genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.236.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  236  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23685894--23686920	368	2.9	346	76	11	1053	19	27	30	22	1.98
23695616--23695668	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
23696020--23696520	158	3.2	158	76	6	408	24	29	26	18	1.98
23696494--23696546	26	2.0	26	92	0	88	26	20	28	24	1.99
23697217--23697268	26	2.0	25	85	3	68	30	23	19	26	1.98
23697559--23697611	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
23699702--23699754	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
23700041--23700370	159	2.1	157	86	2	455	22	30	27	19	1.98
23700385--23700436	26	2.0	26	96	3	97	26	21	25	26	1.99
23700593--23700643	26	2.0	26	88	7	77	31	15	23	29	1.95
23700619--23701114	154	3.2	154	72	14	406	23	28	27	21	1.99
23701088--23701140	26	2.0	26	92	7	90	28	16	26	28	1.97
23702152--23702204	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
23701435--23702723	697	1.8	698	82	3	1673	24	27	26	21	1.99
23702177--23702607	159	2.7	157	72	7	386	24	30	26	18	1.98
23702653--23702705	26	2.0	26	92	0	88	24	20	26	28	1.99
23703257--23703309	26	2.0	26	85	7	72	28	16	24	30	1.97
23703282--23703585	158	1.9	158	81	7	368	26	32	24	17	1.96
23703282--23703625	158	2.2	158	80	8	362	26	31	24	18	1.98
23703599--23703650	26	2.0	25	85	10	70	28	21	25	25	1.99
23703795--23703845	26	2.0	26	96	0	93	27	19	25	27	1.99
23704161--23704286	58	2.2	58	80	4	137	29	26	30	12	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23704002--23704439	217	2.0	217	82	3	533	25	28	26	18	1.98
23704511--23704907	184	2.2	184	82	3	476	26	26	24	22	2.00
23705197--23705249	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
23705578--23705630	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
23705603--23706032	159	2.7	158	79	4	420	23	28	28	19	1.98
23707022--23707500	171	2.8	171	79	3	489	21	30	27	20	1.98
23707360--23707744	159	2.4	159	79	3	400	24	30	25	19	1.98
23707720--23707767	23	2.1	23	100	0	96	27	31	29	12	1.93
23707889--23707941	26	2.0	26	82	7	63	32	18	20	28	1.97
23708391--23708446	26	2.2	26	90	0	85	26	17	25	30	1.97
23708955--23709033	26	3.0	26	92	0	131	25	18	29	26	1.98
23708770--23709192	211	2.0	211	80	6	473	25	27	26	21	1.99
23709324--23709375	26	2.0	26	88	7	79	26	17	28	26	1.97
23710022--23710075	26	2.1	26	85	0	72	27	18	25	27	1.98
23710582--23710941	170	2.1	170	78	5	377	22	30	27	18	1.98
23710948--23711312	159	2.3	158	78	6	362	23	31	26	18	1.98
23710583--23711582	513	2.0	513	80	7	1104	22	30	27	19	1.98
23710848--23712141	697	1.9	696	82	3	1643	22	29	26	20	1.99
23711645--23712403	317	2.4	322	80	5	813	23	29	27	19	1.98
23712435--23712486	26	2.0	26	92	7	88	26	19	26	26	1.99
23712694--23712749	26	2.2	26	93	0	94	17	3	21	57	1.55
23713070--23713095	11	2.4	11	100	0	52	7	30	34	26	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23714114--23714166	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
23714835--23714887	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
23714861--23715223	159	2.3	159	78	7	362	24	29	26	19	1.98
23715411--23715798	171	2.3	169	81	4	422	23	30	25	20	1.99
23716803--23716855	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
23716826--23717243	159	2.6	159	78	4	423	25	27	26	19	1.99
23717685--23717737	26	2.0	26	85	0	70	30	20	22	26	1.98
23717710--23718109	158	2.5	157	77	6	394	25	29	27	17	1.97
23719094--23719146	26	2.0	26	92	7	90	32	16	20	30	1.95
23719130--23719615	159	3.1	156	78	3	497	24	30	26	18	1.98
23719596--23719648	26	2.0	26	86	13	74	26	16	26	30	1.97
23721530--23721582	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
23722239--23723275	514	2.0	507	78	8	1062	24	29	25	20	1.99
23721361--23723392	887	2.3	888	81	6	2214	24	28	26	21	1.99
23722753--23723393	355	1.8	355	86	0	931	24	29	25	20	1.99
23723291--23723342	26	2.0	26	85	7	70	28	17	25	28	1.97
