genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.215.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  215  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22145387--22145439	26	2.0	26	85	7	72	26	16	26	30	1.97
22144886--22145512	343	1.8	342	81	4	789	24	28	28	19	1.98
22146111--22146163	26	2.0	26	85	7	72	32	22	20	24	1.98
22146136--22146567	159	2.7	158	78	5	451	22	31	28	17	1.96
22147335--22147416	26	3.2	26	94	3	139	30	17	21	30	1.96
22148014--22148662	159	4.1	158	76	5	551	23	30	26	19	1.98
22148014--22148674	316	2.1	317	85	2	889	23	31	25	19	1.98
22148702--22148752	26	2.0	26	88	7	77	23	17	29	29	1.97
22149422--22149474	26	2.0	26	85	7	72	28	16	28	26	1.97
22149913--22149965	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
22150622--22150674	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
22151307--22151359	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
22151663--22151714	26	2.0	26	88	7	79	30	17	23	28	1.97
22151502--22151875	187	2.0	184	81	4	439	26	28	24	20	1.99
22152166--22152217	26	2.0	26	85	7	70	28	17	25	28	1.97
22152632--22152684	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
22154240--22154292	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
22154951--22155003	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
22153749--22155033	711	1.8	711	83	2	1740	24	27	26	21	1.99
22155134--22155524	184	2.1	184	84	2	518	25	28	26	19	1.99
22155504--22155556	26	2.0	26	89	7	81	28	20	26	24	1.99
22156154--22156520	170	2.2	170	82	5	422	22	27	26	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22157912--22158356	159	2.8	156	78	5	405	21	30	28	19	1.97
22158720--22158772	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
22159220--22159272	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
22161073--22161125	26	2.0	26	85	7	72	26	18	24	30	1.98
22161098--22161594	158	3.2	156	76	6	414	23	29	26	20	1.99
22161571--22161620	26	1.9	26	95	0	91	28	20	28	24	1.99
22161728--22162125	158	2.5	153	73	10	347	23	30	25	20	1.99
22161098--22163744	696	3.9	662	76	9	2189	22	29	27	21	1.99
22162594--22162971	158	2.4	159	73	8	365	22	30	26	19	1.98
22162945--22162997	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
22162629--22163711	342	3.1	342	80	5	1260	23	28	26	21	1.99
22163641--22163693	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
22164009--22164451	157	2.8	158	73	6	405	23	28	26	20	1.99
22165240--22165290	26	2.0	26	88	7	77	31	13	25	29	1.94
22165778--22165830	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
22165552--22165931	196	1.9	196	79	2	422	23	28	26	21	1.99
22166292--22166344	26	2.0	26	85	0	70	30	20	22	26	1.98
22166635--22166686	26	2.0	26	92	0	86	26	17	28	26	1.97
22166823--22167261	159	2.8	159	76	3	402	25	29	26	18	1.98
22167509--22167800	157	1.9	157	85	4	410	23	30	27	18	1.97
22167827--22167879	26	2.0	26	89	7	81	24	20	28	26	1.99
22167666--22168112	183	2.4	184	84	6	557	23	26	28	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22168010--22168062	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
22168430--22169089	158	4.2	158	79	4	648	24	30	25	19	1.98
22169063--22169117	25	2.2	25	90	3	83	25	18	23	32	1.97
22168829--22169493	343	1.9	343	85	3	926	22	30	27	18	1.98
22169800--22170229	159	2.7	159	82	5	460	26	32	25	16	1.96
22170485--22170537	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
22171332--22171400	26	2.7	26	97	0	129	28	18	26	26	1.98
22171690--22171742	26	2.0	26	85	7	72	30	16	24	28	1.97
22172628--22172694	26	2.6	26	100	0	134	31	19	23	25	1.98
22173146--22173198	26	2.0	26	88	0	79	26	16	28	28	1.97
22174118--22174170	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
22174315--22174367	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
22175276--22175328	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
22175090--22175436	184	1.9	184	81	3	430	26	28	23	21	1.99
22175473--22175974	158	3.2	156	73	10	421	23	31	25	19	1.98
