genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.135.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  135  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16293601--16293933	184	1.8	184	80	3	411	24	28	26	20	1.99
16293101--16294043	499	1.9	500	84	2	1279	24	27	27	20	1.99
16294103--16294155	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
16294100--16294571	196	2.5	196	79	8	474	25	26	25	22	2.00
16294483--16294535	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
16294552--16296425	990	1.9	992	93	0	3263	23	28	27	20	1.99
16296340--16296391	25	2.0	26	88	3	79	28	19	21	30	1.97
16296014--16296500	184	2.6	182	78	5	493	23	28	26	21	1.99
16296536--16296588	26	2.0	26	89	7	81	30	18	24	26	1.98
16296332--16296692	197	1.8	196	84	2	492	24	26	26	22	2.00
16296994--16297072	26	3.0	26	96	3	142	26	16	26	30	1.97
16297402--16297452	26	2.0	26	96	0	93	25	15	29	29	1.96
16297597--16298069	184	2.6	184	79	5	508	25	27	26	20	1.99
16297940--16297992	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
16297185--16298234	539	1.9	539	82	1	1305	24	28	26	21	1.99
16298817--16298869	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
16298961--16298990	12	2.5	12	88	0	51	6	36	26	30	1.82
16299211--16299262	25	2.0	26	96	3	97	25	21	26	26	1.99
16299552--16299604	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
16300458--16300510	26	2.0	26	82	13	65	32	16	20	30	1.95
16300958--16301008	26	2.0	26	92	0	84	23	17	25	33	1.96
16301325--16301377	26	2.0	26	85	7	72	32	18	20	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16302352--16302404	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
16302905--16303354	158	2.8	158	79	3	424	22	31	27	19	1.97
16303368--16303418	26	2.0	26	88	0	75	25	21	25	27	1.99
16305265--16305317	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
16305988--16306040	26	2.0	26	89	7	81	28	22	24	24	2.00
16306013--16306515	158	3.2	157	76	7	464	24	29	25	20	1.99
16306330--16306691	184	2.0	184	85	1	492	24	27	26	20	1.99
16306524--16307015	158	3.1	158	76	5	418	22	29	28	19	1.98
16305986--16307092	500	2.2	500	85	3	1460	24	28	26	20	1.99
16306989--16307041	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
16307292--16307345	27	2.0	27	89	10	85	29	20	22	27	1.98
16309437--16309489	26	2.0	26	85	7	72	28	20	22	28	1.99
16309937--16309989	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
16310317--16310369	26	2.0	26	89	7	81	26	22	24	26	2.00
16311304--16311356	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
16311630--16311662	12	2.8	12	95	0	57	3	27	27	42	1.70
16312161--16312213	26	2.0	26	86	13	74	28	16	24	30	1.97
16312187--16312621	158	2.8	156	78	6	425	22	29	28	20	1.98
16312661--16312716	26	2.1	27	87	9	80	25	17	26	30	1.97
16313382--16313434	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
16313987--16314011	13	1.9	13	100	0	50	24	16	48	12	1.79
16313794--16314179	209	1.8	210	82	2	499	22	27	26	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16314623--16315234	159	3.9	156	73	7	464	24	29	27	18	1.98
16315301--16315367	26	2.6	26	92	4	109	26	20	26	25	1.99
16315683--16315761	26	3.0	26	92	3	124	30	18	22	27	1.98
16315090--16315871	394	2.0	380	82	5	951	23	29	26	20	1.99
16316210--16316262	26	2.0	26	89	7	81	26	20	24	28	1.99
16317118--16317429	159	2.0	159	80	5	362	24	28	26	20	1.99
16317869--16317921	26	2.0	26	89	7	81	30	16	22	30	1.96
16318737--16318789	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
16319446--16319741	159	1.9	159	84	0	403	23	30	28	17	1.97
16320140--16320191	26	2.0	26	88	7	79	28	17	25	28	1.97
16320319--16320985	159	4.2	158	75	7	431	22	29	27	20	1.99
16320165--16320985	317	2.6	317	83	2	981	23	29	26	20	1.99
16320959--16321009	26	2.0	26	96	0	93	29	19	23	27	1.98
16321671--16321720	26	1.9	26	88	8	75	34	16	20	30	1.94
16322735--16322787	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
16323226--16323276	26	2.0	26	92	7	86	27	19	27	25	1.99
