genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.206.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  206  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21489046--21489098	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
21489449--21489951	158	3.2	159	75	8	362	19	27	30	23	1.98
21491637--21491689	26	2.0	26	85	7	72	24	20	22	32	1.98
21493398--21493450	26	2.0	26	88	0	79	28	28	16	26	1.97
21493525--21493928	159	2.5	160	79	2	436	19	29	29	21	1.97
21493901--21493953	26	2.0	26	89	7	81	24	24	20	30	1.99
21494622--21494674	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
21494806--21494858	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
21494556--21495017	184	2.5	183	85	4	592	19	27	28	24	1.99
21494832--21495334	158	3.2	157	77	7	478	20	27	29	23	1.99
21495463--21495798	159	2.1	158	82	4	410	20	28	29	21	1.98
21495902--21495954	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
21496086--21496143	26	2.2	26	100	0	116	27	24	18	29	1.98
21496086--21496155	26	2.7	26	93	4	106	27	24	18	30	1.98
21496086--21496164	26	3.0	26	89	7	90	29	24	17	29	1.97
21496795--21496847	26	2.0	26	88	0	79	32	26	15	26	1.95
21496978--21497031	26	2.1	26	86	6	74	29	22	18	29	1.97
21497345--21497397	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
21497116--21497947	368	2.3	359	81	5	928	20	26	28	23	1.99
21497713--21497765	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
21498936--21498988	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
21499417--21499469	26	2.0	26	100	0	106	26	22	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21500248--21500662	155	2.6	154	80	5	415	17	28	30	22	1.97
21502510--21502562	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
21502543--21502891	159	2.2	158	75	7	339	22	26	26	24	2.00
21503378--21503430	26	2.0	26	92	0	88	26	28	22	22	1.99
21502905--21503947	355	2.9	355	82	4	992	20	25	28	24	1.99
21503729--21503784	26	2.2	26	90	0	85	28	23	19	28	1.98
21503283--21503965	354	1.9	354	87	1	983	20	25	29	24	1.99
21504228--21504279	26	2.0	25	92	3	86	28	23	17	30	1.97
21504435--21504487	26	2.0	26	85	7	72	30	26	18	24	1.98
21504553--21504957	153	2.6	154	76	5	377	19	26	29	24	1.98
21504929--21504981	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
21503707--21505231	703	2.2	701	84	3	1926	21	25	27	24	1.99
21505138--21505190	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
21505357--21505409	26	2.0	26	96	0	97	26	20	20	32	1.98
21506579--21506629	26	2.0	26	92	7	86	29	25	15	29	1.96
21506945--21506997	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
21507446--21507498	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
21507655--21507707	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
21507720--21508024	159	1.9	157	87	1	439	18	26	31	22	1.97
21507997--21508049	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
21508171--21508223	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
21507642--21508585	517	1.8	515	85	2	1329	21	25	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21508722--21508774	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
21509103--21509155	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
21509634--21509684	26	2.0	26	88	7	77	29	21	19	29	1.98
21510356--21510407	26	2.0	26	88	0	77	30	28	13	26	1.94
21510529--21510885	158	2.3	159	77	4	362	20	26	28	24	1.99
21510436--21510884	159	2.8	157	73	6	420	19	28	28	23	1.98
21511115--21511143	12	2.4	12	100	0	58	31	27	34	6	1.83
21511249--21511301	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
21511446--21511496	26	2.0	26	88	7	77	27	23	19	29	1.98
21518133--21518622	159	3.1	158	76	5	495	19	30	28	21	1.98
21518759--21518811	26	2.0	26	88	0	79	28	22	18	30	1.98
21518416--21519464	343	3.0	336	79	8	983	20	27	28	23	1.99
21519912--21520398	158	3.1	157	75	7	498	17	28	30	22	1.97
21520223--21520591	184	2.0	184	85	3	501	20	28	28	22	1.98
