genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  81  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12239870--12241132	501	2.5	500	81	5	1351	21	26	28	23	1.99
12240250--12240606	184	1.9	184	81	3	423	21	27	28	22	1.99
12240911--12240968	26	2.3	26	82	11	68	31	25	13	29	1.94
12241277--12241329	26	2.0	26	96	0	97	28	30	18	22	1.98
12241461--12241513	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
12242194--12242246	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
12242316--12243222	158	5.4	159	68	16	423	20	26	29	23	1.99
12242857--12242909	26	2.0	26	85	0	70	28	26	18	26	1.98
12243199--12243277	26	3.0	25	87	3	86	29	25	18	26	1.98
12242857--12243585	368	2.0	368	86	1	1014	21	28	28	22	1.99
12243255--12243753	159	3.1	158	75	4	376	20	27	28	23	1.99
12243727--12243779	26	2.0	26	96	0	97	28	22	18	30	1.98
12243922--12243974	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
12243948--12244449	158	3.2	157	77	8	541	19	25	31	23	1.98
12244423--12244475	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
12245134--12245186	26	2.0	26	85	7	72	32	28	15	24	1.95
12251532--12252026	158	3.1	158	76	7	511	20	27	29	23	1.99
12252000--12252052	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
12253355--12253786	171	2.5	171	84	3	541	19	27	28	23	1.98
12253759--12253811	26	2.0	26	88	0	79	28	30	16	24	1.97
12254260--12254312	26	2.0	26	85	7	72	28	20	18	32	1.97
12254931--12255009	26	3.0	26	90	0	122	26	27	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12255300--12255352	26	2.0	26	86	13	74	28	22	20	28	1.99
12255496--12255548	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
12255204--12256296	196	5.6	195	79	6	1049	22	26	27	24	1.99
12255693--12255745	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
12255878--12255928	26	2.0	26	88	7	77	29	23	15	31	1.95
12256073--12256125	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
12256096--12256486	171	2.3	170	75	5	394	22	24	28	25	1.99
12256598--12256649	25	2.0	26	89	10	81	28	23	17	30	1.97
12257134--12257186	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
12257881--12258311	159	2.7	158	74	6	379	20	25	29	24	1.99
12259078--12259629	184	3.0	182	80	5	619	20	26	28	24	1.99
12259444--12259945	158	3.2	157	76	6	494	19	26	30	23	1.98
12259919--12259971	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
12260128--12260180	26	2.0	26	88	0	79	28	28	20	22	1.99
12260154--12260497	159	2.2	157	82	5	417	19	27	30	22	1.98
12260470--12260522	26	2.0	26	89	7	81	32	24	15	28	1.95
12261273--12261325	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
12261367--12261700	171	2.0	170	82	4	404	19	27	29	23	1.98
12262289--12262341	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
12269095--12269145	26	2.0	26	88	7	77	27	21	21	29	1.99
12269181--12269635	159	2.9	157	84	3	556	17	29	31	21	1.96
12270302--12270354	26	2.0	26	89	7	81	26	28	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12270328--12270828	158	3.2	158	78	5	528	18	27	30	23	1.97
12270802--12270906	26	4.0	25	84	7	129	26	27	20	24	1.99
12270799--12270904	52	2.0	52	89	3	160	26	27	20	25	1.99
12270299--12271371	552	1.9	552	86	1	1524	19	27	30	23	1.98
12270880--12271698	158	5.2	158	74	8	581	19	26	30	23	1.98
12270915--12271740	159	5.2	159	74	7	640	19	26	30	23	1.98
12272134--12272186	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
12272477--12272846	184	2.0	184	80	3	422	21	27	28	22	1.99
12272122--12273190	501	2.1	501	83	3	1296	21	26	28	24	1.99
12273846--12273896	26	2.0	26	96	0	93	27	27	15	29	1.96
12273875--12274404	158	3.4	156	76	6	507	18	25	31	23	1.97
12274517--12274569	26	2.0	26	88	0	79	28	28	16	26	1.97
12274603--12275046	159	2.8	158	75	9	371	18	27	30	23	1.98
12274543--12275034	158	3.1	155	75	9	474	19	27	29	22	1.98
12275742--12275820	26	3.0	26	96	0	140	29	29	17	24	1.97
12276000--12276289	158	1.8	159	82	5	372	16	26	32	24	1.96
12276274--12276326	26	2.0	26	85	7	72	30	20	18	30	1.97
