genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.367.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  367  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33517667--33518032	183	2.0	182	83	5	463	22	24	27	25	2.00
33518512--33518563	26	2.0	26	88	7	79	28	23	17	30	1.97
33525153--33525205	26	2.0	26	88	0	79	26	24	22	26	2.00
33525509--33525561	26	2.0	26	92	0	88	26	28	18	26	1.98
33526165--33526217	26	2.0	26	85	0	70	30	26	20	22	1.98
33526687--33526739	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
33528283--33528335	26	2.0	26	85	7	72	32	26	16	24	1.97
33528803--33529167	158	2.3	157	79	3	399	20	25	28	26	1.99
33528729--33529166	159	2.8	159	78	2	461	19	27	28	24	1.99
33530892--33530942	26	2.0	26	92	7	86	27	23	19	29	1.98
33532305--33532357	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
33532253--33532894	353	1.8	354	85	1	910	19	26	29	23	1.98
33533881--33533933	26	2.0	26	89	7	81	28	24	20	26	1.99
33539459--33539512	26	2.1	26	89	0	81	27	22	22	27	1.99
33540491--33540543	26	2.0	26	86	13	74	28	24	16	30	1.97
33541589--33541641	26	2.0	26	100	0	106	26	30	20	22	1.98
33542102--33542154	26	2.0	26	92	0	88	32	28	16	22	1.96
33543351--33544165	159	5.2	158	74	8	597	19	26	30	23	1.98
33543358--33544166	316	2.6	316	81	4	904	19	26	30	22	1.98
33544139--33544191	26	2.0	26	85	0	70	24	24	18	32	1.97
33544204--33544519	171	1.9	169	81	2	382	21	26	29	22	1.99
33544505--33544557	26	2.0	26	85	7	72	30	20	20	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33545004--33545056	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
33545676--33545742	26	2.6	26	95	4	118	31	20	17	29	1.96
33545676--33545754	26	3.0	26	90	7	108	30	22	17	29	1.97
33545728--33546230	159	3.2	157	74	7	469	20	27	29	22	1.98
33546204--33546256	26	2.0	26	85	7	72	26	20	20	32	1.98
33546582--33546634	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
33546154--33547559	367	3.8	367	82	3	1552	20	26	29	23	1.99
33546950--33547002	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
33547317--33547369	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
33547461--33547655	100	2.0	100	87	0	282	17	25	30	26	1.97
33547561--33547944	159	2.4	159	79	3	450	18	28	30	22	1.97
33548753--33548805	26	2.0	26	82	7	63	26	20	22	30	1.98
33548595--33548964	184	2.0	184	85	2	492	20	27	29	22	1.99
33548779--33549283	159	3.2	160	75	9	419	19	27	30	22	1.98
33549255--33549307	26	2.0	26	85	7	72	24	22	20	32	1.98
33550023--33550995	158	6.0	158	72	10	474	18	28	31	21	1.97
33550493--33550543	26	2.0	26	88	7	77	29	25	17	27	1.98
33549913--33551557	504	3.3	497	85	3	2028	18	28	30	22	1.98
33550517--33551016	158	3.2	156	82	4	630	19	28	31	20	1.97
33550990--33551042	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
33551114--33551530	159	2.6	159	78	7	359	17	27	30	24	1.97
33551503--33551555	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33552010--33552062	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
33552099--33552125	13	2.1	13	100	0	54	22	29	48	0	1.51
33552230--33552721	158	3.1	157	76	7	494	22	28	28	20	1.98
33552695--33552747	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
33553602--33554095	155	3.2	152	76	11	493	22	31	27	18	1.97
33553576--33554024	158	2.9	156	78	10	502	22	32	27	17	1.96
33554069--33554121	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
33554802--33554854	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
33554967--33555363	157	2.5	157	78	5	431	23	30	26	18	1.98
33554967--33555404	159	2.8	157	77	5	434	24	29	27	18	1.98
33555461--33555513	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
33556181--33556233	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
33556207--33556707	158	3.2	156	72	7	431	22	29	27	19	1.98
33557026--33557548	157	3.3	157	81	5	608	22	30	26	20	1.98
33557522--33557577	26	2.2	26	93	6	96	26	19	25	28	1.99
