genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  86  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12614347--12615337	512	1.9	511	82	3	1213	19	25	29	24	1.98
12614858--12615310	159	2.9	158	75	7	391	18	26	30	24	1.98
12616007--12616059	26	2.0	26	88	0	79	28	26	20	24	1.99
12616033--12616534	158	3.2	157	78	6	494	20	27	28	23	1.99
12616609--12617050	158	2.8	158	80	5	446	18	26	30	23	1.98
12617744--12617796	26	2.0	26	85	7	72	28	26	16	28	1.97
12618086--12618138	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
12617672--12618456	343	2.3	342	82	2	903	19	28	28	23	1.98
12621239--12621880	159	4.1	158	79	5	552	20	25	29	24	1.99
12621854--12622281	195	2.2	195	84	2	538	21	24	28	25	1.99
12622059--12622110	26	2.0	26	85	7	70	28	23	17	30	1.97
12622887--12622939	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
12623124--12623428	159	1.9	159	84	3	409	16	26	33	23	1.96
12623403--12623453	26	2.0	26	92	7	86	27	23	19	29	1.98
12624123--12624173	26	2.0	26	84	7	68	29	27	15	27	1.96
12624149--12624555	159	2.6	156	75	8	365	23	27	28	20	1.99
12624819--12624871	26	2.0	26	85	7	72	28	20	20	30	1.98
12624522--12624874	196	1.8	196	88	2	539	20	25	28	25	1.99
12626042--12626094	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
12626593--12626645	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
12628550--12628601	26	2.0	26	92	0	86	25	28	21	25	1.99
12629683--12629735	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12629782--12630215	159	2.7	157	79	6	471	18	27	29	24	1.98
12630187--12630238	25	2.0	26	89	10	81	26	25	19	28	1.98
12630542--12630594	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
12630762--12631055	159	1.8	159	80	2	349	20	26	29	23	1.99
12631041--12631093	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
12631205--12631571	159	2.3	160	79	5	411	19	23	29	27	1.98
12630515--12631800	502	2.5	500	81	4	1388	20	25	29	24	1.99
12631543--12631595	26	2.0	26	96	0	97	26	20	20	32	1.98
12631923--12631975	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
12632263--12632315	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
12638863--12639381	151	3.3	151	78	8	470	20	27	29	22	1.99
12639686--12639735	26	1.9	26	91	0	82	26	26	20	28	1.99
12640333--12640369	13	2.8	13	91	0	56	10	40	18	29	1.85
12640752--12640804	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
12641476--12641527	25	2.0	26	92	3	88	30	25	17	26	1.97
12641659--12641711	26	2.0	26	89	7	81	24	26	20	28	1.99
12641856--12641908	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
12641550--12641911	197	1.8	196	84	2	494	20	26	28	24	1.99
12649091--12649168	26	3.0	26	94	1	131	28	21	19	30	1.97
12649494--12649546	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
12653094--12653136	18	2.4	18	96	0	77	9	20	25	44	1.81
12655532--12655584	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12656370--12656422	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
12656396--12656900	160	3.2	155	77	6	494	20	27	29	22	1.99
12657566--12657644	26	3.0	26	96	0	140	26	27	20	25	1.99
12659025--12659077	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
12659147--12659195	11	4.5	11	89	0	71	22	30	28	18	1.97
12659147--12659195	22	2.2	22	96	0	89	22	30	28	18	1.97
12659781--12659833	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
12660282--12660334	26	2.0	26	85	7	72	28	20	20	30	1.98
12660662--12660714	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
12660688--12661191	158	3.2	158	77	6	502	18	25	29	25	1.98
12662512--12662564	26	2.0	26	88	0	79	28	30	18	22	1.98
12662538--12662970	159	2.7	158	78	5	383	20	28	29	21	1.98
12662535--12663039	158	3.2	157	74	7	482	20	27	29	22	1.99
12663010--12663065	26	2.2	26	87	6	78	28	23	19	28	1.98
12663210--12663262	26	2.0	26	89	7	81	28	30	18	22	1.98
12662120--12663765	698	2.4	695	85	2	2149	19	27	29	23	1.98
12663236--12663737	159	3.2	156	74	9	437	17	27	31	23	1.97