16323945--16323994	26	1.9	26	88	8	75	30	20	24	26	1.98
16323970--16324473	159	3.2	157	76	9	461	22	31	26	18	1.97
16324096--16325025	502	1.9	500	81	4	1165	23	30	26	20	1.99
16325579--16325622	11	4.0	11	87	0	70	20	34	25	20	1.97
16325692--16325743	26	2.0	26	85	7	70	28	19	25	26	1.98
16326047--16326098	26	2.0	25	85	7	68	25	13	28	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16326424--16326479	26	2.2	26	93	6	96	30	19	21	28	1.98
16326929--16326978	26	1.9	26	84	8	66	30	18	24	28	1.97
16328120--16328172	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
16327956--16328331	185	2.0	185	83	5	465	25	28	25	19	1.99
16328145--16328544	159	2.5	159	79	5	425	26	30	26	18	1.98
16327810--16328446	344	1.9	334	80	4	731	25	29	25	19	1.98
16329343--16329395	26	2.0	26	89	7	81	28	16	26	28	1.97
16329686--16329738	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
16330446--16330498	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
16329342--16330600	551	2.3	549	83	2	1545	22	28	27	20	1.99
16331326--16331376	26	2.0	26	84	7	68	33	13	23	29	1.93
16331673--16331725	26	2.0	26	89	7	81	30	20	20	28	1.98
16332867--16332919	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
16333726--16333778	26	2.0	26	88	0	79	24	16	30	28	1.97
16333363--16334236	355	2.5	349	76	6	856	22	28	27	21	1.99
16335529--16335579	26	2.0	26	96	0	93	27	19	25	27	1.99
16335706--16336062	158	2.3	157	79	5	387	21	28	28	22	1.99
16336042--16336091	26	1.9	26	83	0	64	32	18	24	26	1.97
16335345--16336467	513	2.2	514	79	6	1178	22	29	26	21	1.99
16336726--16336778	26	2.0	26	92	0	88	24	22	28	24	2.00
16336945--16336996	26	2.0	26	88	7	79	28	17	21	32	1.96
16337131--16337183	26	2.0	26	88	0	79	24	20	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16337156--16337499	158	2.2	158	80	7	401	24	29	26	20	1.99
16337473--16337525	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
16337658--16337710	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
16337842--16337894	26	2.0	26	85	0	70	28	22	24	24	2.00
16337314--16337966	184	3.5	185	79	2	580	25	27	26	20	1.99
16338527--16338577	26	2.0	26	92	0	84	27	13	31	27	1.94
16338895--16338966	26	2.8	26	93	4	119	33	20	20	25	1.97
16339106--16339158	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
16339606--16339658	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
16338946--16339910	500	1.9	501	84	3	1307	23	28	28	20	1.99
16339631--16339974	158	2.2	158	77	7	347	22	28	28	20	1.98
16339357--16340027	342	2.0	340	88	2	1015	22	29	28	20	1.98
16339948--16340000	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
16341010--16341060	26	2.0	26	92	0	84	27	13	31	27	1.94
16341194--16341245	25	2.0	25	88	3	77	28	21	23	26	1.99
16340870--16341511	184	3.4	182	80	6	592	24	28	26	20	1.99
16341390--16341442	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
16341847--16341899	26	2.0	26	92	7	90	26	16	26	30	1.97
16342229--16342279	26	2.0	26	88	0	75	25	15	29	29	1.96
16342024--16342365	184	1.9	184	81	2	418	26	27	25	21	1.99
16341689--16342418	381	1.9	380	81	5	884	23	28	25	22	1.99
16342011--16343164	549	2.1	551	84	2	1476	23	28	25	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16342777--16342829	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
16342802--16343269	170	2.7	171	79	5	514	23	27	27	20	1.99
16343461--16343511	26	2.0	26	84	0	66	25	17	29	27	1.98
16343658--16343710	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
16344040--16344091	25	2.0	26	92	3	88	25	19	26	28	1.98
16344381--16344433	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
16345284--16345336	26	2.0	26	85	7	72	32	18	20	28	1.97
16345310--16345779	159	3.0	159	74	10	397	23	30	26	19	1.98
16346152--16346204	26	2.0	26	82	13	65	32	16	20	30	1.95
16346177--16346623	159	2.8	158	76	4	407	23	30	26	19	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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