genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.238.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  238  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23841781--23842600	316	2.6	317	82	4	990	24	29	25	20	1.99
23843295--23843638	157	2.2	157	78	5	361	23	29	26	20	1.99
23843846--23844153	158	1.9	158	80	3	352	24	29	26	19	1.98
23843317--23844485	551	2.1	551	83	1	1439	24	28	26	20	1.99
23843317--23844681	551	2.5	550	81	3	1391	23	28	26	20	1.99
23844556--23844899	159	2.2	158	79	7	367	23	29	27	20	1.98
23844873--23844925	26	2.0	26	85	0	70	26	13	28	32	1.93
23845255--23845305	26	2.0	26	88	7	77	31	13	25	29	1.94
23844860--23845736	381	2.3	381	82	2	1023	23	27	27	22	1.99
23845670--23846160	158	3.1	157	75	4	484	23	30	27	19	1.98
23846134--23846186	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
23846847--23846899	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
23846872--23847120	138	1.8	138	87	1	374	24	28	30	16	1.96
23847148--23847526	196	1.9	197	83	3	487	23	27	25	22	2.00
23847708--23847760	26	2.0	26	81	0	61	22	20	30	26	1.98
23848075--23848127	26	2.0	26	96	0	97	28	20	26	24	1.99
23848576--23848628	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
23850125--23850177	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
23850467--23850520	26	2.0	27	89	3	83	25	14	27	31	1.95
23850666--23850718	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
23850375--23850769	198	2.0	197	84	2	506	22	27	29	21	1.99
23850691--23851193	158	3.2	159	78	6	473	23	30	26	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23851573--23852070	158	3.2	157	74	6	466	22	29	27	19	1.98
23852047--23852096	26	1.9	26	95	0	91	28	20	28	24	1.99
23853123--23853175	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
23853834--23853886	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
23854202--23854253	26	2.0	26	88	7	79	26	19	26	26	1.99
23853253--23855105	868	2.1	871	82	4	2205	23	29	26	20	1.99
23854227--23854691	159	2.9	157	77	5	370	22	30	27	19	1.98
23854702--23854754	26	2.0	26	85	7	72	30	20	26	22	1.98
23855776--23855828	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
23856644--23856696	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
23857151--23857653	159	3.2	156	76	10	477	24	30	25	19	1.98
23857627--23857679	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
23857310--23858582	355	3.6	341	76	11	1030	24	29	26	20	1.99
23858019--23858362	158	2.2	158	80	3	379	23	30	26	19	1.98
23858336--23858388	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
23857445--23858645	355	3.4	347	76	10	1142	24	29	26	19	1.99
23857310--23858762	709	2.0	709	82	4	1772	24	29	26	20	1.99
23859318--23859370	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
23859686--23859738	26	2.0	26	92	7	90	30	16	22	30	1.96
23860029--23860081	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
23859001--23860182	343	3.4	339	75	10	1023	23	29	26	20	1.99
23860673--23861036	159	2.3	157	77	4	379	23	30	26	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23861010--23861062	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
23861035--23861404	171	2.2	171	79	5	390	22	29	26	21	1.99
23861720--23861772	26	2.0	26	88	0	79	26	22	24	26	2.00
23862402--23862451	26	1.9	26	84	8	66	24	16	32	28	1.96
23862777--23862832	27	2.0	28	86	10	80	28	17	25	28	1.98
23864432--23864795	159	2.3	154	78	6	354	27	29	24	18	1.98
23864479--23864783	159	1.9	156	81	3	360	24	29	25	19	1.98
23864490--23864823	156	2.1	158	78	4	336	26	29	25	18	1.98
23864930--23865338	157	2.6	158	85	1	518	23	29	27	20	1.99
23867647--23867696	26	1.9	26	87	0	73	26	16	30	28	1.96
23868026--23868078	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
23869359--23869411	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
23870020--23870070	26	2.0	26	84	7	68	29	17	25	27	1.98
23870388--23870438	26	2.0	26	92	7	86	29	15	27	27	1.96
