genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  53  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10192909--10193281	157	2.4	159	81	1	401	23	29	27	19	1.98
10194413--10194463	26	2.0	26	92	0	84	27	17	25	29	1.98
10195319--10195397	26	3.0	26	92	3	124	27	18	25	27	1.98
10198619--10198670	26	2.0	26	85	7	70	30	17	23	28	1.97
10198644--10199062	158	2.7	158	77	4	434	24	28	29	16	1.97
10199294--10199639	159	2.2	159	81	2	392	21	30	28	19	1.97
10199645--10199697	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
10202317--10202369	26	2.0	26	92	0	88	26	16	28	28	1.97
10203040--10203092	26	2.0	26	92	7	90	28	18	22	30	1.98
10203065--10203409	158	2.2	159	78	6	362	24	30	25	19	1.98
10203383--10203435	26	2.0	26	88	0	79	28	16	24	30	1.97
10203541--10203565	12	2.1	12	100	0	50	8	40	28	24	1.83
10203934--10203986	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
10203959--10204377	158	2.6	157	79	5	443	24	29	28	18	1.98
10204988--10205045	26	2.2	27	87	9	84	24	18	25	31	1.98
10205078--10205117	13	3.1	13	77	0	53	25	27	42	5	1.75
10205208--10205577	185	2.0	183	83	4	467	23	25	27	23	2.00
10206435--10206487	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
10207144--10207196	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
10208191--10208243	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
10208547--10208597	26	2.0	26	92	0	84	25	19	25	29	1.99
10209448--10209500	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10208572--10209679	355	3.1	347	73	13	925	24	29	26	20	1.99
10209473--10209911	159	2.8	157	76	9	428	23	28	27	19	1.99
10209949--10210001	26	2.0	26	85	0	70	28	16	26	28	1.97
10210634--10210683	26	1.9	26	87	0	73	28	10	28	34	1.89
10211895--10212392	157	3.2	157	78	5	443	24	29	25	19	1.98
10213981--10214338	158	2.3	158	80	4	400	25	29	24	20	1.99
10215525--10216019	158	3.1	158	72	6	412	23	27	27	21	1.99
10216000--10216052	26	2.0	26	92	0	88	24	16	26	32	1.97
10216367--10217300	340	2.7	340	80	6	978	24	29	27	19	1.98
10217926--10217981	26	2.2	26	93	6	96	28	19	23	28	1.98
10217961--10218332	156	2.4	159	81	1	408	23	29	27	19	1.98
10219845--10219897	26	2.0	26	82	13	65	30	16	24	28	1.97
10220029--10220081	26	2.0	26	85	0	70	30	16	28	24	1.97
10220371--10220449	26	3.0	26	92	3	124	27	18	25	27	1.98
10226321--10226373	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
10227733--10227785	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
10228221--10228273	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
10228941--10228993	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
10228967--10229468	158	3.2	157	76	5	454	21	29	28	19	1.98
10229125--10229460	159	2.1	158	80	3	379	22	30	29	18	1.97
10229442--10229494	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
10230310--10230360	26	2.0	26	96	0	93	29	15	25	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10231019--10231071	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
10231044--10231546	159	3.2	158	73	10	427	23	29	27	20	1.99
10231520--10231572	26	2.0	26	85	0	70	28	20	22	28	1.99
10231360--10231914	184	3.0	180	76	8	519	24	29	25	20	1.99
10231729--10232232	159	3.2	157	75	9	446	23	27	27	21	1.99
10232206--10232258	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
10232952--10233452	158	3.2	158	75	7	405	24	28	25	21	1.99
10233426--10233478	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
10233796--10233850	26	2.1	27	93	3	94	34	20	21	23	1.97
10234283--10234335	26	2.0	26	85	0	70	26	15	28	30	1.96
10235640--10235664	12	2.1	12	100	0	50	8	40	24	28	1.83
10235848--10235900	26	2.0	26	88	0	79	24	20	26	28	1.99
10235312--10236179	355	2.4	354	80	2	916	22	29	26	21	1.99
10237324--10237376	26	2.0	26	85	0	70	28	18	28	24	1.98
10237690--10237741	25	2.0	26	88	3	79	30	19	23	26	1.98
10238190--10238242	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
