genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.229.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  229  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23197169--23199366	869	2.6	851	79	7	2215	20	26	29	23	1.98
23198814--23198864	26	2.0	26	84	7	68	25	23	19	31	1.98
23200269--23200576	170	1.8	170	87	1	465	17	26	33	22	1.96
23200549--23200601	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
23200575--23200930	159	2.2	157	77	3	363	21	28	28	21	1.99
23201812--23202235	159	2.7	159	76	6	439	20	28	29	21	1.98
23202825--23203165	158	2.2	155	84	3	425	20	25	29	24	1.99
23203791--23203843	26	2.0	26	85	7	72	28	20	18	32	1.97
23204170--23204222	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
23205273--23205328	26	2.2	26	86	0	76	26	23	21	28	1.99
23205405--23205800	157	2.5	156	76	6	384	19	26	28	25	1.99
23205308--23205799	159	3.1	154	74	8	454	19	26	29	24	1.99
23205773--23205825	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
23205623--23205983	184	2.0	183	83	3	467	21	27	27	23	1.99
23205223--23206534	499	2.6	498	80	7	1305	20	27	28	23	1.99
23206604--23207151	159	3.5	157	75	5	505	19	27	29	24	1.98
23207127--23207176	26	1.9	26	84	8	66	28	24	20	28	1.99
23207247--23207278	11	2.9	11	100	0	64	18	28	34	18	1.95
23208381--23208433	26	2.0	26	85	7	72	26	22	20	30	1.98
23208609--23208659	26	2.0	26	92	7	86	27	25	19	27	1.99
23208633--23209133	159	3.2	158	76	7	478	18	27	30	23	1.98
23209200--23209979	159	4.9	157	75	8	606	19	27	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23209270--23209979	318	2.2	323	84	5	920	19	27	29	23	1.98
23209952--23210004	26	2.0	26	86	13	74	26	22	22	28	1.99
23210507--23210559	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
23211839--23211894	26	2.2	26	87	6	78	32	21	17	28	1.96
23212212--23212264	26	2.0	26	81	0	61	30	26	18	24	1.98
23212682--23212734	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
23212660--23213336	354	1.9	362	81	6	847	18	25	31	24	1.98
23213478--23213965	158	3.1	156	74	7	439	21	26	29	23	1.99
23214799--23214907	55	2.0	55	88	0	164	23	33	24	18	1.97
23219280--23219643	158	2.3	159	79	3	401	19	26	29	25	1.98
23219615--23219667	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
23220327--23220379	26	2.0	26	92	0	88	26	18	20	33	1.96
23221196--23221249	27	2.0	26	89	3	81	27	25	20	25	1.99
23221350--23221744	159	2.5	159	77	4	411	20	26	28	25	1.99
23221890--23221986	26	3.7	26	78	0	122	29	25	15	28	1.96
23221888--23221986	52	1.9	52	95	0	180	29	25	17	28	1.97
23222416--23222468	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
23222621--23222673	26	2.0	26	88	0	79	24	26	20	28	1.99
23224100--23224151	26	2.0	25	92	3	86	26	21	21	30	1.98
23224504--23225004	159	3.2	158	76	4	497	20	27	28	23	1.99
23225162--23225214	26	2.0	26	92	7	90	22	26	20	30	1.98
23224928--23225781	357	2.4	356	81	3	958	19	28	28	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23226742--23226794	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
23226820--23227271	159	2.8	159	80	3	498	19	29	29	21	1.97
23226768--23227269	158	3.2	157	78	5	537	19	28	29	21	1.98
23227243--23227295	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
23227635--23227687	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
23227661--23228161	159	3.2	156	73	8	449	19	27	29	23	1.98
23228135--23228187	26	2.0	26	85	7	72	28	24	20	26	1.99
23234800--23235299	159	3.2	155	76	7	488	20	28	29	22	1.98
23235654--23235706	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
23235740--23236066	153	2.1	157	95	3	599	16	27	33	22	1.96
23236152--23236204	26	2.0	26	88	0	79	26	22	22	28	1.99
23236178--23236665	159	3.1	153	77	8	498	19	28	30	22	1.98
23236212--23236676	153	3.0	154	77	6	499	18	28	30	22	1.97
23236861--23236937	26	3.0	26	90	0	118	28	28	15	27	1.96
23236971--23237411	159	2.8	158	77	7	396	18	27	30	24	1.98
23237739--23237791	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
