genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.307.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  307  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28892565--28892617	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
28891881--28892801	368	2.6	343	77	7	891	22	28	27	20	1.99
28892591--28893421	159	5.2	156	72	10	550	23	30	27	19	1.98
28892590--28893421	317	2.6	320	82	6	914	23	30	27	18	1.98
28893395--28893447	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
28893925--28893977	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
28894315--28894716	158	2.5	158	77	5	382	25	30	26	17	1.98
28894315--28894753	159	2.8	157	76	7	426	25	30	26	17	1.98
28894791--28894843	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
28895197--28895693	159	3.1	158	73	6	432	23	29	27	20	1.99
28895674--28895726	26	2.0	26	86	13	74	24	16	26	32	1.97
28896019--28896071	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
28896740--28896792	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
28896924--28897519	159	3.8	158	73	6	474	23	30	27	18	1.97
28896766--28897583	316	2.6	316	84	2	1018	23	30	26	19	1.98
28897557--28897609	26	2.0	26	92	7	90	26	18	26	28	1.98
28897398--28897768	184	2.0	184	84	2	476	24	29	26	20	1.99
28897591--28898077	159	3.1	158	77	5	509	24	30	27	18	1.98
28898059--28898109	26	2.0	26	88	0	75	29	17	21	31	1.96
28897091--28898214	502	2.2	500	82	4	1295	23	29	27	19	1.98
28898426--28898478	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
28898451--28898881	159	2.7	158	79	3	461	23	28	28	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28898926--28898976	26	2.0	26	84	7	68	27	17	23	31	1.97
28899282--28899334	26	2.0	26	88	0	79	26	22	24	26	2.00
28900000--28900052	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
28900499--28900551	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
28900695--28900747	26	2.0	26	89	7	81	28	16	22	32	1.96
28900498--28900853	196	1.8	196	84	3	493	21	27	28	21	1.99
28900720--28901078	158	2.3	157	78	7	377	23	30	25	19	1.98
28901195--28901247	26	2.0	26	88	0	79	24	18	28	28	1.98
28901602--28901959	158	2.3	158	80	6	393	23	29	26	20	1.99
28901602--28902043	159	2.8	158	78	6	448	23	28	28	19	1.98
28907449--28907501	26	2.0	26	85	7	72	32	18	20	28	1.97
28907792--28907844	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
28908356--28909016	159	4.2	155	73	8	474	23	28	26	21	1.99
28908197--28909016	158	5.2	157	74	6	555	24	28	25	21	1.99
28908197--28909016	317	2.6	317	80	4	873	24	28	25	21	1.99
28908990--28909042	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
28909349--28909396	25	1.9	25	95	0	87	27	20	27	25	1.99
28910446--28910498	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
28910078--28910572	196	2.5	198	81	3	561	25	27	25	21	1.99
28910946--28910995	26	1.9	26	91	0	82	28	16	26	30	1.96
28912010--28912062	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
28913608--28913660	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28913743--28913795	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
28914258--28914308	26	2.0	26	88	7	77	35	17	19	27	1.94
28914283--28914636	158	2.2	158	76	3	343	24	30	25	19	1.98
28914759--28914811	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
28914955--28915007	26	2.0	26	89	7	81	30	16	22	30	1.96
28914727--28915114	196	2.0	197	84	4	507	24	28	25	21	1.99
28914981--28915787	158	5.2	157	71	10	528	24	29	26	19	1.98
28914980--28915713	159	4.7	158	71	9	423	24	29	26	18	1.98
28915137--28915724	305	1.9	304	83	1	766	24	29	27	19	1.98
28915761--28915813	26	2.0	26	88	0	79	24	20	28	26	1.99
28915850--28915882	13	2.5	13	95	0	57	27	27	39	6	1.80
28916153--28916205	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
28916180--28916490	170	1.8	170	80	5	369	22	26	28	22	1.99
28916180--28916545	170	2.2	170	78	6	359	22	27	27	22	1.99
28916519--28916571	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