23723500--23723552	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
23723526--23723867	158	2.2	158	85	4	451	22	28	27	21	1.99
23723841--23723893	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
23725163--23725215	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
23725643--23726004	159	2.3	158	79	3	395	21	32	27	18	1.97
23726886--23726938	26	2.0	26	85	7	72	26	18	28	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23727229--23727281	26	2.0	26	85	0	70	22	20	28	28	1.99
23728633--23729133	158	3.2	156	74	6	434	22	28	27	21	1.99
23729107--23729159	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
23729475--23729524	26	1.9	26	88	8	75	30	18	24	28	1.97
23737126--23737178	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
23737506--23737558	26	2.0	26	85	7	72	30	16	22	30	1.96
23737531--23737964	159	2.7	158	79	3	460	22	30	28	18	1.97
23738754--23739057	158	1.9	158	81	4	362	22	32	28	16	1.96
23738737--23739708	342	2.8	341	79	5	857	23	29	28	18	1.98
23740303--23740355	26	2.0	26	85	7	72	26	20	24	28	1.99
23741208--23741675	159	3.0	157	76	8	376	23	29	28	19	1.98
23741683--23741735	26	2.0	26	85	7	72	28	18	26	26	1.98
23742070--23742440	171	2.2	171	81	3	415	22	28	26	22	1.99
23743265--23743758	158	3.1	158	78	4	467	22	29	27	19	1.98
23743264--23743695	159	2.7	158	79	4	465	23	30	28	17	1.97
23744473--23744522	26	1.9	26	92	8	84	30	20	24	26	1.98
23744498--23744845	159	2.2	159	82	1	412	22	30	27	18	1.98
23744816--23744868	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
23745052--23745691	326	2.0	325	89	0	985	29	15	22	32	1.95
23746204--23746256	26	2.0	26	88	0	79	24	20	28	26	1.99
23746380--23746743	158	2.3	158	81	4	446	21	31	28	18	1.97
23746717--23746768	26	2.0	26	92	0	86	26	19	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23745890--23747004	513	2.2	514	84	3	1431	22	30	28	19	1.98
23747524--23747560	11	3.4	11	96	0	65	18	29	29	21	1.97
23747973--23748025	26	2.0	26	88	0	79	24	18	26	30	1.98
23748181--23748233	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
23748206--23748612	159	2.6	158	79	4	435	23	28	27	20	1.99
23748207--23748706	158	3.2	158	77	3	432	22	28	26	22	1.99
23749049--23749126	26	3.0	26	94	3	140	28	20	25	25	1.99
23749944--23749994	26	2.0	26	92	0	84	25	13	31	29	1.94
23751156--23751206	26	2.0	26	92	0	84	25	17	29	27	1.98
23750961--23751643	367	1.9	354	79	5	769	24	28	27	19	1.99
23751863--23751915	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
23752337--23752415	26	3.0	25	85	3	104	26	18	25	29	1.98
23753067--23753119	26	2.0	26	82	7	63	24	16	26	32	1.97
23753445--23753497	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
23753471--23753971	158	3.2	158	78	7	518	22	30	27	19	1.98
23753945--23753995	26	2.0	26	88	0	75	25	15	27	31	1.96
23755303--23755405	50	2.0	51	96	1	190	32	20	28	19	1.97
23760613--23761020	159	2.6	157	77	5	410	25	29	25	18	1.98
23761178--23761205	13	2.2	13	100	0	56	21	32	46	0	1.52
23762202--23762552	158	2.2	158	83	2	382	23	29	26	20	1.99
23762981--23763033	26	2.0	26	85	7	72	30	18	24	26	1.98
23763133--23763181	21	2.3	21	100	0	98	20	53	10	16	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23764400--23764452	26	2.0	26	96	0	97	30	18	24	26	1.98
23765251--23765600	158	2.2	157	74	4	344	24	30	26	20	1.98
23764425--23765711	671	1.9	674	82	3	1603	23	29	26	19	1.98
23765600--23766364	159	4.8	157	76	8	636	23	30	27	18	1.98
23765099--23766102	502	2.0	500	85	3	1349	23	30	26	19	1.98
23765599--23766364	317	2.4	316	86	3	1036	23	30	27	18	1.98
23767107--23767159	26	2.0	26	88	0	79	26	20	26	26	1.99
23766055--23768216	695	3.1	692	82	6	2224	23	29	27	19	1.98
23768190--23768242	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
23768488--23768532	21	2.1	21	100	0	90	13	46	24	15	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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