genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.234.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  234  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23545775--23545834	26	2.4	26	78	10	72	30	26	15	28	1.96
23545882--23546341	158	2.9	156	79	4	485	20	28	27	23	1.99
23546457--23546509	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
23546256--23547076	368	2.2	363	79	8	874	19	26	29	23	1.98
23546865--23547366	158	3.2	157	73	8	435	20	26	29	23	1.99
23547184--23547551	184	2.0	182	83	5	463	19	26	28	25	1.99
23547427--23547868	159	2.8	159	81	1	512	18	28	29	24	1.98
23549120--23549615	159	3.1	157	76	5	444	19	29	29	22	1.98
23549589--23549641	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
23550768--23550820	26	2.0	26	89	7	81	26	26	18	28	1.98
23552375--23552441	26	2.6	26	90	0	98	32	22	16	28	1.95
23552375--23552453	26	3.0	26	83	7	97	31	22	17	27	1.97
23552565--23552924	158	2.3	159	78	7	374	20	25	29	23	1.99
23552896--23552948	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
23553274--23553326	26	2.0	26	92	0	88	32	28	16	22	1.96
23554197--23554249	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
23553223--23554934	911	1.9	896	82	7	2040	25	23	24	26	2.00
23555782--23555834	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
23555808--23556189	159	2.4	157	79	6	457	21	26	29	22	1.99
23556467--23556837	159	2.3	157	75	5	368	20	26	29	23	1.99
23555606--23556888	651	2.0	650	83	2	1628	20	26	28	23	1.99
23556933--23556985	26	2.0	26	85	7	72	32	26	13	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23557314--23557366	26	2.0	26	92	0	88	24	28	20	26	1.99
23557812--23557864	26	2.0	26	85	7	72	28	24	20	26	1.99
23558691--23558742	25	2.0	26	85	10	72	26	21	21	30	1.98
23558460--23559431	342	2.8	341	79	5	855	18	27	30	24	1.98
23559110--23559411	158	1.9	158	85	1	417	16	27	33	22	1.96
23560279--23560638	158	2.3	159	80	3	411	20	27	29	22	1.99
23560610--23560662	26	2.0	26	89	7	81	30	20	18	30	1.97
23561490--23561542	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
23568176--23568670	158	3.1	158	77	4	514	20	27	28	23	1.99
23569019--23569072	26	2.1	26	92	0	90	25	27	20	25	1.99
23569072--23569141	31	2.3	31	94	0	122	27	20	37	15	1.93
23569103--23570530	159	9.0	159	77	6	1178	18	26	30	24	1.98
23569103--23570531	317	4.5	316	83	2	1650	18	26	30	24	1.98
23570504--23570556	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
23571228--23571278	26	2.0	26	88	0	75	29	25	17	27	1.98
23571252--23571659	159	2.6	157	73	7	374	19	25	31	24	1.98
23572093--23572145	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
23574350--23574402	26	2.0	26	89	7	81	28	28	18	24	1.98
23576005--23576056	13	4.0	13	82	0	59	9	38	21	30	1.85
23576448--23576500	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
23576070--23576721	356	1.8	355	84	4	893	21	27	28	22	1.99
23577451--23577787	158	2.1	158	85	3	437	21	27	28	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23577761--23577812	26	2.0	25	92	3	86	28	23	19	28	1.98
23578387--23578850	159	2.9	160	79	4	492	19	25	31	23	1.98
23578347--23578839	158	3.1	156	77	5	504	19	25	30	23	1.98
23579203--23579255	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
23578292--23579942	886	1.9	882	83	3	2164	21	26	28	23	1.99
23579720--23579772	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
23579550--23579970	196	2.1	196	85	2	560	23	27	26	23	2.00
23579915--23579968	27	2.0	26	86	10	74	25	24	20	29	1.99
23580535--23580616	22	3.7	22	95	0	146	21	23	30	24	1.99
23581679--23581731	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
23581705--23582209	159	3.2	157	78	7	477	19	26	30	23	1.98
23582181--23582233	26	2.0	26	89	7	81	28	20	18	32	1.97
23582901--23582958	25	2.3	25	79	5	64	22	27	24	25	2.00
23583214--23583615	159	2.5	156	78	4	401	18	28	28	24	1.98
23583588--23583640	26	2.0	26	82	7	63	28	22	18	30	1.98
23584056--23584486	159	2.7	159	78	4	359	19	27	29	24	1.98