12276376--12276675	158	1.9	158	80	6	358	17	26	30	25	1.98
12276799--12276850	25	2.0	26	88	3	79	26	26	19	26	1.99
12276471--12277167	354	2.0	343	80	8	766	20	26	29	23	1.99
12276825--12277325	158	3.2	158	78	7	516	20	27	29	22	1.98
12277299--12277350	26	2.0	26	85	7	70	28	26	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12277466--12277513	16	3.1	16	88	5	73	6	18	52	22	1.68
12278049--12278101	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
12278075--12278575	159	3.2	157	74	10	448	18	26	29	24	1.98
12278549--12278601	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
12278915--12278967	26	2.0	26	81	0	61	22	28	22	26	1.99
12279416--12279468	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
12280124--12280175	26	2.0	26	88	0	77	25	26	21	26	1.99
12280191--12280485	159	1.9	157	82	4	369	17	29	32	20	1.96
12286916--12286968	26	2.0	26	92	7	90	30	24	16	28	1.97
12287126--12287178	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
12287469--12287521	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
12288193--12288244	25	2.0	26	92	3	88	28	26	19	25	1.98
12288535--12288587	26	2.0	26	85	7	72	30	20	16	32	1.95
12289258--12289309	25	2.0	26	92	3	88	26	25	21	26	1.99
12289588--12289640	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
12291527--12291579	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
12291628--12292055	159	2.7	158	80	5	443	18	28	29	24	1.98
12291553--12292054	158	3.2	159	76	5	383	20	26	29	23	1.99
12292028--12292080	26	2.0	26	85	7	72	26	26	18	28	1.98
12292408--12292460	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
12292434--12292933	159	3.2	156	76	3	491	20	26	29	23	1.99
12292909--12292959	26	2.0	26	92	0	84	29	23	13	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12293990--12294039	26	1.9	26	88	8	75	28	24	18	30	1.97
12293685--12294093	196	2.1	195	82	4	484	22	25	29	22	1.99
12293753--12294137	196	2.0	196	82	2	477	22	25	28	23	1.99
12295259--12295311	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
12296341--12296392	25	2.0	26	88	3	79	25	25	23	26	2.00
12296366--12296796	159	2.7	158	74	13	400	20	27	29	22	1.98
12297020--12297072	26	2.0	26	85	0	70	26	28	18	26	1.98
12296058--12297394	681	2.0	671	80	6	1527	21	27	28	23	1.99
12297291--12297673	159	2.4	157	76	7	371	19	23	28	28	1.98
12297999--12298408	158	2.6	159	76	6	418	19	27	29	23	1.98
12298380--12298432	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
12298778--12298830	26	2.0	26	92	0	88	26	28	18	26	1.98
12298933--12299307	159	2.4	159	78	8	386	18	22	31	27	1.97
12297856--12299502	899	1.8	898	82	4	2147	20	26	28	24	1.99
12299475--12299527	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
12299393--12300176	344	2.3	334	83	5	951	18	28	30	23	1.97
12299819--12299871	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
12299882--12300348	159	2.9	157	79	4	454	17	27	31	22	1.97
12300783--12300835	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
12301257--12301309	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
12301613--12301665	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
12301758--12302168	157	2.6	157	75	5	414	20	26	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12301639--12302139	159	3.2	155	74	7	452	20	26	28	24	1.99
12301725--12302311	159	3.6	157	75	5	460	20	27	27	23	1.99
12302284--12302335	26	2.0	26	88	0	77	32	25	15	26	1.95
12301369--12302812	671	2.2	670	82	3	1767	21	27	28	23	1.99
12302348--12302810	158	2.9	158	79	6	440	20	26	29	23	1.99
12303516--12303568	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
12304420--12304472	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
12302625--12305523	904	3.2	905	93	1	4615	25	24	23	26	2.00
12305658--12306995	367	3.7	360	77	10	1196	20	27	28	23	1.99
12306752--12306804	26	2.0	26	92	7	90	26	26	22	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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