genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.200.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  200  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21049879--21049929	26	2.0	26	84	7	68	35	25	9	29	1.88
21050574--21050626	26	2.0	26	82	7	63	26	24	16	32	1.97
21050635--21051144	157	3.2	156	73	5	441	20	27	30	22	1.98
21051454--21051506	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
21051796--21051848	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
21051673--21052007	184	1.8	185	81	4	426	20	27	28	23	1.99
21052150--21052202	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
21051414--21052518	342	3.2	344	79	7	1157	20	27	28	23	1.99
21052859--21052909	26	2.0	26	88	0	75	29	27	19	23	1.98
21052885--21053376	154	3.2	155	75	9	464	21	26	29	23	1.99
21053525--21053574	26	1.9	26	91	0	82	26	28	18	28	1.98
21053551--21054048	158	3.2	157	78	4	536	20	26	29	23	1.99
21054022--21054074	26	2.0	26	89	7	81	32	24	16	26	1.97
21054194--21055207	159	6.4	159	71	8	554	19	27	29	23	1.98
21055181--21055232	26	2.0	26	88	7	79	26	23	21	28	1.99
21055890--21055942	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
21056391--21056443	26	2.0	26	92	7	90	26	20	20	32	1.98
21056373--21057109	343	2.1	349	79	8	777	21	25	27	25	1.99
21056771--21057202	159	2.7	158	78	3	373	20	27	30	22	1.98
21057700--21057750	26	2.0	26	92	7	86	27	19	17	35	1.94
21058615--21058667	26	2.0	26	85	7	72	26	24	22	26	2.00
21058358--21059034	196	3.5	184	80	8	683	22	28	27	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21058811--21058863	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
21058509--21059034	196	2.7	194	87	2	739	23	28	26	21	1.99
21059632--21059684	26	2.0	26	96	0	97	28	22	20	28	1.99
21059658--21060075	184	2.3	184	84	3	520	21	27	27	23	1.99
21060186--21060236	26	2.0	26	88	7	77	29	27	15	27	1.96
21060896--21060948	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
21061401--21061450	26	1.9	26	92	8	84	26	24	20	30	1.98
21060135--21061555	712	2.0	711	81	3	1651	21	26	28	24	1.99
21061796--21061848	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
21062493--21062545	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
21063461--21063513	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
21063828--21063880	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
21063854--21064355	158	3.2	158	74	8	482	19	27	28	24	1.99
21064513--21064564	26	2.0	26	85	3	70	28	25	21	25	1.99
21063600--21065041	684	2.1	672	82	3	1721	20	26	28	24	1.99
21065776--21067116	159	8.1	158	68	13	587	20	27	30	21	1.98
21065776--21066301	158	3.3	158	76	4	531	19	28	30	20	1.97
21066217--21066542	171	1.9	171	79	5	363	21	26	29	21	1.99
21066598--21066650	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
21066547--21067481	514	1.8	502	81	4	1138	20	26	29	23	1.99
21066925--21067915	343	2.9	341	81	4	1022	20	26	29	22	1.99
21067798--21067850	26	2.0	26	85	7	72	32	24	15	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21068121--21068173	26	2.0	26	92	7	90	26	26	22	24	2.00
21068296--21068689	158	2.5	159	75	4	382	21	26	29	22	1.99
21068748--21068799	26	2.0	26	92	0	86	28	26	19	25	1.98
21069226--21069278	26	2.0	26	85	7	72	33	20	15	30	1.93
21069594--21069646	26	2.0	26	85	7	72	26	26	18	28	1.98
21069675--21070119	157	2.8	157	73	3	410	20	27	29	22	1.98
21070472--21070524	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
21070942--21070994	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
21071666--21071718	26	2.0	26	85	7	72	26	22	22	28	1.99
21072009--21072061	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
21072219--21072271	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
21072588--21072638	26	2.0	26	92	0	84	27	27	15	29	1.96
21072614--21073115	159	3.2	158	74	7	480	20	26	28	23	1.99
21073089--21073141	26	2.0	26	85	7	72	24	26	18	30	1.98
21074589--21074641	26	2.0	26	88	0	79	24	18	30	26	1.98
21075142--21075194	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
