genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.169.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  169  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18724793--18725182	169	2.3	170	78	9	400	23	30	24	22	1.99
18726572--18726624	26	2.0	26	86	13	74	26	16	26	30	1.97
18726939--18726991	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
18726781--18727148	183	2.0	183	85	4	492	24	27	25	22	2.00
18733845--18733897	26	2.0	26	88	0	79	30	18	24	26	1.98
18733870--18734372	158	3.2	158	76	6	435	23	30	26	19	1.98
18734346--18734398	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
18734155--18734776	347	1.8	340	83	8	827	21	30	28	20	1.98
18734693--18734745	26	2.0	26	82	13	65	26	18	24	30	1.98
18734691--18735089	186	2.2	184	81	4	446	25	29	24	21	1.99
18734904--18735334	159	2.7	158	75	6	413	24	30	27	17	1.97
18735380--18735430	26	2.0	26	92	0	84	25	13	27	33	1.94
18735612--18735910	159	1.9	159	79	2	341	22	30	26	20	1.98
18736078--18736130	26	2.0	26	88	0	79	22	16	32	28	1.96
18734488--18736788	698	3.3	685	79	6	2371	23	29	26	20	1.99
18736295--18737104	316	2.6	315	83	2	953	23	29	27	19	1.98
18736295--18737104	158	5.1	160	74	6	623	23	29	27	19	1.98
18737078--18737130	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
18737837--18738339	159	3.2	159	76	3	494	22	29	28	19	1.98
18738313--18738363	26	2.0	26	96	0	93	25	19	27	27	1.99
18739022--18739074	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
18738000--18739176	354	3.4	353	81	4	1280	23	29	26	19	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18738863--18739284	184	2.3	184	83	3	530	25	28	24	21	1.99
18739946--18740030	26	3.3	26	93	3	145	29	16	23	30	1.96
18739926--18740030	52	2.0	52	89	7	160	30	16	23	29	1.96
18740163--18740215	26	2.0	26	88	0	79	30	18	22	28	1.98
18740563--18740937	158	2.4	157	78	5	389	22	30	28	19	1.98
18740563--18740984	159	2.7	156	77	6	411	22	30	28	18	1.97
18741012--18741064	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
18741102--18741128	13	2.1	13	100	0	54	14	25	51	7	1.68
18741768--18741820	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
18741624--18741978	184	1.9	182	83	5	457	22	30	26	20	1.98
18741793--18742287	158	3.1	158	80	4	566	21	28	29	20	1.98
18742269--18742321	26	2.0	26	89	7	81	30	15	22	32	1.94
18742110--18742470	184	2.0	183	85	0	497	23	27	27	21	1.99
18741587--18742871	499	2.6	499	83	3	1634	22	28	28	20	1.98
18743143--18743195	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
18745530--18745582	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
18745555--18746057	158	3.2	157	77	6	496	22	30	28	19	1.98
18747692--18747744	26	2.0	26	85	0	70	22	16	28	32	1.96
18748382--18748434	26	2.0	26	92	0	88	33	20	20	24	1.97
18748408--18748749	157	2.2	157	81	3	393	25	29	25	18	1.98
18748761--18749116	171	2.1	172	80	3	396	21	29	27	21	1.98
18749092--18749142	26	2.0	26	88	7	77	29	19	21	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18749274--18749722	155	2.9	157	77	8	477	23	29	26	19	1.98
18749118--18749933	158	5.2	158	75	8	660	23	29	27	20	1.99
18749097--18749933	313	2.7	313	81	3	860	23	29	27	20	1.99
18749118--18749933	159	5.2	159	75	8	556	23	29	27	20	1.99
18750291--18750343	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
18756956--18757451	158	3.1	156	76	6	437	23	30	26	19	1.98
18757432--18757484	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
18757411--18758558	524	2.3	503	79	7	1172	22	29	27	20	1.99
18757945--18758469	159	3.2	168	76	9	409	20	29	28	20	1.98
18758443--18758495	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
18758275--18758723	196	2.3	194	85	3	589	23	28	27	21	1.99
18759020--18759774	159	4.8	158	76	4	621	23	31	26	17	1.97
18759020--18759788	318	2.4	314	84	4	972	23	31	26	17	1.97
18761038--18761099	26	2.4	26	97	0	115	33	16	24	25	1.95
18761399--18761450	26	2.0	26	88	0	77	26	17	26	28	1.97
18761561--18761920	197	1.8	197	84	0	495	24	28	25	21	1.99
