genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.209.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  209  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21700962--21701014	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
21701132--21701184	26	2.0	26	88	0	79	30	26	18	24	1.98
21701325--21701652	175	1.9	175	84	1	442	21	27	25	25	2.00
21702113--21702165	26	2.0	26	89	7	81	24	24	20	30	1.99
21702480--21702532	26	2.0	26	88	0	79	28	28	16	26	1.97
21702006--21702848	367	2.4	353	79	7	831	19	26	30	23	1.98
21702506--21702997	159	3.1	157	75	6	472	19	27	30	23	1.98
21702977--21703029	26	2.1	25	92	3	88	26	22	20	30	1.98
21702561--21703515	510	1.9	512	85	2	1319	19	26	30	23	1.98
21703159--21703596	159	2.8	159	77	4	497	19	24	32	23	1.98
21703613--21703665	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
21704336--21704388	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
21704678--21704730	26	2.0	26	88	0	79	30	26	20	22	1.98
21705400--21705452	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
21706448--21706874	196	2.2	193	82	8	493	21	26	27	24	1.99
21707031--21707083	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
21707057--21707558	158	3.2	156	75	7	510	20	25	29	24	1.99
21707532--21707584	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
21708084--21708136	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
21709423--21709475	26	2.0	26	85	7	72	32	28	15	24	1.95
21709924--21709974	26	2.0	25	92	3	84	29	21	19	29	1.98
21712441--21712493	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21712639--21712689	26	2.0	26	88	0	75	27	25	17	29	1.98
21713406--21713714	159	1.9	158	85	1	422	15	27	33	22	1.94
21713687--21713739	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
21714412--21714464	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
21714779--21714831	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
21715122--21715174	26	2.0	26	89	7	81	26	24	18	30	1.98
21715843--21715895	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
21715921--21716370	158	2.8	159	78	5	410	18	29	29	22	1.98
21716721--21716773	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
21716800--21717228	158	2.7	158	79	4	474	17	28	30	23	1.97
21723825--21723876	26	2.0	26	88	0	77	28	26	17	26	1.97
21724319--21724371	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
21724688--21724740	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
21724835--21725042	110	1.9	110	91	2	346	15	26	34	23	1.95
21726402--21726745	158	2.2	159	81	5	410	22	23	28	25	1.99
21727090--21727140	26	2.0	26	92	0	84	29	27	17	25	1.98
21727213--21727775	159	3.5	158	74	8	489	19	26	29	24	1.99
21727121--21727608	159	3.1	155	74	8	453	21	27	29	21	1.99
21727114--21727934	318	2.6	316	81	4	891	21	26	28	23	1.99
21727213--21727934	317	2.3	318	81	2	808	20	26	28	24	1.99
21728263--21728315	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
21727995--21729319	343	3.9	340	83	4	1475	20	27	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21728606--21728658	26	2.0	26	92	0	88	24	28	20	26	1.99
21728074--21729319	686	1.8	687	85	2	1750	20	27	29	23	1.99
21729453--21729503	26	2.0	26	92	7	86	25	21	19	33	1.97
21729802--21729852	26	2.0	26	88	7	77	29	25	17	27	1.98
21729965--21730329	158	2.3	158	81	4	439	19	24	29	25	1.98
21730877--21731376	157	3.2	157	75	7	361	20	28	29	22	1.98
21731350--21731402	26	2.0	26	89	7	81	24	26	20	28	1.99
21732853--21732905	26	2.0	26	88	0	79	33	28	13	24	1.93
21732879--21733381	159	3.2	159	78	5	489	20	27	28	23	1.99
21733353--21733405	26	2.0	26	88	0	79	30	20	18	30	1.97
21733599--21733639	12	3.4	12	89	0	64	26	21	41	9	1.84
21733431--21733810	183	2.1	183	97	0	724	18	27	33	20	1.96
21733782--21733812	12	2.6	12	94	0	53	29	25	38	6	1.81
21733967--21734433	158	2.9	158	78	6	462	19	26	30	23	1.98
21735179--21735231	26	2.0	26	89	7	81	28	24	16	30	1.97
