genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.394.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  394  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35652272--35652774	158	3.2	158	82	4	593	18	28	31	21	1.97
35652746--35652798	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
35652991--35653021	12	2.6	12	94	0	53	29	22	41	6	1.78
35652463--35653333	367	2.5	353	79	8	892	19	28	30	21	1.98
35654318--35654370	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
35654855--35655354	158	3.2	158	77	8	523	19	26	30	23	1.98
35655181--35655537	183	1.9	184	81	5	427	21	26	27	24	1.99
35655635--35655660	13	2.0	13	100	0	52	15	38	15	30	1.88
35655697--35655749	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
35654802--35656595	876	2.1	866	82	4	2140	20	26	29	24	1.99
35657223--35657301	26	3.0	26	88	0	122	26	24	20	29	1.99
35658474--35658526	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
35658536--35658842	159	1.9	158	81	3	366	19	26	30	23	1.98
35659524--35659576	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
35659892--35659944	26	2.0	26	88	0	79	28	26	16	28	1.97
35660794--35660844	26	2.0	26	84	0	66	27	25	17	29	1.98
35660960--35661323	158	2.3	158	80	4	401	19	25	29	25	1.99
35661297--35661347	26	2.0	26	92	7	86	31	23	15	29	1.95
35662363--35662415	26	2.0	26	85	0	70	26	26	20	26	1.99
35662706--35662755	26	2.0	25	88	4	73	28	22	18	32	1.97
35663428--35663478	26	2.0	26	84	0	66	27	25	17	29	1.98
35663592--35663957	158	2.3	159	78	5	382	20	25	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35663931--35663981	26	2.0	26	92	7	86	31	23	15	29	1.95
35664997--35665049	26	2.0	26	88	0	79	24	24	22	28	2.00
35665340--35665389	26	2.0	25	96	4	91	26	24	20	30	1.98
35666129--35666577	159	2.8	157	75	7	361	17	26	29	25	1.98
35667772--35667824	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
35669315--35669367	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
35669682--35669734	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
35669708--35670209	158	3.2	157	78	6	539	19	25	30	24	1.98
35670183--35670235	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
35670914--35670966	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
35671714--35671783	26	2.7	26	97	0	131	27	24	18	30	1.98
35671616--35671907	150	1.9	150	96	0	539	19	26	23	31	1.98
35671864--35671916	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
35673823--35673852	12	2.5	12	94	0	51	33	26	36	3	1.73
35673744--35674070	171	1.9	171	85	0	447	19	25	31	22	1.98
35674126--35674203	26	3.0	26	90	1	113	28	25	17	28	1.98
35674167--35674861	342	2.0	343	84	3	907	20	26	29	24	1.99
35675177--35675920	342	2.2	343	81	3	856	21	27	28	23	1.99
35676052--35676104	26	2.0	26	82	7	63	28	20	18	32	1.97
35677286--35677338	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
35677312--35678128	158	5.2	157	74	5	619	19	26	29	24	1.99
35679219--35679271	26	2.0	26	92	0	88	30	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35679391--35679746	158	2.2	158	79	4	376	18	26	30	24	1.98
35679720--35679772	26	2.0	26	85	7	72	28	20	18	32	1.97
35681148--35681200	26	2.0	26	88	0	79	24	26	20	28	1.99
35681573--35681643	20	3.5	20	74	0	70	25	18	42	14	1.87
35682000--35682287	159	1.8	159	88	1	443	19	29	28	22	1.98
35682417--35682469	26	2.0	26	92	0	88	28	30	16	24	1.97
35684143--35684194	24	2.2	24	86	10	72	25	23	23	28	1.99
35684375--35684875	159	3.2	157	76	4	497	20	24	29	25	1.99
35685045--35685097	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
35684743--35685129	196	2.0	195	82	3	474	21	26	27	23	1.99
35685002--35685385	197	1.9	197	89	0	588	21	28	28	22	1.99
35686680--35686732	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
35686530--35686891	184	2.0	184	84	1	474	21	25	28	24	1.99
35688078--35688130	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
35688461--35688510	26	1.9	26	83	0	64	24	26	20	30	1.98