18762308--18762360	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
18762675--18762727	26	2.0	26	85	7	72	32	20	20	26	1.98
18766420--18766809	159	2.5	158	74	8	378	22	28	27	21	1.99
18766783--18766835	26	2.0	26	85	7	72	26	20	22	30	1.98
18767163--18767215	26	2.0	26	89	7	81	30	20	24	24	1.99
18768345--18768397	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18768798--18768850	26	2.0	26	89	7	81	24	20	28	26	1.99
18769204--18769693	159	3.1	159	77	5	506	23	30	26	19	1.98
18769667--18769719	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
18770034--18770086	26	2.0	26	85	7	72	26	18	26	28	1.98
18768587--18770606	869	2.3	869	87	2	2826	23	30	25	20	1.99
18770059--18770477	159	2.6	159	77	4	398	25	28	26	19	1.99
18770536--18770588	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
18771372--18771424	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
18771719--18771771	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
18771340--18772367	353	2.9	353	81	6	1036	24	29	26	20	1.99
18772073--18772125	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
18772573--18772625	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
18773295--18773622	157	2.1	156	76	7	324	23	29	27	20	1.99
18773609--18773661	26	2.0	26	88	0	79	22	22	26	28	1.99
18773803--18773855	26	2.0	26	85	7	72	32	18	20	28	1.97
18773987--18774273	158	1.8	157	80	8	341	25	31	25	18	1.98
18776248--18776301	26	2.1	26	89	6	83	24	20	25	29	1.99
18776457--18776509	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
18776387--18776760	195	1.9	195	86	1	525	22	28	26	22	1.99
18776678--18776964	158	1.8	159	82	5	375	23	29	27	19	1.98
18777532--18777584	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
18778582--18778634	26	2.0	26	86	13	74	28	16	24	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18779488--18779540	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
18779990--18780042	26	2.0	26	85	0	70	22	20	28	28	1.99
18780369--18780422	26	2.1	26	89	6	83	29	20	24	25	1.99
18785210--18785262	26	2.0	26	85	7	72	28	20	22	28	1.99
18785585--18785637	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
18786178--18786203	13	2.0	13	100	0	52	23	23	46	7	1.78
18786783--18786835	26	2.0	26	89	7	81	28	16	22	32	1.96
18787126--18787178	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
18787370--18787935	159	3.6	157	75	8	464	23	29	27	19	1.98
18789372--18789719	157	2.2	158	83	2	432	22	26	28	22	1.99
18789693--18789745	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
18790450--18790881	159	2.7	159	80	3	519	23	31	27	17	1.97
18790926--18790978	26	2.0	26	85	0	70	26	18	24	30	1.98
18791598--18791650	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
18792264--18792315	26	2.0	26	85	7	70	28	17	23	30	1.97
18792104--18792672	185	3.0	184	75	11	459	23	27	26	22	1.99
18792461--18792513	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
18792258--18792622	197	1.9	197	82	6	463	24	27	25	22	2.00
18792487--18793008	159	3.3	156	77	7	475	23	31	25	19	1.98
18793513--18793565	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
18793539--18793879	159	2.2	159	81	2	382	22	30	27	19	1.98
18794091--18794433	158	2.2	158	80	4	386	22	29	27	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18794407--18794457	26	2.0	26	88	7	77	29	17	23	29	1.97
18794909--18794961	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
18795288--18795340	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
18801438--18801489	26	2.0	26	92	0	86	26	19	26	26	1.99
18801818--18801870	26	2.0	26	88	0	79	30	18	20	30	1.97
18802699--18802751	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
18803417--18803469	26	2.0	26	82	13	65	28	18	24	28	1.98
18804003--18804431	159	2.7	159	76	4	366	22	30	27	19	1.98
18804469--18804521	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
18805350--18805800	153	2.9	158	72	9	436	24	29	25	20	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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