genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.179.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  179  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19507984--19508484	159	3.2	155	76	5	412	19	27	29	22	1.98
19508553--19508585	11	3.0	11	90	0	57	18	33	36	12	1.88
19509163--19509215	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
19509664--19509716	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
19509512--19509875	184	2.0	185	81	5	434	20	29	26	23	1.99
19509091--19510400	501	2.6	500	80	5	1421	20	28	28	23	1.99
19509690--19510191	158	3.2	155	73	8	424	20	28	28	22	1.98
19510157--19510217	26	2.3	28	83	8	74	22	19	24	32	1.97
19510009--19510376	185	2.0	184	85	1	495	20	26	29	23	1.99
19509091--19510417	502	2.6	500	80	5	1512	20	28	28	22	1.99
19510414--19510467	26	2.1	26	92	0	90	29	24	20	25	1.99
19510504--19511261	159	4.8	157	74	6	501	20	28	27	22	1.99
19510442--19511261	318	2.6	316	81	1	926	20	28	28	22	1.99
19511321--19511775	159	2.9	158	81	5	533	19	28	29	22	1.98
19510846--19512287	512	2.8	513	93	0	2404	19	27	29	23	1.98
19511834--19512948	159	6.9	157	73	9	718	19	28	30	22	1.98
19511834--19512947	317	3.4	317	77	7	1151	18	28	30	22	1.98
19511470--19512948	660	2.2	664	83	4	1802	18	28	30	22	1.98
19512106--19512788	343	2.0	343	85	1	922	19	28	30	21	1.98
19512062--19512975	501	1.8	501	80	2	1102	19	28	29	23	1.98
19512920--19512972	26	2.0	26	89	7	81	30	20	16	32	1.95
19513656--19513706	26	2.0	26	96	0	93	27	27	19	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19513680--19514179	158	3.2	155	77	8	503	19	27	30	22	1.98
19514153--19514205	26	2.0	26	89	7	81	24	22	22	30	1.99
19514179--19514549	171	2.2	171	80	2	413	21	26	29	22	1.99
19514586--19515365	159	4.9	159	74	3	536	19	27	29	23	1.98
19514687--19515365	315	2.1	317	83	2	837	19	26	29	24	1.98
19515493--19515546	26	2.1	26	89	6	83	31	27	16	24	1.96
19515676--19515728	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
19515181--19515802	339	1.8	339	85	2	872	21	26	27	24	1.99
19516436--19516897	158	2.9	158	79	3	527	19	27	30	22	1.98
19516871--19516923	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
19518840--19519339	159	3.2	158	75	9	473	20	25	29	24	1.99
19519702--19519754	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
19519728--19520227	159	3.2	158	76	7	516	20	27	29	23	1.99
19520201--19520253	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
19520817--19521106	158	1.8	158	81	3	359	18	25	32	22	1.97
19521093--19521145	26	2.0	26	89	7	81	30	24	16	28	1.97
19521289--19521341	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
19520935--19521499	196	3.0	182	79	9	598	22	26	27	23	1.99
19521632--19521683	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
19522535--19522908	159	2.4	159	81	4	380	18	27	31	22	1.97
19523026--19523078	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
19523140--19523551	159	2.6	154	78	9	404	18	26	27	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19523738--19523788	26	2.0	26	96	0	93	27	27	19	25	1.99
19524526--19524578	26	2.0	26	92	0	88	24	28	20	26	1.99
19524990--19525022	11	3.0	11	90	0	57	21	27	33	18	1.96
19526150--19526202	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
19527062--19527114	26	2.0	26	85	7	72	32	28	15	24	1.95
19534901--19534953	26	2.0	26	85	0	70	26	30	20	22	1.98
19535399--19535454	26	2.2	26	87	12	80	28	23	17	30	1.97
19536471--19536523	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
19536497--19536989	158	3.1	157	74	6	483	20	26	30	22	1.98
19537509--19537890	159	2.4	157	78	6	376	20	28	28	22	1.99
19537865--19537916	26	2.0	26	92	0	86	34	17	19	28	1.94
19538242--19538294	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
19538741--19538796	26	2.2	26	83	6	69	30	17	17	33	1.94
19536421--19538798	881	2.7	882	82	2	2764	20	26	28	23	1.99
19539974--19540024	26	2.0	26	92	7	86	27	19	19	33	1.96
19540352--19540401	26	1.9	26	88	8	75	24	26	20	30	1.98
