genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.259.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  259  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25283682--25283734	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
25284132--25284184	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
25284669--25284703	12	2.9	12	91	0	52	5	40	25	28	1.78
25285223--25285301	26	3.0	26	98	0	149	24	20	29	26	1.99
25285592--25285645	27	2.0	27	92	3	92	24	20	29	25	1.99
25285747--25285777	12	2.6	12	94	0	53	9	38	22	29	1.86
25285800--25285852	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
25285826--25286283	155	2.9	156	75	6	397	25	29	24	19	1.98
25286296--25286348	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
25287558--25287610	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
25285767--25287683	882	2.2	876	81	4	2223	24	28	25	21	1.99
25287867--25287919	26	2.0	26	92	0	88	24	18	30	26	1.98
25288958--25289007	26	1.9	26	88	8	75	34	20	22	24	1.97
25288983--25289430	159	2.8	158	77	6	449	24	29	26	19	1.98
25289460--25289512	26	2.0	26	88	0	79	26	22	26	24	2.00
25288768--25290744	514	3.8	513	76	9	1658	23	29	25	21	1.99
25289628--25289949	159	2.0	159	80	2	351	22	30	27	20	1.98
25289987--25290039	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
25290488--25290540	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
25290289--25291273	355	2.8	340	77	9	913	24	29	25	20	1.99
25290855--25290907	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
25290302--25290977	367	1.9	355	81	6	831	24	29	25	19	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25291986--25292038	26	2.0	26	85	0	70	26	22	22	28	1.99
25292194--25292246	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
25293002--25293338	158	2.1	158	80	4	385	22	29	27	20	1.98
25292454--25293428	513	1.9	513	83	3	1264	23	29	26	21	1.99
25293031--25293373	158	2.2	158	79	6	347	23	29	26	20	1.99
25293347--25293399	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
25294079--25294131	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
25294326--25294379	26	2.1	26	92	0	90	27	20	40	11	1.86
25294959--25295011	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
25294774--25295431	355	1.9	355	84	2	892	25	30	25	19	1.98
25295670--25295722	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
25296170--25296222	26	2.0	26	85	7	72	28	18	22	30	1.98
25295653--25296748	500	2.2	500	83	3	1339	24	28	25	21	1.99
25298400--25298452	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
25298759--25299117	159	2.3	158	79	7	393	23	31	26	19	1.98
25299097--25299171	26	2.9	26	94	2	134	28	20	25	26	1.99
25299211--25299237	13	2.1	13	100	0	54	22	14	48	14	1.81
25299481--25299768	157	1.8	157	82	4	375	26	29	25	19	1.98
25300100--25300152	26	2.0	26	85	0	70	30	16	24	28	1.97
25300315--25300364	26	1.9	26	91	0	82	26	18	30	26	1.98
25300837--25300889	26	2.0	26	85	7	72	28	18	22	30	1.98
25307761--25308260	157	3.2	156	75	7	483	22	29	27	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25308953--25309004	26	2.0	26	92	7	88	32	19	17	30	1.95
25308980--25309395	159	2.6	158	77	6	387	26	27	26	19	1.99
25309270--25309981	375	1.9	376	83	2	937	23	30	26	20	1.98
25310174--25310224	26	2.0	26	84	7	68	29	17	23	29	1.97
25310200--25310660	159	2.9	158	77	3	442	22	30	27	19	1.98
25311030--25311081	26	2.0	25	89	10	79	30	19	19	30	1.96
25311056--25311499	159	2.8	157	77	7	434	23	29	27	19	1.98
25311056--25311556	158	3.2	158	74	8	461	23	28	27	21	1.99
25311530--25311608	26	3.0	25	80	14	97	25	17	26	30	1.97
25312790--25312844	26	2.1	26	89	0	83	23	16	27	32	1.96
25312755--25313189	196	2.3	185	73	15	425	22	28	26	22	1.99
25312986--25313043	26	2.2	27	81	9	66	27	18	22	31	1.97
25312761--25313132	196	1.9	196	82	6	468	22	28	26	22	1.99
25313071--25313506	159	2.8	158	80	2	442	21	32	28	17	1.96
25313489--25313539	26	2.0	26	92	0	84	25	17	29	27	1.98
