genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.142.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  142  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16782894--16782946	26	2.0	26	85	7	72	28	28	18	24	1.98
16782960--16783581	159	3.9	159	77	5	587	19	26	30	24	1.98
16783555--16783606	26	2.0	26	89	10	81	26	23	19	30	1.98
16784291--16784341	26	2.0	26	92	7	86	27	25	19	27	1.99
16785139--16785194	26	2.2	26	93	0	94	28	25	19	26	1.99
16785848--16785900	26	2.0	26	86	13	74	30	26	16	26	1.97
16786002--16786373	158	2.4	158	80	7	407	19	28	29	22	1.98
16784995--16786490	707	2.1	707	82	4	1865	21	26	28	23	1.99
16788063--16788115	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
16789156--16789206	26	2.0	26	96	0	93	27	25	21	25	1.99
16789617--16789670	26	2.1	26	89	0	81	22	25	20	31	1.98
16790264--16790293	16	1.9	15	93	6	51	6	16	50	26	1.70
16791452--16791476	13	1.9	13	100	0	50	4	48	24	24	1.68
16791515--16791567	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
16791596--16792199	158	3.8	158	79	6	571	18	27	30	23	1.98
16792385--16792436	26	2.0	26	88	0	77	32	23	19	25	1.97
16793376--16793435	26	2.4	26	86	10	81	30	25	20	25	1.99
16793531--16793903	157	2.4	157	78	6	396	20	26	27	24	1.99
16793875--16793927	26	2.0	26	85	7	72	28	18	22	30	1.98
16794566--16795067	158	3.2	158	77	7	532	19	26	31	23	1.98
16795777--16795827	26	2.0	26	84	0	66	29	21	19	29	1.98
16795865--16796302	159	2.8	158	80	4	443	17	26	31	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16795803--16796302	158	3.2	158	77	6	510	18	25	31	24	1.98
16796276--16796328	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
16796456--16796511	26	2.2	26	93	6	96	28	23	19	28	1.98
16799018--16799070	26	2.0	26	92	7	90	30	24	16	28	1.97
16799202--16799254	26	2.0	26	96	0	97	28	26	20	24	1.99
16798861--16799319	184	2.5	184	78	5	489	22	26	28	22	1.99
16799545--16799597	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
16800245--16800297	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
16800588--16800640	26	2.0	26	82	13	65	32	24	15	28	1.95
16801322--16801374	26	2.0	26	92	7	90	30	26	16	26	1.97
16802202--16802254	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
16802951--16803482	158	3.4	154	75	9	459	17	26	32	23	1.97
16804092--16804144	26	2.0	26	89	7	81	24	24	22	28	2.00
16804825--16804877	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
16804851--16805246	159	2.5	158	75	5	404	19	25	31	23	1.98
16805329--16805379	26	2.0	26	84	0	66	29	25	15	29	1.96
16805683--16805735	26	2.0	26	92	0	88	26	28	22	22	1.99
16805833--16806212	158	2.4	158	78	7	378	19	26	29	24	1.98
16805709--16806211	159	3.2	156	74	9	473	20	25	30	23	1.99
16806185--16806237	26	2.0	26	89	7	81	24	22	24	28	2.00
16807768--16807820	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
16807394--16808137	343	2.1	348	80	6	819	18	26	30	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16807794--16808187	159	2.5	157	77	6	409	19	27	30	21	1.98
16807794--16808294	157	3.2	156	76	6	474	19	27	29	23	1.98
16808268--16808320	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
16808973--16809025	26	2.0	26	89	7	81	32	30	16	20	1.95
16809304--16809356	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
16815717--16816109	158	2.5	159	75	7	377	20	23	29	25	1.99
16816221--16816273	26	2.0	26	88	0	79	30	24	18	26	1.98
16817785--16817837	26	2.0	26	100	0	106	26	30	20	22	1.98
16818285--16818337	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
16818480--16818532	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
16818823--16818875	26	2.0	26	88	0	79	30	22	18	28	1.98
16818664--16819034	184	2.0	185	80	6	423	22	28	27	22	1.99
16818457--16819192	343	2.1	343	85	3	980	21	27	28	22	1.99
16818857--16819341	159	3.1	157	77	6	433	19	28	30	22	1.98
16819325--16819377	26	2.0	26	92	7	90	26	20	20	32	1.98
