genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.277.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  277  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26668908--26668963	26	2.2	26	93	0	94	30	21	19	28	1.98
26668506--26669516	368	2.7	363	82	3	1094	20	27	28	23	1.99
26669279--26669331	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
26670866--26670918	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
26670439--26671484	355	2.9	354	82	6	1107	20	27	27	24	1.99
26671170--26671210	13	3.2	13	96	0	73	12	46	19	21	1.82
26671247--26671299	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
26671273--26671763	158	3.1	158	71	9	417	21	27	28	22	1.99
26672468--26672520	26	2.0	26	88	0	79	24	22	20	32	1.98
26672700--26672754	24	2.3	24	96	0	101	23	34	38	3	1.73
26674431--26674483	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
26674457--26674958	159	3.2	159	76	7	439	20	27	29	22	1.98
26674934--26674984	26	2.0	26	84	7	68	31	27	13	27	1.94
26675666--26675719	26	2.0	27	89	3	83	33	25	14	25	1.95
26676034--26676086	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
26675626--26676459	366	2.3	367	82	4	1040	21	26	27	24	2.00
26677567--26677619	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
26677921--26677972	26	2.0	26	100	0	104	26	26	19	26	1.99
26677545--26678232	354	1.9	354	84	4	904	21	26	29	22	1.99
26678238--26678290	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
26679059--26679111	26	2.0	26	88	0	79	30	26	15	28	1.96
26678882--26679247	184	2.0	185	79	4	391	21	25	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26679085--26679466	159	2.4	157	74	8	360	21	25	29	23	1.99
26679085--26679586	158	3.2	157	75	6	440	20	25	29	24	1.99
26680281--26680333	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
26680649--26680701	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
26681143--26681195	26	2.0	26	88	0	79	28	26	20	24	1.99
26680995--26681354	184	2.0	184	80	5	415	20	26	29	23	1.99
26682796--26682846	26	2.0	26	96	0	93	25	29	19	25	1.99
26682746--26683751	354	2.8	358	83	4	1249	19	27	30	22	1.98
26683517--26683569	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
26683577--26684042	155	3.0	159	76	7	448	18	28	31	21	1.97
26683543--26684040	158	3.2	157	74	8	467	18	28	30	22	1.97
26684736--26684785	26	1.9	26	88	8	75	24	28	20	28	1.99
26685103--26685155	26	2.0	26	88	0	79	26	28	18	26	1.98
26684714--26685665	367	2.6	355	79	6	952	20	25	28	24	1.99
26685983--26686035	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
26687034--26687086	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
26687403--26687455	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
26686813--26688350	368	4.2	365	82	3	1677	20	27	28	22	1.99
26687771--26687823	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
26688139--26688191	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
26686824--26688350	736	2.1	734	82	3	1847	20	27	28	22	1.99
26688323--26688401	26	3.0	26	90	3	115	27	22	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26689553--26689605	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
26690256--26690313	26	2.2	27	78	12	66	31	27	15	25	1.96
26690629--26690681	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
26692094--26692146	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
26693161--26693679	159	3.3	156	76	6	409	19	27	29	22	1.98
26693656--26693705	26	1.9	26	88	8	75	26	26	20	28	1.99
26694763--26695138	158	2.4	158	72	7	341	19	27	30	21	1.98
26695230--26695282	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
26696313--26696363	26	2.0	26	92	0	84	27	27	21	23	1.99
26696811--26696863	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
26697899--26697951	26	2.0	26	85	0	70	28	28	18	24	1.98
26698925--26698976	26	2.0	26	96	0	95	26	28	19	25	1.98
26698874--26699908	367	2.8	365	82	4	1170	20	26	29	22	1.98
26699658--26699710	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
26699681--26700187	159	3.2	155	73	6	444	20	27	28	23	1.99
26700854--26700904	26	2.0	26	92	0	84	31	29	13	25	1.94
26702523--26702575	26	2.0	26	82	7	63	30	24	18	26	1.98
26702891--26702943	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
26702139--26703124	368	2.7	366	83	3	1196	20	26	29	23	1.98
26702977--26703420	159	2.8	159	79	4	459	17	28	29	23	1.97
26702917--26703418	158	3.2	156	75	7	465	18	27	30	23	1.98
26704111--26704163	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26704137--26704948	158	5.1	158	74	4	549	20	27	28	23	1.99
26704239--26704954	317	2.2	316	81	2	824	20	27	28	23	1.99
26705653--26705705	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
26706021--26706073	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
26706989--26707041	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
26707344--26707396	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
26706916--26707713	355	2.3	342	82	4	902	18	27	29	23	1.98
26707427--26707871	157	2.8	157	74	4	412	17	28	31	23	1.97
26707844--26707896	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
26707769--26709462	858	2.0	855	89	1	2575	26	23	22	27	2.00
26709422--26709474	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
26710098--26710150	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
26709940--26710287	184	1.9	183	80	4	405	20	26	29	23	1.99
26710402--26710429	13	2.2	13	100	0	56	7	46	25	21	1.76
26710466--26710518	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
26710809--26710861	26	2.0	26	85	7	72	26	22	22	28	1.99
26710013--26711177	368	3.3	341	81	7	1268	18	27	30	23	1.98
26710835--26711334	159	3.2	158	76	5	456	19	26	30	23	1.98
26711980--26712031	26	2.0	26	88	7	79	34	21	15	28	1.94
26712479--26712531	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
26712847--26712899	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
26713214--26713265	26	2.0	26	88	7	79	28	26	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26712428--26713820	368	3.8	364	81	5	1446	20	27	28	23	1.99
26713570--26713622	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
26714976--26715028	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
26715686--26715737	26	2.0	26	88	0	77	26	21	19	32	1.97
26713914--26715897	894	2.2	897	85	3	2736	25	24	23	26	2.00
26716080--26716581	158	3.2	156	75	6	474	19	27	29	23	1.98
26718109--26718161	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
26718852--26718904	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
26719220--26719714	158	3.2	156	73	8	470	18	25	31	24	1.98
26719688--26719740	26	2.0	26	85	7	72	26	28	18	26	1.98
26720763--26720814	26	2.0	25	85	3	68	28	25	19	26	1.98
26721275--26721327	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
26721309--26721802	158	3.1	159	78	4	415	18	28	30	23	1.97
26723278--26723942	171	3.8	171	72	9	473	20	27	29	22	1.99
26723560--26723611	26	2.0	26	96	0	95	28	26	17	26	1.97
26723166--26724283	355	3.2	348	82	5	1197	20	26	28	23	1.99
26725504--26725554	26	2.0	26	96	0	93	27	27	19	25	1.99
26725870--26725922	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
26725108--26726440	368	3.7	355	79	4	1271	21	26	28	23	1.99
26726842--26726894	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
26727212--26727262	26	2.0	26	92	0	84	27	25	19	27	1.99
26727577--26727629	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26726808--26727828	367	2.8	366	84	3	1253	19	26	29	23	1.99
26728804--26728855	26	2.0	26	88	0	77	30	25	17	26	1.97
26728988--26729040	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
26728730--26729180	184	2.5	184	80	1	476	20	25	27	26	1.99
26729354--26729404	26	2.0	26	88	0	75	31	27	13	27	1.94
26729380--26729880	158	3.2	158	77	5	485	19	25	29	24	1.99
26729981--26730030	11	4.5	11	92	0	82	18	22	38	22	1.94
26729983--26730030	22	2.2	22	100	0	96	18	20	39	20	1.92
26730344--26730707	184	2.0	184	83	1	460	19	27	29	23	1.99
26730767--26730819	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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