33561724--33561776	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
33562471--33562971	159	3.2	156	80	4	569	23	30	27	18	1.98
33562945--33562997	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
33563300--33563352	26	2.0	26	86	13	74	26	16	26	30	1.97
33564031--33564083	26	2.0	26	85	7	72	32	20	22	24	1.98
33564252--33564658	159	2.6	158	79	3	433	23	29	28	18	1.98
33565460--33565512	26	2.0	26	85	7	72	32	20	22	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33565682--33566129	159	2.8	159	77	4	424	23	29	26	20	1.99
33566180--33567411	616	2.0	614	90	2	1945	27	21	22	29	1.99
33567499--33567551	26	2.0	26	85	7	72	26	20	24	28	1.99
33568526--33568578	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
33568551--33568856	159	1.9	159	79	1	344	21	30	28	18	1.97
33568819--33568897	41	1.9	41	84	0	104	17	48	11	22	1.79
33569988--33570040	26	2.0	26	85	7	72	28	18	22	30	1.98
33570330--33570382	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
33571398--33571447	25	2.0	25	88	4	73	30	22	24	24	1.99
33571774--33571826	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
33571799--33572199	157	2.5	158	78	5	404	23	29	28	18	1.98
33571800--33572299	158	3.2	156	76	6	490	22	29	28	20	1.98
33572273--33572325	26	2.0	26	88	0	79	24	20	26	28	1.99
33572903--33572929	11	2.5	11	100	0	54	7	33	33	25	1.84
33573005--33573057	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
33573347--33573398	25	2.0	26	92	3	88	25	21	25	28	1.99
33573432--33573456	13	1.9	13	100	0	50	24	16	48	12	1.79
33573537--33573589	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
33573879--33573931	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
33575034--33575059	13	2.0	13	100	0	52	23	23	46	7	1.78
33575331--33575381	26	2.0	25	96	3	93	29	19	23	27	1.98
33575829--33575881	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33576562--33576614	26	2.0	26	89	7	81	30	20	20	28	1.98
33576893--33576942	25	2.0	26	92	4	84	26	20	24	30	1.98
33577077--33577126	26	2.0	25	96	4	91	32	20	20	28	1.97
33576814--33577179	184	2.0	184	85	2	493	23	26	29	19	1.98
33577112--33577407	159	1.9	159	79	2	344	25	31	25	17	1.97
33577674--33577707	13	2.6	13	90	0	50	17	14	55	11	1.68
33577702--33578418	171	4.4	167	75	9	572	23	31	27	18	1.97
33578444--33578494	26	2.0	26	88	7	77	27	17	25	29	1.98
33579163--33579213	26	2.0	26	92	7	86	29	19	23	27	1.98
33579189--33579694	159	3.2	158	72	5	394	24	28	25	21	1.99
33581428--33581480	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
33582649--33582994	159	2.2	160	78	7	371	23	30	26	19	1.98
33582968--33583020	26	2.0	26	88	0	79	26	22	26	24	2.00
33583715--33584161	160	2.8	158	81	5	501	24	30	27	17	1.97
33584560--33584612	26	2.0	26	96	0	97	30	20	24	24	1.99
33584903--33584955	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
33588261--33588313	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
33588287--33588946	316	2.1	317	81	2	761	23	29	26	20	1.99
33588299--33588907	159	3.9	155	73	8	447	23	30	26	20	1.98
33589153--33589593	159	2.8	157	76	7	453	24	30	26	18	1.98
33590010--33590062	26	2.0	26	85	7	72	32	18	22	26	1.97
33590035--33590537	158	3.2	156	75	5	438	24	30	26	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33590511--33590562	26	2.0	26	92	0	86	26	19	26	26	1.99
33590329--33590984	353	1.9	354	82	4	831	24	27	26	20	1.99
33591647--33591699	26	2.0	26	88	0	79	22	18	28	30	1.98
33594121--33594173	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
33594932--33594984	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
33595516--33595772	132	2.0	131	97	0	487	21	25	37	15	1.93
33595776--33597738	741	2.6	742	95	0	3504	16	34	25	23	1.95
33595776--33597738	371	5.3	371	94	0	3434	16	34	25	23	1.95
33598020--33598072	26	2.0	26	89	7	81	28	22	22	26	1.99
33597994--33598330	184	1.8	184	88	2	516	22	27	28	21	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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