genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.330.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  330  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30554820--30554873	26	2.1	26	86	13	76	25	16	25	31	1.97
30555578--30555978	158	2.5	158	74	3	385	24	29	27	19	1.98
30556054--30556106	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
30555737--30557577	343	5.4	351	76	9	1450	23	28	26	20	1.99
30556231--30556614	158	2.4	159	77	7	422	23	27	27	21	1.99
30556231--30556685	159	2.9	158	75	5	443	23	28	28	20	1.99
30555578--30557094	672	2.3	658	80	4	1688	22	29	27	20	1.99
30557068--30557120	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
30557264--30557611	184	1.9	184	83	0	453	24	28	25	21	1.99
30556809--30558357	856	1.8	855	83	2	2070	23	29	26	20	1.99
30557741--30558395	355	1.8	356	83	2	861	23	29	27	19	1.98
30558279--30558331	26	2.0	26	88	0	79	26	22	26	24	2.00
30565445--30565497	26	2.0	26	82	13	65	32	16	22	28	1.96
30565471--30566053	159	3.7	158	76	7	538	25	27	27	19	1.99
30566643--30566695	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
30566668--30567095	159	2.7	158	78	3	439	24	29	27	18	1.98
30567144--30567196	26	2.0	26	92	0	88	22	20	30	26	1.98
30567511--30567563	26	2.0	26	89	7	81	28	15	24	32	1.95
30567930--30568431	158	3.2	158	73	6	442	22	30	27	20	1.98
30568405--30568457	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
30568959--30569009	26	2.0	26	96	0	93	25	15	31	27	1.96
30569676--30569728	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30569991--30570043	27	2.0	27	88	3	81	26	16	28	28	1.97
30570697--30570747	26	2.0	26	92	0	84	27	19	29	23	1.98
30571324--30571376	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
30571667--30571719	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
30571844--30573102	184	6.6	183	78	8	1024	24	27	26	21	1.99
30572442--30572494	26	2.0	26	89	7	81	28	22	22	26	1.99
30572810--30572862	26	2.0	26	88	0	79	24	16	26	32	1.97
30573019--30573071	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
30573208--30573987	159	4.9	158	71	6	405	23	30	27	19	1.98
30573208--30574027	317	2.6	316	80	3	896	23	29	27	19	1.98
30573217--30574027	158	5.1	157	72	5	599	23	29	27	19	1.98
30574001--30574053	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
30574382--30574434	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
30573820--30574527	368	1.9	360	81	10	828	23	29	27	19	1.98
30574408--30574814	156	2.6	155	78	8	419	24	30	27	17	1.98
30576217--30576266	26	1.9	26	95	0	91	32	18	22	28	1.97
30577526--30577553	13	2.2	13	100	0	56	21	25	46	7	1.76
30579114--30579166	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
30579139--30579638	159	3.2	156	75	5	389	23	29	27	19	1.98
30579612--30579664	26	2.0	26	92	0	88	24	18	30	26	1.98
30579629--30580139	158	3.2	157	78	3	558	21	30	28	19	1.98
30580113--30580164	26	2.0	26	88	0	77	28	19	25	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30580844--30580896	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
30580869--30581303	157	2.8	156	78	4	461	23	30	28	17	1.97
30581352--30581404	26	2.0	26	85	0	70	35	20	20	22	1.96
30581377--30581829	159	2.9	156	76	8	371	25	29	25	18	1.98
30581852--30581904	26	2.0	26	88	0	79	26	18	28	26	1.98
30581693--30582062	184	2.0	184	83	4	469	22	27	27	22	1.99
30581877--30582379	158	3.2	158	77	3	467	22	29	28	20	1.98
30582354--30582405	26	2.0	26	92	0	86	26	19	26	26	1.99
30580842--30582443	501	3.2	494	80	6	1740	24	29	26	19	1.99
30583383--30583434	26	2.0	26	96	0	95	25	19	28	26	1.98
30583721--30583773	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
30584443--30584495	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
30584786--30584838	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
30585481--30585533	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