16819704--16819757	26	2.1	26	89	0	81	27	24	20	27	1.99
16819731--16820232	158	3.2	157	79	7	550	19	26	30	23	1.98
16820206--16820257	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
16820746--16820798	26	2.0	26	92	0	88	30	22	18	28	1.98
16821270--16821320	26	2.0	26	84	0	66	29	25	17	27	1.98
16823207--16823700	158	3.1	158	77	7	500	19	27	30	23	1.98
16823665--16823717	26	2.0	27	92	3	90	20	22	20	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16823674--16823724	26	2.0	26	92	0	84	23	25	19	31	1.98
16824395--16824447	26	2.0	26	85	7	72	28	24	16	30	1.97
16824837--16825963	343	3.2	339	80	4	1128	20	27	29	23	1.99
16825593--16825645	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
16825619--16826121	159	3.2	157	76	5	483	20	27	28	23	1.99
16832720--16832772	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
16832746--16833121	159	2.4	158	74	4	371	21	26	30	22	1.99
16833170--16833222	26	2.0	26	88	0	79	26	24	18	30	1.98
16833875--16834366	158	3.1	155	76	8	465	19	27	30	22	1.98
16834349--16834401	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
16833776--16834912	513	2.2	500	80	4	1230	20	26	28	24	1.99
16835557--16835609	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
16836007--16836059	26	2.0	26	88	0	79	26	24	18	30	1.98
16836712--16837203	158	3.1	155	76	8	456	19	27	30	22	1.98
16837186--16837238	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
16836613--16837749	513	2.2	498	80	5	1221	20	26	28	24	1.99
16838387--16838439	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
16838448--16838832	159	2.4	159	81	3	407	18	28	31	21	1.97
16838548--16838917	159	2.3	159	80	4	381	18	28	28	24	1.98
16839589--16839641	26	2.0	26	85	7	72	28	28	18	24	1.98
16839655--16840276	159	3.9	159	78	5	623	18	26	31	23	1.98
16840249--16840301	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16840972--16841022	26	2.0	26	92	7	86	27	25	21	25	1.99
16840996--16841511	159	3.2	157	75	6	380	20	27	29	22	1.98
16841815--16842325	158	3.2	158	77	5	489	20	24	29	25	1.99
16842512--16842564	26	2.0	26	86	13	74	30	26	16	26	1.97
16842538--16843038	158	3.2	158	77	6	503	20	28	29	22	1.98
16843014--16843064	26	2.0	26	84	7	68	29	23	15	31	1.95
16841823--16843578	697	2.5	702	81	5	2001	21	26	28	23	1.99
16843553--16843603	26	2.0	26	84	7	68	31	21	15	31	1.95
16844252--16844655	159	2.5	157	73	6	391	19	24	30	24	1.98
16844749--16844801	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
16845460--16845511	26	2.0	26	88	7	79	26	23	19	30	1.98
16845843--16845893	26	2.0	26	92	7	86	27	23	21	27	1.99
16848201--16848253	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
16848291--16848885	158	3.8	158	78	6	537	18	27	30	23	1.98
16849071--16849122	26	2.0	26	85	7	70	32	21	19	26	1.97
16850063--16850115	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
16850245--16850296	26	2.0	25	92	3	86	28	23	19	28	1.98
16850854--16850901	25	1.9	25	86	0	69	27	29	18	25	1.98
16851380--16851782	159	2.5	158	75	5	348	20	25	32	22	1.98
16850780--16852109	501	2.6	501	81	3	1418	20	26	28	23	1.99
16851915--16852251	171	2.0	171	82	2	408	22	28	29	20	1.98
16852224--16852275	26	2.0	25	85	3	68	28	26	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16852724--16852776	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
16853353--16853404	26	2.0	25	85	3	68	28	19	19	32	1.96
16852538--16853786	629	2.0	629	87	1	1810	22	23	25	28	2.00
16854378--16854429	26	2.0	25	85	10	70	28	23	17	30	1.97
16854802--16855112	159	2.0	158	81	3	374	18	27	30	23	1.98
16854829--16855273	159	2.8	158	77	4	351	18	28	29	24	1.98
16855245--16855297	26	2.0	26	89	7	81	26	24	18	30	1.98
16855967--16856019	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
16856309--16856361	26	2.0	26	85	0	70	32	26	13	28	1.93
16861441--16861802	158	2.3	158	78	4	363	20	26	28	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402