28917230--28917280	26	2.0	26	88	0	75	29	19	25	25	1.99
28917687--28917718	12	2.7	12	100	0	64	6	40	28	25	1.79
28917036--28918212	512	2.3	512	82	2	1425	22	29	27	19	1.98
28917765--28918508	158	4.7	156	77	5	546	24	30	26	18	1.98
28917788--28918584	317	2.5	315	82	2	855	24	30	26	18	1.98
28918558--28918610	26	2.0	26	88	0	79	24	20	28	26	1.99
28919303--28919764	158	2.9	157	74	9	366	24	29	26	19	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28919462--28920296	356	2.4	354	80	6	860	23	28	26	20	1.99
28920141--28920193	26	2.0	26	89	7	81	28	18	22	30	1.98
28920167--28920662	159	3.1	159	76	6	423	21	30	27	20	1.98
28920643--28920695	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
28921366--28921418	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
28921391--28921893	158	3.2	158	75	5	397	24	30	25	19	1.98
28921867--28921918	26	2.0	26	92	0	86	25	13	30	30	1.94
28922165--28922217	26	2.0	26	88	0	79	24	18	26	30	1.98
28921674--28922244	298	1.9	298	84	2	761	23	28	26	21	1.99
28923073--28923688	159	3.9	156	78	5	589	22	30	27	19	1.98
28923708--28923779	26	2.8	26	84	0	99	25	12	30	31	1.92
28924117--28924555	159	2.8	158	79	4	461	22	29	28	18	1.98
28924599--28924650	26	2.0	26	84	0	68	26	15	26	30	1.96
28931920--28932729	158	5.1	157	77	5	614	24	29	25	19	1.98
28931886--28932629	317	2.4	315	85	1	970	24	29	26	18	1.98
28933973--28934491	157	3.3	156	78	5	503	23	29	27	19	1.98
28936048--28936100	26	2.0	26	96	0	97	26	16	24	32	1.97
28935619--28936137	269	1.9	270	83	4	681	23	27	28	20	1.99
28937116--28937183	26	2.6	26	100	0	136	30	20	22	26	1.98
28937156--28937589	159	2.7	158	79	4	455	22	29	29	18	1.98
28939009--28939584	159	3.6	157	73	5	500	23	31	25	19	1.98
28939009--28939730	315	2.3	320	83	3	902	22	30	26	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28939706--28939756	26	2.0	26	88	0	75	29	19	25	25	1.99
28940424--28940476	26	2.0	26	82	13	65	28	16	28	26	1.97
28940449--28940847	212	1.9	213	85	0	548	22	28	27	22	1.99
28940823--28940873	26	1.9	27	96	4	95	25	19	33	21	1.97
28942465--28942516	26	2.0	26	88	7	79	28	17	25	28	1.97
28942489--28942949	159	2.9	158	78	4	419	23	29	27	19	1.98
28942963--28943015	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
28943275--28943305	12	2.6	12	94	0	53	0	38	32	29	1.57
28943330--28943382	26	2.0	26	92	7	90	30	16	22	30	1.96
28943832--28943884	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
28942465--28944743	869	2.7	858	80	4	2423	23	29	26	21	1.99
28944677--28944729	26	2.0	26	96	0	97	24	18	26	30	1.98
28944703--28945363	159	4.2	159	78	4	629	23	28	27	20	1.99
28944703--28945363	317	2.1	316	84	3	846	23	28	27	20	1.99
28945020--28947169	343	6.2	345	72	10	1335	23	29	26	20	1.99
28945693--28945743	26	2.0	26	88	7	77	27	19	27	25	1.99
28946036--28946086	26	2.0	26	92	0	84	27	15	27	29	1.96
28946224--28946282	26	2.3	26	86	11	79	27	18	25	28	1.98
28946255--28946755	159	3.2	157	76	9	430	22	31	26	19	1.98
28946729--28946781	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
28947065--28947117	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
28947260--28947312	26	2.0	26	82	7	63	33	18	18	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28947419--28947814	157	2.5	156	76	8	390	24	30	25	20	1.99
28947931--28947980	26	1.9	26	92	8	84	28	20	28	24	1.99
28948558--28948583	11	2.4	11	100	0	52	15	42	23	19	1.89
28949001--28949053	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
28949199--28949249	26	2.0	26	92	7	86	29	15	27	27	1.96
28949225--28949602	157	2.4	157	77	7	383	24	30	25	19	1.98
28949724--28949776	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
28950067--28950118	26	2.0	26	88	7	79	28	19	25	26	1.98
28950252--28950716	159	2.9	156	73	10	386	25	29	24	20	1.99
28950916--28950960	21	2.1	21	88	8	65	26	48	11	13	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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