Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  6  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
750417--750459
19
2.3
19
79
0
50
46
20
16
16
1.84
751244--751283
20
2.0
20
90
0
62
50
5
7
37
1.53
753503--753538
18
2.0
18
100
0
72
33
16
22
27
1.95
756082--756280
100
2.0
100
94
2
346
27
6
19
46
1.74
761734--761840
55
1.9
55
94
0
187
28
23
17
29
1.97
765452--765496
2
22.5
2
100
0
90
0
48
0
51
1.00
796949--797021
27
2.7
27
86
2
110
45
31
0
23
1.53
825304--825363
30
2.0
30
100
0
120
43
6
3
46
1.46
825809--825848
20
2.0
20
85
0
53
62
7
2
27
1.35
826417--826502
45
1.9
45
92
0
145
30
38
16
15
1.89
827050--827075
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
827140--827168
2
14.5
2
100
0
58
48
0
0
51
1.00
830006--830054
3
16.3
3
95
0
89
30
0
36
32
1.58
834668--834715
24
2.0
24
84
4
62
41
2
2
54
1.24
843434--843471
2
19.0
2
100
0
76
0
50
0
50
1.00
843782--843815
13
2.5
14
95
4
61
0
20
2
76
0.92
892516--892566
23
2.3
22
90
10
77
54
1
1
41
1.22
892516--892577
23
2.7
23
85
11
67
54
3
1
40
1.26
892594--892632
21
1.9
20
89
5
60
48
0
0
51
1.00
892586--892638
21
2.6
21
80
11
58
52
0
1
45
1.11
901360--901408
2
26.5
2
78
15
52
57
2
0
40
1.10
901360--901408
14
3.7
13
84
13
64
57
2
0
40
1.10
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
901360--901408
10
4.6
11
82
12
59
57
2
0
40
1.10
901788--901812
2
12.5
2
100
0
50
52
0
0
48
1.00
901795--901895
49
2.1
49
100
0
202
36
11
9
41
1.75
903183--903302
62
1.9
62
87
0
177
33
27
13
25
1.93
911511--911540
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
916016--916042
2
13.5
2
100
0
54
48
0
0
51
1.00
927010--927063
23
2.5
23
82
8
69
55
1
0
42
1.10
927678--927733
29
1.9
29
88
0
85
35
16
17
30
1.92
932060--932225
54
3.0
54
80
6
206
39
10
18
31
1.84
932060--932213
58
2.7
58
83
4
172
41
11
18
28
1.85
937436--937480
22
2.1
22
87
4
65
2
11
8
77
1.07
939728--939781
24
2.2
25
83
9
76
44
0
1
53
1.11
939934--939967
17
2.0
17
94
0
59
35
2
0
61
1.11
940156--940213
28
2.1
27
81
9
64
56
6
0
36
1.26
945697--945737
10
4.1
10
84
9
57
34
0
0
65
0.93
945695--945739
11
4.1
12
81
18
62
37
0
0
62
0.96
945699--945742
21
2.1
21
100
0
88
34
0
0
65
0.93
947272--947336
29
2.2
29
77
0
67
66
1
1
30
1.10
956113--956147
17
2.1
17
100
0
70
34
5
20
40
1.76
956716--956743
6
4.7
6
100
0
56
0
35
14
50
1.43
963060--963093
17
2.0
17
88
0
50
47
0
0
52
1.00
973988--974016
8
3.6
8
100
0
58
20
0
0
79
0.74
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
981889--981950
23
2.6
25
76
10
74
37
3
3
56
1.32
986704--986838
59
2.3
58
84
3
164
34
10
3
51
1.54
986774--986914
72
1.9
73
85
7
198
34
9
5
49
1.60
987762--987827
19
3.4
18
78
16
62
72
4
0
22
1.02
987763--987822
22
2.8
22
78
14
63
75
5
0
20
0.99
988013--988258
44
5.5
44
80
3
251
42
20
15
21
1.89
988013--988236
88
2.5
86
84
5
277
43
19
15
21
1.88
988263--988463
87
2.3
87
81
5
230
44
16
10
28
1.80
988310--988457
44
3.4
45
83
8
189
46
15
10
27
1.78
1001260--1001299
16
2.5
16
88
8
55
47
0
0
52
1.00
1001260--1001291
14
2.1
16
88
11
50
46
0
0
53
1.00
1008515--1008565
17
3.0
16
76
21
50
43
0
1
54
1.11
1030428--1030477
22
2.3
23
83
16
63
56
2
0
42
1.11
1030444--1030494
22
2.3
22
83
6
59
56
1
0
41
1.10
1032527--1032592
30
2.2
31
84
10
84
50
0
9
40
1.34
1032601--1032656
29
2.0
27
86
6
76
62
1
0
35
1.06
1041488--1041512
12
2.1
12
100
0
50
48
