genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.197.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  197  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20817559--20817611	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
20822952--20823004	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
20823166--20823218	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
20823506--20823558	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
20824560--20824612	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
20825282--20825334	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
20825448--20825732	154	1.9	153	83	5	378	20	24	29	25	1.99
20825308--20825835	157	3.4	154	74	10	455	20	25	30	23	1.98
20826840--20826892	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
20827182--20827234	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
20827877--20827929	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
20828126--20828178	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
20829160--20829212	26	2.0	26	92	0	88	30	22	16	30	1.96
20829185--20829677	158	3.1	157	71	9	417	18	26	30	24	1.98
20829693--20830083	171	2.3	168	75	5	381	21	25	29	23	1.99
20830183--20830235	26	2.0	26	85	7	72	30	22	18	28	1.98
20831088--20831140	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
20831793--20831843	26	2.0	26	92	7	86	27	23	19	29	1.98
20832171--20832223	26	2.0	26	85	7	72	30	24	20	24	1.99
20832324--20832701	159	2.4	159	77	4	395	18	25	29	25	1.98
20832673--20832725	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
20833454--20833924	158	3.0	158	74	5	423	19	27	30	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20833897--20833974	26	3.0	26	87	5	97	26	24	19	29	1.98
20834645--20834697	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
20834799--20834851	26	2.0	26	89	7	81	24	20	20	33	1.97
20834877--20835194	171	1.9	171	82	4	399	21	28	27	21	1.99
20834888--20835760	355	2.4	359	82	6	998	21	27	28	23	1.99
20835535--20835587	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
20836023--20836075	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
20836248--20836279	12	2.7	12	95	0	55	12	34	18	34	1.89
20837221--20837299	26	3.0	26	92	3	133	25	22	21	30	1.99
20837960--20838012	26	2.0	26	88	0	79	26	18	22	32	1.97
20838461--20838513	26	2.0	26	85	7	72	26	22	18	32	1.97
20838828--20838880	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
20838404--20839558	368	3.2	350	78	8	1082	20	26	29	24	1.99
20839196--20839248	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
20839444--20839723	153	1.8	153	80	3	339	21	28	27	22	1.99
20839739--20839768	12	2.5	12	100	0	60	33	26	33	6	1.83
20840574--20840625	26	2.0	26	92	0	86	28	28	17	25	1.97
20841641--20841693	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
20842364--20842416	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
20843176--20843228	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
20843268--20843563	159	1.9	159	84	2	407	19	25	32	22	1.98
20843727--20843779	26	2.0	26	85	7	72	32	22	15	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20844093--20844145	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
20844434--20844483	26	1.9	26	92	8	84	28	24	16	32	1.96
20844854--20845677	159	5.2	159	75	9	685	20	27	29	22	1.98
20844854--20845678	319	2.6	315	84	3	1042	20	27	29	22	1.98
20845648--20845703	26	2.2	26	90	6	87	30	21	17	30	1.96
20847120--20847196	26	3.0	26	92	0	118	35	20	11	32	1.89
20847653--20847715	26	2.4	26	100	0	126	28	23	15	31	1.96
20848246--20848295	26	1.9	26	88	8	75	24	26	20	30	1.98
20854265--20854317	26	2.0	26	88	0	79	26	26	20	26	1.99
20854987--20855039	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
20855053--20855832	159	4.9	158	74	8	573	18	25	30	25	1.98
20855013--20855833	318	2.6	317	84	3	1030	19	25	29	25	1.98
20856185--20856237	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