23237846--23239214	158	8.7	158	75	4	1119	18	28	29	23	1.98
23237765--23239214	317	4.6	315	83	2	1706	19	27	29	23	1.98
23237765--23239214	632	2.3	631	85	1	1895	19	27	29	23	1.98
23239187--23239239	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
23240879--23240931	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
23241247--23241299	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23241273--23241694	159	2.7	158	73	5	402	21	26	29	22	1.99
23242597--23242649	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
23242794--23242846	26	2.0	26	88	0	79	32	26	15	26	1.95
23243600--23243659	26	2.3	27	79	2	68	60	6	8	25	1.50
23243884--23244385	158	3.2	157	76	5	521	20	26	28	24	1.99
23245372--23245424	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
23246369--23246711	158	2.2	158	84	1	445	21	25	27	25	1.99
23246894--23246945	26	2.0	25	85	10	70	30	25	17	26	1.97
23246920--23247420	159	3.2	157	76	5	510	21	26	27	24	1.99
23247394--23247446	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
23247236--23247605	184	2.0	184	85	3	494	21	26	27	25	1.99
23247762--23247814	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
23248289--23248341	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
23253413--23253491	26	3.0	26	94	0	131	26	26	20	26	1.99
23253465--23254284	317	2.6	314	83	2	1052	19	26	29	24	1.99
23253554--23254285	159	4.6	162	72	10	546	19	27	28	24	1.98
23253465--23254283	158	5.2	158	71	9	565	19	26	29	24	1.99
23255187--23255691	159	3.2	159	77	7	409	20	26	29	23	1.99
23256424--23256734	159	2.0	159	83	3	403	19	26	30	23	1.98
23256577--23256906	170	1.9	171	79	4	371	18	27	31	23	1.97
23257022--23257072	26	2.0	26	88	7	77	31	25	17	25	1.97
23257047--23257549	158	3.2	158	77	5	480	19	27	30	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23258749--23259041	158	1.9	158	82	5	369	20	29	27	23	1.99
23259159--23259209	26	2.0	26	88	7	77	27	27	17	27	1.98
23259271--23259688	159	2.6	158	80	3	491	17	27	30	24	1.97
23259185--23259686	158	3.2	156	78	3	536	18	26	31	24	1.98
23259660--23259712	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
23260383--23260435	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
23260443--23260743	159	1.9	158	82	0	377	18	27	30	23	1.97
23260762--23261043	148	1.9	149	84	0	377	19	25	28	26	1.99
23260908--23261363	159	2.9	158	75	5	454	18	26	30	23	1.98
23262078--23262130	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
23262957--23263009	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
23263121--23263486	159	2.3	159	80	6	429	21	26	28	24	1.99
23263460--23263510	26	2.0	26	92	7	86	27	21	19	31	1.97
23263856--23263908	26	2.0	26	88	0	79	32	26	15	26	1.95
23266858--23266898	20	2.0	20	100	0	82	29	4	36	29	1.78
23269345--23269395	26	2.0	26	96	0	93	25	29	19	25	1.99
23269371--23269922	158	3.5	155	71	9	409	21	25	29	23	1.99
23270149--23270200	26	2.0	26	85	7	70	28	21	17	32	1.96
23271498--23271550	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
23272024--23272076	26	2.0	26	88	0	79	26	28	22	22	1.99
23271464--23272578	526	2.2	527	81	7	1260	19	26	29	23	1.98
23272105--23272551	159	2.8	157	79	6	542	18	28	30	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23272525--23272576	26	2.0	26	92	7	88	26	25	19	28	1.98
23273249--23273299	26	2.0	26	84	7	68	29	27	15	27	1.96
23273273--23273774	158	3.2	158	77	8	518	20	26	29	23	1.99
23273748--23273800	26	2.0	26	92	0	88	28	20	20	30	1.98
23274232--23274657	159	2.7	158	77	8	452	17	27	30	23	1.97
23274629--23274681	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
23275352--23275404	26	2.0	26	85	0	70	28	26	16	28	1.97
23275576--23275880	159	1.9	159	79	4	346	19	27	32	21	1.97
23275854--23275906	26	2.0	26	86	13	74	30	24	16	28	1.97
23275288--23276393	513	2.2	502	83	4	1308	19	27	29	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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