22176647--22176699	26	2.0	26	85	0	70	28	15	26	30	1.96
22178067--22178119	26	2.0	26	89	7	81	30	22	22	24	1.99
22179922--22179970	25	2.0	24	88	4	71	24	14	30	30	1.94
22180798--22180850	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
22179600--22181752	879	2.4	880	82	2	2599	23	27	26	22	1.99
22181202--22181703	159	3.2	156	73	8	417	23	29	26	20	1.99
22182939--22182994	26	2.2	26	83	6	69	30	16	23	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22182655--22183016	195	1.8	197	83	2	478	25	27	25	21	2.00
22183091--22183467	159	2.4	159	75	4	357	24	30	22	22	1.99
22183441--22183493	26	2.0	26	85	0	70	28	20	22	28	1.99
22183846--22184284	159	2.8	156	76	7	422	23	28	27	19	1.99
22185543--22185595	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
22185569--22186073	158	3.2	157	77	6	493	24	30	24	19	1.98
22186050--22186099	26	1.9	26	91	0	82	24	24	28	24	2.00
22186943--22186995	26	2.0	26	88	0	79	32	20	22	24	1.98
22187286--22187338	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
22187666--22187718	26	2.0	26	89	7	81	28	22	24	24	2.00
22188297--22188665	170	2.2	171	80	5	417	21	31	26	20	1.98
22188861--22188913	26	2.0	26	85	0	70	28	18	22	30	1.98
22189923--22189976	26	2.1	26	85	0	72	24	18	27	29	1.98
22192062--22192563	158	3.2	157	77	4	533	22	28	28	21	1.99
22192537--22192589	26	2.0	26	88	0	79	24	18	26	30	1.98
22196125--22196519	158	2.5	159	79	3	431	23	30	27	18	1.97
22196754--22197435	159	4.3	158	76	5	633	23	32	26	18	1.97
22197409--22197461	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
22197756--22198055	158	1.9	158	83	1	395	23	32	27	17	1.97
22197777--22198148	158	2.4	158	80	4	385	24	32	25	18	1.97
22198274--22198326	26	2.0	26	85	7	72	30	20	20	28	1.98
22199525--22199577	26	2.0	26	92	0	88	30	22	22	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22199550--22200014	159	2.9	156	83	6	544	21	31	28	18	1.96
22200024--22200076	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
22200940--22201397	157	2.9	157	79	2	506	22	31	27	18	1.97
22201406--22201458	26	2.0	26	88	0	79	26	15	26	32	1.95
22201764--22201816	26	2.0	26	92	0	88	30	20	20	28	1.98
22201609--22201977	184	2.0	183	81	2	427	23	26	26	23	2.00
22201799--22202286	158	3.1	155	77	6	518	21	29	29	19	1.98
22202260--22202312	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
22209034--22209368	156	2.1	156	77	7	331	23	28	27	20	1.99
22209382--22209434	26	2.0	26	88	0	79	28	18	26	26	1.98
22209761--22209813	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
22209786--22210283	159	3.1	156	73	6	347	24	27	26	21	1.99
22211299--22211351	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
22211495--22211545	26	2.0	25	88	11	77	29	19	23	27	1.98
22211495--22211545	25	2.0	26	88	11	79	29	19	23	27	1.98
22211656--22212020	159	2.3	159	80	5	423	22	32	26	19	1.97
22211994--22212046	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
22211519--22212781	684	1.8	684	82	2	1640	23	28	26	20	1.99
22212519--22212885	184	2.0	184	82	6	440	22	27	27	21	1.99
22212203--22213254	501	2.1	500	81	2	1209	23	28	27	21	1.99
22212705--22213166	158	2.9	158	80	3	430	21	29	29	19	1.98
22213902--22213954	26	2.0	26	82	7	63	32	16	22	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22214245--22214297	26	2.0	26	89	7	81	28	18	28	24	1.98
22214625--22214677	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
22214809--22214861	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
22215812--22215864	26	2.0	26	92	0	88	28	22	24	24	2.00
22216007--22216059	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
22216136--22216188	26	2.0	26	89	7	81	26	15	28	30	1.96
22216453--22216700	134	1.9	134	82	3	320	22	32	24	20	1.98
22216609--22216875	145	1.8	145	86	3	385	23	28	28	18	1.98
22216783--22217085	159	1.9	157	81	5	360	23	30	26	19	1.98
22217099--22217151	26	2.0	26	89	7	81	24	20	26	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402