genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  56  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10410715--10410770	26	2.2	26	93	6	96	28	16	23	32	1.96
10411790--10411840	26	2.0	26	92	7	86	29	19	23	27	1.98
10411434--10412096	355	1.9	355	81	2	803	24	27	26	21	1.99
10411815--10412315	158	3.2	158	75	8	430	24	29	25	20	1.99
10412291--10412341	26	2.0	26	88	0	75	27	21	21	29	1.99
10411974--10412715	345	2.1	348	79	6	763	24	28	24	21	1.99
10413143--10413196	26	2.1	26	96	0	99	25	22	27	24	2.00
10413179--10413490	170	1.8	170	80	2	376	24	30	25	19	1.98
10414152--10414204	26	2.0	26	92	0	88	30	20	24	24	1.99
10414863--10414918	26	2.2	26	90	0	85	26	14	26	32	1.95
10415448--10415478	15	2.1	15	100	0	62	25	48	19	6	1.72
10415978--10416030	26	2.0	26	85	7	72	24	22	26	26	2.00
10416003--10416373	172	2.2	172	83	4	455	23	31	26	18	1.97
10416347--10416398	26	2.0	26	88	7	79	28	17	25	28	1.97
10416372--10417092	159	4.5	160	76	6	590	23	30	27	18	1.97
10416372--10417141	317	2.4	316	84	2	927	23	30	27	18	1.98
10417178--10417230	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
10417204--10417705	158	3.2	156	75	6	481	23	29	27	19	1.98
10417681--10417731	26	2.0	26	92	0	84	27	17	29	25	1.98
10418053--10418517	159	2.9	157	72	9	388	26	28	25	19	1.99
10418053--10419520	666	2.2	662	82	4	1742	24	28	26	20	1.99
10419556--10419608	26	2.0	26	85	7	72	30	20	20	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10419172--10419933	361	2.1	351	81	5	868	22	28	25	22	1.99
10420386--10420461	26	2.9	26	88	3	109	28	18	26	26	1.98
10421494--10421546	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
10423153--10423205	26	2.0	26	82	7	63	30	16	24	28	1.97
10423496--10423548	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
10424940--10424990	26	2.0	26	88	7	77	29	17	23	29	1.97
10425283--10425335	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
10425937--10425989	26	2.0	26	88	0	79	28	22	22	26	1.99
10426660--10426712	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
10427003--10427055	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
10427198--10427249	26	2.0	26	88	7	79	30	17	21	30	1.96
10427699--10427751	26	2.0	26	88	0	79	26	18	24	30	1.98
10428448--10428895	159	2.8	158	81	5	460	22	29	27	19	1.98
10428868--10428935	21	3.2	20	89	8	100	7	44	22	26	1.79
10428909--10429431	158	3.3	158	77	6	542	21	32	26	18	1.97
10430146--10430198	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
10430525--10430577	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
10431018--10431070	26	2.0	26	85	0	70	24	18	26	30	1.98
10432697--10432749	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
10432987--10433033	22	2.2	22	84	3	60	8	46	19	25	1.77
10435221--10435273	26	2.0	26	92	0	88	28	20	26	24	1.99
10435721--10435773	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10436088--10436140	26	2.0	26	85	7	72	32	18	22	26	1.97
10436589--10436641	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
10436968--10437020	26	2.0	26	85	7	72	32	20	18	28	1.97
10435219--10437559	881	2.7	866	81	4	2643	24	29	26	19	1.99
10437470--10437522	26	2.0	26	89	7	81	24	16	30	28	1.97
10438231--10438663	159	2.7	158	74	9	405	25	29	27	18	1.98
10440480--10440532	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
10440506--10441008	159	3.2	158	76	7	428	23	29	26	20	1.99
10441191--10441243	26	2.0	26	89	7	81	24	22	26	26	2.00
10439977--10441618	697	2.3	696	81	4	1938	23	29	26	19	1.98
10442876--10442928	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
10442853--10443227	196	1.9	196	84	3	504	22	28	28	21	1.99
10443099--10443994	158	5.7	157	77	5	777	23	30	27	18	1.98
10443097--10443998	317	2.8	313	80	4	902	23	30	27	18	1.98
10443099--10443998	475	1.9	475	85	1	1232	23	30	27	18	1.98
10444036--10444088	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