30585664--30585971	159	1.9	158	80	1	348	22	30	28	18	1.98
30585981--30586033	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
30586114--30586638	184	2.9	182	82	4	558	24	30	25	19	1.98
30586442--30586494	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
30586912--30586964	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
30586721--30587248	279	1.9	277	86	2	745	24	29	26	19	1.98
30587045--30587568	184	2.9	182	82	5	558	24	30	25	19	1.98
30587373--30587425	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30587640--30587692	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
30587983--30588034	25	2.0	26	92	3	88	25	19	26	28	1.98
30588678--30588730	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
30588861--30589168	159	1.9	158	81	1	366	22	30	28	18	1.98
30589178--30589231	27	2.0	26	85	3	72	25	18	25	29	1.98
30589456--30589505	26	1.9	26	83	0	64	26	20	28	26	1.99
30590116--30590166	26	2.0	26	88	0	75	23	13	31	31	1.93
30590473--30590525	26	2.0	26	88	0	79	26	18	28	26	1.98
30590708--30591151	157	2.8	154	77	7	419	23	29	27	19	1.99
30591181--30591233	26	2.0	26	88	0	79	24	20	28	26	1.99
30591390--30591745	172	2.0	180	82	7	442	23	27	28	20	1.99
30591562--30592064	158	3.2	157	78	7	473	23	28	27	20	1.99
30592760--30592811	26	2.0	25	88	3	77	30	19	23	26	1.98
30593103--30593180	26	3.0	26	94	0	129	25	17	28	28	1.98
30593362--30593864	159	3.2	157	74	5	386	23	29	26	21	1.99
30593838--30593889	25	2.0	26	92	3	88	25	15	26	32	1.95
30594558--30594607	26	1.9	26	84	8	66	28	24	26	22	1.99
30594741--30594793	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
30595293--30596040	183	4.0	183	77	8	641	24	27	25	22	2.00
30595830--30595880	26	2.0	26	92	7	86	29	21	21	27	1.99
30595856--30596317	159	2.9	159	78	5	443	23	30	26	19	1.98
30594557--30596405	880	2.1	887	81	4	2169	24	28	25	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30596331--30596383	26	2.0	26	85	7	72	28	18	26	26	1.98
30596750--30596802	26	2.0	26	89	7	81	26	22	24	26	2.00
30597281--30597330	26	2.0	25	92	4	82	32	18	20	30	1.96
30598000--30598052	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
30598501--30598550	26	1.9	26	83	0	64	28	12	26	34	1.92
30601604--30602098	159	3.1	157	75	7	381	22	28	28	20	1.98
30601849--30602517	352	1.9	352	83	3	871	23	29	26	20	1.98
30602424--30602476	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
30602925--30602976	25	2.0	26	88	3	79	28	21	23	26	1.99
30603303--30603355	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
30603647--30603699	26	2.0	26	92	0	88	26	20	24	28	1.99
30604027--30604079	26	2.0	26	92	7	90	30	18	24	26	1.98
30604053--30604552	157	3.2	154	74	6	425	22	29	27	21	1.99
30604526--30604579	27	2.0	26	89	3	81	29	20	22	27	1.98
30604524--30604878	195	1.8	197	83	3	484	25	26	25	22	2.00
30603856--30605306	696	2.1	696	79	4	1531	23	28	26	21	1.99
30605597--30605964	189	2.0	185	83	4	461	23	27	25	23	2.00
30604719--30606281	513	3.1	501	76	6	1268	23	28	26	21	1.99
30605784--30606354	159	3.6	159	75	6	404	24	29	26	18	1.98
30608360--30608410	26	2.0	26	92	0	84	27	15	29	27	1.96
30607793--30608545	368	2.0	368	84	2	958	23	29	26	20	1.98
30609806--30609858	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30610873--30610925	26	2.0	26	88	0	79	28	20	22	28	1.99
30610871--30611228	196	1.8	197	85	1	504	24	27	26	22	2.00
30611571--30611623	26	2.0	26	85	7	72	24	20	26	28	1.99
30613677--30613729	26	2.0	26	85	7	72	28	26	20	24	1.99
30614180--30614231	26	2.0	26	85	7	70	28	26	19	25	1.98
30614375--30614427	26	2.0	26	88	0	79	28	22	20	28	1.99
30614072--30614429	196	1.8	197	85	1	513	22	26	26	24	2.00
30615435--30615487	26	2.0	26	85	0	70	30	30	15	24	1.95
30615423--30615933	283	1.8	283	85	2	722	22	24	28	24	1.99
30616797--30616847	26	2.0	26	88	0	75	29	27	15	27	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402