genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.289.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  289  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27531463--27531515	26	2.0	26	86	13	74	30	26	16	26	1.97
27531489--27531818	158	2.1	158	81	2	385	20	26	30	22	1.98
27531915--27531967	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
27532016--27532486	158	3.0	160	78	5	542	17	27	31	23	1.97
27531941--27532442	158	3.2	156	78	7	532	19	26	30	23	1.98
27532402--27532572	92	1.9	92	81	2	209	22	19	31	25	1.98
27533046--27533861	317	2.6	315	81	1	936	20	26	29	23	1.99
27533131--27533861	158	4.6	157	76	5	544	19	27	29	23	1.98
27533837--27533887	26	2.0	26	92	7	86	29	25	15	29	1.96
27534203--27534255	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
27539773--27539825	26	2.0	26	85	0	70	26	26	20	26	1.99
27540275--27540327	26	2.0	26	85	7	72	24	22	22	30	1.99
27540654--27540706	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
27541948--27543674	881	2.0	881	90	1	2739	25	23	24	27	2.00
27543648--27543700	26	2.0	26	88	0	79	24	26	20	28	1.99
27543674--27544479	157	5.1	156	75	6	678	19	27	30	22	1.98
27543674--27544489	314	2.6	314	85	3	1066	20	27	30	22	1.98
27544462--27544514	26	2.0	26	85	7	72	30	18	18	32	1.96
27544809--27544860	25	2.0	26	85	10	72	26	25	17	30	1.97
27545501--27545553	26	2.0	26	89	7	81	32	26	15	26	1.95
27545535--27545923	159	2.5	158	77	6	399	20	26	31	20	1.98
27546519--27546571	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27546665--27547046	158	2.4	159	76	6	382	19	26	29	24	1.99
27547018--27547070	26	2.0	26	96	0	97	28	22	20	28	1.99
27548134--27548186	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
27548319--27548371	26	2.0	26	85	7	72	26	20	20	32	1.98
27548700--27548757	26	2.2	26	87	9	82	27	24	20	27	1.99
27549204--27549256	26	2.0	26	85	7	72	26	22	18	32	1.97
27550840--27550892	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
27551903--27551955	26	2.0	26	89	7	81	32	22	16	28	1.96
27552086--27552138	26	2.0	26	92	0	88	24	24	22	28	2.00
27552280--27552332	26	2.0	26	88	0	79	28	28	18	24	1.98
27551984--27552336	195	1.8	195	86	1	512	19	29	30	20	1.97
27552622--27552673	26	2.0	25	92	3	86	26	23	23	26	2.00
27553345--27553397	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
27553378--27553757	159	2.4	158	73	10	362	20	27	29	22	1.98
27553846--27553898	26	2.0	26	92	0	88	26	24	18	30	1.98
27555335--27555385	26	2.0	26	88	7	77	29	23	15	31	1.95
27555701--27555753	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
27555865--27556227	158	2.3	157	79	4	381	19	27	29	24	1.98
27556203--27556253	26	2.0	26	84	7	68	29	19	17	33	1.95
27557191--27557241	26	2.0	26	96	0	93	31	27	15	25	1.96
27557215--27557713	158	3.2	155	73	9	445	21	26	28	23	1.99
27558068--27558120	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27558265--27558316	26	2.0	26	88	7	79	30	28	15	25	1.96
27558031--27558410	197	1.9	197	90	1	600	20	29	27	22	1.98
27558767--27558818	26	2.0	26	92	7	88	26	25	19	28	1.98
27559487--27559536	26	1.9	26	91	0	82	24	28	20	28	1.99
27559513--27560005	158	3.1	158	79	5	555	18	27	31	22	1.97
27559552--27560016	159	2.9	157	79	7	535	18	28	31	21	1.97
27559413--27560528	512	2.2	502	82	5	1329	19	27	30	22	1.98
27560120--27561053	158	5.8	157	75	8	654	18	27	30	22	1.97
27560711--27561046	170	2.0	170	83	3	426	18	28	30	22	1.97
27561366--27561418	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
27561148--27561587	195	2.3	195	84	2	546	22	27	26	23	1.99
27561889--27561941	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
27561259--27562440	524	2.3	522	82	1	1337	20	27	28	22	1.99
27562582--27562634	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
27563053--27563103	26	2.0	26	88	7	77	27	21	19	31	1.97
27569693--27569744	26	2.0	26	88	7	79	26	25	19	28	1.98
27569718--27570218	159	3.2	154	77	9	483	20	26	29	23	1.98