23870229--23870596	185	2.0	184	86	0	511	25	29	25	20	1.99
23876484--23876534	26	2.0	26	96	0	93	29	17	21	31	1.96
23876918--23877410	159	3.1	157	77	4	517	23	29	26	20	1.99
23877384--23877435	25	2.0	26	96	3	97	25	21	26	26	1.99
23878251--23878303	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
23878731--23878766	17	2.2	16	90	5	54	13	0	2	83	0.76
23878730--23878769	16	2.5	16	84	11	55	17	0	2	80	0.83
23878806--23878887	4	20.8	4	68	24	50	26	1	1	70	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23878809--23878923	14	8.1	14	72	18	64	26	2	1	68	1.12
23879908--23879962	5	10.6	5	75	21	51	16	3	1	78	0.98
23879906--23879963	29	1.9	31	89	6	93	15	6	1	75	1.09
23879909--23879962	13	3.9	13	73	21	56	16	3	1	77	1.00
23879979--23880322	58	5.7	58	84	7	456	43	7	13	34	1.73
23879979--23880339	60	6.0	59	83	6	426	44	8	13	34	1.73
23882789--23882841	26	2.0	26	88	0	79	26	20	24	28	1.99
23883856--23883908	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
23884055--23884556	159	3.2	158	75	7	433	22	30	27	20	1.98
23885074--23885126	26	2.0	26	92	0	88	28	20	22	28	1.99
23885957--23886009	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
23886418--23886811	197	2.0	196	81	1	457	23	26	26	23	2.00
23885798--23887283	699	2.1	698	82	2	1752	23	28	26	20	1.99
23886681--23887183	158	3.2	156	80	4	519	22	29	27	20	1.98
23887157--23887209	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
23888732--23888783	25	2.0	26	88	3	79	28	21	23	26	1.99
23891916--23892345	159	2.7	156	72	11	361	26	29	26	18	1.98
23892392--23892444	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
23893390--23893884	159	3.1	155	76	7	505	23	30	26	19	1.98
23893355--23893854	158	3.2	157	76	6	499	22	31	27	19	1.98
23893860--23893909	25	2.0	25	88	11	77	32	22	22	24	1.98
23894606--23894658	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23894632--23895128	159	3.1	159	79	4	531	23	30	27	19	1.98
23896037--23896331	159	1.9	158	80	5	353	22	31	27	18	1.97
23897059--23897111	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
23897087--23897546	158	2.9	158	75	5	408	25	30	26	18	1.98
23897560--23897612	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
23903926--23903981	26	2.2	26	93	0	94	25	17	26	30	1.97
23905211--23905583	158	2.4	158	78	3	383	23	30	27	18	1.98
23906225--23906277	26	2.0	26	89	7	81	28	22	24	24	2.00
23906260--23906910	158	4.1	158	75	7	435	24	28	26	20	1.99
23906886--23906965	26	3.1	26	90	0	124	27	21	26	25	1.99
23907633--23907686	26	2.1	26	82	6	65	29	20	22	27	1.98
23913189--23913241	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
23913215--23914662	158	9.2	158	75	5	1153	23	30	27	19	1.98
23913214--23914662	317	4.6	316	82	2	1696	23	30	27	19	1.98
23914636--23914688	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
23915026--23915459	159	2.8	156	77	7	441	24	31	26	17	1.97
23915045--23915523	159	3.0	158	78	5	387	23	31	26	18	1.97
23915497--23915573	26	3.0	26	94	0	127	27	18	25	28	1.98
23915760--23916262	159	3.2	157	78	7	500	23	30	27	18	1.98
23916236--23916288	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
23916576--23916627	26	2.0	26	92	0	86	25	17	28	28	1.97
23924461--23924513	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23924988--23925041	26	2.1	26	92	0	90	25	16	25	31	1.97
23926221--23926273	26	2.0	26	88	0	79	26	20	24	28	1.99
23926797--23927306	158	3.2	157	72	8	415	26	30	24	18	1.98
23926628--23927439	317	2.6	313	80	5	889	25	30	25	19	1.98
23926858--23927383	158	3.3	157	71	7	427	24	30	26	18	1.98
23928431--23928482	25	2.0	26	88	3	79	26	15	28	28	1.96
23928796--23929001	112	1.8	112	81	2	252	30	25	28	16	1.97
23929226--23929278	26	2.0	26	92	0	88	26	18	28	26	1.98
23929921--23929973	26	2.0	26	85	7	72	26	18	26	28	1.98
23930615--23930675	26	2.3	26	89	10	106	31	19	21	27	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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