genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.123.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  123  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15398888--15398937	26	1.9	26	88	8	75	24	30	20	26	1.98
15399290--15399368	26	3.0	26	90	3	124	26	24	21	27	1.99
15400527--15400581	26	2.2	25	93	3	92	27	21	21	29	1.99
15400375--15400741	184	2.0	184	83	4	472	20	25	29	24	1.99
15400833--15400861	13	2.2	13	100	0	58	6	51	27	13	1.66
15400995--15401743	159	4.7	158	75	4	639	18	26	29	25	1.98
15401044--15401743	318	2.2	316	82	2	837	19	26	29	25	1.98
15403318--15403370	26	2.0	26	82	13	65	30	24	16	28	1.97
15403702--15403776	26	2.9	26	97	0	141	26	29	22	21	1.99
15404347--15404372	11	2.4	11	100	0	52	19	30	30	19	1.96
15405447--15405499	26	2.0	26	88	0	79	32	22	18	26	1.97
15405657--15405709	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
15408293--15408345	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
15408406--15408822	159	2.6	159	79	4	421	17	26	30	24	1.97
15408992--15409044	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
15408691--15409055	198	1.9	196	86	1	532	21	25	27	25	1.99
15410209--15410708	158	3.2	155	73	7	427	22	26	28	22	1.99
15411052--15411102	26	2.0	26	88	0	75	25	29	19	25	1.99
15412114--15412166	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
15412508--15412560	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
15412851--15412903	26	2.0	26	85	7	72	30	22	16	30	1.96
15414419--15414447	12	2.4	12	100	0	58	51	13	0	34	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15414703--15414753	26	2.0	26	88	0	75	33	29	11	25	1.91
15414666--15415097	184	2.3	184	83	0	506	21	26	27	24	1.99
15415892--15416423	159	3.4	156	77	7	484	19	26	29	24	1.98
15416066--15416422	157	2.3	160	80	6	379	19	24	30	25	1.98
15416395--15416448	26	2.0	27	86	10	76	25	24	20	29	1.99
15417264--15417597	159	2.1	159	77	5	354	18	27	29	24	1.98
15418421--15418709	159	1.8	158	79	5	341	19	26	28	25	1.98
15418685--15418735	26	2.0	26	88	7	77	29	21	17	31	1.96
15419398--15419448	26	2.0	26	88	0	75	33	23	15	27	1.95
15419430--15419924	159	3.1	157	74	6	379	19	26	29	24	1.98
15419898--15419950	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
15420144--15420174	12	2.6	12	94	0	53	41	29	25	3	1.71
15420253--15420816	298	1.9	298	83	3	724	21	26	29	22	1.99
15421966--15422330	159	2.3	159	82	5	452	20	25	29	24	1.99
15422302--15422354	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
15422462--15422514	26	2.0	26	89	7	81	32	24	15	28	1.95
15423058--15423108	26	2.0	26	92	0	84	29	23	19	27	1.98
15423084--15423444	159	2.3	156	76	8	354	20	26	29	23	1.99
15423153--15423582	159	2.7	159	77	5	357	18	27	30	23	1.98
15423556--15423608	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
15423765--15423814	26	1.9	26	95	0	91	26	30	18	26	1.98
15424995--15425074	26	3.0	26	90	3	124	32	22	17	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15425373--15425597	121	1.9	121	82	0	288	21	25	32	20	1.98
15425697--15427535	910	2.0	900	88	3	2755	26	23	23	26	2.00
15427300--15427352	26	2.0	26	92	0	88	26	26	22	24	2.00
15427824--15427876	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
15428309--15428361	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
15428507--15428559	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
15428998--15429050	26	2.0	26	85	7	72	28	20	16	33	1.95
15429695--15429747	26	2.0	26	88	0	79	30	26	18	24	1.98
15429721--15430151	159	2.7	155	75	10	381	21	27	29	21	1.99
15429721--15430219	158	3.2	156	74	8	445	21	27	28	22	1.99
15430034--15430402	184	2.0	183	85	3	501	21	25	28	23	1.99
15430562--15430612	26	2.0	26	88	0	75	25	29	19	25	1.99
15431626--15431678	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
15432015--15432067	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
15432358--15432410	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
15433081--15433133	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
