genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.347.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  347  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31855020--31855464	159	2.8	156	74	8	405	19	27	30	22	1.98
31855001--31855500	158	3.2	155	73	11	431	19	26	30	23	1.98
31856169--31856247	26	3.0	26	88	3	115	30	24	17	27	1.97
31857699--31858238	159	3.4	159	77	5	477	19	27	29	23	1.98
31858906--31858958	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
31858932--31859451	158	3.3	154	79	7	537	19	27	31	21	1.97
31859588--31859640	26	2.0	26	92	7	90	26	26	22	24	2.00
31860654--31860706	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
31860680--31861169	158	3.1	158	78	3	536	18	27	31	22	1.97
31862877--31862927	26	2.0	26	88	7	77	29	23	17	29	1.97
31866042--31866094	26	2.0	26	88	0	79	32	26	15	26	1.95
31866456--31866608	77	2.0	77	94	0	270	12	34	31	21	1.91
31867292--31867726	159	2.7	159	83	1	516	18	27	31	22	1.97
31867444--31867780	159	2.1	159	82	4	419	21	26	30	22	1.98
31867889--31867940	26	2.0	26	92	7	88	30	21	19	28	1.97
31868267--31868319	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
31868421--31868795	158	2.4	158	78	3	403	20	28	27	23	1.99
31868363--31868794	159	2.7	157	77	4	447	19	28	28	23	1.99
31868768--31868820	26	2.0	26	86	13	74	30	24	16	28	1.97
31871987--31872037	26	2.0	26	92	7	88	27	27	19	25	1.99
31874493--31874857	159	2.3	158	75	4	356	20	26	30	23	1.98
31874967--31875019	26	2.0	26	89	7	81	30	22	16	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31876086--31876670	159	3.7	159	71	7	464	18	28	29	23	1.98
31877098--31877545	159	2.8	160	76	9	434	18	26	30	24	1.98
31877715--31877766	26	2.0	26	88	7	79	26	23	17	32	1.96
31878429--31878479	26	2.0	26	88	0	75	27	29	15	27	1.96
31878931--31878983	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
31879294--31879697	159	2.5	159	76	7	417	21	26	29	23	1.99
31879813--31879865	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
31880312--31880364	26	2.0	26	85	7	72	28	24	22	24	2.00
31881049--31881101	26	2.0	26	85	7	72	24	28	18	28	1.98
31881746--31881798	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
31882192--31882244	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
31882401--31882453	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
31881520--31882765	650	1.9	640	81	5	1513	21	26	27	24	1.99
31882427--31882817	159	2.5	151	75	9	367	20	26	29	23	1.99
31883303--31883355	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
31884187--31884239	26	2.0	26	88	0	79	32	26	15	26	1.95
31884404--31884755	158	2.2	158	78	3	366	21	25	30	22	1.98
31884871--31884975	26	4.0	26	90	4	167	28	27	19	24	1.98
31885955--31886008	26	2.1	26	89	0	81	29	27	16	25	1.97
31886299--31886350	26	2.0	26	88	7	79	26	23	19	30	1.98
31887202--31887254	26	2.0	26	86	13	74	30	22	16	30	1.96
31887355--31887458	32	3.2	32	98	0	199	8	26	34	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31887646--31887698	26	2.0	26	88	0	79	26	24	24	24	2.00
31887830--31887882	26	2.0	26	89	7	81	30	26	18	24	1.98
31887988--31888040	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
31888173--31888228	26	2.2	26	87	9	80	26	25	16	32	1.96
31887623--31888245	342	1.8	342	84	2	829	23	25	26	23	2.00
31888270--31888693	158	2.7	160	78	5	441	18	26	30	23	1.98
31888672--31888724	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
31889564--31889965	161	2.5	160	81	5	420	21	26	30	22	1.99
31889594--31890071	159	3.0	160	77	5	387	20	27	29	22	1.99
31889924--31890311	172	2.3	169	81	7	435	23	27	28	19	1.99
31890635--31890687	26	2.0	26	82	7	63	30	22	16	30	1.96
31892614--31892666	26	2.0	26	82	7	63	28	24	16	30	1.97
31895297--31895348	26	2.0	26	85	7	70	36	23	15	25	1.93
31895795--31895847	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
31895637--31895993	184	1.9	184	80	2	412	21	28	28	22	1.99
31895821--31896641	159	5.2	158	74	5	550	20	26	29	23	1.98