21521072--21521124	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
21520100--21521441	343	3.9	342	77	8	1155	19	27	29	23	1.98
21521572--21521624	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
21522273--21522324	26	2.0	26	92	0	86	25	28	19	26	1.98
21522335--21522630	159	1.9	158	82	4	373	16	28	31	23	1.96
21522243--21523693	355	4.2	352	76	9	1145	19	27	29	23	1.98
21523474--21523859	159	2.4	158	78	8	384	19	28	29	23	1.98
21523831--21523883	26	2.0	26	89	7	81	24	22	22	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21524560--21524612	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
21524586--21525088	159	3.2	158	78	5	532	18	28	30	23	1.97
21524967--21525342	196	1.9	197	81	2	461	20	26	29	23	1.99
21525324--21525627	159	1.9	158	82	3	378	19	27	29	22	1.98
21524486--21526502	698	2.9	692	83	2	2434	19	27	29	23	1.98
21525958--21526008	26	2.0	26	84	7	68	31	25	15	27	1.96
21526019--21526481	159	2.9	156	77	6	423	18	27	30	23	1.98
21525982--21526480	157	3.2	157	75	8	469	20	27	29	23	1.99
21527183--21527234	26	2.0	26	92	7	88	26	26	19	26	1.99
21527208--21527709	158	3.2	156	77	4	533	20	27	29	22	1.98
21527683--21527735	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
21528051--21528103	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
21529272--21529324	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
21535395--21535706	170	1.8	170	82	1	401	23	27	27	22	1.99
21535909--21536336	159	2.7	158	78	6	420	17	28	30	23	1.97
21536308--21536360	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
21537065--21537566	158	3.2	156	74	8	449	19	27	30	23	1.98
21537711--21537763	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
21537433--21538286	343	2.4	348	80	7	877	20	26	29	23	1.99
21538788--21538840	26	2.0	26	89	7	81	24	26	22	26	2.00
21539846--21539898	26	2.0	26	88	0	79	28	22	20	28	1.99
21540896--21540948	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21542343--21542393	26	2.0	26	96	0	93	27	31	15	25	1.96
21542220--21542954	367	2.0	368	82	1	902	20	26	28	24	1.99
21542873--21543174	159	1.9	158	80	7	353	20	26	28	24	1.99
21542901--21543237	158	2.1	159	76	7	344	21	27	26	24	1.99
21544430--21544508	26	3.0	25	92	7	131	26	27	20	25	1.99
21544482--21544977	158	3.1	156	78	8	502	19	27	30	22	1.98
21545037--21545362	171	1.9	171	81	3	388	20	27	29	22	1.99
21545474--21545525	26	2.0	26	84	0	68	26	23	19	30	1.98
21545986--21546038	26	2.0	26	82	7	63	30	20	18	30	1.97
21546180--21546233	27	2.0	26	89	3	81	27	22	20	29	1.98
21547417--21547467	26	2.0	26	92	7	86	27	21	19	31	1.97
21547795--21547847	26	2.0	26	85	0	70	28	24	20	26	1.99
21547817--21548204	159	2.5	157	72	8	342	23	27	27	21	1.99
21549651--21549703	26	2.0	26	89	7	81	24	26	22	26	2.00
21549930--21549968	15	2.6	15	83	0	51	7	51	17	23	1.71
21550703--21550755	26	2.0	26	88	0	79	28	22	20	28	1.99
21551760--21551812	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
21553213--21553263	26	2.0	26	96	0	93	27	31	15	25	1.96
21553127--21553824	367	1.9	368	83	2	909	20	26	27	25	1.99
21553743--21554044	159	1.9	158	81	7	362	20	26	28	24	1.99
21553771--21554107	158	2.1	159	77	7	353	21	27	26	24	1.99
21555299--21555377	26	3.0	25	92	7	131	26	27	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21555351--21555848	159	3.1	154	76	9	439	20	27	29	22	1.98
21555907--21556232	171	1.9	171	81	3	388	20	27	29	22	1.99
21556344--21556395	26	2.0	26	84	0	68	26	23	19	30	1.98
21555326--21556397	518	2.1	503	80	7	1202	21	27	28	22	1.99
21555346--21557079	513	3.4	498	76	9	1378	21	26	28	23	1.99
21556856--21556908	26	2.0	26	82	7	63	30	20	18	30	1.97
21557051--21557104	27	2.0	26	89	3	81	27	22	20	29	1.98
21557078--21557579	158	3.2	157	76	6	512	20	26	29	23	1.99
21558279--21558329	26	2.0	26	92	7	86	27	21	19	31	1.97
21558660--21558711	26	2.0	27	84	3	70	30	25	19	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402