25314210--25314262	26	2.0	26	89	7	81	28	22	22	26	1.99
25314208--25314606	185	2.2	185	79	3	410	25	29	24	20	1.99
25314433--25314836	157	2.5	160	81	1	438	23	31	28	16	1.96
25314433--25314888	158	2.9	157	79	2	412	21	32	28	17	1.96
25314895--25314947	26	2.0	26	85	0	70	26	18	24	30	1.98
25315276--25315325	26	1.9	26	92	8	84	30	22	24	24	1.99
25315301--25315731	159	2.7	158	80	5	469	23	30	27	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25315081--25316231	511	2.2	513	85	2	1530	22	29	27	20	1.99
25315971--25316409	159	2.8	159	83	0	520	21	29	29	19	1.98
25317343--25317395	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
25317432--25317458	13	2.1	13	100	0	54	14	14	55	14	1.70
25317498--25318533	513	2.0	511	80	2	1175	24	29	26	20	1.99
25318564--25318616	26	2.0	26	89	7	81	24	18	32	24	1.97
25318589--25318956	170	2.2	170	79	3	382	22	29	26	20	1.99
25318930--25318982	26	2.0	26	89	7	81	30	18	24	26	1.98
25318382--25319084	366	2.0	354	80	7	790	22	29	27	20	1.98
25317869--25319506	866	1.9	866	84	4	2176	23	29	26	20	1.99
25318956--25319456	158	3.2	156	75	6	465	22	30	28	19	1.98
25319625--25319677	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
25320126--25320178	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
25320804--25321205	159	2.5	157	77	5	396	25	28	25	20	1.99
25320963--25321265	159	1.9	158	79	6	335	25	29	25	20	1.99
25322161--25322213	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
25324100--25324150	26	2.0	26	88	7	77	33	19	19	27	1.96
25324467--25324519	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
25324493--25324902	158	2.6	158	79	5	427	25	30	25	18	1.98
25324966--25325015	26	1.9	26	91	0	82	28	20	28	24	1.99
25325329--25325378	26	1.9	26	88	8	75	32	22	22	24	1.98
25325866--25326332	157	3.0	157	75	6	442	23	31	26	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25328293--25328345	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
25334438--25334490	26	2.0	26	88	0	79	26	22	24	26	2.00
25337499--25337551	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
25337524--25337865	156	2.2	157	79	3	366	23	30	26	19	1.98
25339162--25339726	159	3.6	159	75	3	483	24	29	27	18	1.98
25340324--25340376	26	2.0	26	89	7	81	30	16	22	30	1.96
25340667--25340719	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
25340877--25340929	26	2.0	26	88	0	79	32	20	22	24	1.98
25341218--25341270	26	2.0	26	85	7	72	30	18	24	26	1.98
25340874--25341503	341	1.8	341	84	0	848	24	27	27	20	1.99
25341243--25341680	158	2.8	156	75	6	407	22	29	28	19	1.98
25341782--25342162	157	2.4	157	79	5	428	22	30	26	20	1.98
25341782--25342230	158	2.8	158	76	7	439	23	30	26	19	1.98
25343224--25343259	16	2.2	16	100	0	72	27	55	11	5	1.57
25343358--25343410	26	2.0	26	92	7	90	28	20	22	28	1.99
25344215--25344267	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
25350316--25350368	26	2.0	26	92	0	88	24	22	28	24	2.00
25351332--25351374	22	2.0	22	100	0	86	18	9	32	39	1.83
25351732--25351783	26	2.0	26	88	3	79	28	19	21	30	1.97
25352232--25352279	24	1.9	26	91	8	82	29	22	22	25	1.99
25352591--25352885	157	1.9	157	85	1	412	21	27	29	21	1.99
25352914--25352966	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25353647--25353699	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
25354147--25354199	26	2.0	26	85	7	72	26	16	26	30	1.97
25354407--25354458	26	2.0	26	88	3	79	28	19	21	30	1.97
25355256--25355645	159	2.5	159	77	8	373	23	29	26	20	1.99
25354404--25356052	685	2.4	670	79	5	1736	23	28	27	20	1.99
25357306--25357358	26	2.0	26	88	0	79	26	20	20	32	1.98
25357998--25358050	26	2.0	26	88	0	79	28	26	20	24	1.99
25358506--25358560	27	2.0	28	83	13	71	30	21	18	29	1.97
25358858--25359513	184	3.4	184	74	13	561	21	27	27	23	1.99
25359090--25359145	26	2.2	26	90	6	87	26	25	19	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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