10238899--10238951	26	2.0	26	92	7	90	33	18	20	26	1.96
10238924--10239643	311	2.3	313	79	4	770	25	27	25	20	1.99
10239750--10240142	171	2.3	171	81	4	441	24	28	26	20	1.99
10239833--10240192	171	2.1	173	84	3	485	23	30	26	20	1.98
10239833--10240283	171	2.6	171	82	4	464	22	29	25	22	1.99
10240256--10240310	26	2.1	27	89	3	85	34	18	21	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10240818--10241186	159	2.3	159	78	4	361	22	28	27	21	1.99
10239887--10241098	527	2.3	525	79	4	1323	22	28	26	21	1.99
10241836--10241888	26	2.0	26	88	0	79	28	18	26	26	1.98
10242217--10242269	26	2.0	26	89	7	81	28	15	24	32	1.95
10242243--10242744	158	3.2	154	73	9	422	22	28	26	22	1.99
10242718--10242770	26	2.0	26	85	0	70	30	18	20	30	1.97
10243120--10243484	158	2.3	158	77	5	387	24	27	26	21	1.99
10243574--10243626	26	2.0	26	89	7	81	24	20	28	26	1.99
10241834--10243493	882	1.9	875	83	4	1984	23	27	27	21	1.99
10244295--10244347	26	2.0	26	85	7	72	32	20	20	26	1.98
10244481--10244881	159	2.5	159	81	3	371	25	28	26	19	1.99
10244580--10244908	158	2.1	159	78	2	358	24	31	25	18	1.98
10245772--10245824	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
10244640--10246202	817	1.9	801	81	3	1878	24	29	26	19	1.99
10245454--10246444	343	2.9	339	82	5	1069	23	29	27	19	1.98
10246115--10246166	26	2.0	26	85	3	70	28	21	23	26	1.99
10247741--10248312	159	3.6	155	76	7	447	23	30	27	18	1.98
10248370--10248422	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
10248408--10248756	171	2.0	171	79	3	362	22	28	26	22	1.99
10248738--10248790	26	2.0	26	92	7	90	28	13	24	33	1.93
10248769--10249198	154	2.8	156	77	7	400	22	29	29	18	1.97
10249221--10249269	24	2.0	24	92	7	82	26	16	28	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10250773--10250828	26	2.2	26	93	0	94	25	17	26	30	1.97
10251518--10252022	160	3.2	159	75	5	394	23	31	26	18	1.98
10252388--10252826	159	2.8	158	78	2	421	23	29	27	18	1.98
10252828--10252885	26	2.2	26	100	0	116	15	43	18	22	1.88
10253603--10253945	159	2.2	159	81	3	411	22	30	29	18	1.97
10253919--10253970	26	2.0	26	96	0	95	25	19	28	26	1.98
10254286--10254338	26	2.0	26	89	7	81	24	28	24	22	2.00
10254115--10254822	197	3.7	194	79	7	728	21	28	28	21	1.99
10254486--10254540	26	2.1	27	93	3	94	29	16	29	25	1.97
10254471--10254827	184	1.9	185	86	1	511	21	26	29	22	1.99
10254692--10255099	169	2.4	171	80	4	441	22	31	27	18	1.97
10255026--10255320	158	1.9	159	80	2	351	23	31	25	20	1.98
10255203--10255494	159	1.8	158	82	0	368	23	31	27	17	1.97
10255508--10255560	26	2.0	26	88	0	79	28	18	22	30	1.98
10256243--10256295	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
10257455--10257507	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
10257933--10257984	26	2.0	26	92	3	88	32	17	21	28	1.96
10257957--10258380	159	2.7	159	77	2	386	22	29	29	17	1.97
10258433--10258485	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
10259599--10259650	25	2.0	26	88	3	79	23	19	28	28	1.98
10260468--10260520	26	2.0	26	89	7	81	28	22	22	26	1.99
10260457--10260766	172	1.8	172	88	0	476	26	27	26	19	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10261361--10261413	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
10261386--10261748	158	2.3	158	77	7	362	25	28	26	19	1.99
10261862--10261912	26	2.0	26	92	0	84	25	19	27	27	1.99
10262186--10262238	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
10262211--10262659	159	2.8	159	78	3	490	24	31	26	17	1.97
10263584--10264191	314	1.9	317	84	2	803	23	29	27	18	1.98
10263586--10264191	159	3.8	157	77	3	565	23	29	27	18	1.98
10264229--10264281	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
10264895--10264947	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
10264921--10265423	159	3.2	158	77	7	507	22	30	27	19	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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