21734274--21735824	786	2.0	774	85	4	2091	27	22	23	26	1.99
21741588--21741640	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
21747575--21748076	158	3.2	158	77	7	541	18	28	30	22	1.98
21748050--21748102	26	2.0	26	92	0	88	26	24	22	26	2.00
21747892--21748248	184	1.9	184	87	0	525	18	27	31	22	1.97
21747514--21748629	501	2.2	501	85	1	1457	19	27	29	22	1.98
21748076--21748568	158	3.1	157	76	4	497	19	27	30	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21748749--21748800	26	2.0	26	85	7	70	32	21	17	28	1.96
21749116--21749167	26	2.0	26	92	0	86	28	26	19	25	1.98
21749140--21749641	159	3.2	156	73	8	415	20	24	29	24	1.99
21749615--21749667	26	2.0	26	85	7	72	28	20	22	28	1.99
21750105--21750157	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
21752204--21752275	26	2.8	26	93	0	117	29	29	18	23	1.97
21752776--21752838	26	2.4	26	97	0	117	30	30	15	23	1.96
21752823--21753313	158	3.1	155	75	8	436	20	27	28	23	1.99
21753287--21753339	26	2.0	26	82	13	65	32	20	18	28	1.97
21753665--21753717	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
21753731--21754232	158	3.2	157	75	3	495	20	27	30	22	1.98
21755000--21755049	26	1.9	26	100	0	100	26	26	20	28	1.99
21753614--21755365	660	2.6	657	79	4	1811	20	26	29	23	1.99
21755340--21755392	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
21756197--21756761	159	3.5	160	76	7	475	18	26	30	24	1.98
21756930--21756982	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
21757419--21757471	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
21757910--21757961	26	2.0	26	92	3	88	26	26	21	25	1.99
21758040--21758092	26	2.0	26	89	7	81	32	22	15	30	1.94
21758236--21758288	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
21758270--21758661	159	2.5	158	74	9	373	20	28	29	21	1.98
21759238--21759290	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21759307--21759608	159	1.9	158	85	6	423	16	28	31	24	1.96
21759581--21759633	26	2.0	26	85	7	72	26	22	18	32	1.97
21760304--21760356	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
21760330--21760851	158	3.3	157	77	7	518	20	26	29	22	1.99
21760989--21761041	26	2.0	26	89	7	81	28	24	16	30	1.97
21762565--21762617	26	2.0	26	85	0	70	28	28	18	24	1.98
21762630--21764054	158	8.9	158	75	7	958	18	27	30	22	1.98
21762591--21764053	317	4.6	314	76	7	1033	19	27	30	22	1.98
21764198--21764276	26	3.0	26	98	0	149	26	29	20	24	1.99
21765289--21765341	26	2.0	26	88	0	79	26	28	18	26	1.98
21765315--21766133	158	5.2	158	76	4	743	19	26	30	23	1.98
21765312--21766134	317	2.6	316	83	2	997	19	26	29	23	1.98
21766107--21766157	26	2.0	25	92	3	84	29	23	17	29	1.97
21767147--21767199	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
21767173--21767541	171	2.2	169	81	4	418	21	28	28	21	1.98
21767514--21767565	25	2.0	26	92	3	88	32	28	13	25	1.93
21766895--21767875	354	2.8	350	79	9	1007	19	28	29	22	1.98
21767576--21768042	159	2.9	156	77	5	438	19	27	29	22	1.98
21768743--21768795	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
21769085--21769137	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
21775330--21775382	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
21775457--21775886	159	2.7	158	74	6	386	20	25	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21775499--21775886	158	2.4	156	73	8	336	21	25	28	25	1.99
21776516--21776568	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
21776712--21776764	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
21777055--21777106	26	2.0	25	85	10	70	30	21	17	30	1.96
21778082--21778134	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
21779157--21779209	26	2.0	26	82	7	63	30	24	16	28	1.97
21778221--21779667	696	2.1	679	82	6	1709	19	28	28	23	1.98
21779190--21779670	157	3.1	150	75	9	403	19	29	29	21	1.98
21780356--21780408	27	2.0	26	85	7	72	26	26	20	26	1.99
21780383--21780887	159	3.2	158	71	5	428	21	26	28	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402