21075366--21075416	26	2.0	25	96	3	93	31	19	21	27	1.97
21075518--21075885	201	1.8	201	85	3	526	22	30	25	20	1.99
21075907--21075959	26	2.0	26	85	0	70	26	18	24	30	1.98
21077661--21077712	26	2.0	25	92	3	86	28	21	21	28	1.98
21078374--21078426	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
21078443--21078890	158	2.8	158	75	5	447	23	32	25	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21079008--21079059	26	2.0	26	92	7	88	28	15	25	30	1.96
21079132--21079535	159	2.6	158	76	7	433	21	32	26	20	1.97
21079509--21079561	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
21080522--21080574	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
21080521--21080848	175	1.9	175	82	1	415	27	25	26	21	1.99
21080988--21081040	26	2.0	26	88	0	79	24	18	26	30	1.98
21081158--21081210	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
21081183--21081640	158	2.9	156	75	5	404	22	28	28	20	1.98
21081864--21081916	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
21081890--21082389	158	3.2	156	73	6	445	23	28	27	21	1.99
21082363--21082415	26	2.0	26	89	7	81	28	16	24	30	1.97
21082738--21082790	26	2.0	26	92	0	88	28	16	28	26	1.97
21082763--21083265	158	3.2	158	79	5	487	24	29	26	19	1.98
21083239--21083291	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
21083448--21083500	26	2.0	26	85	7	72	28	18	22	30	1.98
21082693--21084010	709	1.9	710	82	1	1703	23	28	26	21	1.99
21083948--21084000	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
21085235--21085287	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
21085260--21085835	159	3.6	157	76	7	513	23	29	28	18	1.97
21085526--21085923	159	2.5	159	82	2	437	21	31	26	19	1.98
21086093--21086145	26	2.0	26	86	13	74	28	16	24	30	1.97
21084707--21087085	858	2.7	856	78	6	2206	23	28	27	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21087147--21087199	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
21087852--21088191	159	2.1	158	76	8	341	21	30	27	20	1.98
21087854--21088505	343	1.9	344	80	2	756	22	29	26	21	1.99
21088673--21088725	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
21089052--21089102	26	2.0	26	88	0	75	27	13	29	29	1.94
21089763--21089841	26	3.0	26	90	3	124	30	17	22	29	1.97
21089975--21090026	26	2.0	26	96	0	95	25	19	28	26	1.98
21090708--21090760	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
21090895--21090946	26	2.0	26	84	0	68	25	17	28	28	1.97
21088867--21091876	920	3.3	917	89	4	4627	26	23	24	25	2.00
21091629--21091681	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
21091815--21091866	26	2.0	26	92	0	86	25	17	28	28	1.97
21092000--21092294	157	1.9	157	86	2	385	24	30	27	17	1.97
21098616--21099108	155	3.1	154	74	11	446	23	30	26	19	1.98
21099767--21099819	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
21099792--21100283	158	3.1	157	82	4	589	21	30	28	19	1.97
21107279--21107636	155	2.3	154	77	8	361	23	27	27	21	1.99
21108115--21108167	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
21108142--21108634	159	3.1	157	81	4	546	23	30	27	18	1.97
21109335--21109386	26	2.0	26	85	7	70	28	15	26	28	1.96
21109361--21109855	156	3.2	153	74	9	435	22	29	27	20	1.98
21109829--21109881	26	2.0	26	85	7	72	24	18	26	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21110691--21110743	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
21110967--21110995	12	2.4	12	100	0	58	6	24	27	41	1.80
21111896--21111948	26	2.0	26	89	7	81	28	15	24	32	1.95
21112396--21112446	26	2.0	26	88	3	77	27	19	25	27	1.99
21112736--21112786	26	2.0	26	88	3	77	27	19	25	27	1.99
21112079--21112968	341	2.6	341	92	2	1450	23	27	27	21	1.99
21113030--21113082	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
21113411--21113463	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
21113447--21113925	155	3.1	156	72	10	412	22	29	27	20	1.98
21114621--21114672	26	2.0	25	88	3	77	26	19	25	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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