10443767--10444973	609	2.0	597	85	2	1642	23	25	25	25	2.00
10445401--10445969	163	3.6	158	77	7	454	24	28	26	19	1.99
10446591--10447093	159	3.2	158	76	6	453	24	31	26	18	1.97
10447067--10447119	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
10447276--10447328	26	2.0	26	85	7	72	30	18	24	26	1.98
10448629--10448681	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10448855--10449358	159	3.2	158	74	7	450	23	30	26	19	1.98
10449332--10449384	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
10449844--10450236	158	2.5	157	75	9	413	22	30	24	21	1.99
10449737--10450236	158	3.2	156	74	9	408	24	29	25	20	1.99
10450210--10450262	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
10450529--10450872	158	2.2	157	79	4	388	21	30	27	19	1.98
10451544--10451594	26	2.0	26	88	7	77	31	17	21	29	1.96
10451570--10452073	159	3.2	156	72	6	413	24	29	25	20	1.99
10452047--10452099	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
10453437--10453488	25	2.0	26	89	10	81	28	19	26	25	1.98
10453462--10453902	159	2.8	159	75	3	424	24	28	27	19	1.99
10453941--10453991	26	2.0	26	88	7	77	27	17	27	27	1.98
10454309--10454735	159	2.7	157	76	5	423	23	29	27	19	1.98
10454782--10454833	26	2.0	25	82	10	61	26	21	26	25	1.99
10455292--10455344	26	2.0	26	92	0	88	24	22	28	24	2.00
10455489--10455541	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
10455251--10455646	197	2.0	198	84	5	516	22	28	26	22	1.99
10455835--10456121	158	1.8	159	80	3	355	24	30	26	18	1.98
10455514--10456295	329	2.4	316	78	6	786	23	29	25	20	1.99
10456162--10456718	196	2.8	196	82	4	642	22	28	26	22	1.99
10456554--10456883	171	1.9	171	83	1	419	22	30	27	19	1.98
10456554--10456923	171	2.2	171	80	3	406	22	29	27	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10456358--10457053	368	1.9	366	84	1	919	22	29	27	20	1.99
10457400--10457891	159	3.1	158	78	6	433	22	29	27	19	1.98
10457873--10457925	26	2.0	26	85	7	72	26	18	24	30	1.98
10458515--10458572	26	2.2	27	93	3	100	27	20	24	27	1.99
10457456--10458738	641	2.0	642	85	2	1722	22	30	26	20	1.98
10458917--10459281	158	2.3	158	78	6	380	26	30	23	19	1.98
10458917--10459319	159	2.5	157	76	5	393	26	29	25	18	1.98
10460347--10460399	26	2.0	26	88	0	79	22	22	30	24	1.99
10460725--10460777	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
10461449--10461501	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
10461475--10461867	159	2.5	159	82	2	461	25	28	26	19	1.99
10462673--10462725	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
10462857--10462910	26	2.1	26	82	6	65	27	16	25	29	1.97
10463555--10463607	26	2.0	26	89	7	81	22	18	30	28	1.98
10464100--10464467	159	2.3	158	75	6	357	25	28	25	20	1.99
10464438--10464489	26	2.0	26	92	0	86	26	19	26	26	1.99
10464627--10465060	159	2.7	158	77	5	410	23	30	27	18	1.98
10463972--10465187	672	1.8	673	84	2	1674	24	29	25	19	1.99
10465110--10465161	26	2.0	26	85	7	70	30	17	25	26	1.97
10465081--10465940	380	2.3	380	83	1	1062	26	28	23	20	1.99
10465870--10465921	26	2.0	26	92	3	88	30	21	21	26	1.98
10465894--10466263	158	2.3	157	78	5	379	27	30	23	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10466567--10466619	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
10467782--10467834	26	2.0	26	100	0	106	30	20	22	26	1.98
10467808--10468145	159	2.1	160	79	3	351	23	29	28	18	1.98
10468126--10468178	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
10468324--10468374	26	2.0	26	92	7	86	29	15	25	29	1.96
10468120--10468630	197	2.6	196	85	3	679	24	26	26	22	2.00
10468513--10468572	26	2.4	26	86	10	81	26	20	23	30	1.98
10468545--10468947	160	2.5	158	75	5	384	25	27	27	19	1.99
10469022--10469100	26	3.0	25	90	3	113	26	18	26	27	1.98
10469048--10469436	185	2.1	185	83	2	478	23	26	26	22	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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