27570192--27570244	26	2.0	26	89	7	81	32	24	15	28	1.95
27570388--27570440	26	2.0	26	89	7	81	28	20	18	32	1.97
27570124--27570611	196	2.5	195	89	1	733	20	28	28	22	1.99
27570795--27571379	159	3.7	157	76	7	513	18	28	30	21	1.97
27571429--27571480	26	2.0	26	88	7	79	30	26	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27572212--27572678	159	2.9	157	79	4	497	18	28	31	21	1.97
27572653--27572809	26	6.0	25	80	8	129	25	26	21	27	1.99
27572650--27572807	52	3.0	52	83	1	192	25	25	20	27	1.99
27572653--27572807	78	2.0	78	85	2	213	25	26	20	27	1.99
27572845--27573435	159	3.7	158	83	2	729	16	29	30	22	1.96
27572845--27573602	159	4.8	158	80	3	724	17	28	30	23	1.97
27572782--27573602	317	2.6	314	80	5	961	18	27	30	23	1.97
27573575--27573627	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
27574296--27574348	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
27574322--27574812	156	3.1	154	74	7	475	17	28	30	22	1.97
27574795--27574922	26	4.9	25	85	5	157	27	26	19	26	1.99
27575346--27575398	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
27575905--27576408	159	3.2	158	77	9	515	18	26	30	23	1.98
27576488--27576803	171	1.8	171	80	2	375	18	27	30	22	1.97
27576903--27576955	26	2.0	26	89	7	81	28	24	20	26	1.99
27577612--27577665	26	2.0	27	86	10	76	27	25	16	29	1.97
27577956--27578008	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
27579297--27579349	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
27579323--27579823	158	3.2	156	81	5	569	18	28	30	21	1.97
27579797--27579849	26	2.0	26	88	0	79	24	22	20	32	1.98
27578321--27580240	959	2.0	962	88	2	2856	21	25	27	25	1.99
27580518--27580570	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27580544--27581048	159	3.2	157	75	7	473	18	27	31	22	1.97
27581023--27581073	26	2.0	26	92	7	86	31	21	17	29	1.96
27581389--27581441	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
27581726--27581778	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
27581752--27582251	158	3.2	158	74	6	386	20	27	28	23	1.99
27584047--27584098	26	2.0	26	96	0	95	25	19	28	26	1.98
27584425--27584477	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
27584450--27584887	159	2.8	157	76	6	429	22	29	28	19	1.98
27584925--27584977	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
27585680--27586152	153	3.0	153	73	12	424	21	30	28	19	1.98
27586308--27586698	158	2.5	157	76	4	399	25	28	26	19	1.99
27585657--27587053	679	2.1	675	82	3	1635	23	28	27	20	1.99
27587185--27587237	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
27588216--27588267	26	2.0	25	88	3	77	32	21	17	28	1.96
27588752--27588804	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
27589255--27589333	26	3.0	26	98	0	149	24	16	29	30	1.96
27589452--27589921	160	2.9	158	71	8	382	23	28	27	20	1.99
27596260--27596312	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
27597365--27597754	159	2.4	161	76	5	382	24	30	26	18	1.98
27598207--27598259	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
27599272--27599322	26	2.0	25	92	3	84	29	17	23	29	1.97
27599295--27600051	159	4.8	156	74	6	549	23	29	27	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27599296--27600114	158	5.2	156	74	6	594	22	29	27	20	1.98
27599295--27600114	317	2.6	317	83	1	1009	22	29	27	20	1.98
27600088--27600140	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
27600705--27600730	11	2.4	11	100	0	52	19	30	30	19	1.96
27600800--27600852	26	2.0	26	89	7	81	30	20	24	24	1.99
27601589--27604098	159	15.6	157	72	7	1031	22	29	27	19	1.98
27601705--27604137	318	7.6	319	73	8	1713	23	29	27	19	1.98
27602804--27602856	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
27603762--27604671	502	1.8	502	83	3	1224	24	29	25	20	1.99
27605350--27605693	158	2.2	158	82	5	401	22	29	28	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402