35689621--35689673	26	2.0	26	92	0	88	26	30	20	22	1.98
35689647--35690138	159	3.1	157	74	9	466	19	27	29	23	1.98
35689967--35690714	184	4.1	183	73	10	446	20	25	28	25	1.99
35690476--35690528	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
35691312--35691877	158	3.6	158	78	4	514	19	27	28	23	1.98
35692571--35692623	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
35693263--35693803	158	3.4	158	76	5	475	18	26	29	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35694489--35694541	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
35696199--35696249	26	2.0	26	88	7	77	29	23	17	29	1.97
35696847--35696899	26	2.0	26	89	7	81	26	26	18	28	1.98
35697202--35697253	25	2.0	26	96	3	97	26	26	21	25	1.99
35697489--35697541	26	2.0	26	85	0	70	28	26	18	26	1.98
35697962--35698014	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
35698339--35698389	25	2.0	25	92	0	84	27	21	23	27	1.99
35698801--35698871	26	2.7	26	97	0	133	29	18	19	32	1.96
35699547--35699597	26	2.0	26	88	0	75	21	23	19	35	1.96
35698827--35700323	722	2.1	721	90	3	2338	26	23	22	27	2.00
35700295--35700796	158	3.2	156	76	6	517	19	26	31	23	1.98
35701935--35701987	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
35701997--35702464	159	3.0	158	78	3	465	17	28	31	22	1.97
35703062--35703488	157	2.7	155	84	5	500	18	26	29	25	1.98
35703462--35703514	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
35703305--35703673	184	2.0	183	83	4	458	19	26	29	24	1.98
35704308--35704384	26	3.0	26	88	0	109	31	27	15	25	1.96
35704379--35704857	158	3.0	157	75	8	456	21	26	29	23	1.99
35704831--35704883	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
35705196--35705248	26	2.0	26	82	7	63	30	22	18	28	1.98
35705222--35705723	158	3.2	159	75	8	438	19	27	29	22	1.98
35705937--35706431	158	3.1	157	77	7	473	20	28	29	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35706405--35706457	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
35706601--35706653	26	2.0	26	85	7	72	32	28	15	24	1.95
35705119--35706970	709	2.6	693	83	5	2306	20	27	29	23	1.99
35706944--35706995	26	2.0	26	92	7	88	26	25	19	28	1.98
35707378--35707723	158	2.2	159	85	2	446	20	27	30	22	1.98
35707880--35707932	26	2.0	26	88	0	79	28	26	20	24	1.99
35708987--35709038	26	2.0	26	84	0	68	30	25	17	26	1.97
35707537--35709218	367	4.6	363	75	10	1383	20	26	29	23	1.99
35709491--35709543	26	2.0	26	89	7	81	26	24	22	26	2.00
35711242--35711293	26	2.0	26	92	0	86	26	26	19	26	1.99
35712102--35712638	159	3.4	159	75	4	501	20	25	28	24	1.99
35713317--35713369	26	2.0	26	89	7	81	30	22	16	30	1.96
35713969--35714543	158	3.6	156	74	3	443	18	26	29	25	1.98
35715234--35715284	26	2.0	24	85	14	68	25	25	19	29	1.99
35714647--35715989	729	1.8	734	86	4	1951	27	22	22	27	1.99
35716941--35716991	26	2.0	26	88	7	77	29	25	17	27	1.98
35717587--35717639	26	2.0	26	92	0	88	26	28	18	26	1.98
35717821--35717849	12	2.4	12	100	0	58	34	27	31	6	1.83
35717954--35718005	25	2.0	26	96	3	97	26	26	21	25	1.99
35718724--35718776	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
35719103--35719154	26	2.0	25	88	3	77	26	21	23	28	1.99
35721007--35721062	26	2.2	26	93	0	94	30	26	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35721104--35721539	159	2.8	156	75	7	412	18	27	30	23	1.98
35722682--35722734	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
35722708--35723111	159	2.5	159	74	7	381	20	25	31	22	1.98
35723184--35723236	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
35723033--35723395	184	2.0	185	84	4	484	19	27	30	23	1.98
35723547--35723601	26	2.1	27	86	3	76	23	27	18	30	1.97
35723574--35724121	159	3.5	159	76	5	507	20	26	29	23	1.99
35724177--35724229	26	2.0	26	89	7	81	28	20	18	32	1.97
35725023--35725076	27	2.0	27	82	3	65	27	24	22	25	2.00
35725939--35726431	157	3.1	157	75	9	414	19	25	30	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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