0
0
52
1.00
1041499--1041567
27
2.4
29
81
16
90
50
0
0
49
1.00
1041616--1041680
31
2.1
32
82
8
80
55
7
1
35
1.38
1051173--1051216
3
14.7
3
100
0
88
68
0
31
0
0.90
1051454--1051518
18
3.6
18
77
4
76
20
3
7
69
1.27
1068317--1068346
13
2.3
13
94
0
51
26
0
0
73
0.84
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1077097--1077148
11
4.7
11
85
0
59
30
0
19
50
1.48
1077221--1077328
52
2.1
52
84
6
139
39
8
22
29
1.83
1077824--1077908
31
2.7
31
96
0
152
27
23
27
22
1.99
1077960--1078008
24
2.0
24
84
7
64
34
10
36
18
1.85
1078094--1078153
25
2.4
24
81
8
66
40
8
31
20
1.82
1077866--1078218
177
2.0
175
91
1
571
34
9
31
23
1.88
1078492--1078648
52
3.0
52
86
1
217
38
7
27
26
1.83
1088012--1088105
46
2.0
46
97
0
179
37
18
12
31
1.88
1105610--1105648
2
19.5
2
100
0
78
0
51
0
48
1.00
1106825--1106859
19
1.9
18
88
11
54
40
2
5
51
1.40
1107783--1108040
129
2.0
129
91
0
419
47
20
3
28
1.67
1108032--1108078
20
2.3
20
78
7
51
51
31
4
12
1.59
1108041--1108086
20
2.2
22
77
14
53
47
28
4
19
1.68
1108443--1108586
3
50.3
3
79
9
158
61
0
5
32
1.24
1108443--1108604
57
3.0
56
80
13
187
59
0
6
33
1.28
1108841--1108986
65
2.3
64
83
7
181
47
13
18
20
1.81
1108972--1109083
56
2.0
56
80
0
125
43
14
19
22
1.87
1110110--1110151
18
2.3
18
84
8
50
2
9
2
85
0.77
1110127--1110161
15
2.3
15
95
0
61
8
2
0
88
0.61
1112732--1112761
15
2.0
15
93
0
51
50
0
6
43
1.28
1114970--1115048
13
5.8
13
76
15
54
72
3
1
22
1.08
1114989--1115035
15
3.1
15
75
22
53
74
6
0
19
1.03
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1114970--1115050
20
3.9
19
76
16
72
72
3
1
22
1.07
1115861--1115959
3
35.0
3
73
15
86
60
0
5
34
1.18
1115879--1115965
37
2.3
38
88
4
131
57
0
5
36
1.23
1115872--1115975
37
2.5
40
79
16
115
58
0
5
34
1.28
1115872--1115983
40
2.7
40
76
17
113
58
1
6
33
1.33
1116846--1116872
5
5.4
5
100
0
54
18
18
18
44
1.87
1127220--1127304
40
2.1
40
95
0
152
49
8
5
36
1.57
1133009--1133039
2
15.5
2
93
0
53
51
0
0
48
1.00
1137531--1137561
2
15.5
2
100
0
62
51
0
0
48
1.00
1147513--1147589
31
2.4
32
80
10
86
48
1
0
50
1.09
1148581--1148605
13
1.9
13
100
0
50
52
16
8
24
1.70
1148590--1148728
69
2.0
69
92
2
235
50
5
7
36
1.54
1150701--1150783
38
2.2
38
81
12
91
51
0
1
46
1.08
1151051--1151084
17
1.9
18
88
5
52
47
0
0
52
1.00
1151033--1151101
29
2.4
31
85
11
101
44
0
1
53
1.09
1151033--1151119
29
3.0
28
82
14
99
44
1
1
52
1.15
1152081--1152116
18
1.9
19
88
5
56
75
0
8
16
1.04
1152811--1152847
19
1.9
19
88
0
56
51
2
2
43
1.30
1152809--1152868
10
6.3
9
79
9
57
56
1
3
38
1.26
1152806--1152865
29
2.1
29
81
6
68
55
1
5
38
1.32
1162265--1162294
14
2.1
14
93
0
51
83
0
6
10
0.81
1163560--1163614
3
18.3
3
100
0
110
65
0
0
34
0.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1163878--1163956
24
3.1
24
75
10
61
54
0
2
43
1.14
1173655--1173723
34
2.0
34
97
0
129
27
21
13
37
1.90
1176643--1176762
2
61.5
2
76
11
70
50
4
0
44
1.27
1180341--1180366
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
1180992--1181084
46
2.0
46
100
0
186
31
19
17
32
1.95
1185379--1185428
20
2.7
18
78
6
55
0
20
2
78
0.86
1189806--1189944
39
3.6
38
78
11
147
20
20
19
38
1.93
1192273--1192318
23
2.0
23
82
0
56
47
0
2
50
1.13
1192538--1192562
13
1.9
13
100
0
50
28
0
0
72
0.86
1195137--1195292
52
3.0
52
79
6
174
27
21
7
43
1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402