31895257--31896323	501	2.1	500	81	3	1218	20	27	28	23	1.99
31895902--31896641	317	2.3	316	83	3	907	19	27	29	23	1.98
31896614--31896666	26	2.0	26	85	7	72	28	26	16	28	1.97
31896797--31896849	26	2.0	26	89	7	81	28	20	20	30	1.98
31897007--31897059	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
31897194--31897243	26	1.9	26	88	8	75	26	26	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31896578--31897988	393	3.6	387	80	4	1481	21	27	27	23	1.99
31897399--31897451	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
31897781--31897833	26	2.0	26	88	0	79	28	30	16	24	1.97
31898440--31898492	26	2.0	26	92	0	88	30	24	18	26	1.98
31899136--31899188	26	2.0	26	96	0	97	32	24	16	26	1.97
31899858--31899910	26	2.0	26	85	7	72	28	24	16	30	1.97
31901097--31901149	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
31901193--31901623	159	2.7	156	75	5	407	19	26	29	24	1.98
31901597--31901649	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
31901693--31902016	171	1.9	170	83	3	427	21	28	28	21	1.99
31901907--31902309	159	2.5	157	80	5	445	20	27	27	24	1.99
31903344--31903399	26	2.2	26	90	6	87	30	23	17	28	1.97
31904059--31904111	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
31904941--31904993	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
31904740--31905152	184	2.3	183	81	2	461	21	25	26	25	2.00
31905185--31905490	159	1.9	159	81	2	364	19	26	29	24	1.99
31905339--31905811	170	2.8	169	80	6	506	20	26	29	23	1.99
31906259--31906308	26	1.9	26	88	8	75	26	24	20	30	1.98
31906622--31906674	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
31907123--31907175	26	2.0	26	82	7	63	32	22	16	28	1.96
31907479--31907528	26	1.9	26	87	0	73	24	28	22	26	1.99
31908127--31908179	26	2.0	26	85	7	72	26	20	20	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31908337--31908389	26	2.0	26	88	0	79	26	24	22	26	2.00
31909946--31910017	26	2.8	26	91	0	108	27	16	19	36	1.93
31910679--31910730	26	2.0	26	84	0	68	30	25	17	26	1.97
31913901--31913972	26	2.8	26	91	0	108	27	16	19	36	1.93
31914651--31914703	26	2.0	26	85	0	70	30	24	18	26	1.98
31914817--31915176	156	2.3	156	78	6	368	18	28	28	23	1.98
31914895--31915176	156	1.8	157	82	2	370	19	29	28	23	1.98
31915150--31915202	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
31915004--31915546	185	3.0	182	76	5	583	20	25	28	25	1.99
31915305--31916045	342	2.2	341	81	3	839	20	26	28	25	1.99
31916027--31916389	185	2.0	184	83	1	458	21	26	28	23	1.99
31916534--31916586	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
31917308--31917360	26	2.0	26	88	0	79	28	30	18	22	1.98
31917334--31917679	159	2.2	159	83	3	428	18	26	30	23	1.98
31919546--31919577	11	2.9	11	95	0	55	18	25	34	21	1.96
31920157--31920209	26	2.0	26	88	0	79	28	24	22	24	2.00
31920574--31920928	182	2.0	182	85	2	489	20	27	27	24	1.99
31921050--31921101	26	2.0	26	88	7	79	30	28	17	23	1.97
31921646--31921698	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
31922148--31922217	26	2.7	26	97	0	131	25	24	17	32	1.96
31922641--31923239	158	3.8	158	79	4	519	18	28	29	23	1.98
31922724--31923239	158	3.3	158	81	3	538	19	27	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31924091--31924143	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
31924634--31925158	159	3.3	158	76	6	481	19	26	28	25	1.99
31925131--31925183	26	2.0	26	92	7	90	26	20	20	32	1.98
31925835--31925887	26	2.0	26	92	0	88	30	28	15	26	1.96
31926292--31926344	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
31926266--31926858	184	3.3	181	73	9	575	19	26	30	23	1.98
31926647--31926699	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
31926266--31927016	355	2.2	342	84	4	957	19	26	30	23	1.98
31926709--31927176	159	3.0	160	78	8	517	16	26	32	24	1.96
31926673--31927174	158	3.2	156	77	8	523	17	26	31	24	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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