	26	1.98
26746553--26746605	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
26746908--26746958	26	2.0	26	92	0	84	31	29	13	25	1.94
26746934--26747520	317	1.9	317	78	5	659	20	27	30	21	1.98
26747582--26747632	26	2.0	26	92	0	84	27	27	21	23	1.99
26747250--26748302	355	3.0	344	79	8	1027	21	27	29	22	1.99
26747935--26747987	26	2.0	26	89	7	81	30	26	18	24	1.98
26747961--26748460	158	3.2	157	76	9	453	21	27	28	22	1.99
26748434--26748486	26	2.0	26	88	0	79	30	24	18	26	1.98
26748961--26749686	368	2.0	368	81	4	858	20	27	28	23	1.99
26749970--26750022	26	2.0	26	85	7	72	30	22	18	28	1.98
26751004--26751056	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
26751070--26751371	159	1.9	158	80	3	356	16	24	32	25	1.96
26751347--26751399	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
26750933--26751716	343	2.3	343	80	4	859	20	26	27	25	1.99
26751782--26751834	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
26752159--26752209	26	2.0	24	88	7	75	25	27	15	31	1.96
26752517--26752569	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26751756--26752728	368	2.6	365	83	1	1194	19	26	29	24	1.98
26754937--26754989	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
26755305--26755357	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
26755804--26755882	26	3.0	26	90	3	124	25	25	21	27	1.99
26756553--26756605	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
26756921--26756973	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
26757420--26757498	26	3.0	26	90	3	124	25	25	21	27	1.99
26758167--26758219	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
26758124--26759030	355	2.5	354	81	6	979	20	26	28	23	1.99
26758915--26759323	159	2.6	158	73	5	374	21	25	30	22	1.98
26760179--26760234	26	2.2	26	86	0	76	26	23	21	28	1.99
26760379--26760431	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
26760745--26760797	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
26760316--26760982	366	1.8	367	83	3	905	20	28	27	23	1.99
26761246--26761297	26	2.0	26	85	7	70	36	23	13	26	1.92
26762607--26762637	12	2.6	12	94	0	53	25	22	41	9	1.84
26762742--26762794	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
26762731--26763078	182	1.9	182	81	3	423	23	25	25	24	2.00
26763791--26763843	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
26764989--26765040	26	2.0	26	88	7	79	26	23	19	30	1.98
26766089--26766141	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
26767311--26767363	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26767666--26767718	26	2.0	26	92	0	88	26	26	22	24	2.00
26767274--26768023	355	2.2	343	82	5	880	20	27	29	23	1.99
26767782--26768194	159	2.6	158	79	5	433	17	27	30	24	1.97
26774806--26775523	355	2.0	363	84	5	956	21	28	27	22	1.99
26775577--26775908	158	2.1	158	79	6	359	19	27	29	23	1.98
26775882--26775934	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
26777960--26778012	26	2.0	26	85	7	72	30	26	20	22	1.98
26777923--26778933	355	2.8	354	80	4	1062	20	27	29	23	1.99
26778712--26779106	159	2.5	159	78	5	442	20	29	30	20	1.97
26780966--26781016	26	2.0	26	96	0	93	29	29	15	25	1.96
26781335--26781384	26	1.9	26	91	0	82	22	24	22	32	1.98
26782915--26782967	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
26783997--26784049	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
26785225--26785277	26	2.0	26	92	0	88	26	30	20	22	1.98
26785580--26785632	26	2.0	26	100	0	106	26	30	20	22	1.98
26786801--26786852	26	2.0	26	88	7	79	28	26	17	26	1.97
26787238--26787289	25	2.0	26	88	3	79	30	25	19	25	1.98
26787263--26787760	158	3.2	156	73	7	468	20	27	29	22	1.98
26788455--26788508	26	2.1	26	86	6	74	27	24	20	27	1.99
26788541--26788850	171	1.8	170	83	4	401	20	29	29	20	1.98
26788741--26789029	158	1.8	158	79	5	334	19	26	29	24	1.98
26788481--26789099	329	1.9	329	84	4	838	21	27	30	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26789155--26789207	26	2.0	26	85	0	70	30	26	18	24	1.98
26790327--26790358	16	2.0	16	100	0	64	6	37	25	31	1.81
26791786--26791838	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
26793131--26793489	160	2.3	159	78	4	377	20	25	28	24	1.99
26792995--26793484	158	3.1	156	74	6	443	20	26	29	24	1.99
26793796--26793848	26	2.0	26	88	0	79	30	28	15	26	1.96
26794151--26794203	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
26793765--26794886	354	3.2	348	80	8	1221	20	27	28	23	1.99
26794518--26794570	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
26794544--26795002	158	2.9	158	74	7	428	20	28	29	21	1.98
26795358--26795409	25	2.0	26	85	10	72	28	25	19	26	1.98
26795022--26795961	352	2.6	353	80	6	1000	21	25	29	23	1.99
26796953--26797031	26	3.0	26	92	0	131	29	27	17	25	1.98
26797309--26797847	158	3.4	158	75	5	507	20	27	28	23	1.99
26798542--26798620	26	3.0	26	98	0	149	26	27	20	25	1.99
26798909--26798989	26	3.1	25	91	7	126	27	25	19	27	1.99
26799275--26799327	26	2.0	26	88	0	79	24	26	22	26	2.00
26799643--26799694	26	2.0	26	92	0	86	28	28	17	25	1.97
26798529--26799879	367	3.7	362	81	3	1292	19	27	28	24	1.99
26800869--26800947	26	3.0	25	92	3	122	29	29	17	24	1.97
26800921--26801423	159	3.2	156	73	10	439	22	26	28	23	1.99
26802119--26802171	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26802486--26802538	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
26802512--26803329	159	5.2	157	73	8	561	19	26	29	24	1.98
26802512--26803330	317	2.6	316	83	3	1004	19	26	29	24	1.98
26803303--26803381	26	3.0	26	92	3	124	26	26	18	27	1.98
26804063--26804115	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
26804544--26804960	157	2.6	157	81	6	475	17	28	30	23	1.97
26804464--26804958	159	3.1	158	78	6	527	18	27	30	23	1.97
26805654--26805706	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
26805837--26805886	26	1.9	26	91	0	82	26	30	18	26	1.98
26805631--26806027	183	2.2	184	83	2	476	21	26	26	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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