19542419--19542471	26	2.0	26	85	7	72	26	24	18	30	1.98
19542832--19543327	158	3.1	158	78	7	468	18	27	30	22	1.98
19543298--19543350	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
19543678--19543730	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
19542206--19544336	880	2.4	876	82	3	2437	20	26	28	23	1.99
19544389--19544440	26	2.0	26	92	0	86	30	25	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19544853--19544905	26	2.0	26	92	7	90	30	26	16	26	1.97
19545332--19545384	26	2.0	26	85	7	72	24	22	22	30	1.99
19546349--19546399	26	2.0	26	88	7	77	29	23	17	29	1.97
19546052--19546716	343	1.9	341	83	3	843	20	27	29	23	1.99
19546373--19547033	158	4.1	157	75	6	531	19	26	29	23	1.98
19546859--19547241	196	2.0	196	84	1	498	21	26	27	23	1.99
19547384--19547436	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
19546690--19547627	366	2.6	354	77	7	890	20	25	30	24	1.99
19547653--19548071	159	2.6	159	82	1	464	19	26	27	26	1.99
19548045--19548097	26	2.0	26	85	7	72	26	26	18	28	1.98
19548426--19548477	26	2.0	26	96	0	95	26	28	19	25	1.98
19549695--19549747	26	2.0	26	88	0	79	28	26	20	24	1.99
19549866--19550257	159	2.5	159	81	4	380	21	25	30	23	1.99
19550093--19550566	171	2.8	170	82	5	535	18	27	31	22	1.97
19551038--19551090	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
19551211--19551263	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
19550972--19551283	173	1.8	173	88	0	480	19	26	26	27	1.99
19552096--19552151	26	2.2	26	87	6	78	28	23	19	28	1.98
19552857--19552909	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
19552883--19553556	159	4.2	158	77	6	496	19	26	30	23	1.98
19553532--19553582	26	2.0	26	88	7	77	29	21	19	29	1.98
19553368--19553752	196	2.0	197	86	1	540	22	24	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19553897--19553949	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
19554241--19554292	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
19554621--19554670	26	1.9	26	91	0	82	24	28	22	26	1.99
19553511--19554896	724	1.9	710	80	4	1575	21	25	29	24	1.99
19554647--19555024	159	2.4	157	74	6	348	24	26	27	21	1.99
19555393--19555832	170	2.6	168	78	6	397	20	27	27	24	1.99
19555804--19555856	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
19556337--19556701	170	2.2	164	82	6	427	20	25	30	23	1.99
19556814--19556892	26	3.0	26	90	0	131	27	26	18	26	1.98
19557759--19558149	158	2.5	158	75	6	396	21	24	30	23	1.99
19558226--19558281	26	2.2	26	96	0	103	30	21	19	28	1.98
19558609--19558661	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
19558774--19559166	197	2.0	196	84	3	504	19	23	30	27	1.98
19559658--19559710	26	2.0	26	85	0	70	22	26	24	26	2.00
19561411--19561463	26	2.0	26	82	13	65	30	22	18	28	1.98
19563027--19563078	25	2.0	26	96	3	97	26	26	21	25	1.99
19563052--19563552	159	3.2	154	71	9	411	20	25	29	24	1.99
19563526--19563578	26	2.0	26	96	0	97	28	22	18	30	1.98
19563722--19563774	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
19564342--19564366	12	2.1	12	100	0	50	0	48	28	24	1.52
19564405--19564457	26	2.0	26	85	7	72	30	22	20	26	1.98
19563686--19564971	685	1.9	688	82	6	1616	20	27	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19564818--19565444	159	3.9	159	79	5	617	19	28	29	22	1.98
19565007--19565798	343	2.4	321	78	11	841	19	27	29	23	1.98
19566040--19566092	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
19566808--19566860	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
19568030--19568082	26	2.0	26	92	0	88	28	30	16	24	1.97
19569121--19569488	159	2.3	158	75	7	361	20	26	29	23	1.99
19570440--19570492	26	2.0	26	85	0	70	32	18	18	30	1.96
19570651--19570702	26	2.0	26	88	7	79	32	23	17	26	1.96
19570994--19571043	26	1.9	26	84	8	66	26	26	18	30	1.98
19571921--19571976	26	2.2	26	87	6	78	30	23	17	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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