15433107--15433595	158	3.1	158	75	9	487	18	27	31	22	1.97
15433580--15433632	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
15434654--15434704	26	2.0	26	92	7	86	27	25	15	31	1.96
15435375--15435427	26	2.0	26	88	0	79	30	26	18	24	1.98
15435559--15435611	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
15435302--15435770	184	2.5	183	84	2	582	18	27	28	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15435619--15436088	159	3.0	158	78	5	372	18	27	30	22	1.97
15436380--15436404	13	1.9	13	100	0	50	12	48	16	24	1.79
15436443--15436495	26	2.0	26	85	7	72	32	28	15	24	1.95
15436533--15437125	159	3.8	158	77	4	421	18	27	30	23	1.98
15438356--15438408	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
15439063--15439114	26	2.0	26	92	0	86	32	28	13	25	1.93
15439088--15439590	159	3.2	157	79	7	577	19	28	29	22	1.98
15439564--15439616	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
15438988--15439946	515	1.9	502	82	4	1197	20	28	28	22	1.99
15439920--15439972	26	2.0	26	88	0	79	26	24	22	26	2.00
15439329--15440153	356	2.4	343	82	5	937	20	28	28	22	1.98
15440218--15440270	26	2.0	26	88	0	79	26	24	22	26	2.00
15440244--15440744	159	3.2	156	79	5	576	18	27	31	22	1.97
15440718--15440770	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
15441469--15441966	158	3.1	156	79	6	511	19	26	30	23	1.98
15441940--15441992	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
15442740--15442792	26	2.0	26	88	0	79	30	26	18	24	1.98
15442865--15443268	158	2.5	158	80	5	447	19	27	28	25	1.98
15443241--15443293	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
15443401--15443453	26	2.0	26	89	7	81	32	24	15	28	1.95
15444041--15444093	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
15444064--15444568	158	3.2	157	77	6	545	20	27	30	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15444611--15444635	12	2.1	12	100	0	50	36	32	32	0	1.58
15445607--15445659	26	2.0	26	92	0	88	28	28	16	26	1.97
15445633--15446032	159	2.6	155	71	12	343	21	27	29	22	1.99
15446312--15446363	26	2.0	26	92	3	88	28	28	19	23	1.98
15446378--15447022	159	3.9	160	76	13	556	19	28	29	22	1.98
15446995--15447047	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
15447373--15447425	26	2.0	26	85	0	70	32	26	16	24	1.97
15447862--15447914	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
15449137--15449189	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
15449215--15449507	159	1.8	158	82	0	379	17	29	31	22	1.96
15449480--15449531	26	2.0	25	85	3	68	28	21	21	28	1.98
15450700--15450752	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
15451079--15451131	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
15457750--15457802	26	2.0	26	88	0	79	28	28	16	26	1.97
15457834--15458273	159	2.8	159	81	1	506	19	30	29	21	1.97
15458247--15458298	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
15458137--15458722	196	3.0	196	88	1	818	21	28	29	21	1.98
15458638--15458690	26	2.0	26	88	0	79	28	28	20	22	1.99
15459139--15459191	26	2.0	26	92	0	88	28	26	16	28	1.97
15459509--15459925	159	2.6	159	83	3	518	17	30	30	21	1.96
15459899--15459951	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
15459747--15460110	184	2.0	185	87	0	532	20	28	29	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15459971--15460427	159	2.9	158	80	4	508	18	28	30	22	1.97
15459925--15460426	158	3.2	157	77	6	510	19	28	29	22	1.98
15460401--15460452	26	2.0	26	92	7	88	30	25	15	28	1.96
15460596--15460648	26	2.0	26	88	0	79	28	28	20	22	1.99
15460242--15460807	184	3.0	183	76	9	589	21	26	28	23	1.99
15461464--15461865	159	2.5	157	76	7	389	19	29	28	22	1.98
15461838--15461890	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
15462714--15462766	26	2.0	26	89	7	81	32	20	16	30	1.95
15463095--15463147	26	2.0	26	92	7	90	28	24	20	26	1.99
15461444--15463650	882	2.5	867	81	5	2554	20	27	29	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402