20856172--20856896	343	2.1	341	87	1	1011	17	26	31	24	1.97
20856553--20857054	158	3.2	157	77	5	510	18	26	30	24	1.98
20857028--20857080	26	2.0	26	92	7	90	30	24	16	28	1.97
20857753--20857805	26	2.0	26	85	7	72	28	28	18	24	1.98
20857819--20858279	159	2.9	157	78	6	417	16	27	32	23	1.96
20857779--20858269	157	3.1	156	77	5	538	17	27	31	23	1.97
20858631--20858683	26	2.0	26	89	7	81	30	28	18	22	1.98
20858974--20859024	26	2.0	26	84	0	66	27	25	19	27	1.99
20858608--20859343	343	2.1	343	81	4	822	20	27	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20859132--20859502	158	2.3	158	79	3	404	18	27	29	23	1.98
20859475--20859527	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
20860368--20860420	26	2.0	26	85	7	72	24	24	22	28	2.00
20860529--20860931	158	2.5	159	82	5	460	18	26	31	23	1.97
20860991--20861393	171	2.3	171	77	4	425	19	25	30	24	1.98
20861351--20861466	58	2.0	58	91	0	187	25	22	22	30	1.99
20864008--20864347	184	1.8	184	82	2	441	18	27	29	24	1.98
20864309--20864381	38	1.9	38	85	0	101	9	26	34	30	1.88
20864878--20864930	26	2.0	26	85	7	72	28	20	18	32	1.97
20865245--20865297	26	2.0	26	85	7	72	32	26	16	24	1.97
20865675--20866128	158	2.9	158	75	5	457	20	27	29	22	1.98
20866101--20866153	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
20866651--20866705	25	2.2	25	96	0	101	30	23	18	27	1.97
20866651--20866718	25	2.7	25	90	0	91	27	23	19	29	1.98
20867397--20867449	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
20868108--20868160	26	2.0	26	89	7	81	26	28	18	26	1.98
20868134--20868467	158	2.1	158	82	1	391	22	26	27	23	1.99
20868452--20868502	26	2.0	26	88	7	77	29	21	17	31	1.96
20867666--20869054	551	2.5	551	80	2	1342	21	26	27	24	1.99
20869001--20869053	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
20869396--20869448	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
20869910--20869960	26	2.0	26	88	0	75	31	23	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20869313--20870702	525	2.7	511	79	5	1356	21	25	28	23	1.99
20870027--20870315	159	1.8	157	85	3	409	19	28	29	23	1.98
20871361--20871648	159	1.8	159	80	0	351	19	28	28	23	1.98
20871763--20871818	26	2.2	26	93	0	94	28	26	17	26	1.98
20871792--20872223	159	2.7	156	76	6	400	21	25	28	24	1.99
20872271--20872320	26	1.9	26	92	8	84	24	24	20	32	1.98
20873080--20873132	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
20873290--20873342	26	2.0	26	92	7	90	24	30	20	24	1.99
20873316--20873672	159	2.3	150	76	9	335	20	29	29	21	1.98
20873783--20873835	26	2.0	26	92	7	90	28	22	20	28	1.99
20874663--20874715	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
20874875--20874925	26	2.0	26	88	0	75	29	25	17	27	1.98
20875778--20875830	26	2.0	26	85	7	72	24	24	22	28	2.00
20875804--20876293	159	3.1	154	75	8	459	18	25	30	24	1.98
20876851--20876903	26	2.0	26	89	7	81	24	22	22	30	1.99
20883558--20883974	159	2.6	160	80	3	475	17	29	29	22	1.97
20885082--20885811	158	4.5	157	75	8	474	18	27	30	23	1.98
20885845--20886345	158	3.2	159	75	6	401	18	27	30	23	1.97
20885147--20887059	671	2.8	669	82	4	2154	19	26	30	23	1.98
20886455--20886507	26	2.0	26	85	0	70	30	22	18	28	1.98
20887562--20887613	26	2.0	26	85	7	70	28	26	17	26	1.97
20888285--20888337	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20888311--20888812	158	3.2	155	75	10	480	19	27	30	22	1.98
20888786--20888838	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
20888963--20889259	157	1.9	158	81	6	361	19	29	29	21	1.98
20889475--20889527	26	2.0	26	85	7	72	26	24	18	30	1.98
20888311--20889738	689	2.1	671	80	4	1574	20	27	29	22	1.99
20890512--20890563	26	2.0	26	88	7	79	26	21	19	32	1.97
20890886--20890937	26	2.0	25	96	3	95	25	30	21	23	1.99
20893008--20893075	25	2.7	25	95	0	118	27	23	20	27	1.99
20893779--20894269	158	3.1	159	75	6	467	21	27	28	22	1.99
20894463--20894515	26	2.0	26	88	0	79	26	28	18	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402