12663711--12663763	26	2.0	26	82	7	63	26	22	18	32	1.97
12664434--12664486	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
12665188--12665240	26	2.0	26	85	7	72	26	20	22	30	1.98
12665909--12665961	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
12672082--12672132	26	2.0	26	84	7	68	29	23	15	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12672778--12672830	26	2.0	26	92	7	90	30	26	16	26	1.97
12673512--12673564	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
12674182--12674576	171	2.3	171	82	3	483	19	26	29	24	1.98
12674549--12674601	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
12674733--12674785	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
12675461--12675516	26	2.2	26	93	0	94	30	26	17	25	1.97
12675805--12675857	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
12676000--12676052	26	2.0	26	92	7	90	30	24	16	28	1.97
12676195--12676247	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
12675697--12676613	195	4.7	197	82	2	1017	22	26	28	23	1.99
12676799--12677327	155	3.4	158	73	9	393	22	25	29	23	1.99
12677203--12677624	170	2.5	170	80	5	442	19	25	29	25	1.98
12677642--12678137	158	3.1	157	77	6	491	19	25	30	25	1.98
12678111--12678163	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
12678307--12678359	26	2.0	26	89	7	81	24	30	20	24	1.99
12685126--12685629	159	3.2	156	78	6	485	19	27	29	23	1.98
12685602--12685654	26	2.0	26	96	0	97	28	22	18	30	1.98
12685863--12686172	159	2.0	158	84	4	410	18	28	30	22	1.97
12686275--12686300	11	2.4	11	100	0	52	26	30	34	7	1.85
12686880--12686932	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
12687374--12687425	26	2.0	25	92	3	86	28	23	19	28	1.98
12687215--12687585	184	2.0	185	82	2	451	21	25	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12688313--12688623	159	2.0	158	83	3	401	18	28	31	21	1.97
12689330--12689382	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
12689788--12689840	26	2.0	26	92	7	90	30	24	16	28	1.97
12690545--12690597	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
12690888--12690940	26	2.0	26	89	7	81	26	26	18	28	1.98
12691622--12691674	26	2.0	26	86	13	74	30	26	16	26	1.97
12692119--12692174	26	2.2	26	90	6	87	28	21	19	30	1.98
12691585--12692751	526	2.3	508	80	7	1258	21	25	28	23	1.99
12692648--12692700	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
12692856--12692908	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
12693201--12693251	26	2.0	26	88	7	77	27	21	19	31	1.97
12693925--12693976	25	2.0	26	88	3	79	28	25	19	26	1.98
12694090--12694451	159	2.3	159	79	3	361	19	24	30	24	1.98
12694425--12694477	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
12694809--12694859	26	2.0	26	88	7	77	27	21	19	31	1.97
12695296--12695348	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
12695491--12695543	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
12696032--12696084	26	2.0	26	88	0	79	32	26	15	26	1.95
12696006--12696959	526	1.8	527	80	2	1173	21	25	28	24	1.99
12696779--12697085	158	1.9	158	80	4	350	19	25	30	23	1.98
12697059--12697111	26	2.0	26	92	7	90	26	22	22	28	1.99
12697256--12697308	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12697602--12697649	25	1.9	25	87	8	71	27	25	20	27	1.99
12698803--12698855	26	2.0	26	92	0	88	28	24	20	26	1.99
12699683--12699735	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
12699525--12700076	184	3.0	182	83	5	648	20	26	28	24	1.99
12699867--12699918	25	2.0	26	88	3	79	28	25	19	26	1.98
12699133--12700841	683	2.5	688	82	6	2021	20	26	29	23	1.99
12700576--12700628	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
12700906--12700958	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
12701713--12701791	26	3.0	26	90	3	124	27	25	18	27	1.98
12702481--12702535	26	2.1	27	89	3	85	23	27	16	32	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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