23584458--23584510	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
23585211--23585569	159	2.3	155	75	10	332	22	25	29	22	1.99
23585863--23585915	26	2.0	26	89	7	81	26	28	20	24	1.99
23586414--23586466	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
23587134--23587186	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
23587160--23587542	158	2.4	157	78	5	414	22	27	28	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23588541--23588595	25	2.2	25	90	0	92	56	16	3	23	1.56
23588549--23588601	25	2.2	25	86	3	72	60	16	5	16	1.54
23588801--23588853	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
23589084--23589642	158	3.5	156	76	7	484	20	26	28	24	1.99
23588933--23589643	317	2.2	318	82	5	838	20	26	28	23	1.99
23589814--23589864	26	2.0	26	88	0	75	25	25	21	27	1.99
23589978--23590340	159	2.3	159	78	7	344	19	25	31	24	1.98
23590314--23590366	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
23590680--23590732	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
23590706--23591199	159	3.1	157	75	6	478	20	26	29	23	1.99
23592426--23592478	26	2.0	26	85	0	70	30	28	15	26	1.96
23592781--23592833	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
23593204--23593883	355	1.9	361	81	6	842	21	27	28	22	1.99
23593675--23594177	159	3.2	156	75	9	469	18	28	30	22	1.98
23592392--23594205	869	2.1	856	83	3	2224	20	27	28	22	1.99
23595374--23595432	26	2.3	26	86	11	79	30	23	15	30	1.95
23595527--23595900	158	2.4	157	78	6	362	19	27	28	24	1.99
23594833--23595926	502	2.2	501	82	3	1299	21	26	27	24	1.99
23595876--23595927	26	2.0	26	85	7	70	28	25	17	28	1.97
23597846--23598224	159	2.4	157	76	4	395	20	26	30	22	1.98
23598314--23598366	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
23598523--23598575	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23598707--23598759	26	2.0	26	92	0	88	33	28	15	22	1.94
23598510--23598905	184	2.2	184	82	2	465	21	25	28	24	1.99
23599579--23599631	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
23600338--23600406	35	2.0	35	91	5	113	26	18	46	8	1.78
23600666--23600718	26	2.0	26	92	0	88	30	30	16	22	1.96
23599904--23600917	560	1.8	559	81	5	1261	20	26	30	22	1.99
23601676--23601729	26	2.1	26	89	0	81	25	25	20	27	1.99
23601776--23602067	159	1.8	159	79	2	336	18	26	30	25	1.98
23602179--23602231	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
23602374--23602426	26	2.0	26	88	0	79	26	32	18	22	1.97
23602435--23602731	159	1.9	158	82	3	382	18	26	32	22	1.97
23602717--23602795	26	3.0	26	94	0	131	25	27	21	25	1.99
23602598--23602980	211	1.8	211	81	4	477	21	26	27	24	1.99
23603307--23603359	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
23603333--23603729	159	2.5	158	75	5	395	21	25	31	22	1.98
23603809--23603861	26	2.0	26	82	7	63	28	20	18	32	1.97
23603969--23604524	159	3.4	158	79	6	521	18	27	30	23	1.98
23604232--23604691	171	2.7	170	80	4	469	19	27	31	21	1.98
23604678--23604730	26	2.0	26	88	0	79	30	28	18	22	1.98
23606101--23606156	26	2.2	26	93	6	96	28	21	19	30	1.98
23606485--23606537	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
23606519--23606894	160	2.4	156	77	5	378	21	26	30	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23606982--23607037	26	2.2	26	93	6	96	28	23	19	28	1.98
23606835--23607380	184	3.0	183	79	3	544	20	26	27	25	1.99
23605565--23607196	881	1.9	878	82	3	1989	20	26	28	23	1.99
23607285--23607697	159	2.6	157	78	8	399	18	28	28	24	1.98
23606446--23607893	685	2.1	687	81	5	1672	20	27	28	23	1.99
23607670--23607722	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
23607011--23608266	513	2.5	505	79	6	1317	21	26	28	23	1.99
23608182--23608234	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
23608379--23608430	26	2.0	26	85	10	72	25	25	21	28	1.99
23608132--23608492	196	1.8	197	85	1	510	21	25	28	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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